이유
1. 원처분개요

청구법인은 서울시민교통 서비스 향상 및 교통발전에 기여함을 목적으로 설립된 비영리법인으로 운수종사자의 교통훈련 및 연수 등에 관련된 사업과 회관의 대관·임대·예식장 및 직매장운영등 수익사업을 겸영하고 있으며, 임대 및 예식등 수익사업에 대한 1992.1.1～12.31 사업년도 법인세 신고시 사무국 직원의 급여상당액 895,659,960원을 전액손금으로 계상하였다.

처분청은 사무국직원의 인건비 895,659,960원중 수익사업에 종사한 직원인 임대부 1명, 예식장부 7명 합계 8명의 인건비 82,374,080원은 수익사업에 직접 관련된 비용으로 손금으로 인정하고 나머지 사무국 직원에 대한 급여상당액 813,285,880원은 주로 비영리사업에 관련된 비용으로 보아 손금불산입하고, 매월 정액으로 지급된 판공비 30,000,000원은 사용목적이 정함이 없이 사용인 별로 매월 정액으로 지급한 것으로 이를 사용인에 대한 근로소득으로 보아 1996.6.18 1992사업년도 법인세 419,542,700원 및 갑종근로소득세 6,642,790원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1996.8.13 심사청구를 하였고 심사청구결과 수익사업과 관련된 사무국직원의 인건비를 건물사용면적 비율에 따라 안분하여 손금산입하도록 결정함에 따라 1992사업년도 법인세가 48,303,030원으로 경정되었고 청구법인은 다시 이에 불복하여 1996.12.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

1) 청구법인의 조직은 정관의 규정에 따라 교통연수원과 사무국으로 구분되어 있고, 교통연수원은 운수종사자의 교육훈련과 관련된 비영리사업 부분을 관장하고 있으며 사무국은 건물의 관리 및 임대와 이에 부수되는 수익사업을 관장하고 있음에 따라 비영리사업과 수익사업을 겸영하고 있지만 비영리사업과 수익사업이 명확히 구분됨에 따라 관련인건비도 각각 구분 경리해 왔는데 사무국의 인건비를 공통손금으로 간주한 처분은 잘못이고 또한, 양 사업의 수입금액을 비교해 볼 때, 수익사업분야의 수입금액이 단연 크므로 법인세법기본통칙 1-1-12...1(비영리내국법인의 급여액등의 구분계산)의 “수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종사원에 대한 급여상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당액 전입액을 포함한다)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 한다”고 한 규정에 의거 사무국직원의 인건비를 전액 수익사업의 손금으로 인정해야 함에도 이를 건물사용면적 비율에 따라 안분계산하여 손금에 산입한 과세처분은 잘못이다.

2) 청구법인이 지급한 판공비는 사단법인의 정관규정에 근거하여 이사회 결의와 총회의 결의를 거쳐 주무관청인 서울특별시장의 승인을 받아 집행한 것으로서 인건비와 구분되는 것이고 청구법인의 부장급이상 관리자에게 지급하면서 비영리사업의 경우 교통분야의 서비스 수준향상을 위한 운수종사자 교육등 고유목적사업의 실시를 위해 지급하였고, 수익사업의 경우 부대사업인 임대, 예식, 주차, 직매점운영 등의 관장을 위해 지급하였으며 판공비 지급시 사용목적과 지급기준을 정한 “판공비 지급품의”에 의거 지급하였으므로 이를 근로소득으로 본 처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장의견

1) 첫째, 관리과는 인사주임, 노무관리주임, 임대기획주임, 타자원, 문서담당, 운전원이 있으며, 업무내용을 보면 인사주임은 임·직원의 인사 및 복무업무를 담당하고 있고 노무관리주임은 건물전층의 순찰점검, 지하주차장 점검, 회관청소등 일반관리업무를 담당하며, 임대기획주임은 구내식당관리, 사무실의 대관 및 임대업무등을 담당하고 있음이 “업무일지”에 의하여 확인되고, 또한 경리과의 경리주임 및 경리담당은 용도 및 일반회계를, 예식주임 및 예식담당은 예식장 관련 업무를 수행하고 있음이 “업무일지”에 의하여 확인되므로 관리과와 경리과의 임대주임 1명과 예식주임 1명 및 예식담당 6명 합계 8명에 대한 급여상당액은 처분청이 인정한 바와 같이 청구법인의 수익사업에 직접 근로를 제공한 것으로 보아 수익사업의 비용으로 손금산입한 당초처분은 정당하다.

둘째, 시설부의 경우는 설비과는 설비주임 및 설비담당, 영선주임 및 영선담당, 자동제어주임 및 자동제어담당이 있고, 기계 및 건축시설물에 대한 유지관리, 기계설비, 각종 위생, 냉·난방업무를 수행하고 있음이 “업무일지”에 의하여 확인되며, 전기과는 전기주임 및 담당, 방재주임 및 담당, 통신주임 및 담당, 승강기주임이 있고 전기설비, 방화시설물, 통신시설물 등의 업무를 담당하고 있음이 “업무일지”에 의하여 확인되며

위의 업무일지와 같이 시설부직원은 모두가 기술직으로 고유목적사업인 연수원 및 임대로 인한 입주업체의 편의제공을 위한 위생, 냉·난방 및 전기시설물의 보수관리등 수익사업과 비영리사업에 함께 사용되는 건물전체를 유지관리하고 있는 바, 이 경우 당해사업별 인건비는 사업별로 사용되는 건물면적에 비례하여 발생한다고 봄이 합리적이라 할 것이므로 청구법인이 사용하고 있는 건물총연면적중 비영리사업인 교통연수원이 사용하는 건물면적과, 예식장, 임대등 수익사업에 사용되는 건물면적을 재조사하여 시설부직원의 급여상당액 379,927,090원중 수익사업에 사용되는 건물면적에 해당하는 급여상당액은 수익사업에 관련된 비용으로 보아 손금산입함이 타당하다.

셋째, 비상계획과의 업무내용을 보면, 경비원들은 4일간격으로 교대로 일부는 주차료징수 업무를 수행하고 일부는 건물전체의 경비업무를 수행하고 있음이 “주차장업무일지”와 “경비원근무일지”에 의하여 확인되므로 주차료징수업무를 수행한 경비원의 경우 주차장업무일지에 의하여 연간 실제근무일수와 주차료징수 업무를 수행한 일수를 재조사하여 연간 실제근무일수에서 주차료 징수업무를 수행한 일수에 상당하는 급여상당액은 손금에 산입함이 타당하며 “경비원근무일지”를 보면 경비원들은 건물전체에 대한 경비업무를 제공한 것으로 비영리사업과 수익사업에 함께 근로를 제공하고 있으며 이 경우 사업별 인건비는 사업별로 사용되는 건물면적에 비례하여 발생한다고 봄이 합리적이라 할 것이므로 경비원의 연간 총급여상당액 186,426,110원에서 위의 주차료징수 업무와 관련되어 손금으로 인정된 급여상당액을 차감한 나머지 금액중에서 수익사업에 사용되는 건물면적에 해당하는 급여상당액은 수익사업에 관련된 비용으로 보아 추가로 손금산입함이 타당하다.

넷째, 사무국직원중 임대주임 1명, 예식담당 7명과 경비원 및 시설부직원을 제외한 나머지 사무국장, 부국장, 관리부장, 관리과장, 경리과장, 인사주임, 관리노무주임, 문서담당, 운전원, 타자원, 경리주임, 경리담당, 비상계획과장, 안내원(이하 “나머지 직원”이라 한다)도 청구법인의 수익사업과 관련하여 일부 근로를 제공하였다고 봄이 타당하므로 나머지 직원의 급여상당액을 직접 및 간접 근로를 제공한 직원의 총급여상당액중 위의 첫째, 둘째, 셋째와 같이 수익사업에 관련된 비용으로 인정된 금액에 상당하는 금액은 수익사업에 관련된 비용으로 손금에 산입함이 타당하므로 사무국직원의 총급여상당액 895,659,960원에서 수익사업에 대한 직접 및 간접 근로를 제공한 직원 급여상당액의 합계 648,727,280원(시설부 379,927,090원, 비상계획과 186,426,110원, 임대 및 예식부 8명 82,374,080원)을 차감한 나머지 직원의 급여상당액 246,932,680원중 직접 및 간접 근로를 제공한 직원의 급여상당액(648,727,280원)에서 위의 첫째, 둘째, 셋째의 수익사업에 관련된 비용으로 인정된 금액의 비율에 해당하는 급여상당액은 나머지 직원의 수익사업에 관련된 비용으로 추가로 손금에 산입함이 타당하다.

2)

법인세법시행령 제44조의 2

의 규정에서 기밀비 지급기준이라 함은 당해 기밀비가 업무와 관련하여 사용되는 것이 입증될 수 있는 정도의 사용목적과 사용인 별로 지급할 수 있는 한도액이 정하여진 것을 말하며 사용목적을 정함이 없이 사용인별로 지급한도액만을 정한 경우에는 지급기준이 없는 것으로 본다(법인세법기본통칙 2-13-13...18의2)고 규정되어 있고, 임원등에게 정액으로 지급한 금액은 기밀비 명목으로 지급하였더라도

법인세법시행령 제44조의 2

제1항에 규정하는 기밀비로 보지 아니한다(기본통칙 2-13-14...18의 2)고 규정하고 있는 바, 청구법인이 부장급이상 관리직에게 지급한 기밀비인 판공비는 사용목적을 정함이 없이 매월 정액으로 지급하였으므로 이를 근로소득으로 보아 원천징수한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1) 비영리법인의 수익사업에 직접 종사하는 직원을 제외한 나머지 직원에 대한 급여를 건물사용면적 비율에 따라 안분계산하여 손금 시·부인을 한 처분의 당부

2) 지급기준이 없는 월정액판공비를 당해 근로자의 근로소득으로 보아 갑종근로소득세를 원천징수한 처분의 당부

나. 관련법령

1)

법인세법 제1조

제1항에서는 “비영리내국법인은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다”고 규정하고 있고,

같은법시행령 제2조

제4항에서는 “비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다”고 규정하고 있다.

같은법시행규칙 제24조

제1항에서는 “영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다”라고 규정하고 있고

같은법시행규칙 제25조

제1항에서는 “영 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 이외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 같다)이 없는 경우나 기타사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타사업의 공통익금은 수익사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

3. 수익사업과 기타사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타사업의 개별손금액에 비례하여 안분한다”라고 규정하고 있다.

법인세법기본통칙 1-1-12...1 【비영리내국법인의 급여액 등의 구분계산】에서는 “수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당금전입액을 포함한다)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 이를 비영리사업에 속한 비용으로 한다”고 규정하고 있다.

2)

법인세법시행령 제44조의 2

제1항 본문에서는 “법 제18조의 2 제3항에 규정하는 기밀비는 법인의 정관·사규 또는 주주총회·사원총회나 이사회의 결의로 그 지급기준이 정하여지고 그 기준에 의하여 실지로 지급된 금액으로서 다음 각호의 금액의 합계액을 한도로 한다”라고 규정하고 있고 그 제2호에서는 “제1항의 기밀비에는 일정한 기준에 의하여 정액으로 지급되는 금액은 포함하지 아니하는 것으로 한다”라고 규정하고 있으며

법인세법기본통칙 2-13-14...18의 2 【정액기밀비의 처리】에서는 “임원등에게 정액으로 지급한 금액은 기밀비명목으로 지급하였더라도 영 제44조의2 제1항에 규정하는 기밀비로 보지아니한다”라고 규정하고 있다.

소득세법 제21조

제1항 제1호의 규정에 의하면 “근로의 제공으로 인하여 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여”를 갑종근로소득으로 규정하고 있음을 알 수 있고

동법시행령 제43조

에서는 “법 제21조 제5항에 규정하는 근로소득의 범위에는 다음 각호의 금액을 포함한다”라고 규정하면서 그 제1호에서 “기밀비(판공비를 포함한다. 이하 같다)·교제비·직무별봉 기타 이와 유사한 명목으로 지급한 것으로서 사업을 위하여 사용된 것이 분명하지 아니한 급여”를 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

1) 청구법인은 교통부령 제437호(1972.12.1) 및 서울시 운수OOOOOOOOO(1978.2.21)에 의하여 서울시민교통 서비스 향상 및 교통발전에 기여함을 목적으로 설립된 사단법인으로 청구법인의 정관규정을 보면 직제가 교통연수원과 사무국으로 크게 구분되어 있고, 교통연수원은 운수종사자의 교통훈련 및 연수등에 관련된 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)을 관장하고 있으며 택시신규취업 및 보수교육비등 교육부과금 등의 비영리사업의 수입이 있고, 사무국은 예식, 임대, 대관, 직매점등과 청구법인의 일반적인 제반업무를 처리하면서 임대료수입, 관리비수입, 이자수입, 주차료수입, 대관료수입, 예식수입(이하 “수익사업”이라 한다)이 있으며 비영리사업과 수익사업에 대하여 각각 독립된 장부에 의하여 구분경리하고 있다.

청구법인은 1992사업년도 법인세 신고시 세무조정을 함에 있어서 일반관리비중 사무국직원의 인건비의 비용배분을 전부 수익사업에 관련된 것으로 보아 손금산입하였고 인건비를 제외한 나머지 경비는 비영리사업과 수익사업에 사용한 건물사용 면적비율에 의하여 공통경비로 안분계산하여 신고하였고 처분청은 사무국직원에 지급한 인건비 895,659,960원중 임대부 1명, 예식부 7명 합계 8명의 인건비 82,384,080원만 수익사업에 관련된 비용으로 인정하고, 나머지 직원에 대한 인건비 813,276,880원은 비영리사업에 관련된 비용으로 보아 손금불산입하였다.

이에 대한 청구인의 심사청구 결과 청구주장이 일부 받아들여져서 위에서 보는 바와 같이 비상계획과 직원중 주차료 징수업무를 수행하는 경비원의 급여중 주차료 징수업무 수행일수(통산 5805일중 2346일)에 상당하는 급여액을 안분계산하여 손금산입하였고 나머지 경비원 급여는 수익사업 사용건물면적 비율에 의거 안분계산하여 손금산입하였으며 시설부 직원의 급여는 총건물면적중 수익사업 사용면적 비율에 의거 안분계산하여 손금산입하고 나머지 직원의 급여는 위의 직원의 손금산입전 급여액중 손금산입액이 차지하는 비율을 적용하여 안분계산하여 손금산입함에 따라 당해사업년도의 사무국 직원 총 인건비 895,659,960원중 754,203,520원이 손금산입되는 결과가 되었다.

청구법인은 이에 대하여 사무국직원이 주로 수익사업을 담당하므로 전체 인건비(895,659,960원)가 손금산입되어야 한다는 주장이나 사무국직원이 주로 수익사업을 담당하였는지 여부가 객관적으로 입증되지 아니하고 있으며 청구법인이 당해사업년도 법인세를 신고하면서 건물의 수익사업 사용면적비율로 안분된 금액을 사무국 직원의 퇴직급여충당금으로 스스로 계상한 사실이 나타나고 있는 점이나 법인세법시행규칙에서 공통손익의 계산방법의 하나로 건물사용면적을 예시하고 있는 점등에 비추어 볼 때 심사청구결정에 따라 처분청이 적용한 공통손금 계산방법은 타당한 것으로 판단된다.

2) 청구법인은 당해년도중 부장급이상 관리직원에게 특별판공비 및 기관운영판공비 명목으로 총 30,000,000원을 지급하고 이를 비영리사업부문의 비용으로 배분하여 신고하였고 처분청은 이를 근로소득으로 보고 원천징수분 갑종근로소득세를 과세하였다.

청구주장에 의하면 판공비지급시 사용목적과 지급기준을 정한 “판공비지급품의”에 의거 지급하였다고 하나, “판공비 지급품의”에는 사용목적이 정해져 있지 아니하며 청구법인은 판공비가 사업을 위하여 사용되었는지를 입증하지 못하고 있고 매월 직급별로 정액(기관운영판공비의 경우 국장 400,000원, 부국장 200,000원, 부장 100,000원등) 지급한 점등으로 미루어 보아 그 실질내용은 급여보전성 지출로 보인다.(국심 95경810, 1995.7.1 같은 뜻임)

따라서, 이 건 심판청구는 청구주장 이유 없다고 판단되어

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.