이유
1. 원처분의 요지

처분청은 종교단체인 청구인이 2002.3.29. 충청북도 ○○시 ○○동 1125-6번지의 토지(답) 864㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후

지방세법 제107조

제1호 및

같은법 제127조

제1항에서 규정하고 있는 종교용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 이 사건 취득세 등을 비과세 하였으나 2006.3.10. 처분청 세무담당공무원(지방세무7급 이○○)의 현지확인에서 이 사건 토지취득일로부터 3년이 경과하도록 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하므로 이 사건 토지의 취득가액(130,000,000원)에

지방세법 제112조

제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 3,391,440원, 농어촌특별세 286,000원, 등록세 1,695,720원 지방교육세 313,140원, 합계 5,686,300원(가산세 포함)을 2006.4.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2002.3.29. 천주교 교육관 신축 부지로 사용하기 위하여 이 사건

토지를 취득하고 성당 부속토지를 가로지르는 국가소유 도로 274㎡(충청북도 충주시 안림동 1157-15번지)를 취득하기 위하여 수차에 걸쳐 처분청과 협의 하였으나 지적공부상 이해관계인인 청구외 양종성 소유 부동산(충청북도 ○○시 ○○동 1125-4번지 대지 272㎡, 주택 82.52㎡)이 소재

하고 있다는 사유로 용도폐지가 불가능하다고 함에 따라 2004.10.30. 청구

외 양○○ 소유 부동산을 취득하고, 2005.11.17. 충주시장과 계약을 체결하여 도로를 취득하고 2005.12.29. 소유권 이전등기를 필한 후 2006.3.17. 청구외 양○○ 소유 부동산 중 주택을 철거하였으며, 2006.3.20. 건축허가(문화 및 집회시설, 2,593.54㎡)를 신청하여 2006.3.29. 건축허가를 받았으므로 이는 이 사건 토지 취득 이후 유예기간(3년)이내에 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것이므로 이는 이 사건 토지 취득 이후 3년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 교육관용 부속토지를 취득한 후 3년

이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지의 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면,

지방세법 제107조

에서 다음 각호의 1에 해당하는

것(122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세

를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와

취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도

에

직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직

접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에

대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·

학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1

호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는

경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우는 2002.3.29. 이 사건 토지를 취득하고, 2004.10.30. 청구외 양○○ 소유 부동산

(대지 272㎡와 동 지

상 주택 82.52㎡)을 취득하였으며, 2005.11.17. 국가소유 도로 274㎡를 취득하기 위하여 매매계약 체결한 후 2005.12.29. 소유권 이전 등기를 하였고, 2006.3.17. 청구외 양○○ 소유 부동산 중 지상주택을 철거하였으며, 2006.3.20. 종교용 건축물2,593.54㎡에 대하여 건축허가 신청하여 2006.3.29. 건축허가를 득한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다

이에 대하여 청구인은

2002.3.29. 교육관 신축부지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하고 성당 부속토지를 가로지르는 국가소유 도로 274

㎡를 취득하기 위하여 수차에 걸쳐 처분청과 협의하였으나 용도 폐지시 지적공부상 이해관계인인 청구외 양○○ 소유 부동산(충청북도 ○○시 ○○동 1125-4번지 대지 272㎡, 주택 82.52㎡)이 소재하고 있다는 사유로 용도폐지가 불가능하다고 함에 따라 2004.10.30. 청구외 양○○ 소유 부동산을 취득하고, 2005.11.17. 도로를 취득한 다음 충주시장과 계약을 체결하여 2005.12.29. 소유권 이전등기를 필하였으며, 2006.3.17. 청구외 양○○ 소유 부동산 중 주택을 철거한 후 2006.3.20. 건축허가(종교용 문화 및 집회시설, 2,593.54㎡)를 신청하여 2006.3.29. 건축허가를 받았으므로 이는 이 사건 토지 취득이후 유예기간(3년)내에 고유목적사업에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있지만

지방세법 제107조

제1호, 같은 법 제127조제1항제1호 및

같은법시행령 제79조

제1항제1호에서 종교단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하지만 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 95누5257, 1995.12.8.)이므로

청구인의 경우는 이 사건 토지를 취득한 후 취득한 토지상에 교육관을 신축

할

수 있음에도 이 사건 토지와 연접되어 있

는 종교용 토지와, 종교용 토지와 연접된 국가소유 토지(274㎡)를 취득

하여 일단의 토지를 구획한 후에 교육관을 신축하고자 한 것으로 보

여

지므로 이는 청구인의 내부적인 사유로 이 사건 토지취득 이후 3년 이내에 고유 목적사업에 직접 사용하지 못한 것으로 보아야 하기 때문에 비록 국가소유 도로를 취득하기 위한 기간이 장기간이 소요되

어

이 사건 토지 취득 후 4년이 되는 시점인 2006.3.29. 건축허가를 받

았다고 하더라도 이는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 6. 27.

행 정 자 치 부 장 관