이유
1. 원처분 개요 청구법인은 철강재를 생산하는 법인으로서 새로운 공장부지 조성을 위해 충청남도 당진군 송악면 OO리에 공유수면 매립공사를 하고 있으며 동 매립공사를 청구외 OO주식회사에 도급을 주고, 기성고에 따라 지급한 공사대금에 대한 세금계산서를 수취하여 동 매립공사대금에 대한 부가가치세 매입세액 93년 1기분 2,484,956,380원과 93년 2기 예정분 1,877,400,000원 합계금액 4,362,356,380원 (이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매입세액 불공제하여 부가가치세 신고를 하였다가 93.12.28 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여 93년 1기분 및 93년 2기 예정분 부가가치세를 수정신고 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하고 동 세액을 환급세액으로 수정신고한 데 대하여 동 세액은 토지조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없고 따라서 환급할 수 없다고 94.3.4 청구법인에게 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.4.26 심사청구를 거쳐 94.8.5 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 토지조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 조성된 토지가 과세사업에 사용되든 면세사업에 사용되든 불문하고 면세사업에 관련된 매입세액에 포함된다고 규정한 부가가치세법 제60조 제6항은 면세사업에 관련된 매입세액에 한하도록 규정한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 위임의 범위를 벗어난 위법한 규정이므로 과세사업인 철근제조업을 영위하기 위한 공장부지 조성과 관련된 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 공장부지 조성과 관련된 쟁점매입세액을 부가가치세법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 공유수면 매립공사대금에 대한 쟁점 매입세액을 토지조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액이라고 하여 매출세액에서 공제하지 않은 이 건 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 이 건 관련법령 및 사실관계를 본다. 93.12.31 개정전 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.)”은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고, 93.12.31 개정전 같은법 시행령 제60조 제6항에서는 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다.”고 규정하고 있다. 청구법인은 철강재 생산공장용 부지를 조성하기 위하여 충청남도 당진군 송악면 OO리에서 공유수면을 매립하고 있으며 동 매립공사는 청구외 OO주식회사에 도급을 주었고 쟁점매입세액은 동 매립공사비에 대한 것으로서 “토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액” 임에는 다툼이 없다. 청구법인은 과세사업에 사용되는 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액도 매출세액에서 공제하지 않도록 규정한 93.12.31 개정전 부가가치세법 시행령 제60조 제6항은 면세사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않도록한 93.12.31개정전 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 규정의 위임범위를 벗어난 위법한 규정이므로 과세사업인 철강제조공장용 부지 조성과 관련된 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정한 93.12.31 개정전 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 취지는 토지는 면세재화이기 때문에 이에 관련된 지출에 대한 매입세액은 불공제하여 취득원가로 계상하여야 된다는 것이므로 (같은취지 : 국심93전1381, 93.8.20) 토지조성을 위한 자본적지출과 관련된 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 동 세액의 환급을 거부한 처분청의 이 건 처분은 정당하다고 판단된다. 다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.