이유
1. 원처분 개요

청구법인은 대전직할시 동구 OO동 OOOOO에 소재하며 구역화물자동차운송사업 및 특수화물자동차운송사업을 영위하는 법인으로서 88.3.7 대전직할시 대덕구 OO동 OOOO의 종전 주사무소 및 차고지를 이전하기 위하여 충청남도 대덕군 산내면 OO리 OOO외 3필지 4,469㎡(행정구역 변경으로 대전직할시 편입)의 토지를 취득하고 89.12.30 주사무소 및 차고지를 대전직할시 동구 OO동 OOOOO로 이전하였으며, 그후 위 토지 4,469㎡는 분할과 합병 및 행정구역 변경과정을 거쳐서 90.1.25에는 대전직할시 동구 OO동 OOO 대지 2,992㎡와 같은동 OOOOO 전 1,477㎡로 조정되었다.

처분청은 청구법인에 대한 법인세조사를 실시하여 위 대전직할시 동구 OO동 OOOOOOO 1,477㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 비업무용 부동산으로 간주하였으며 비업무용 부동산가액의 적수를 계산함에 있어서는 당해 토지의 가액을 90년 개별공시지가로 평가하여 그에 상당하는 지급이자를 손금불산입 하였으며, 청구법인이 감사 청구외 OOO에게 지급한 보수 6,000,000원을 손금부인하여 93.3.19 법인세 10,892,640원 및 동 방위세 1,891,440원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.5.18 심사청구를 거쳐 93.8.28 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

1) 쟁점토지는 88.6.22 주사무소 및 차고지로 내인가되고 89.12.16 주사무소 및 차고지를 이전한 후 계속 같은 울타리내에서 업무용으로 사용하고 있음에도 농지전용허가를 득하지 못하여 본인가에서 제외되었으나 그 후 농지전용을 추진하여 92.1.3 농지전용허가가 나기로 확정되어 92.2.6 농지조성비를 납입하고 청구일 현재는 잡종지로 전용되어 차고지 확장인가 신청중에 있다.

쟁점토지가 농지전용되어 추가로 주차장인가신청 중에 있으므로 토지이용상황에는 변동이 없는데도 불구하고 법인세법 시행규칙상 면허 및 인가조건에 따라 사용하는 것이 아니라 함은 그 후 농지전용이 허가되어 본인가 신청에 포함된 점, 토지이용상태에 전혀 변함이 없는 점을 참작하지 아니하고 본인가에서 제외된 사실만을 가지고 비업무용이라고 판단한 것으로 이는 관련법령의 해석에 오해가 있었던 것이다.

2) 만일 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당된다 하더라도 지급이자 손금부인액의 계산시 적용되는

법인세법 시행령 제43조의2

제2항의 규정상의 적수를 계산함에 있어서 같은 법 시행규칙 제18조 제1항 제2호 및 부칙 제8조 규정에 의하여 90.9.1 고시된 개별공시지가는 그 날 이후에만 적용되어야 하므로 90.8.31까지는 장부가액인 OOO,757,631원을 적용하여 지급이자 손금부인액을 계산하여야 한다.

3) 처분청은 청구법인의 감사인 청구외 OOO에게 지급된 인건비를 손금부인하면서 그 이유를 모회사의 기획실장으로 상근하면서 실제 감사업무를 수행하기 어렵다 하여 그에게 지급된 보수를 손금에 산입하지 아니 하였으나 청구외 OOO은 상근하지 아니하여도 감사업무의 수행이 가능하며 필요한 범위내에서 제반 경영문제에 간여하고 실제로 감사업무를 수행하였으며, 그 업무에 상응하는 보수를 편의상 월급여로 지급한 것뿐인데 이를 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보는 것은 지나친 확대해석이라는 주장이다.

나. 국세청장 의견

1) 청구법인은 대전시 동구 OO동 OOOOO 992㎡, OOOOOOO 2,000㎡, OOOOOOO 1,477㎡ 합계 4,469㎡를 매입하여 차고지를 확보한 후 89.12.16 사무소 및 차고지를 이전하는 과정에서 구역화물과 특수화물이 사용할 수 있는 주사무소 및 차고지는 같은 동 OOOOO 992㎡와 OOOOOOO 2,000㎡만 지목이전에서 대지로 변경되면서 자동차운수사업법에 의한 면허 또는 허가를 받은 토지임이 운송사업면허대장에 의하여 확인되며, 쟁점토지는 농지전용허가를 득하지 아니하고는 차고지로 사용할 수 없는 지목이 전인 토지이며, 자동차운수사업법에 의한 면허 혹은 허가를 받은 토지임을 입증할 수 있는 근거가 없으므로 전시한

구법인세법 제18조

제3항 제3호 (라)목에 의한 비업무용 부동산으로 본 당초처분은 달리 잘못이 없다.

2) 비업무용 부동산가액의 적수를 계산함에 있어서

법인세법시행령 제43조의 2

제1항·제2항과

같은법 시행규칙 제18조

제1항 및 그 경과부칙에 의하여 장부가액과 기준시가(이 경우 기준시가는 90.9.1 고시된 공시지가를 적용)중 큰 금액 기준으로 하도록 되어 있으며 적용시기는 이 법 시행일(90.4.4)이후 최초로 종료하는 사업년도부터 적용할 수 있도록 명시하고 있어 공시지가로 쟁점토지의 부동산가액 적수계산한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없어 보인다.

3) 청구법인의 감사인 청구외 OOO에게 지급한 월급여액 500,000원, 연간합계 6,000,000원에 대하여 손금불산입한 처분청의 조사내용을 보면 청구외 OOO은 매일 출근하지 아니하였고 청구법인의 모회사로 지칭되는 주식회사 OO사료의 회장인 청구외 OOO의 셋째 아들로서 동 회사의 기획실장으로 상근하고 있으며, 또한 청구법인의 주식소유관계를 살펴보면 법인 및 친족의 자본이 과반수 이상으로서 특수관계에 해당되며 청구법인에 출근하여 감사업무를 수행하였는지 여부가 불분명함이 인정되어 급여명목으로 지출된 6,000,000원을 손금불산입한 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 사건의 다툼은 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당되는지 여부(쟁점1), 비업무용 부동산에 해당될 경우 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 비업무용 부동산가액의 적수 계산시 당해 비업무용 부동산의 가액을 전사업년도에 걸쳐 90년 공시지가를 적용한 처분이 정당한지 여부(쟁점2)와 청구법인의 감사 청구외 OOO에게 지급한 보수 6,000,000원이 부당행위계산에 해당하여 당해 금액을 손금에 산입할 수 없는 것인지 여부(쟁점3)에 있다.

가. 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당되는지(쟁점1)에 대하여 살펴본다.

청구법인의 90.1.1부터 90.12.31까지의 90사업년도에 대한 과세표준과 세액을 산정함에 있어서 적용되는 관련법령인

법인세법 제18조의3

제1항 제3호, 같은 법 시행령 제43의2 제5항, 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제1호 및 제3호의 제규정을 종합해 보면, 자동차운수사업법 규정에 의한 자동차운송사업자의 면허를 받은 자가 소유하고 있는 토지중 그 면허 또는 허가조건에 따라 사용하는 주차장 및 차고지용 토지를 제외한 토지는 비업무용 부동산에 해당하는 것으로 되어 있다.

청구법인에 대한 관할관청의 인가사항을 살펴보면, ①청구법인은 88.6.22 운송부대시설인 주사무소 및 차고지등을 대전지할시 동구 OO동 OOOO에서 충청남도 대덕군 산내면 OO리 OOOO 외3필지로 이전한다는 구역 및 특수화물자동차운송사업 계획변경인가를 대덕군수로부터 받았으며, 동 인가증에 의하면 인가일로부터 6개월이내에 관계법에 의하여 인·허가를 득한 후 자동차운수사업법 시행령 별표1의 3,4 기준에 적합한 차고지 및 부대시설을 완료하여 동 규칙 제16조 규정에 의하여 운송시설확인을 받을 것을 조건으로 하였으며, ②89.12.23 주사무소 및 차고지를 대전직할시 대덕구 OO동 OOOO에서 대전직할시 동구 OO동 OOO 대 992㎡로 이전한다는 자동차운송사업계획변경의 인가(주사무소 85.36㎡, 차고지 700㎡)를 대전직할시장으로부터 받았으며, ③90.2.6 대전직할시 대덕구 OO동 OOOO로부터 대전직할시 동구 OO동 OOOOO로 운송부대시설을 변경한다는 특수화물자동차운송사업계획변경인가를 대전직할시 동구청장으로부터 받으면서 주차장으로 2,384㎡와 기타 운송부대시설로 223.27㎡를 인가받았고, ④90.2.22 차고지를 대전직할시 동구 OO동 OOOOO 700㎡를 같은 곳 2,300㎡로 확장(1,600㎡는 특수화물과 공동사용)한다는 자동차운송사업계획변경인가를 받았음이 인가관련공문서에 의하여 확인된다.

청구법인은 전시한 88.6.22인가시 관련토지가 모두 차고지등으로 내인가되었고 청구법인이 실제로 운송사업부대시설로 사용하였으나 쟁점토지의 경우 농지전용이 되지 아니하여 본 인가에서 제외되었음에도 비업무용 부동산으로 간주함은 부당하다고 주장하나, 위의 인가사항에서 본 바와 같이 88.6.22의 인가는 청구법인의 주사무소 및 차고지를 이전하겠다는 것을 인가한 것으로서 당해 인가일로부터 6개월이내에 관계법에 의한 인·허가를 득한후 자동차운수사업법 시행규칙 소정의 차고지 및 부대시설을 완비할 것을 인가조건으로 하였던 바, 충청남도 대덕군 산내면 OO리 OOO 외3필지 모두를 차고지 및 주사무소로 인가한다는 것은 아니며, 청구법인은 실제로 관계법에 의한 농지전용허가를 득하여 당해 토지의 지목을 변경한 대전직할시 동구 OO동 OOOOO 대 992㎡(행정구역변경)에 대하여 89.12.23 차고지 및 부대시설로 인가를 받았음을 알 수 있다. 또한 90.2.6의 특수화물자동차운송사업 부대시설인가 및 90.2.22의 차고지확장인가도 OO동 OOOOOOO 2,000㎡가 농지전용허가를 득하여 지목이 대지로 변경되고 OOOOO로 통합되면서 OOOOO 토지로서 부대시설로 인가된 것으로 판단되며, 쟁점토지의 경우 어떠한 인가에도 차고지등 운송사업부대시설로 인가된 일이 없다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보고 이 건 관련조세를 부과한 처분은 잘못이 없는 반면 청구주장은 받아들일 수 없다.

나. 비업무용 부동산의 적수 계산시 당해 토지의 가액을 사업년도 전기간에 걸쳐 90년 개별공시지가를 적용한 처분이 정당한지(쟁점2)에 대하여 살펴본다.

법인세법 제18조의3

제1항에서 「다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각사업년도에 지급한 차입금의 이자중 다음 각호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각사업년도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다」고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제43조의2 제1항 및 같은 항 제2호에서 「법 제18조의3 제1항과 같은 항 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다.

」고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 「제1항의 산식중 총차입금·자기자본 및 법 제18조의3 제1항 제1호·제2호 및 제3호에 해당하는 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말하며, 자기자본의 계산에 관하여는 제67조의4의 규정을 준용한다. 이 경우 법 제18조의3 제1항 제1호의 자산은 장부가액으로 하며, 법 제18조의3 제1항 제3호의 자산은 취득가액이나 당해 사업년도 종료일(사업년도중 양도한 경우에는 양도일) 현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가중 많은 금액으로 한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제18조 제1항에서 「령 제43조의2 제2항 후단에서 “재무부령이 정하는 기준시가라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.」고 규정하면서 그 제2호에서 「토지의 경우에는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지의 지가」라고 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 비업무용 부동산가액의 90사업년도중 적수를 계산함에 있어서 당해 토지의 가액을 90년 개별공시지가 고시 이전인 90.8.31까지는 장부가액으로 90.9.1부터는 개별공시지가로 계산하여야 한다고 주장하나,

① 90.4.4자 법인세법시행규칙 개정과 관련된 부칙(재무부령 제1818호, 90.4.4)에 의하면 제1조에서 「이 규칙은 공포한 날부터 시행한다」고 하고 제2조에서 「이 규칙은 이 규칙 시행후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용한다」고 하고 있는 바, 이 건 90(1.1～12.31) 사업년도는 위 개정규칙시행일(90.4.4)이후에 사업년도가 종료하는 경우로서 전시한

법인세법 시행규칙 제18조

제1항 제2호의 규정에 의한 개별공시지가로 비업무용 부동산가액을 계산하여야 하고,

② 전시한

법인세법 시행령 제43조의2

제2항 및 90.4.4 신설된 같은 법 시행규칙 제18조 제7항에서 당해 사업년도 종료일(사업년도중 양도한 경우에는 양도일) 현재의 기준시가(개별공시지가)에 의하여 비업무용 부동산가액을 계산하도록 규정하고 있으며,

③ 위 부칙 제8조에 의하면 「규칙 제18조 제1항 및 제7항의 규정을 적용함에 있어서의 토지의 가액은 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의하여 공시지가를 기준으로 개별필지의 지가를 산정하기 전까지는

소득세법시행령 제115조

의 규정에 의한 기준시가에 의한다.」고 하고 있으나 이 규정은 사업년도 종료일까지 개별공시지가가 산정되지 아니한 경우에는 그 사업년도 전체에 대하여 개정전의 기준시가를 적용하겠다는 것이지, 사업년도 중간에 개별공시지가가 산정되었다 하여 한 사업년도를 그 산정전과 산정후로 나누어 개정전의 기준시가와 개정후의 개별공시지가를 각각 적용한 의미는 아니고(국세청예규 법인 22601-1966, 90.10.15 참조),

④ 법인세의 경우는 과세표준계산의 기간인 사업년도 종료당시에 과세요건이 완결되고 그 때에 납세의무가 성립되는 것이므로 사업년도의 진행중 세법이 개정되었을 경우 그 사업년도 종료당시의 법에 의하여 그 사업년도 개시분부터 과세하는 것은 조세법률주의 또는 법률불소급의 원칙에 위배된다고 할 수 없는 점(대법원 64누93 64.12.15, 70누19 70.3.24, 81누423 83.4.26, 83누26 83.6.28외 다수 같은 취지임)등,

이상내용을 모두어 볼 때 이 건 90사업년도 전체기간에 대하여 90.8.30 결정된 개별공시지가를 적용, 비업무용 부동산의 가액을 평가하고 동 가액의 적수를 계산한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

(국심 92부1775, 92.11.17외 다수 같은 취지임)

다. 청구법인의 감사 청구외 OOO에 대한 보수 6,000,000원을 손금부인한 처분이 타당한지(쟁점3)에 대하여 살펴본다.

법인세법 시행령 제35조

제3항에서 「상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제20조와 제46조에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 손금으로 계산한다.」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제31조 제3호에서는 감사가 임원에 포함되는 것으로 규정하고 있다.

처분청은 청구외 OOO이 청구법인의 모기업격인 주식회사 OO사료의 기획실장으로 상근하고 청구법인의 주식소유관계에 의하여 특수관계자에 해당하며 청구법인에 출근하여 직무를 수행한 근거가 없으므로 부당행위계산에 해당한다고 보아 그에게 지급한 보수 합계액 6,000,000원을 손금부인하였으나, 당심에 제출된 심리자료에 의하면 청구외 OOO은 89.2.25부터 현재까지 청구법인의 감사에 재임한 사실이 법인등기부에 의하여 확인되고 89년중 7회, 90년중 3회 이사회에 참여하여 안건심의를 한 사실이 확인되고, 관리사무직 급료인상의 건등에 감사로서 결재를 하는 등 청구법인의 업무를 수행한 사실이 관련 문서등에 의하여 확인되는 바, 청구외 OOO이 비록

법인세법 시행령 제46조

제1항의 규정에 의한 특수관계자에 해당되고 비상근 임원이라 하더라도 그가 청구법인의 감사의 직무를 수행한 사실이 인정되고 그 업무와 비교하여 과다한 보수라 할 수 없는 점을 고려할 때 그에게 지급한 보수의 연간합계 6,000,000원은 전시한

법인세법 시행령 제35조

제3항에 규정한 정당한 보수에 해당된다고 할 것이므로 당해 보수를 손금부인한 처분은 부당하며, 청구주장은 이유있는 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.