이유
1. 원처분의 요지

처분청은 재단법인인 청구인이

○○

시

○○

구

○○

동

○○

번지상 건축물 2,420.43㎡ 및 그 부속토지 815.4㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 2003.3.26. 취득하고

지방세법 제288조

제2항에 의거 감면신청을 받아 취득세 등을 감면하였으나, 이 사건 부동산의 일부(건축물 551.41㎡ 및 그 부속토지, 이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)를 임대하고 있는 것을 확인하고 임대용 부분에 대하여 그 취득가액 2,106,163,206원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 50,547,910원, 농어촌특별세 4,633,550원과 대도시내 법인설립후 5년이내 취득하는 부동산등기로서 등록세 중과세율을 적용하여

산출한 등록세 227,465,610원, 지방교육세 41,702,020원을 합계한 금액 324,349,090

원(가산세 포함)을 2005.3.14. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 국가로부터 100% 출원을 받아 설립된 비영리법인으로서 정부의 통제권속에 사업의 영속성이 존재하는 것에 비추어 이 사건 부동산 매입당시 정부지원 예산부족으로 임대로 전환하지 않으면 당해 목적사업을 수행할 수 없어 불가피하게 건물일부를 임대한 것이므로 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있고, 또한 관할관청에서 청구인의 법인사업자등록증에 부동산임대업을 추가한 사실에서 쟁점부동산을 임대한 것은 등기부등본상 기타 진흥원의 설립목적을 달성하는 데 필요한 사업에 해당하여 고유목적에 사용하므로 등록세 중과세 제외대상이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 정부전액출자법인이 국고보조금의 지원부족으로 부동산의 매입금액을 충당하지 못하여 부득이 그 일부를 임대한 경우가 정당한 사유가 되는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면,

지방세법 제288조

제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있고, 같은 법 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하지만,

수도권정비계획법 제6조

제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 한 다음

지방세법시행령 제101조

제1항제31호에서 법 제288조제2항의 규정에 의한 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업을 대통령령이 정하는 업종이라고 하고 있으며, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 2002.10.17. 청구인은

문화산업진흥기본법 제31조

의 규정에 의하여 문화산업의 지원·육성을 도모하고 문화콘텐츠를 제작·공급하는 지원체계를 마련함으로써 문화산업 발전과 국가경제에 기여함을 목적으로 법인을 설립하였고, 2003.3.12. 매도자인 (주)

○○

과 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 89억5천만원에 체결하였으나, 2003.3.13. 국고보조금이 85억만원만 교부되므로 그 부족분 대신에 이 사건 쟁점부동산에 대하여 매도자인 (주)

○○

과 전세금 4억5천만원에 임대차계약을 체결하여 현재까지 임대하고 있으며, 2003.3.26. 이 사건 부동산을 취득함과 동시에 감면받아 소유권이전등기를 경료하였고, 2004.12.24. 문화관광부는 청구인에게 정관상 기본재산 총액(약275억원)을 정부에서 전액 출자한 것임을 회신하였으며, 2003.1.17. 및 2004.1.20. 이 사건 부동산중 부족분에 대하여 추가로 국고보조금 교부액(4억5천만원)을 문화관광부에 요청한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 보면,

지방세법 제288조

제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 문화예술단체 등이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 하고 있으며, 같은 법 제138조제1항 등에서 대도시내에서의 법인의 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하나, 법 제288조제2항의 규정에 의한 문화예술단체·체육진흥단체 등이 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업에 대하여는 그러하지 아니하다고 하고 있고, 등기일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 중과세율을 적용한다고 하는 규정들을 종합하여 보면, 비영리사업자라고 하더라도 취득한 부동산을 유예기간내 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접사용하지 않을 경우는 그 부분에 대하여 취득세 등의 추징대상이 될 뿐만 아니라 그 등기한 부동산이 대도시내에서 법인설립이후 5년이내에 취득등기하는 것일 때는 등록세 중과세대상이 된다 할 것인 바, 청구인은 이 사건 쟁점부동산을 임대한 것은 그 설립목적을 위하여 수행하는 사업이라고 주장하므로 이를 보면, 고유사업이나 목적사업의 판단기준은 비영리사업자의 설립목적이나 관련 법령의 입법취지, 그리고 실제의 사용관계 등 제반사항을 기준으로 하여 판단할 것이고 이를 판단함에 있어 그 정관의 규정은 하나의 참고자료에 지나지 아니한다고 할 것(대법원판례 1986.7.22. 선고 86누36 판결)으로서, 청구인의 경우 비록 정관이나 사업자등록증상에 부동산임대업 등이 직·간접적으로 명시되었다고 하나 정부에서 기본재산을 출연하여 문화산업의 지원·육성을 도모하고 문화콘텐츠를 제작·공급하는 지원체계를 마련함으로써 문화산업 발전과 국가경제에 기여함을 목적으로 설립된 법인이므로 그 고유사업은 이러한 설립목적 등에 적합하여야 하는 데 이 사건 쟁점부동산을 임대한 것은 사회통념상이나 위 대법원판례에 비추어 고유사업에 직접사용하였다고 볼 수 없고, 또한, 청구인은 정부전액출자법인인 점에 비추어 국가보조금을 받지 못하여 부득이 이 사건 쟁점부동산을 임대하였으므로 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 관련법령의 입법취지를 충분히 고려하면서 그 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지의 여부, 토지의 취득목적과 경위, 그 취득목적과 규모에 비추어 이를 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1994.11.18. 선고 93누2957 판결)이므로, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 취득할 당시 국고보조금을 취득가격보다 적게 교부받아 그 차액만큼 매도인에게 이 사건 쟁점부동산을 임대하였고, 그 후 2차례에 걸쳐 주무관청에 국고보조금을 요구한 사실이 있는 데, 이렇게 주무관청에서 이 사건 쟁점부동산의 임대에 따른 등록세가 중과세되는 등의 사정을 알고서도 국고보조금을 교부하지 않는 사유가 정당한 사유에 해당된다고 보는 것은 법령의 엄격해석의 원칙(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 참조)상 지나친 확대해석이라고 할 수 있으므로 처분청에서 이 사건 취득세 및 등록세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 30.

행 정 자 치 부 장 관