이유
1. 사실

청구법인은 대구직할시 수성구 OO동 OOOOO에 소재한 학교법인으로서 학교법인의 기본재산인 대구직할시 남구 OO동 OOOOOO OO 학교용지 17평방미터, 같은곳 OOOOOO OOO 도로 258평방미터, 같은곳 OOOOOO OOO 대지 10평방미터, 같은곳 OOOOOO OOO 대지 20평방미터, 같은곳 OOOOOO OOO 학교용지 136평방미터, 같은곳 OOOOO 대지 734평방미터를 54.12.20 취득, 같은곳 OOOOO 학교용지 34,290평방미터 및 동 지상건물 3,320.63평을 64.2.15 취득하여 위 토지 및 건물을 85.3.17 주식회사 OO주택에 6,050,000,000원에 양도(위 건물은 양도전에 멸실)한 후, 양도 및 취득가액을 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여 특별부가세분 방위세 135,795,OOO원(특별부가세는

법인세법 제59조의 3

제2항 제3호의 규정에 의하여 면제)을 신고 및 납부하자,

처분청은 토지 및 건물의 양도가액 계산은 실지거래가액으로, 취득가액 계산에 있어서, 토지는 환산가액(75.1.1 의제취득일), 건물은 75.1.1 기준시가로 양도차익을 결정하여 89.1.6자로 청구법인에게 특별부가세분 방위세 326,392,130원을 경정고지하였는 바,

청구인은 이에 불복하여 89.2.14 심사청구를 거쳐 89.5.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

법인세법 제59조의 2

제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각 양도가액과 취득가액으로 보도록 하였는데 그에 의하면, 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우는 물론 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우에도 두 가액 모두를 기준시가로 하여 양도차액을 계산하여야 하는 것으로 해석되며, 법인세법에서는

소득세법 시행령 제170조

제1항 단서와 같은 규정이 달리 없으므로 이 건 토지의 양도 및 취득가액 모두를 기준시가로 하여 양도차익을 계산하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

이 건의 경우, 청구법인이 토지·건물과 부동산에 관한 권리를 양도함으로써 발생하는 양도차익을 계산함에 있어 양도당시의 실지거래가액은 확인할 수 있으나 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 청구주장과 같이 양도 및 취득가액 모두를 기준시가에 의할 것이 아니라 양도가액은 실지거래가액에 의하고, 취득가액은

소득세법 시행령 제115조

제1항 제1호 “다”목 소정의 기준시가로 하여 양도차익을 계산하여야 하는 것으로

법인세법 제59조의 2

제3항 및

같은법 시행령 제124조의 2

제6항의 규정에 의하여 해석되므로 이와 같은 방법으로 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 이 건 양도차익을 계산한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건의 다툼은 청구법인이 이 건 토지를 74.12.31 이전에 취득하여 법인에게 양도한데 대하여, 양도가액은 실지거래가액, 취득가액은 환산가액으로 양도차익을 계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다고 할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 처분경위와 청구법인의 주장을 살펴보면, 청구법인이 이 건 토지를 54.12.20 및 64.2.15 취득하여 85.3.17 주식회사 OO주택에 6,050,000,000원에 양도한데 대하여 처분청은 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 양도차익을 계산하여 이 건 과세하자, 청구법인은 이 건 토지의 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 이 건 관련법령을 보면,

법인세법 제59조의 2

제3항 본문에서 양도차익은 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있으며,

동법 시행령 제124조의 2

제6항에서는 위의 기준시가는

소득세법 시행령 제115조

에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 있다.

또한 법인세법 부칙 제7조(법률 제3473호, 81.12.31)는 74.12.31 이전에 취득한 것은 75.1.1 취득한 것으로 보도록 규정하고 있고, 동법 시행령 부칙 제8조(대통령령 10666호, 81.12.31)는 74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 하되 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전의 취득일로부터 74.12.31까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는그 많은 금액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있는 바,

청구법인의 경우, 이 건 토지의 취득은 74.12.31 이전으로서 75.1.1 현재의 시가는 확인되지 않고 있고, 또 청구법인이 이 건 토지를 실지로 취득한 가액이 밝혀지지 아니하므로 이 건 토지의 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여야 할 것인바, 이 경우 75.1.1 현재의 기준시가에 의한 취득가액은 실지거래가액이라고 볼 수는 없으므로 결국 취득가액은 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당된다고 하여야 할 것이다.

한편,

소득세법 시행령 제170조

제1항 단서에는 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나의 실지거래가액을 확인할 수 없는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 동령 제115조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 기준시가에 의하여 결정하도록 규정하고 있으나,

법인세법 시행령 제124조의 2

제6항은 기준시가는

소득세법 시행령 제115조

의 규정하는 기준시가에 의한다고만 규정하고 있을 뿐 법인세법과 그 시행령의 어느 조항에도

소득세법 시행령 제170조

제4항 제1, 2호의 거래유형에 따른 양도차액 계산방법을 규정한

동법 시행령 제170조

제1항 단서와 같은 조항이나 또는 위 소득세법 시행령의 조항을 준용한다는 규정이 없음은 분명하므로 법인세 특별부가세의 양도차익 계산방법을 규정한 위 법인세법 및 그 시행령의 해석적용에 있어서는 비록 그 거래유형이 위

소득세법 시행령 제170조

제4항 제1, 2호의 그것과 유사한 것이라 하더라도 조세법률주의의 원칙상 위 시행령 제170조 제1항 단서를 준용하거나 이를 유추적용할 수 없다 할 것이다(동지 대법원 88누6269, 88.12.13).

따라서 청구법인의 경우는

법인세법 제59조의 2

제3항 단서의 규정을 어떻게 해석 적용하느냐가 문제된다 하겠으므로 위 규정을 살펴보면, 전시한 바와 같이 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 결정하도록 규정하고 있는 바,

양도가액과 취득가액이 불분명한 경우란 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 해석되므로 이 건과 같이 양도당시의 실지거래가액만 확인되고 그 취득가액이 불분명한 경우에는 위 규정에 따라 위 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 산정하여야 하며, 이와 달리 불분명한 쪽의 가액은 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 하고 다른쪽 가액은 실지거래가액에 따라 산정함은 형평상 허용되지 않는다고 보아야 하겠다.

따라서 이 건 토지의 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가에 의하여 평가한 의제취득가액으로 하게 되어 실지취득가액이 불분명하다면, 양도가액이 실지거래가액으로 밝혀진다 하더라도 두 가액을 모두 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 수 밖에 없다고 할 것이어서 이 부분 청구주장은 이유있다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.