이유
1. 원처분 개요

청구법인은 OO중·고등학교·OO여자중·고등학교를 운영하는 학교법인으로 90.3.1～92.2.28 사업년도 중 동 법인의 기본재산인 경상북도 칠곡군 OO읍 OO리 OOOOOO 외 24필지 답 등 8,445㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점토지를 양도하고

조세감면규제법 제67조의3

및

같은법시행령 제55조의3

규정에 의하여 면제신청서를 제출하지 아니하였다 하여 93.9.16 90.3.1～91.2.28 사업년도분 법인세(특별부가세) 65,741,970원 및 91.3.1～92.2.28 사업년도 법인세(특별부가세) 229,463,090원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.11.1 심사청구를 거쳐 94.1.6 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구법인은 조세감면규제법에 특별부가세 면제규정이 있는지 몰라서 면제신청은 하지 못하였으나

조세감면규제법시행령 제55조의3

에서 규정하고 있는 대로 사용과 취득이 정당하게 되었고 관련된 서류도 공익법인에 관한 제 서류 제출시 처분청에 제출하였고 위 조세감면규제법의 입법취지도 사학의 교육사업용재산에 대하여 세액을 감면하여 준다는 것이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

국세청장은 청구법인이 쟁점토지를 양도한 데 대하여 특별부가세를 면제 받기 위하여는 쟁점토지의 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 하나 이를 제출하지 아니하였으므로 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

학교법인이 소유하는 기본재산인 토지를 교육사업에 공할 목적으로 양도한 경우 특별부가세의 감면신청이 없이도 감면이 가능한지 여부

나. 관련규정

조세감면규제법 제67조의3

제1항 및 제4항과

같은법시행령 제55조의3

제4항에 의하면, 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다.

다. 쟁점토지를 양도함으로써 발생한 소득이 면제 대상인지 여부에 대하여

위 법조에서 본 바와 같이 학교법인의 기본재산인 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득의 면제는 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 함을 그 필수요건으로 규정하고 있으나, 이 건은 청구법인이 쟁점토지를 양도한 90.3.1～92.2.28 사업년도의 과세표준신고시 쟁점토지를 양도함으로써 발생된 소득에 대하여 세액면제신청서를 제출한 사실이 없는 경우이므로(청구법인 스스로도 면제신청한 사실이 없음을 인정하고 있음) 쟁점토지를 양도한 데 대하여 과세된 법인세(특별부가세)를 면제하여야 한다는 청구주장은 이유없다고 판단된다.

라. 이상과 같은 이유로

국세기본법 제65조

제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.