이유
1. 원처분 개요 청구인은 1987.9.30 청구외 한국토지개발공사로부터 인천광역시 남동구 OO동 OOOOO 공장용지 990.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 분양받아, 1989.4.4 그 지상에 공장건물 525.9㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고, 1991.3.28 청구외 (주)OO에 양도한 뒤, 1991.4.30 실지거래가액으로 자산양도차익예정신고를 하고 양도소득세 9,239,590원을 납부하였다. 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액에 신빙성이 없다는 이유로 기준시가로 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도차익을 산정하여 1996.10.16 청구인에게 1991년도 귀속분 양도소득세 42,790,520원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복, 1996.11.25 심사청구를 하여 1997.1.24 심사결정서를 받고 1997.3.18 이 건 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 ① 쟁점토지 및 쟁점건물의 실지거래가액이 도급계약서 등에서 확인이 되므로 실지거래가액을 인정하여야 한다. ② 쟁점건물의 도급금액이 신빙성이 없다 하더라도, 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물의 양도금액은 실지조사하였고 또한 쟁점토지는 한국토지개발공사에서 분양받은 것으로서 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액에 대하여는 처분청과 다툼이 없는 바, 쟁점건물의 취득가액(도급계약서 등)이 신빙성이 없다 하여 쟁점토지부분까지 기준시가로 결정한 것은 부당하다. 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 취득가액은 확인이 되나, 쟁점건물의 취득가액이 불분명하고, 또한 청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액 93,088,200원 역시 기준시가 148,545,000원의 63%에 불과하는 등 청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액은 신빙성이 없으므로, 쟁점토지 및 건물의 양도차익을 기준시가로 결정한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지 및 건물의 양도차익을 기준시가에 의하여 결정한 당초 처분이 정당한지 여부 나. 관계법령 구소득세법[1993.12.31 개정되기 전의 것] 제23조 제4항 제1호 및 제45조 제1항 제1호에서 토지 또는 건물의 양도 가액 및 취득가액은 기준시가에 의하되, 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 구소득세법 시행령[1993.12.31 개정되기 전의 것] 제170조 제4항 제3호에서 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 실지거래가액에 의하여 신고한 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있으며, 한편, 같은 법 시행령 제170조 제1항에서 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하도록 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 우선 청구인이 신고한 쟁점토지의 실지거래가액(취득가액 45,997,056원, 양도가액 93,088,200원)에 대하여 살펴본다. 쟁점토지의 취득가액과 관련, 청구인은 한국토지개발공사에서 쟁점토지를 분양받았다고 주장하며 그 입증자료로서 한국토지개발공사와 체결한 쟁점토지의 매매계약서를 제출하고 있는 바, 이 매매계약서에서 청구인이 1987.9.30 한국토지개발공사에서 쟁점토지를 45,997,056원에 분양구입한 사실이 확인되며, 그에 대하여는 처분청과 다툼이 없다. 쟁점토지의 양도가액과 관련, 청구인은 자금사정의 압박으로 쟁점토지를 양도할 수밖에 없었으나 1991년 양도당시 부동산경기침체 등으로 양도가 여의치 아니하여, 부득히 감정평가사의 평가가액으로 양도하게 되었다고 주장하며, 그 입증자료로서 매수자인 (주)OO과 체결한 매매계약서, 감정평가서, 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 구분기재된 (주)OO의 제무제표에 대한 관할세무서의 확인서 등을 제출하고 있다. 한편 처분청은 1993.8월 쟁점건물의 양도과 관련한 부가가치세를 결정함에 있어서, 매수자인 (주)OO의 재무제표에 구분기재된 실지거래가액(쟁점토지 93,088,200원, 쟁점건물 61,004,400원)을 기준으로 과세한 사실이 과세자료에서 확인된다. 이와 같이, 쟁점토지의 취득가액은 한국토지개발공사로부터 취득한 것으로 그 객관성이 인정되고, 또한 그 양도가액은 법인인 (주)OO과의 거래로서 동 법인의 재무제표에서 확인될 뿐 아니라, 처분청에서도 이를 근거로 쟁점토지의 공급에 대한 부가가치세를 과세한 점 등으로 미루어 보아 청구인이 주장하는 쟁점토지의 실지거래가액은 신빙성이 있는 것으로 판단된다. (2) 청구인이 신고한 쟁점건물의 실지거래가액(취득가액 76,143,321원, 양도가액 61,004,400원)에 대하여 살펴본다. 청구인은 시공자인 OO건설과 공사계약을 체결하여 쟁점건물을 76,146,321원(OO건설 공사비 72,790,421원, 자가건설 공사비 3,355,900원)에 신축하였다고 주장하며, 그 입증자료로써 쟁점건물의 건축물관리대장, OO건설 대표 OOO의 공사사실확인서 및 공사도급계약서 등을 제출하고 있다. 처분청은, 청구인이 쟁점건물은 OO건설과 공사도급계약을 체결하여 신축하였다며 공사도급계약서상의 금액으로 쟁점건물의 취득가액을 신고하였으나 1989.6.20 인천광역시 남동구청에 제출한 쟁점건물의 준공신고서에는 자가건설로 되어 있고, OO건설의 주소지 관할세무서에 출장조사하여 확인해 본 결과, 관할세무서의 법인세과·부가가치세과 등에서 OO건설의 세적을 확인할 수 없어 청구인이 신고한 쟁점건물의 취득가액에 신빙성이 없다는 이유로 기준시가로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세하였음이 과세자료 등에서 확인된다. 청구인이 제출한 입증자료를 살펴보면, 청구인이 1989.4.4 쟁점건물을 신축한 사실은 쟁점건물의 건축물관리대장에서 확인되나, OO건설 대표 OOO의 공사사실확인서 및 공사도급계약서 등의 문서는 개인간에 작성된 것으로 사회통념상 그 객관성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 쟁점건물의 취득가액에 대하여 처분청과 다툼이 있으나 청구인은 자신이 주장하는 쟁점건물의 취득가액을 확인할 수 있는 객관적인 거래증빙을 달리 제시하지 못하고 있으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (3) 위 관계법령 및 사실관계에 대한 판단을 종합해 보면, 토지·건물의 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 할 것이므로( 구소득세법 시행령 제170조 제1항), 청구인이 신고한 양도가액과 취득가액의 실지거래가액이 확인되는 쟁점토지에 대하여는 실지거래가액(양도가액 93,088,200원 ; 취득가액 45,997,056원)에 의하여 양도차익을 산정하고, 취득가액이 확인되지 아니하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정할 수 없는 쟁점건물에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 것이 적법하다 할 것이다. 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있고 나머지는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.