이유
1. 사실

청구법인은 천주교에 귀의한 수녀들이 정관에 명시된 전교, 교육, 의료, 자선등의 사업을 수행하고 있는 법인인 바,

83년도에 OOO의과대학 부속 OO병원의 건물을 청구외 OO건설주식회사에 도급주어 신축하고서 그 지급하여야 할 공사대금중 1,000,000,000원을 청구법인의 소유인 부천시 OO동 OOO외 2필지 소재 대지 4,969.7평방미터(이하 “이 건 토지”라고 한다)로 대물변제키로 약정하고, 87.OO.24.자로 이 건 토지의 소유권을 위 건설회사에게 이전등기경료해 준데 대하여,

처분청은 청구법인이 이 건 토지를 천주교 활동을 위한 고유목적사업에 직접 사용한 것이 아니라 위 OO병원 직원의 복리후생용 체육시설(테니스장 및 배구장)로 사용하였고, 또 법소정기간내에 특별부가세 면제신청서를 제출한 바도 없다 하여 비과세 및 면세를 배제하고 89.7.18. 청구법인에게 87사업년도(1.1-12.31)분 법인세(특별부가세) 389,281,980원 및 동 방위세 60,256,480원을 결정고지하였다.

2. 청구법인 주장

가. 주청구

이 건 토지는 천주교 선교용에 사용된 토지로 비과세되어야 한다. 청구인은 이 건 토지를 당초 천주교신자로부터 무상기증(1967.1.30) 받아 1967년부터 1983년까지 청구법인이 운영하는 보육원 및 양로원의 급식용 벼 및 채소류를 경작하였고 1983년이후 부천시의 토지구획정리사업에 의하여 인근농경지가 주거지로 도시화됨에 따라 농작물경작이 불가능한 상태에 이르렀던 중 인접한 부천시 OO동 OOO에 1983년 OOO의과대부속 OO병원을 신축 개원하여 의료시혜를 베풀면서 위 병원내에 수녀원을 건축하여 동 수녀원에 기거하는 300명의 수녀들로 하여금 위 병원의 간호원 또는 간병인으로 종사케 함으로써 천주교를 선교하여 오고 있는 바,

청구법인은 위 병원내의 수녀원에서 사용할 복리 체육시설용 여유토지가 없어 수녀원과 인접한 이 건 토지에 테니스장 및 배구장을 설치하여 수녀들의 체육시설로 활용하다가 이를 양도한 것이니,

이 건 토지의 경우, 천주교 선교사업에 직접 이용된 토지로 보아 당해 양도차익에 대한 특별부가세를

법인세법 제59조의 3

제1항 제17호의 규정에 의거 비과세하여야 한다는 주장이다.

나. 예비적 청구:

청구법인은 제1항의 비과세처리를 구하는 청구외에 처분청이 부과결정문에서 언급한 바와 같이 양도토지는 수익사업, OO병원 종업원의 체육시설(테니스장 및 배구장)로 2년이상 사용하였으므로

법인세법 제59조의 3

제2항 제2호에 의한 업무용토지이며, 양도한 토지대금으로 다른 고정자산(OO병원건물)을 취득하였으므로 이 건 특별부가세는

법인세법 제59조의3

제2항 제2호의 규정에 의거 면제하여야 함에도 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 양도하고 위 같은법 같은조 제3항의 규정에 의한 면제신청이 없었다는 이유로서 이 건 특별부가세를 과세하였으나,

청구법인이 양도한 이 건 토지는 공익법인의 설립, 운영에 관한 법률 제11조에서 규정하고 있는 기본재산으로 그 토지의 처분은 정부(문화공보부)에 신고하여 인가받아 매각하였고, 또한 정부로부터 매각처분 인가시에 매각대금의 용도를 OOOO병원 신축건물 공사대금지급에만 사용하도록 지정된 조건이었고, 그 인가조건대로 집행하였는 바,

청구법인이

법인세법 제59조의 3

제3항 및

동법 시행령 제124조의 6

제4항에 의한 특별부가세 면제신청서를 처분청에 제출한 바 없더라도 문화공보부장관에게 제출한 기본재산 양도인가신청서를 법인세법상의 특별부가세 면제신청서로 갈음하여 이 건 특별부가세를 면제하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 이 건 토지가 수녀원의 복지시설로 이용하다 양도한 고유목적사업용 토지라고 주장하고 있으나,

청구법인이 처분청에 제출한 부동산양도에 따른 증빙서류(성재 OOOOOOOO, 89.2.20)중 이 건 토지관리내역서에 의하면, 이 건 토지는 부천시 OO동 OOO 소재 OO병원의 복지시설로서 테니스장과 배구장을 설치하여 병원직원들의 복지시설로 사용하여 오다가 OO병원 건축비중 미불금 1,000,000,000원 대신 대물변제하였음을 알 수 있고, 또한 87.9.15자 한국감정원의 이 건 토지에 대한 감정평가서에도 테니스장과 나대지상태임을 확인하고 있어 청구법인의 고유목적사업에 사용한 토지가 아니고 병원의 수익사업에 속한 토지임을 알 수 있고, 의료법인 병원은

법인세법 제1조

제1항 제2호에 규정된 비영리법인의 수익사업으로 법인세납세의무가 있고 동조 제5항의 규정에 의한 특별부가세 납세의무가 있음을 알 수 있어 청구법인의 주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 쟁점은 이 건 토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 이용된 토지인지 여부를 가리고,

예비적 청구로서 법 소정기간내에 특별부가세 면제신청이 없어 특별부가세의 면제를 배제한 당초처분이 적법한지를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

가. 주청구에 대하여:

먼저 관계법령을 보면,

법인세법 제59조의 3

제1항 제17호에서 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 양도함으로써 발행하는 소득”에 대하여는 특별부가세를 비과세하도록 규정하고 있음을 알 수 있다.

다음으로 이 건 토지가 청구법인의 고유목적에 직접 사용하였는지를 살펴보면, 청구법인은 이 건 과세처분에 앞서 처분청에 제출한 89.2.20.자 회신공문(성재 OOOOOOOO, 부동산 양도에 따른 증빙서류제출)에서 이 건 토지를 OO병원의 복리시설로서 테니스장 및 배구장을 설치하여 병원직원의 체육시설로 사용하다가 양도하였음을 청구법인 스스로 밝힌바 있음에도 위 공문내용을 이 건 심판청구에 이르러서 아무런 반증 제시없이 부인하고 막연히 수녀원의 체육시설로 사용하였다고만 주장하고 있음을 볼 때,

이 건 토지의 경우 달리 반증없는 한 OO병원직원의 복리후생용 체육시설로 사용하다가 양도하였다고 봄이 상당하다 하겠다.

그렇다면, 이 건 토지는 청구법인의 천주교선교활동등 고유목적사업에 직접 사용된 토지가 아니라 할 것이므로 처분청이 그 양도소득을 전시 법조에 의한 비과세소득으로 보지 아니하고 이 건 특별부가세를 과세한 당초처분은 정당하고 이를 다투는 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

나. 예비적청구에 대하여:

먼저 관련법 규정을 보면,

법인세법 제59조의 3

제2항 제2호에 의하면, 양도일까지 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용(목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있고, 동 제3항에 의하면, 위 제2항의 면제규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있는 바,

위 규정들을 종합 고찰하여 보면, 조세의 부과나 면제에 관한 조세법 규정은 그것이 실체적 요건에 관한 것이든 절차적 요건에 관한 것이든 엄격하게 해석되어야 하고 또 그렇게 하는 것이 과세의 형평을 기하고 납세자의 재산권을 보호하는 방패가 된다고 할 것이어서 특별부가세를 면제받으려면

법인세법 제59조의 3

제3항 소정의 특별부가세 면제신청을 하여야 하고, 만일 이와 같은 면제신청을 하지 아니하였다면 위 규정이 단순한 협력의무를 부과한 것이 아니어서 그 특별부가세는 면제되지 아니한다고 해석된다(대법원 85누609, 86.12.9 동지).

그렇다면, 이 건의 경우 청구법인이 이 건 토지를 양도하고

법인세법 제59조의 3

제3항 및

같은법 시행령 제124조의 6

제4항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청을 하지 아니한데 대하여 처분청이 전시 법조에 의거 이 건 특별부가세를 면제 배제함은 적법한 것으로 판단되고,

이와 다른 견해로서 청구법인이 이 건 토지를 양도하기 위하여 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제11조 제3항에 의거 문화공보부장관에게 기본재산 양도인가신청서를 제출한바 있으니 동 신청서를 법인세법상의 특별부가세 면제신청서로 갈음하여야 한다는 주장은 아무 법적 근거없는 주장으로 이유없다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.