이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 ○○산업단지내에 위치하고 있는 ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○○ ○○공단 2마○○의 공장용지 1,999.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하기 위하여 1999.12.4. ○○공사와 분양계약을 체결하고 2000.3.14. 토지사용 승낙을 받아 2000.8.22. 이 사건 토지상에 공장용 건축물 1,523㎡를 신축 취득한 후 2001.3.13. 공장등록을 필하고 사진재료약품제조업을 영위하면서 2002.2.9. 이 사건 토지를 취득하고 2002.3.9. 지방세법 제276조 의 규정에 의하여 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 감면받았으나 이 사건 토지 취득일로부터 2년 내인 2003.8.6. 이 사건 토지를 매각함으로써 지방세법 제276조 제1항 단서 규정에 의하여 추징대상으로 보아 이 사건 토지의 취득가액(336,481,410원)에 지방세법 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,075,540원 농어촌특별세 740,250원 등록세 12,113,320원 지방교육세 2,220,760원 합계 23,149,870원(가산세 포함)을 2004.7.8. 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○도 ○○시 소재 ○○산업단지내에 위치하고 있는 이 사건 토지를 취득하기 위하여 1999.12.4. 분양 계약을 체결하고 2000.3.14. 토지사용승낙을 받고 2000.8.22. 공장용 건축물 1,563㎡를 신축한 후 2000.11.21. ○○세무서장에게 사업자등록을 필하고 2001.3.13. 공장등록을 한 다음 사진재료약품제조업을 영위하던 중인 2002.2.9. 이 사건 토지를 취득하였으나 공장을 이전하여 업종을 변경하고자 2003.8.6. 이 사건 토지를 매각하였으므로 지방세법 제276조 제1항에서 규정하고 있는 이 사건 토지 취득일로부터 3년 이내에 공장용 건축물의 부속토지를 사용하였을 뿐만 아니라, 공장용 건축물의 부속토지로 사용한 날로부터도 2년 4개월이 경과한 후에 매각하였음에 이 사건 토지 취득일로부터 2년 이내에 매각하였다는 사유로 기과세면제한 이 사건 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지내의 토지 사용 승낙을 받고 동 토지상에 공장용 건축물을 신축한 후 2년 이상 공장용 부속토지로 사용하였으나 동 토지 취득일로부터 2년 이내에 매각한 경우 지방세법 제276조 제1항 단서 규정에 의하여 취득세 등을 부과한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제276조 제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 “공장용 건축물 등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 다만, 그 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 ○○도 ○○시 소재 ○○산업단지내에 위치하고 있는 이 사건 토지를 취득하기 위하여 1999.12.4. ○○공사와 분양계약을 체결하고 2000.3.14. 토지사용승낙을 받고 2000.8.22. 공장용 건축물 1,563㎡를 신축한 후 2001.3.13. 공장등록을 한 다음 사진재료약품제조업을 영위하던 중인 2002.2.9. 이 사건 토지를 취득하고 업종을 변경(중력주조제조업)을 변경하고자 2003.8.6. 이 사건 토지와 동 공장용 건축물을 매각한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 처분청에서는 이 사건 토지 취득일인 2002.2.9.로부터 2년 이내인 2003.8.6. 매각하였다는 사유로 기과세면제한 이 사건 취득세 등을 부과고지하였지만, 지방세법 제276조 제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지내 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 그 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있는 바, 동 규정은 기업의 생산 활동을 지원하기 위하여 산업단지내 공장용 건축물을 신·증축하고 공장을 영위하는 경우에 취득세 및 등록세를 면제한다는 것이고, 다만 부동산 투기 등을 방지하기 위하여 부동산 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 직접 사용하지 아니한 경우와 부동산 사용일로부터 2년 이상 공장용지 등으로 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 과세 면제한 취득세 등을 추징한다는 규정이므로 청구인의 경우와 같이 이 사건 토지를 공장용지로 사용하기 위하여 1999.12.14. 분양계약을 체결하고 2000.3.14. 토지사용승낙을 받아 2000.8.22. 공장용 건축물 1,563㎡를 신축한 후 2001.3.13. 공장등록을 필한 다음 사진재료약품제조업을 계속한 사실이 안산세무서장이 발행한 납세사실증명서 등에서 입증되고 있는 것으로 미루어보면, 비록 이 사건 토지를 취득일(2002.2.9.)로부터는 2년 내에 매각(2003.8.6.)하였다고 하더라도 이 사건 토지 취득일로부터 3년 내에 공장용 건축물의 부속토지로 사용(공장등록일 2001.3.13.)하였을 뿐만 아니라 이 사건 토지 취득 전에 토지사용승낙(2000.3.14.)을 받고 공장용 건축물 1,563㎡를 신축(2000.8.22)하여 공장등록(2001.3.13.)을 필한 다음 2년 이상 공장용 건축물의 부속토지로 사용하고 2003.8.6. 매각한 이상 지방세법 제276조 제1항의 단서규정에 의한 추징사유에 해당되지 아니하므로 처분청에서 이 사건 토지 취득일로부터 2년 이상 사용하지 아니하고 매각하였다는 사유로 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 법리를 오해한 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2004. 12. 29. 행 정 자 치 부 장 관