이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.12.15. 서울특별시 OOO토지 43,277㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 의과대학 부속병원용 건축물 193,016.11㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대한 건축허가를 받고, 2014.12.30. 착공신고를 거쳐 2018.10.31. 이를 신축하여 취득한 후, 2018.10.31.

「지방특례제한법」제41조

제7항 제1호 나목에 따른 감면율(50%)을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은「지방특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 근거로 「지방특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제41조 제7항(이하 “이 건 종전규정”이라 한다)을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세를 면제해 달라는 취지로 2020.11.23. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.1.4. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이 건 종전규정을 신뢰한 상태에서 2007년부터 이 건 건축물의 신축계획을 수립하여 건축허가, 신축도급계약 및 착공신고까지 마쳤고, 이러한 상황은 청구법인의 이 건 종전규정에 대한 신뢰가 보호할 정도에 이른 것에 해당한다 할 것이므로 이 건 건축물의 취득에 대하여 일반적 경과조치에 따라 이 건 종전규정을 적용하는 것이 타당하다.

구체적으로 보면, 청구법인은 2007년경 이 건 건축물의 신축계획을 수립하였고, 2011년에 SH공사와 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으며, 2014년에 이 건 건축물에 대한 건축허가 및 착공까지 마쳤고, 이 기간 동안 이 건 건축물과 같은 의과대학 부속병원에 대해서는 그 취득세를 비과세 내지 면제하는 규정을 계속해서 두고 있었다.

특히, 청구법인은 2011년경, 이 건 종전규정의 취득세 면제까지 고려하여 이 건 건축물의 신축에 소요되는 토지매입 및 신축 비용을 산정하였고, 그 결과를 바탕으로 2011.12.23. 종합의료시설용지인 이 건 토지에 대한 매매계약까지 체결하였다. 이 건 토지는 그 계약 조건에 따라 종합병원과 그 부대시설의 설치만 가능할 뿐 다른 용도로 사용할 수 없는 것이라서 이 건 건축물의 신축계획은 이때부터 돌이키기 어려운 상황으로 접어들었다.

이 건 토지의 매매계약 체결 이후부터는 이 건 건축물의 규모 탓에 건축물 설계, 교통영향분석 및 개선대책수립, 지하철연결통로 설계, 도시계획시설 실시계획인가 및 건축허가 등에 장기간이 소요될 수밖에 없었고, 학교법인인 청구법인의 특성상 자급집행 등에 있어서 교육부의 승인까지 받아야 했으며, 이 모든 과정을 거쳐 2014.12.30. 이 건 건축물의 착공까지 이르렀다. 결국, 이 건 토지의 매매계약 체결 이후부터는 현실적으로 이 건 건축물의 신축계획을 되돌릴 수 없었고 이 건 종전규정의 시행기간 내에 건축공사를 시작한 점까지 고려하면 이 건 종전규정의 개정 당시에 이미 이 건 건축물의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아간 상태였다고 보는 것이 타당하다.

조세심판원도 청구법인과 유사한 사항(조심 2021지2299, 2022.8.22.)에 대해서 이 건 종전규정을 적용하는 것이 타당하다고 결정하였는데, 선결정례에서 다툼이 되었던 병원건물보다 이 건 건축물이 더 큰 규모임에도 그 취득일은 더 빠른 점, 두 건축물 모두 2014년 12월에 착공신고를 마친 점 등을 고려하면, 그 결론을 달리 할 요인을 찾기 어렵다.

이 건 종전규정이 장기간 유지되어 오던 상황에서 청구법인은 이를 신뢰하여 약 10년간에 걸쳐 이 건 건축물의 신축 사업을 진행하였고, 이 건 종전규정의 시행기간 내에 이 건 건축물 신축에 있어 가장 중요한 관문인 용지분양, 건축허가 및 착공까지 이루어졌으므로 이 건 종전규정에 대한 청구법인의 신뢰는 보호할 정도에 이르렀다고 보아야 할 것이다.

따라서 일반적 경과조치의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

일반적 경과조치는 납세의무자가 종전 규정에 의한 취득세 면제를 신뢰하여 종전 규정의 시행기간 내에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 새로운 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 적용되는 것인데, 청구법인이 이 건 종전규정의 시행기간 내에 이 건 건축물의 건축공사를 시작했다고 볼만한 객관적인 사정이 확인되지 아니하고, 착공신고는 실제 건축공사를 위한 준비행위에 불과하고 공사를 실제로 실행한 것으로 볼 수 없다. 따라서 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 없다(조심 2020지1429, 2021.4.26., 같은 뜻임).

또한, 이미 2014년 9월 입법예고를 통해서 2015년부터 감면율이 대폭 축소될 것이라고 충분히 예측 가능하였고, 실제 2015년부터 학교법인의 부속병원에 대한 취득세에 대해서 2016.12.31.까지 취득세를 75% 감면하고, 2017년부터는 50%로 축소되었으며, 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시에도 2015년 개정규정에 따라 취득세를 50% 감면하는 것으로 유지되어 온 점 등에 비추어 청구법인이 종전규정에 따라 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어렵다.(조심 2019지2303, 2021.1.28., 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 건축물(병원)에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 의과대학 부속병원에 대한 취득세 비과세 및 감면규정은 아래 ＜표1＞과 같이 1949.12.22.「지방세법」제정 당시부터 2010.12.31.까지

「지방세법」제107조

로 비과세 되어 오다가, 2011.1.1.「지방세특례제한법」신설로 제41조로 이관된 이래 2014.12.31.까지 65년간 면제(비과세 및 감면)되었으며, 2015.1.1. 이후부터 100분의 75~50으로 감면율이 축소되었다.

＜표1＞ 의과대학 부속병원 감면규정 개정 연혁

OOO

(나) 청구법인은「고등교육법」에 의한 의과대학 부속병원을 경영하는 비영리 학교법인이다.

(다) 청구법인은 2011.12.23. SH공사와 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였는데, 해당 계약서에는 지정용도가 “의료시설 중 병원”으로, 허용용도는 “교육연구시설 중 학교, 연구소”로 되어 있고, 제3조 제1항에서 “대상토지를 정해진 용도에 따라 사용”하기로 한다고 되어 있으며, 같은 조 제2항에서 “부대시설은

의료법 제49조

에 따라 사용하여야 한다”고 되어 있고, 제7조 제1항 제2호에서 청구법인이 이 건 토지를 지정용도로 사용하지 아니하면 해당 계약을 해제할 수 있다고 되어 있다.

(라) 청구법인은 2014.12.19. A 주식회사와 이 건 건축물의 신축공사를 위한 도급계약을 체결하였고, 해당 계약서에 착공년월일은 2014.12.19.로, 준공예정년월일은 2017.10.31.로 되어 있다.

(마) 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 이 건 건축물의 신축 추진 과정은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 건축물의 신축 경과

OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 건축물의 신축에 대하여 일반적 경과조치 규정을 적용할 수 없다는 의견이다.

그러나 2015.1.1. 이후

「지방세특례제한법」제41조

가 개정되면서 감면율이 축소되어 납세자에게 불리하게 개정되었는데, 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되면서 일반적 경과조치 규정에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 경과 규정을 두고 있는 점,

의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면규정은 1949.12.22. 「지방세법」제정 이후, 2011.1.1. 「지방세특례제한법」 신설로 이관된 이래 2015.1.1. 이후 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 65년간 비과세 및 면제가 유지되어 온 점 등에 비추어

청구법인이 의과대학 부속병원용 부동산의 취득에 대하여 취득세 면제가 시행되고 있는 기간 중에 이 건 건축물의 신축공사에 착공한 경우에는 청구법인의 신뢰를 보호하기 위하여 일반적 경과조치 규정을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.

다만, 청구법인이 제출한 자료만으로는 이 건 종전규정의 시행기간 내에 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는지 여부가 불분명하므로 처분청은 청구법인이 2014.12.31. 이전에 이 건 건축물의 신축을 위한 규준틀 설치나 터파기 공사와 같은 착공행위를 하였는지 여부를 재조사하여 규준틀 설치 등 착공행위를 한 것으로 확인되는 경우, 이 건 종전규정을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 면제하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2021지1567, 2022.4.26., 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제7항,

「국세기본법」제80조의2

, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

(2) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부개정된 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고

「고등교육법」 제4조

에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2013년 12월 31일까지로 한정한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고

「고등교육법」 제4조

에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31까지로 한정한다.

부 칙 ＜법률 제12175호, 2014. 1. 1.＞

제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것)

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고

「고등교육법」 제4조

에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세

가. 2016년 12월 31일까지 : 100분의 75

나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 : 100분의 50

부 칙 ＜법률 제12955호, 2014. 12. 31.＞

제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.