이유
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 노원구 O동 OOOOO 대지 1,012.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 지상건물을 1988.1.15 명의신탁해지를 원인으로 청구인 앞으로 소유권이전등기를 한 후 1989.10.12 청구외 OOOOOO공사에 양도하고 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지의 취득시기를 1977.1.1(명의신탁일 1974.12.31의 의제취득일)로 보고 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제를 함에 있어 쟁점토지상의 건물중 건축물관리대장에 등재된 면적 171.94㎡의 5배에 해당하는 859.7㎡에 대하여만 장기보유특별공제를 하여 1989년도분 양도소득세 32,956,170원 및 동 방위세 15,072,810원을 1993.7.21 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1993.9.16 이의신청, 1993.11.20 심사청구를 거쳐 1994.2.18 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 건축법 제8조 제4항에서 공장건축물의 경우에는 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 규정에 의하여 허가 또는 승인을 얻은 것으로 본다고 규정하고, 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제13조와 같은 법 제16조에서 공장등록에 관하여 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 경우 1979.5월이후 양도시까지 계속 제조업을 영위하는 법인이 행정기관으로부터 공장등록, 도로점용허가, 배출시설 설치허가 등을 받아 제재업용으로 사용하였으며, OOOO공사와의 매매계약서 및 법원에 제출된 감정서에 쟁점토지상의 건축물의 내용이 명시되어 있으므로 당해건축물 전체면적을 기준으로 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제를 하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 처분청이 쟁점토지중 건축물관리대장에 등재되어 있는 건축물면적 171.9㎡의 5배에 해당하는 면적에 대하여만 장기보유특별공제를 한 것은 허가받은 건물의 부수토지에 대하여만 장기보유특별공제를 하도록 규정한 관련 법규정에 맞는 처분이라는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 건축허가는 없으나 공장등록에 포함된 건축물의 부수토지에 대하여 장기보유특별공제를 할 수 있는지 여부에 다툼이 있다. 이 건 부동산의 양도당시 시행된 소득세법 제23조 제2항에서 「양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하“양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 2년 미만인 것과 제70조 제7항에 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 다음 각호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다.」고 규정하면서 제2호에서 「제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 “장기보유특별공제액”이라 한다) (가) 당해 자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것 : 양도차익의 100분의10 (나) 당해 자산의 보유기간이 10년이상인 것 : 양도차익의 100분의 30」이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제46조의3에서 「법 제23조 제2항 제2호에 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적률로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 그 면적을 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만,........」라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제18조의2 제2항에서 「령 제46조의3 본문에서 “재무부령이 정하는 무허가건축물”이라 함은 건축법 제5조 또는 제47조 제1항의 규정에 의하여 허가를 받거나 신고를 하여야 할 건축물을 그 허가 또는 신고없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물을 말한다.」고 규정하고 있다. 쟁점토지상의 건축물의 현황을 살펴보면, 건축물관리대장에 O고 2동 171.94㎡가 등재되어 있고, 쟁점토지와 그 지상건물을 청구외 OOOO공사에 양도할 때 작성한 매매계약서와 청구인이 청구외 OO목재(주)를 상대로 제기한 건물명도등 청구소송의 재판을 위하여 의뢰한 감정평가서에는 제재소외7동 386㎡가 있었음이 확인되나, 위 건축물중 건축법 제5조 또는 제47조 제1항에 의하여 허가 또는 신고를 받아 건축한 건축물은 건축물관리대장에 등재된 171.94㎡뿐인 사실이 관련증빙에 의하여 확인되며 이 사실에는 다툼이 없다. 처분청이 쟁점토지상의 건물중 건축물관리대장에 등재된 O고 171.94㎡만을 기준으로 장기보유특별공제 대상 토지면적을 계산한데 대하여 청구인은 청구외 OOOO공사와의 매매계약서에 기재된 건축물 386㎡ 전체가 공장등록부에 등재되어 있고 공장건축물의 경우 공장등록이 되면 건축허가등이 있었던 것으로 보아야 한다고 주장하면서 건축법 제8조 제4항과 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제13조, 제16조를 들고 있으나, ① 공장등록부에 의하면 청구외 OO목재(주)가 쟁점토지 소재지에서 목재제재업을 영위하며, 공장건축면적이 171.6㎡, 생산시설이 330㎡인 것으로 등록되어 있어 지방세법 시행령 제75조의2 에 규정한 건물과 구축물의 내용을 확인할 수 없으며, ② 1991.5.31 개정된 건축법(법률 제4381호) 제8조 제4항에서 건축허가를 받은 경우에는 공장건축물의 경우 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제14조의 규정에 의하여 관계법률의 허가 또는 승인을 받은 것으로 본다고 규정하고, 1991.5.31 개정된 공업배치 및 공장등록에 관한 법률(법률 제4381호) 제14조에서 공장설립신고를 한 자가 공장에 대하여 건축법 제8조 및 제18조에 의한 건축허가 또는 사용검사를 받은 때에는 같은 조 각호에 규정한 허가·인가·신고·검사 또는 승인(도로법에 의한 시설 또는 공작물 설치의 허가, 배수시설 설치의 신고, 하수도법에 의한 배수시설 설치신고 등)을 얻은 것으로 본다고 규정하므로써 건축법에 의한 건축허가 등과 함께 건축법 제8조 제4항 각호의 허가 또는 승인 등을 얻은 경우 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제14조 제1항 각호의 허가 또는 승인 등을 받은 것으로 보도록 규정한 것에 불과할 뿐, 청구인이 주장하는 바와 같이 공장등록이 된 경우 당해 공장건축물이 건축허가 등을 받은 것으로 보도록 규정한 것이 아니며, ③ 또한 위 건축법 제8조 제4항과 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제14조 제1항 규정은 1991.5.31 개정으로 신설된 규정이고 청구인이 쟁점토지 및 지상건축물을 청구외 OOOOOO공사에 양도할 당시인 1989.10.12 현재 시행된 건축법(법률 제3899호) 및 공업배치법(법률 제3982호)에는 당해 규정이 없었던 점등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지상의 건축물중 건축물관리대장에 등재되어 있지 아니한 건축물은 전시한 소득세법 시행규칙 제18조의2 제2항에 규정된 무허가 건축물에 해당된다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지상의 건축물중 건축물관리대장에 등재된 O고 2동 171.94㎡만을 기준으로 그에 해당하는 부수토지에 대하여 장기보유특별공제를 한 처분은 정당한 반면, 이와다른 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.