이유
1. 처분개요 청구법인은 부산광역시 남구 OO동 OOOOOO에 본점을 두고 트레일러운송사업과 화물차량지입업을 경영하는 법인으로 청구법인이 소유하고 있던 부산광역시 남구 OO동 OOOOOO 대지 264㎡ 및 같은곳 OOOOOO 대지 102㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인의 주주인 청구외 OOO과 OOO에게 89.7.21 매매를 원인으로 92.9.16 소유권이전 등기하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 특수관계있는 자에게 시가에 미달하게 양도함으로서 조세를 부당히 감소시켰다고 인정하여 잔금청산일인 92.6.30일을 기준하여 ’92년도 개별공시지가로 계산한 시가 166,920,000원을 양도가액으로 하여 양도차익을 계산하고 95.1.3 청구법인에게 ’92사업년도 법인세 특별부과세 55,578,550원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.2.20 이의신청 및 95.6.14 심사청구를 거쳐 95.9.11 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 처분청에서는 동일한 양도건물과 동일한 매매계약서에 근거하여 부당행위계산부인액계산 및 특별부가세 과세표준을 계산하면서 모두 행위시를 기준으로 하여 실지거래가액과 시가를 비교하여 결정하지 아니하고 부당행위계산부인액계산은 실지거래가액과 ’89년도 배율방법에 의한 시가를 비교하여 계산하고 특별부가세 과세표준계산시는 ’92년도의 개별공시지가로 계산한 시가로 비교하여 계산하였으나 92년도에는 매매계약된 사실도 없고 이때의 실지거래가액이 없음에도 시가를 ’92년 개별공시지가로 계산한 시가 166,920,000원과 89년도 계약 당시의 실제거래가액 16,733,000원과의 차액을 특별부과세 과세표준으로 정한 것은 잘못된 것이며 ’89년 계약당시의 배율방법에 의한 시가 67,893,000원을 적용하여 부당행위계산부인액 계산과 동일한 기준으로 법인세 특별부가세 과세표준을 계산하여 과세하여야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인은 같은 양도물건에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용시 매매계약 시점을 기준으로 과세하였음에도 특별부가세 과세시에는 잔금청산일을 기준으로 과세함은 부당하다고 하나, 법인이 그 소유토지를 양도하는 경우 그 양도시기는 소득세법에서 규정하고 있는 양도시기를 준용하는 것이므로 쟁점토지의 양도시기는 잔금청산일인 92.6.30이 되며 쟁점토지의 매수자는 청구법인의 주주로서 청구법인과 특수관계에 있는 자에 해당하고 양도당시 쟁점토지의 개별 공시지가가 166,920,000원 임에도 청구법인의 장부상에는 16,733,000원에 양도하였다고 계상한 이 건의 경우 처분청이 쟁점토지의 개별공시지가를 시가로 보아 양도가액을 계산하여 특별부가세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 쟁점토지를 특수관계자에게 저가양도한 것에 대하여 92년도 개별공시지가에 의한 가액을 쟁점토지의 양도가액으로 하여 법인세 특별부가세를 과세한 처분의 당부에 있다. 나. 먼저 관계법령을 보면 법인세법 제59조의2 (과세표준) 제1항에서 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리·주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 하면서 같은법시행령 제124조의2 (특별부가세의 과세표준계산) 제7항에서 “제46조 제1항에 규정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다”고 규정하고 있고, 같은조 제13항에서 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조 의 규정을 준용한다고 되어 있다. 한편 소득세법시행령 제53조 제1항에서는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있다. 다. 다음으로 사실관계를 보면 청구법인은 쟁점토지를 청구외 OOO, OOO에게 89.7.20을 매매완결일로 하여 16,733,000원에 양도하기로 하고 89.2.10 매매예약증거금으로 11,000,000원을 수령하였고 89.7.21 매매예약완결을 원인으로 소유권이전 등기를 이행하라는 법원판결에 의하여 92.6.30 잔대금 5,733,000원을 수령하고 소유권이전 등기를 해준 것이므로 쟁점토지의 양도일은 89.7.21로 보아야 한다는 주장이나 처분청의 조사자료 등에 의하면 청구법인은 92.3.9 쟁점토지에 대한 가등기의 매매예약 증거금으로 회사장부에 11,000,000원을 입금하였고 92.6.30 잔금 5,773,000원을 회사장부에 입금 기장한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점토지의 양도시기는 매매대금을 청산한 날인 92.6.30이 된다 할 것이고, 청구법인이 89.2.10 매매예약 증거금으로 위 16,733,000원을 수령하였다는 주장은 신빙성이 없을 뿐만 아니라 89.2.10 매매예약을 하고 89.7.20 매매예약이 완결되었음에도 특별한 이유도 없이 그로부터 3년여 정도 지난후에야 소유권이 이전된 점으로 보아 이 건 거래가 정상적인 계약에 의한 거래가 아닌 것으로 판단되며, 따라서 쟁점토지의 양도자인 청구법인이 잔금 5,773,000원을 수령한 92.6.30을 쟁점토지의 양도시기로 봄이 적법하다 할 것이므로 이날을 기준으로 쟁점토지의 개별공시지가를 시가로 보아 양도가액을 계산하여 이 건 특별부가세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.