이유
1. 원처분 개요

청구법인은 86.8.18 OO군수의 사업계획승인으로 전라남도 OO군 OO읍 OO인서토지구획정리사업지구내 24, 26, 18구획에 임대아파트 590세대(이하 “OO아파트”라 한다)를 신축하고, 87.6.29 광주광역시장의 사업계획승인으로 광주광역시 북구 OO동 OOOOO, O 소재 임대아파트 7동 828세대(이하 “OO동아파트”라 한다)를 신축하여 임대한 후 임대주택건설촉진법에 의한 임대기간경과후 분양하여 1993.1.1～12.31사업년도(이하 “93사업년도”라 한다)중 OO아파트 41세대, OO동아파트 239세대를 분양하고 93사업년도분 법인세 신고시 분양에 따른 양도차익 3,076,132,464원에 대해 특별부가세를 140,709,930원으로 산정하여 자진신고 납부하였으나, 위 양도차익은

법인세법 시행령 제124조의3

제5항에 의하여 특별부가세가 비과세된다 하여 94.9.28 수정신고를 통하여 당초 신고납부한 특별부가세 해당금액에 대한 환급신청을 하였다.

처분청은 수정신고에 대한 법정결정기간이 경과하여도 청구법인의 수정신고에 따른 결정을 하지 아니하여 청구법인의 환급신청을 거부하자 청구법인은 이에 불복하여 95.1.23 심사청구를 거쳐 95.5.10 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인이 임대아파트를 5년이상 임대에 공하다가 분양한 것은 임대주택건설촉진법에 의한 제한 때문에 부득이 한 것이고

법인세법 시행령 제124조의3

제5항에 임대주택 분양에 관한 특별한 명문규정이 없다면 그 해석은 납세자에게 유리하게 하여야 하는 점을 감안하면 일정기간 임대후 분양하는 임대아파트의 경우도 주택신축판매업으로 보아야 하고, 이를 분명히 하기 위하여 93.12.31 개정된 법인세법에서 임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 비과세에 포함시키고 있을 뿐아니라 대법원도 임대주택을 분양한 경우에도 주택을 신축하여 판매한 경우로 보아야 한다고 판결(대법원 93누23084, 94.6.24)하고 있으므로 청구법인이 93사업년도중에 분양한 이 건 임대아파트의 분양도 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 비과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

임대사업에 공하다가 분양하는 주택의 경우 특별부가세가 과세되며 임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우에도 주택을 신축하여 판매하는 경우에 포함하도록 규정한 93.12.31 개정 법인세법 시행령의 규정은 94.1.1부터 적용되므로 청구법인이 93사업년도중 분양한 임대주택의 양도차익이 비과세 됨을 전제로 법인세 수정신고로 환급신청한데 대하여 처분청이 이를 환급하지 아니한 데는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 임대주택건설촉진법에 의하여 임대주택을 신축하여 5년간 임대한 후 93.1.1～12.31 사업년도중에 양도(분양)한 경우 그 소득에 대하여 특별부가세가 비과세되는지 여부에 다툼이 있다.

나.

법인세법 제59조의2

제1항에서 「특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다」고 규정하고, 같은 법 시행령 제124조의 3(93.12.31 개정이전의 것) 제1항, 제3항, 제5항 및 제6항에서는 주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물에 정착된 면적에 5배(도시계획구역내의 토지) 또는 10배(도시계획구역외의 토지)의 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지는 특별부가세가 과세되는 토지 및 건물에서 제외하며, 주택건물의 일부에 점포 등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주택의 면적이 다른 목적의 건물의 면적보다 같거나 그보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 본다고 규정하고 있다.

조세감면규제법 제67조의4

제1항(91.12.27개정 법률 제4451호) 및 같은 법 시행령 제55조의4 제1항에서는 임대주택을 5호이상 임대하는 내국법인이 다음 각호의1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해건물 연면적의 2배이내의 토지를 포함)을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 50/100(임대주택건설촉진법에 의한 임대주택과 10년이상의 임대주택의 경우에는 100/100)에 상당하는 세액을 면제한다고 규정하고 그 제1호에서 「1986년 1월 1일 이후 신축된 주택」을 규정하고 있으며, 같은 법 제88조의3(93.12.31 개정이전의 것)에서 법인이 제67조의4에 의하여 각 사업년도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세 산출세액의 70/100에 상당하는 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 다만, 산출세액의 70/100에 상당하는 금액이 3억원이하인 경우에는 이를 3억원으로 한다고 규정하고 있다.

한편, 위

법인세법 시행령 제124조의3

제5항은 93.12.31 개정되어 특별부가세 과세대상에서 제외되는 「주택을 신축하여 판매하는 경우」에 임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함하여 당해 임대주택에 대하여도 특별부가세가 과세되지 아니함을 규정하고, 동 부칙에서 94.1.1이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있다.

다. 살피건대, 청구법인이 건설하여 분양한 OO동아파트 및 OO아파트는 임대주택건설촉진법에 의하여 건설하고 임대(5년이상)한 후 동법에 의하여 분양한 것임에는 다툼이 없으므로 이 건 93사업년도중 분양된 임대주택건설촉진법에 의한 임대주택이

법인세법 시행령 제124조의3

제5항에 규정한 특별부가세 과세대상에서 제외되는 경우에 해당되는지 여부에 다툼이 있는 바, 조세법규는 과세요건이건 비과세요건이건 엄격하게 해석하여야 하는 것이고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다 할 것이며(대법원 94누9054, 95.2.3 같은 뜻), 93.12.31 법인세법 시행령 개정으로 제124조의3 제5항에서 「임대주택건설촉진법에 의하여 건설한 임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우」도 과세대상에서 제외되도록 규정(이 건 과세기간에는 적용되지 아니한다)하고 있으나 임대주택중 임대주택건설촉진법에 의한 임대주택에 한하도록 규정하고 있고, 위 시행령 개정과 같은 시기인 93.12.31 개정된

조세감면규제법 제67조

및 제120조에서 5년이상 임대한 후 양도하는 주택은 특별부가세의 50/100, 임대주택건설촉진법에 의한 임대주택과 10년이상 임대한 주택을 양도하는 경우에는 특별부가세의 100/100을 감면하며 동 규정에 의한 감면세액은 특별부가세 종합한도에 관한 규정을 적용받지 않도록 개정한 점으로 볼 때, 93.12.31 개정이전의

법인세법 시행령 제124조의3

제5항의 「주택을 신축하여 판매하는 경우」는 신축건물을 판매목적의 재고자산으로 판매하는 경우를 의미하는 것이지 임대에 공하는 등 다른 목적으로 사용하다가 양도하는 경우까지 포함하지 않는 것으로 봄(국심 86서2089, 87.3.13 합동회의 외 다수 같은 뜻)이 타당하다고 판단된다.

그렇다면 청구법인이 93사업년도중 양도한 OO아파트 및 OO동아파트의 경우

법인세법 시행령 제124조의3

제5항에 의한 특별부가세 과세대상에서 제외되는 경우에 해당되지 아니한다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 수정신고에 의한 환급신청을 거부한데는 잘못이 없는 반면 이를 탓하는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.