이유
1. 처분 개요 청구법인은 OO여자고등학교를 설치·경영하고 있는 학교법인으로서 위 OO여자고등학교의 교육에 직접 사용하던 기본재산인 서울특별시 종로구 OO동 OO 대지 10,270.4㎡, 건물 10,586.3㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ’87.12.8 서울특별시와 체결한 교환계약에 의하여 ’89.9.7 서울특별시 명의로 소유권 이전등기하고, 쟁점부동산의 양도차익에 대한 특별부가세에 대하여는 ’94.4.28 ’93.3.1～’94.2.28 사업년도의 법인세 과세표준 신고시에 구법인세법 제59조의 3 제2항의 규정에 따라 전액 면제되는 것으로 하여 감면신청을 하였다. 처분청은, 청구법인이 ’89.9.7 학교법인의 기본재산에 속하는 쟁점부동산을 교육사업에 사용할 O적으로 양도하였지만 그 양도차익에 대한 특별부가세의 감면신청서를 구 법인세법 제59조의 3 제3항, 같은법 시행령 제124조의 8 제4항에서 규정한 기한(’90.5.29)까지 제출하지 아니했다는 사유로 동법의 규정에 의한 특별부가세 감면을 배제하고, ’95.4.16 청구법인에게 ’89.3.1～’90.2.28 사업년도분 법인세(특별부가세) 751,371,270원 및 동 방위세 94,277,550원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’95.6.12 심사청구를 거쳐 ’95.8.29 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 양도한 쟁점부동산은 ’87.12.8 서울특별시와 체결한 교환계약에 의하여 양도한 재산으로서 위 교환계약에 의하면 청구법인의 쟁점부동산은 4,005,612,740원으로 평가하고 이와 교환하는 서울특별시 양천구 O동 OOOOO 대지 19,835㎡는 3,204,000,000원으로 평가하여 교환하되, 그 차액 810,612,740원은 ’89.8.31까지 청구법인에게 지급하며 쟁점부동산에 대한 소유권 이전등기는 평가차액 지급과 동시에 이행하고 청구법인이 교환취득하는 대지에 대한 소유권 이전등기절차는 환지확정처분 후에 지체없이 이행하기로 하였으며, 또한 청구법인이 교환취득하는 대지에 대하여는 청구법인 명의로 소유권 이전등기를 하기 전에도 청구법인이 재산권을 행사하여 그 지상에 교사 등을 신축할 수 있도록 하였는 바, 청구법인은 이러한 계약내용에 따라 교환으로 취득한 토지에 교사 등 신축공사를 하여 ’89.9.1에는 신축한 학교로 이전하여 수업을 개시하였으며, ’89.9.7에는 양도재산에 대한 소유권 이전등기를 함으로써 교환절차가 완료되었다. 이와 같이 청구법인은 교환차액을 지급받기 전에 교환으로 취득한 대지에 대하여 사실상 소유자로서의 재산권을 완전하게 행사하여 왔으므로 쟁점부동산의 양도시점은 교환계약 체결일인 ’87.12.8로 보아야 하며, 따라서 쟁점부동산의 양도차익에 대한 특별부가세는 쟁점부동산의 양도일이 속하는 ’87.3.1～’88.2.28 사업년도의 법인세 과세표준 신고기한인 ’88.5.29부터 5년이 되는 날인 ’93.5.29까지 부과할 수 있는 것이므로, ’95.4.18자 청구법인에게 고지한 이 건 법인세와 동 방위세 부과처분은 국세부과제척기한이 경과한 후에 있는 위법·부당한 처분이며, (2) 쟁점부동산은 청와대 앞에 위치하고 있는 부동산으로서 교환계약이 체결되기 전부터 관계기관에서 필요한 부분을 공용으로 사용하여 왔으며, 이에 따라 부득이 서울특별시와 교환계약을 체결하게 되었는 바, 쟁점부동산은 서울특별시 명의로 교환계약이 체결되어 서울특별시가 취득한 것으로 되어 있으나 청와대 경호실에서 사용하고 있으며 교환당시에도 군부대에서 경호 및 작전시설을 설치하여 사용하였으므로 이러한 부동산의 양도는 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호(’89.12.30 개정되기전의 것)에 규정된 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 국가·지방자치단체에 양도하는 경우」에 해당되므로 그 양도차익에 대한 특별부가세는 감면신청 여부와 관계없이 전액 면제되어야 하고, (3) 청구법인은 교환대상 재산중 사택 OO 206.75㎡이 당초 교환계약을 체결할 때 누락된 사실을 발견하고, 서울특별시와 누락된 건물을 5,349,500원으로 평가하여 교환대상 부동산과 평가차액을 정정하기로 합의하였으며, 평가차액이 정산되지 아니한 상태에서 ’93.6.17 위 건물의 소유권 이전등기를 경료하여 줌으로서 일단의 학교시설 전체가 양도되었는 바, 이러한 경우 전체 부동산에 대한 양도일은 양도한 재산중 최종등기한 재산의 등기접수일로 보아야 할 것이므로 쟁점부동산에 대한 양도일은 ’93.6.17이 되는 것이고, 또한 청구법인은 쟁점부동산의 양도일이 속하는 ’93.3.1～’94.2.28 사업년도에 대한 법인세 과세표준 신고기한내인 ’94.4.28 특별부가세 감면신청을 하였으므로 이 건 특별부가세는 구 조세감면규제법 제OO조의 3 제1항 제1호의 규정에 의하여 전액 면제되어야 한다. 나. 국세청장 의견 (1) 구 법인세법 제59조의 3 제2항 제3호(’89.12.30 법률 제4165호로 삭제하기 전)의 규정에서 「사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 O적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 특별부가세를 면제한다」라고 규정하고 같은조 제3항 및 같은법 시행령 제124조의 8 제4항에서 「법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 법인세과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제신청서를 신청하는 경우에 한하여 적용한다」라고 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 쟁점부동산을 기본재산으로 하여 교육사업을 영위하여 오다가 교육사업에 사용할 O적으로 양도한 사실에 대하여는 처분청과 다툼이 없으나, 청구법인은 쟁점부동산을 양도하여 양도차익에 대한 특별부가세 면제신청서를 그 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 제출하지 않았으므로 전시 법 규정에 의거 이 건 특별부가세의 면제를 배제하여 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 보여지고, (2) 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호에서 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용 토지 등을 국가·지방자치단체에 양도함에 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다」라고 규정하고 있다. 위 법에 의한 양도소득세 등의 면제는 반드시 공공사업용 등 공익상의 필요로 양도하는 경우에만 적용되는 것으로, 여기에서 공공사업이란 토지수용법 제3조 의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업으로서 토지구획정리사업, 재개발사업 및 농지개량사업을 포함하는 것이며, 공공용지 취득 및 손실보상에 관한 특례법의 적용대상이 되는 공공사업용 토지 등을 국가·지방자치단체에 양도하거나 토지수용법 등에 의하여 수용되는 때에는 전시의 법 규정에 의거 양도소득세나 특별부가세가 감면 되는 것이나, 위 특례법의 적용을 받지 아니하는 계약에 의하여 국가·지방자치단체에 토지를 양도하는 때에는 양도소득세나 특별부가세를 과세하도록 하고 있다. (동지 : 재산 01254-684, ’86.2.27) 이 건의 경우를 보면, 청구법인은 쟁점부동산을 서울특별시에 서울특별시의 소유토지와 교환계약에 의하여 양도하였음이 쟁점부동산의 등기부등본에 의거 확인이 되고 있고, 또한 서울특별시는 다시 ’93.5.11 국가와 교환한 것으로 현재는 국가 소유로 되어 있으며 청와대에서 사용하고 있는 공공용지에는 해당되지만 이는 전시의 법 규정에 의한 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법의 규정중 어느 규정에도 적용을 받지 아니하는 계약 즉 공공사업용 토지를 사계약에 의거 서울특별시에 양도한 것으로 보여지고, 또한, 청구법인이 쟁점부동산을 지방자치단체인 서울특별시에 전시법 규정에 의거 양도하였다면 세액면제신청서를 제출하여야 하는데도 이의 이행을 하지 않았으므로 처분청이 쟁점부동산의 양도에 따른 특별부가세의 감면을 배제하고 과세한 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 (1) 쟁점부동산의 양도시기를 교환계약일로 볼 수 있는지 여부 (2) 쟁점부동산의 양도를 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 토지 등을 지방자치단체에 양도한 것으로 보아 그 양도차익에 대한 특별부가세를 감면할 수 있는지 여부 (3) 청구법인의 서울특별시에 양도한 교육사업용 기본재산중 최종 양도한 부동산의 양도일(’93.6.17)이 속하는 법인세과세표준 신고시에 신청한 감면신청을 적법한 것으로 보아 쟁점부동산의 양도차익에 대한 특별부가세를 감면할 수 있는지 여부를 가리는데 있다. 나. 쟁점①에 대하여 (1) 관련법령 법인세법 제59조의 2 제4항(’94.12.22 개정되기 전의 것), 같은법 시행령 제124조의 2 제13항(’94.12.31 개정되기 전의 것)에 의하면, 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법 시행령 제53조 의 규정을 준용하도록 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제53조 제1항(’94.12.31 전면 개정 전의 것)에서 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 부터 등기접수일 까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. 2. 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(이하 생략)」라고 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 1) 청구법인과 처분청이 제출하는 쟁점부동산의 교환계약서, 등기부등본 등에 의하면, 청구법인은 ’87.12.8 서울특별시와 쟁점부동산과 서울특별시 소유인 서울특별시 양천구 O동 OOOOO 대지 19,835㎡(이하 “쟁점외 부동산”이라 한다)를 교환하기로 하면서 쟁점부동산의 가액을 4,005,612,740원으로 쟁점외 부동산의 가액을 3,204,000,000원으로 평가하고, 서울특별시는 교환차액 801,602,740원을 ’88.9.30까지 지급하며 청구법인은 교환차액을 지급받으면 쟁점부동산의 소유권을 서울특별시 명의로 이전등기하기로 하였으며, ’88.10.5 교환차액을 ’89.8.31까지 지급하는 것으로 위 교환계약을 갱신하였음이 확인되고, 청구법인은 위 교환계약에 따라 ’89.9.7 쟁점부동산의 소유권을 서울특별시 앞으로 이전등기하고 ’89.9.8 교환차액을 지급받았음이 확인된다. 2) 그런데 앞에서 본 바와 같이 소득세법 시행령 제53조 제1항에서 부동산의 취득시기 및 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점부동산을 교환계약에 의하여 양도함에 있어 교환차액을 지급받기로 하였으므로 그 교환차액을 지급받은 날을 대금청산일, 즉 양도시기로 보아야 할 것이나, 대금을 청산하기 전인 ’89.9.7 소유권 이전등기를 하였으므로 이 날을 쟁점부동산에 대한 양도시기로 보아야 할 것이다. 따라서, 쟁점부동산의 양도시기를 교환계약일인 ’87.12.8로 보아 이 건 법인세 부과처분이 국세의 부과제척기한이 경고한 후에 있는 위법·부당한 처분이라는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 다. 쟁점②에 대하여 (1) 관련법령 1) 구 조세감면규제법 제57조 제1항(’89.12.30 개정 전의 것)에서 「다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. 1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업용 토지 등을 국가·지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 양도하는 경우 2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용의 경우(이하 생략)」라고 규정하고 있고, 같은법 제4항에서 「제1항 제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의하여 세액을 면제받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액 면제신청서를 제출하여야 한다」고 규정하고 있다. 2) 한편, 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 제1조 에서 「이 법은 공공사업에 필요한 토지 등의 협의에 의한 취득 또는 사용과 이에 따르는 손실보상에 관한 기준과 방법을 정함으로써 공공사업의 원활한 수행과 손실보상의 적정을 기함을 O적으로 한다」라고 규정하고 있고, 같은법 제2조 제2호에서 「공공사업이라 함은 토지수용법 제3조 의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업(토지구획정리사업·재개발사업 및 농지개량사업을 포함한다)을 말한다」고 규정하고 그 제4호에서 「토지 등의 취득이라 함은 공공사업에 필요한 토지 등을 토지수용법에 정한 절차에 의하지 아니하고 협의에 의하여 사업시행자가 취득하거나 소멸시키는 것을 말한다」라고 규정하고 있다. 또한, 토지수용법 제3조 에서 토지를 수용 또는 사용할 수 있는 사업으로 국방·군사에 관한 사업, 국가 또는 지방공공단체가 설치하는 청사, 공장, 연구소, 보건 또는 문화시설, 공원, 광장, 운동장 기타 공공용 시설에 관한 사업을 규정하고 있다. (2) 사실관계 및 판단 1) 쟁점부동산은 앞에서 본 바와 같이 ’87.12.8 청구법인과 서울특별시 사이에 체결된 교환계약에 의하여 ’89.9.7 지방자치단체인 서울특별시 명의로 소유권 이전등기 되고, ’91.10.18 교환을 원인으로 하여 대한민국(관리청 : 총무처) 명의로 소유권 이전되었으며, ’93.12.11 등기명의인인 관리청이 대통령 경호실로 변경등기되었음이 확인된다. 한편, 서울특별시 쟁점부동산을 공공사업용으로 교환 취득하였으며, 쟁점부동산은 청구법인과 서울특별시 사이에 교환계약이 체결되기 전인 ’87.2.16 그 일부가 군부대의 작전시설로 이용되고, ’89.8.20 부터는 경찰청 소속의 청와대 주변 경비병력의 입주시설, 청와대 직원의 주차장 등 공공사업용으로 사용되었음이 관련자료, 관계기관의 회신 등에 의하여 확인된다. 2) 그런데, 앞에서 본 관련법령에서와 같이 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 의한 토지의 취득이란 공공사업에 필요한 토지 등을 토지수용법에 정한 절차에 의하지 아니하고 협의에 의하여 국가, 지방자치단체 또는 사업시행자가 취득하는 것을 의미하고, 이 때 공공사업이라 함은 토지수용법 제3조 의 규정에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업을 의미하므로 지방자치단체가 토지 등을 토지수용법 제3조 에서 정한 공공사업에 사용할 O적으로 취득하는 때에는 형식상 교환계약에 의하여 취득한다 하더라도 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 토지를 취득하였다 할 것이고, 따라서 양도자는 이 법이 적용되는 토지 등을 양도했다고 보아야 할 것이다. 또한, 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 특별부가세 감면은 감면신청을 감면요건으로 하는 것이 아니므로 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 토지 등을 국가 또는 지방자치단체에 양도한 경우에는 특별부가세 감면신청서를 기한내에 제출하지 아니했다 하더라도 그 감면요건이 적법한 때에는 특별부가세가 감면되어야 할 것이다. 이 사건의 경우, 서울특별시가 쟁점부동산을 공공사업용으로 교환취득하였다고 그 취득O적을 확인하고 있고, 쟁점부동산의 일부가 교환계약 체결직전 부터 군부대의 작전시설로 사용되고 교환계약이 체결된 후인 ’89.8.20 부터는 청와대 주변 경비병력의 입주청사, 청와대 직원의 주차장 등 토지수용법 제3조 에서 규정한 공공사업에 사용되었음이 관련자료에 의하여 확인되므로, 쟁점부동산의 양도는 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 토지 등을 서울특별시에 양도한 것으로 보아야 할 것인 바, 그 양도차익에 대한 특별부가세는 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의하여 전액 면제되어야 할 것이다. 따라서, 쟁점부동산이 청와대에서 사용하는 공공사업용 토지 등에 해당되지만 공공사업용 토지가 사계약에 의하여 서울특별시에 양도되고, 세액면제 신청서를 법인세과세표준 신고기한내에 제출하지 아니하였다는 사유로 특별부가세 감면을 배제한 당초처분은 관련법령을 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 라. 쟁점③에 대하여 앞에서 살펴본 쟁점②에서 쟁점부동산의 양도차익에 대한 특별부가세를 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의하여 전액 면제하는 것으로 결정한 바 있으므로, 나머지 청구주장은 심리의 실익이 없어 이에 대한 심리를 생략한다. 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부는 이유있고 나머지는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.