이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.8.26.부터 2016.4.25.까지 OOO일대 24필지 토지 190,924㎡(OOO택지개발사업지구 내 토지, 이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 지목변경공사를 하고, 그 공사비용 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO(가산세 포함)을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 이 건 토지의 지목변경 공사비용은 OOO임에도 청구법인이 OOO에 대하여만 취득세 등을 신고.납부하였다고 보아 2018.1.9. 청구법인에게 그 차액 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지의 지목변경 공사비용으로 산정한 OOO은 외부감사인의 감사를 받아 적정성을 인정받은 청구법인의 법인장부를 기초로 하여 개별 토지(이 건 토지의 개별필지를 말한다)의 지목변경일 현재 투입된 공사비용을 OOO택지개발사업지구 내 지목변경 대상 토지 면적 6,769,978㎡(OOO택지개발사업부지 6,772,950.7㎡에서 변전소부지 2,973㎡를 제외한 면적, 이하 “이 건 사업면적”이라 한다)으로 나누어 산정한 1㎡당 조성원가에 이 건 토지의 면적을 곱하여 산출한 금액의 합계액으로 지방세법령에 따라 타당하게 산정되었다 할 것임에도 처분청이 아무런 근거 없이 OOO택지개발사업계획 당시 작성한 택지조성원가서(예정원가)에 기재된 용지조성비 등 약 OOO을 택지조성원가(분자)로 하고, 이를 이 건 사업면적(분모)으로 나누어 산출한 OOO을 1㎡당 조성원가로 산정한 후, 여기에 이 건 토지의 면적 190,924㎡을 곱한 OOO을 이 건 토지의 지목변경 공사비용으로 하여 청구법인이 신고한 OOO과의 차액인 쟁점비용 OOO에 대해 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 처분청의 1㎡ 당 조성원가 산출방법이 적법하다고 하더라도 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액을 말하는 것이므로 쟁점금액 중 이 건 토지의 취득시기 이후 발생한 비용은 이 건 토지의 취득가격에서 제외하여야 한다.

나. OOO의견

(1) 청구법인의 주장과 같이 개별토지의 지목변경일 현재 투입된 총 공사원가를 OOO택지개발사업부지 면적(6,772,950.7㎡)으로 나누어 1㎡당 조성원가를 산정하고, 여기에 개별 토지의 면적을 곱하여 지목변경에 따른 공사비용을 산출하는 경우 투입되는 공사원가(분자)는 계속 증가하는데 OOO택지개발사업부지 면적은 고정되어 취득시기가 먼저 도달한 필지가 다른 필지보다 그 공사비용이 낮게 산정될 뿐만 아니라 실제 지목변경 공사가 이루어지지 않은 토지도 공사 중인 토지에 포함되어 1㎡당 조성원가가 실제 보다 낮게 책정되어 결국 지목변경이 이루어진 토지의 가치증가분을 정당하게 반영한다고 볼 수 없는바, 청구법인이 산출하여 신고한 이 건 토지의 지목변경 공사비용은 받아들일 수 없다.

(2) 또한, 처분청이 산출한 1㎡ 당 조성원가는 이 건 사업면적을 택지로 조성하는 경우 예상되는 일종의 추정원가로서 이를 전제로 이 건 토지의 지목변경에 따른 공사원가를 산출하는 것 또한 적법하지 않다 할 것이므로 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 법인장부 등으로 입증되는 취득가격이 없다고 보아 사실상 지목이 변경된 때를 기준으로 지목변경 후 시가표준액에서 변경 전 시가표준액을 뺀 금액으로 하여야 한다. 따라서 이 건 취득세 등은 취소한 후, 시가표준액을 기준으로 산출한 과세표준으로 다시 부과 하여야 한다.

다. 처분청 의견

(1) OOO택지개발사업지구의 택지조성원가서(예정원가)에 기재된 총 사업비는 추정원가이기는 하나 객관적이고 공정한 방법으로 산정되어 청구법인이 토지조성공사를 하면서 실제 투입하였거나 투입할 공사 비용과 유사하다 할 것이고, 처분청은 택지조성원가를 기준으로 1㎡조성원가를 산정한 후 여기에 이 건 토지의 면적을 곱하여 지목변경 공사비용을 총 OOO으로 산출한 것이므로 이와 같은 산정 방법은 정당하다.

(2) 이 건 토지와 같이 해당 필지별로 지목변경 공사비용을 알 수 없을 때에는 지목변경 전.후의 시가표준액의 차액으로 지목변경에 따른 취득세 과세표준을 결정하는 것 보다 처분청의 산정방법이 훨씬 합목적적이라 할 것이고, 만일 처분청이 산정한 1㎡ 당 조성원가가 실제와 다른 것으로 확인된 경우 그 차이는 향후 경정청구 또는 수정신고 등을 통하여 해결할 수 있으므로 처분청이 산정한 방법을 기준으로 이 건 토지의 취득세 과세표준을 산정하여 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하며, 처분청이 산정한 조성원가는 실제 투입된 비용과 유사할 뿐만 아니라 전체 비용이므로 개별토지의 지목변경 후 투입된 조성원가는 지목변경의 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준이 적법하게 산출되었는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO택지개발사업은 OOO등이 OOO일대 6,753,452.9㎡를 택지로 개발하는 사업으로서 총 사업비는 OOO이고, 그 단계별 시행 시기는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ OOO택지개발사업지구 단계별 시행 시기

구분

1단계

2단계

1공구

2공구

3공구

4공구

면적(6,773㎢)

2,044㎢

2,480㎢

1,523㎢

726㎢

준공(예정)일

2017.12.31.

2017.12.31.

2020.12.31.

2020.12.31.

(나) 청구법인은 이 건 토지의 지목변경일(취득시기)은 개별필지의 사용승낙일이나, 개별필지별로 지목변경에 따른 공사비용을 정확히 산정할 수 없다는 이유로 개별필지의 지목변경일 현재 투입된 택지조성 공사비용을 OOO택지개발사업 부지의 면적(6,772,950.7㎡)으로 나누어 1㎡ 당 조성원가를 산정하고, 여기에 개별토지의 면적을 곱하여 산출한 금액을 개별필지별 지목변경에 따른 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고.납부하였으며, 그 산식은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 토지의 1㎡ 당 조성원가 산출 산식

(다) 처분청은 청구법인이 사용한 ＜표2＞의 산식은 공사 진척도를 고려하지 않고, 실제로 지목변경공사가 이루어지지 않은 토지를 포함한 OOO택지개발사업부지 전체를 분모로 함에 따라 1㎡당 조성원가가 실제 보다 낮게 산출되었을 뿐만 아니라 같은 사업공구 내 토지라 하더라도 사용승낙일에 따라 투입된 공사비가 달라서 사용승낙일을 빨리 받은 토지의 경우 뒤에 사용승낙을 받은 토지에 비해 1㎡당 조성원가가 과소 산출되므로 청구법인이 신고한 지목변경에 따른 취득세 과세표준을 그대로 신뢰할 수 없다는 의견이다.

(라) 처분청은 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준을 산출하기 위하여 청구법인이 신고한 OOO택지개발사업계획(수정계획 포함) 수립 당시 작성한 택지조성원가서(예정원가)에서 확인되는 용지조성비, 용지부담금, 기반시설비를 지목변경공사의 직접비용으로 하고, 직접인건비, 일반관리비, 자본비용, 기타비용 중 일부를 간접비용으로 하여 OOO택지개발사업지구 내 토지의 지목변경에 따른 총 공사비용을 약 OOO으로 하고, 이를 이 건 사업면적으로 나누어 1㎡당 조성원가를 OOO으로 산정한 후, 여기에 이 건 토지의 면적 190,924㎡을 곱한 OOO(＜표3＞의 합계액 OOO이 정확한 금액으로 보인다)을 이 건 토지의 지목변경비용으로 산출하였으며, 청구법인과 처분청이 산출한 이 건 토지의 지목변경에 따른 과세표준 및 그 차액은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 이 건 토지의 지목변경에 따른 과세표준 비교

(단위 : 원)

(마) 국토교통부장관이 2017.12.31. OOO택지개발사업지구 1단계(1.2공구)토지의 준공허가를 함에 따라 청구법인은 이 건 토지를 제외한 나머지 토지에 대하여 1㎡당 조성원가를 약 OOO만원으로 하여 지목변경에 따른 취득세 등을 신고.납부하였으며, 이 건 토지의 지목변경 이전과 이후의 시가표준액 차액은 1㎡ 당 평균 OOO으로 처분청의 산정한 금액OOO의 약 5배에 이르는 것으로 나타난다.

(2)

「지방세법」제10조

제3항에서 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 취득세 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제17조에서 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하되 그 단서에서 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO택지개발사업과 같이 대규모 택지개발사업지구 내 개별필지의 지목변경 비용을 일일이 산정하기 어려운 경우 지목변경에 따른 총 공사비용을 지목변경 대상 토지의 면적으로 나누어 1㎡ 당 조성원가를 산정한 후 이를 기준으로 개별필지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준을 산출하는 것이 합리적이라 할 것이나, 청구법인은 ＜표2＞와 같이 개별필지 별 지목변경일 현재 투입된 공사원가를 OOO택지개발사업지구 내 전체 면적으로 나누어 1㎡당 조성원가를 산정하였는데, 이 경우 분자인 공사원가에는 지목변경 공사가 실제로 이루어진 부분에 대한 원가만 포함된 반면 분모는 OOO택지개발사업지구 내 전체 토지로 하여 1㎡당 조성원가가 실제 보다 과소 산출되었다 할 것인바 이를 그대로 신뢰하기 어렵고, 처분청이 산정한 지목변경에 따른 총 공사비용 약 OOO은 추정원가일 뿐 법인장부 등으로 입증되는 비용이 아니므로 이를 기준으로 산출한 1㎡당 조성원가 역시 이 건 토지의 지목변경에 따라 발생한 비용과는 차이가 있다고 할 것이며, OOO택지개발사업은 국가의 토지개발정책에 따라 토지 개발 등에 경험이 많은 청구법인이 시행하는 대규모 개발사업으로 택지조성비용 등은 외부감사인의 회계감사를 받는 청구법인의 장부에서 입증된다 할 것이므로 지목변경 전과 후의 시가표준액의 차액을 이 건 토지의 지목변경에 따른 과세표준으로 삼을 수도 없다고 판단된다.

(4) 따라서, 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 과세표준은 처분청이 청구법인의 법인장부를 재조사하여 2017.12.31.을 기준으로 OOO택지개발사업지구 1단계(1공구, 2공구)에 투입된 택지개발공사비(직접비용과 간접비용 합계)를 산출한 후 이를 1단계 사업지구의 면적(4,524,000㎡)으로 나누어 1㎡당 조성원가를 산정하고, 여기에 이 건 토지(개별필지)의 면적을 곱하여 산출한 금액으로 하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「지방세기본법」제96조

제6항,

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제7조[납세의무자 등] ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

제10조[과세표준] ③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

(2) 지방세법 시행령

제17조[토지의 지목변경에 대한 과세표준] 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따라 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장·군수가 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조[취득가격의 범위 등] ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 금융회사의 금융거래 내역 또는「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제32조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.