쟁점시스템은 청구법인의 기존 업무시스템 일부를 신기술 기반으로 재구축하고 양질의 서비스를 고객에게 제공하여 기술적 측면에서 기존보다 향상된 것으로 보일 뿐, 기본적으로 ‘기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형.무형의 설비’라는 ‘ERP 등 시스템’의 본질적 속성과 다른 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 일반은행 업무 및 외국환업무와 신탁업무 등을 영위하고 있는 여신전문금융회사로서 2015~2016사업연도 중 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)에 차세대 전산시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 개발 및 구축을 위하여 개발위탁비용인 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 지출하였다. 나. 청구법인은 당초 법인세 신고 시 쟁점비용에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제(이하 “연구개발비세액공제”라 한다)를 적용하지 아니하였다가, 쟁점비용이 연구개발비세액공제 적용대상에 해당한다고 주장하며, 2021.3.31. 2016사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.5.31. 경정청구 거부통지 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점시스템 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 조세심판원 및 법원도 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 인정한 바 있다. 조특법상 연구개발활동이란 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의되는바( 조특법 제9조 제5항), 조세심판원에서는 차세대시스템 개발 관련 비용의 성격에 대하여 지식정보기술을 바탕으로 카드, 보험, 금융 등 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경 등에 불과한 것은 아니라고 판단한 바 있다(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등 다수 결정 참조). 또한 법원에서는 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비가 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발비에 해당한다고 판시하였고(대법원 2014.9.4. 선고 2014누7459 판결), 그 후에 선고된 대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결에서도 금융기관의 차세대시스템 구축에 소요된 위탁비용이 연구개발비세액공제 대상이라는 전제 하에 재수탁업체의 전담부서 보유 여부를 불문하고 재위탁 비용도 연구개발비세액공제 대상에 해당한다고 판시하였다. 청구법인의 쟁점시스템 개발은 2010.1.1. 이후 이루어진 것이기는 하지만, 기존 대법원 판단 등에 비추어 여전히 기술적 진전을 위한 것이므로 연구개발에 해당한다는 점에 대해서 이견이 있을 수 없다. 다만, 조특법 제9조 제5항에서 구체적인 연구개발의 범위를 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 별표 6에서는 ERP시스템 개발은 연구개발비세액공제의 대상에서 제외하고 있으므로 이 개정과 관련된 점만 문제된다고 할 것이다. (2) 2010.2.18. 조특법 시행령의 개정으로 인하여 모든 시스템 개발비용이 연구개발비세액공제 대상에서 배제되는 것이 아니다. (가) 개정의 배경 등을 감안하였을 때 조특법 시행령 [별표6]은 모든 시스템이 아니라 ERP시스템 개발비용을 연구개발비세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다. 조특법 시행령 [별표6] 개정 당시의 기획재정부의 의사는 연구개발비세액공제 대상이 되는지 논란이 있던 ERP시스템 관련 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외하고자 함에 있었다. 기획재정부는 ERP시스템 도입 위탁비용이 연구개발비세액공제 대상이 되는지 명확하지 않고, 다만 실무상으로는 이를 위탁 연구개발비의 일종으로 해석하여 운용하고 있어 당해 비용을 세액공제 대상에서 제외하는 것을 명문화하기 위해서 [별표6]을 개정하였다. 2010년 [별표6] 개정 당시의 생산성 향상 투자세액공제 관련 규정에는 ERP가 대상 중 하나로 규정되어 있었는데, 당시 기획재정부는 ERP 도입비용이 생산성향상투자세액공제와 연구개발비세액공제 대상에 중복 해당한다는 문제의식을 가지고 있었고, 이를 해결하기 위하여 연구개발비세액공제 대상에서 이를 제외하는 내용을 명문으로 규정하였다. 따라서 [별표6]도 동일한 표현을 사용하여 ERP시스템을 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 규정하게 되었다. 그렇다면, 2010년의 조특법 시행령 [별표6]의 개정으로 세액공제 대상에서 제외되는 비용은 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입 비용을 의미하는 것이라고 해석되어야 하고, 그 범위는 생산성향상투자세액공제의 대상이던 ERP의 범위와 동일하다고 해석되어야 할 것이지, 당해 개정으로 모든 시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 배제할 것을 그 목적으로 하였다고 볼 수는 없는바, 조세심판원도 연구개발비세액공제 대상에서 제외되는 비용은 자산 취득행위에 해당하는 ERP 등으로 한정한다는 점을 명확히 하고 있다(조심 2009서3678, 2010.9.1. 등 참조). 아울러 ERP에 대하여, (ⅰ) ERP가 연구개발비세액공제 대상이 되지 않는다는 유권해석이 나온 시점(법인세과-1006, 2009.9.14.; 법인세과-1007, 2009.9.14.)과 (ⅱ) 조특법 시행령 [별표6]에서 ERP를 제외한 시점(2010.2.18.), (ⅲ) 조세심판원에서 ERP가 세액공제 대상이라고 인정한 시점(조심 2009서3678, 2010.9.1.) 및 (ⅳ) 생산성 향상 세액공제의 범위에서 제외한 시점(2010.12.27.)을 비교하여 보면, 2010년의 [별표6] 개정 취지는 ERP시스템 도입비용은 Software 구입비용의 일종인 단순자산 취득행위에 불과하여, 더 이상 모법인 조특법이 연구개발비의 대상으로 규정한 “기술적 진전을 이루기 위한 활동”으로 보기 곤란하기 때문에 연구개발비세액공제 대상으로 볼 수 없기 때문이라는 점을 알 수 있다. 나아가 현행 조특법 역시 아래에서 보는 바와 같이 각각의 설비 또는 시스템에 대하여 그 설비 및 시스템의 내용에 따라, 세액공제의 내용 및 취지에 따라 여러가지 세액공제의 혜택을 부여하고 있으며, 시스템 투자 전부를 일괄적으로 각 세액공제 대상에서 제외하고 있지 않다. 즉, 이들 설비 및 시스템은 ERP와 대등하거나 병렬적으로 존재하는 것이지, ERP에 포함되거나 그에 종속되는 개념이 아닌 것이다. ＜표1＞ 조특법 상의 설비 또는 시스템

구 분	정 의
전자상거래설비 (법 제5조의2 제2호)	전자적 형태로 수요예측ㆍ수주(受注)ㆍ용역제공ㆍ상품판매ㆍ배송ㆍ대금결제ㆍ고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비
생산공정정보화 시스템 (시행령 제4조의2 제2항 제2호)	생산설비를 전자화하고 생산공정을 정보화하기 위한 시스템
기업간 정보공유시스템 (시행령 제4조의2 제2항 제3호)	제품생산정보ㆍ재고정보 등의 상호교환, 공동설계, 공동구매 등을 위한 기업간 정보공유시스템
통합지원 소프트웨어 (시행령 제4조의2 제2항 제4호)	인사, 급여, 회계, 원가관리, 재고, 재무, 판매, 영업, 자재조달, 물류 등 2 이상의 단위업무를 통합지원하는 소프트웨어
판매시점 정보관리 시스템설비(법 제5조)	「유통산업발전법」에 따른 판매시점 정보관리 시스템설비
정보보호 시스템설비 (법 제5조)	「국가정보화 기본법」 제3조 제6호에 따른 정보보호시스템에 사용되는 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비
공급망 관리 시스템 설비(법 제24조)	자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비
고객관계관리 시스템 설비(법 제24조)	고객자료의 통합ㆍ분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비
물류 프로세스 관리 시스템 설비(법 제24조)	구매ㆍ주문관리ㆍ수송ㆍ생산ㆍ창고운영ㆍ재고관리ㆍ유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비

(나) 전산시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 제외하면 OOO(안드로이드시스템), OOO(안드로이드 페이 시스템, 클라우드 시스템) 등을 따라잡기 위해 국내기업들이 지출한 연구개발비도 세액공제 대상에서 제외된다는 비상식적인 결론에 이르게 된다. 국내 굴지의 한 기업은 스마트폰에 탑재하는 안드로이드 시스템 사용료의 명목으로 OOO에 2013년 한 해에만 OOO 원의 로열티를 지급하였고, OOO은 OOO에서 이루어진 연례개발자 회의에서 클라우드 시스템, 안드로이드 페이 시스템의 개선된 기능을 공개한 바 있다. 위와 같이 현실적으로 기업들의 연구개발활동은 전산시스템 개발을 위주로 이루어지는데, 전산시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 제외하면 위와 같은 전산시스템 개발비용도 세액공제 대상에서 전부 제외되는바, 그러한 해석은 현실을 도외시한 것으로 도저히 수긍하기 어렵다. 당초 조특법에 연구개발비세액공제를 두고 있는 입법취지는 국내 기업들의 연구개발활동을 촉진하여 기업경쟁력 강화를 지원하기 위한 것인데, 사실상 모든 시스템 개발비용을 연구개발비세액공제 대상에서 제외한다면 이는 연구개발을 장려하고자 도입된 조특법 규정의 입법취지에도 배치된다. (다) 이 건 쟁점비용에 대하여 연구개발비세액공제를 적용할 수 없다고 보는 것은 조특법 제9조 제5항에도 반하는 해석이다. 조특법 제9조 제5항은 연구개발에 대하여 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있다. 앞서 본 바와 같이, 금융기관의 전산시스템 위탁개발용역은 조특법상의 연구개발에 해당함에도 불구하고 조특법의 하위 규정에 해당하는 조특법 시행령 [별표6]의 규정을 모든 시스템 개발비용을 연구개발비세액공제의 대상에서 제외한다고 해석하는 것은 상위 규정을 형해화하는 해석으로서 허용될 수 없다. 만약 ‘시스템’에 해당하는 것을 위탁개발하는 비용과 관련하여, 이를 모두 세액공제 대상이 아니라고 해석한다면 제조업체들의 생산관리시스템이나 공장자동화 시스템 개발 비용 등도 역시 세액공제의 대상에 해당할 수 없다는 이상한 결론으로 귀결되게 된다. 제조업체들은 생산시스템을 자동화하여 고품질의 소량 맞춤형 제품을 생산이 가능하게 하고 생산비용을 절감하며 불량률을 낮추고 있는데, 이러한 시스템의 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동임에 분명하고 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해짐에도, 관련 비용이 전산시스템과 관련이 있다는 이유로 이를 모두 세액공제에서 배제하여야 하게 된다. 그러나 이는 연구개발비세액공제 규정을 사실상 사문화시키는 해석이며, 결국 시행령 규정으로 법에서 정한 세액공제 규정을 형해화하는 결과를 초래한다. (라) 조특법 규정을 엄격해석 하더라도 청구법인의 쟁점비용은 연구개발비세액공제의 대상이다. 조특법 시행령 [별표6]은 ERP 등을 연구개발비세액공제 대상에서 제외하고 있는데, 이는 ERP와 유사한 시스템을 연구개발비세액공제 대상에서 제외하라는 의미로 해석된다. “등”은 의존명사로서, “그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말”로 쓰이는데, 법에서 세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 “시스템”이라 규정하지 아니하고 “전사적 기업자원 관리설비ERP 등 시스템”이라 규정한 것은, ERP 및 이와 유사한 시스템만을 연구개발비세액공제 대상에서 제외하는 것으로 보아야 한다(법원이나 조세심판원도 “등”의 의미를 위와 같이 판단하고 있음). 이외에도 “등”의 의미를 “모든”이라는 의미로 이해한다면, 그 의미가 불명확하여 납세자로서는 도대체 어떤 행위가 과세대상인지 여부를 예측하기 어렵게 되며 이러한 입법은 결국 조세법률주의에도 위배된다고 할 것이다. (3) 쟁점시스템의 구축활동은 정형화된 ERP 등의 구축과 구분되는 연구개발활동이다. 기업의 ERP 개발을 위한 위탁비용은 연구개발비세액공제에서 제외되는데, 이는 ERP 등 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 판단되기 때문이다(조심 2009서3678, 2010.9.1.). 그러나, 쟁점시스템의 도입목적은 청구법인 내부의 자원관리를 위한 것이 아니라 고객에게 맞춤형 서비스를 제공하고 실시간 정보를 획득하여 궁극적으로는 은행으로서 청구법인의 경쟁력을 확보하기 위함이었다. 그렇기 때문에 쟁점시스템은 기간계, 정보계, 인프라 등 고객 접점에 있는 시스템을 의미하고, 청구법인은 약 2∼3년의 기간에 걸쳐 ① 고객 데이터의 통합, ② 상품개발 시스템 및 여수신 업무 시스템 구축, ③ 대외업무 시스템 구축의 내용으로 쟁점시스템을 개발에 성공하게 된 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 조특법은 연구개발비세액공제 대상에서 ERP시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외하도록 명확하게 규정하고 있다. 조특법 제10조 제1항은 “각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(괄호생략) 또는 법인세에서 공제한다”라고 연구·인력개발비 세액공제에 대하여 규정하고, 같은 법 제9조 제2항 제1호에서 연구개발 중 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 위한 연구개발의 경우 자체연구개발비용만 해당한다”는 단서 조항을 규정하면서, “연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용”이라고 그 비용의 범위를 시행령에 위임하였다. 이에 조특법 시행령 제8조 제1항은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 조특법 시행령 [별표 6]의 비용을 말한다.”라고 정하며 조특법 시행령 [별표 6]에 해당되는 비용만이 연구개발비 세액공제를 적용받을 수 있음을 명확하게 규정하고 있고, 연구개발비 세액공제 적용대상에서 “ERP시스템 등 시스템 개발 위탁비용”은 제외하도록 조특법 시행령이 2010.2.18.자로 개정되었다. (2) 청구법인의 쟁점시스템 구축활동은 조특법 상의 연구개발에 해당하지 않는다. 조특법 제9조 제5항에서 규정하고 있는 “연구개발”의 개념에 대해 법원은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’이라고 정의하고 있고, ‘기존에 이미 상용화·사업화된 기술 수준을 벗어나지 못하고 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였거나 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것이 아닌, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 연구개발에 해당한다’라고 판시한 바 있다(서울행정법원 2020.5.8. 선고 2018구합82267 판결 참조). 2013년도부터 구축이 시작된 금융기관의 차세대시스템은 OOO가 2011년에 MDD(모델중심개발)방식으로 자체 개발한 금융비즈 솔루션을 적용하여 설계한 것으로서 MDD의 정의와 같이 정형화된 모델을 표준으로 하여 금융업무의 기술적 측면에서 효율성과 편리성을 단순히 향상시킨 것에 불과하다. 또한 청구법인이 쟁점시스템을 구축한 2014년부터 2016년까지는 동종의 금융기관에서 앞 다투어 차세대시스템을 도입하였던 시기로서 이미 상용화된 MDD 기술을 적용하여 설계한 차세대시스템을 청구법인의 기존시스템에 맞게 보완 또는 변형하여 쟁점시스템을 재구축한 것에 불과하므로 이를 조특법 상의 연구개발에 해당한다고 볼 수는 없다. (3) 쟁점비용은 조특법 상 연구개발비세액공제 대상에서 제외되는 “ERP 등 시스템 개발위탁비용”에 해당한다. 청구법인은 연구개발비세액공제 대상에서 제외하는 “ERP 등 시스템 개발위탁비용”은 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입비용만으로 한정해야 하고 모든 전산시스템을 제외하여서는 안된다고 주장하고 있다. 그러나 2010.2.18. 자로 “ERP 등 시스템 개발위탁비용”을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하게 된 배경은, 기존에 금융·보험업과 연관된 협의의 ERP가 최초로 개발되는 과정에서는 연구개발위탁비용 세액공제가 인정되기도 하였으나 그와 같은 시스템이 널리 채택되고 범용화 됨에 따라 세액공제 등을 통한 지원을 계속할 필요성이 감소한 점, 연구개발의 측면에서 동종 업체들이 본질적으로 유사한 기능을 하는 업무효율화 시스템을 갖추기 위하여 지출하는 위탁비용까지 전부 세액공제의 대상에 포함시키는 것은 세액공제의 취지에 부합하지 않는 점에 있다(서울행정법원 2020.5.8. 선고 2018구합82267 판결 참조). 또한 조세심판원에서도 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 현행 조특법은 주로 중소기업들이 소규모로 투자하는 ERP에 대해서는 ‘생산성향상시설 투자세액공제’ 및 ‘연구개발비 세액공제’를 모두 배제하고 있는데 주로 대기업들이 대규모로 투자하고 ‘차세대’라 명명한 시스템에 대해서는 그것이 ‘ERP 등 시스템’에 해당하지 않아 연구개발비세액공제를 적용할 수 있다고 하는 것은 조세형평에 부합하지 아니하는 점 등을 들어 연구개발비세액공제 적용대상이 아니라고 결정한 바 있다(조심 2018서4968, 2019.5.13.). 청구법인이 구축한 쟁점시스템은 위 (2)에서 살펴본 바와 같이 기존의 업무시스템 일부를 신기술 기반으로 재구축하여 업무의 효율성을 높이고 고객들에게 양질의 금융서비스를 제공하여 사업경쟁력을 확보하기 위한 것으로서, 기술적 측면에서만 다소 향상되었을 뿐 동종의 금융업계에서 사용하는 전산시스템과 유사하며 이는 일반기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용하는 ERP시스템의 본질적 속성과 차이가 없으므로 조특법상 연구개발비세액공제 대상에서 제외하여야 한다. (4) 서비스 관련 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만이 세액공제 대상이므로 청구법인의 지출한 쟁점비용은 이에 해당하지 않는다. 청구법인의 쟁점시스템은 상품·서비스 개발, 고객정보 관리 및 맞춤형서비스 제공 등 금융관련 업무를 보다 효율적으로 운영하여 고객에게 더 나은 서비스를 제공하기 위한 전산시스템으로서, 조특법 제9조 제2항 제1호 연구개발비용 중 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다”의 단서규정 상 서비스 분야의 연구개발은 자체 개발비용만을 세액공제대상으로 한정하고 있어 청구주장과 같이 쟁점시스템이 금융환경변화에 발맞춘 고객맞춤 서비스를 제공하기 위한 것이라면 쟁점비용은 원천적으로 세액공제 대상에서 배제되어야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 차세대 전산시스템 개발위탁비용인 쟁점비용이 조특법 제10조 에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용대상인지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례) 대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신 촉진법」제18조 , 「산업기술혁신 촉진법」제19조 및 「정보통신산업 진흥법」제44조 제1항에 따라 2015년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」제32조 및 「법인세법」제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전사적(全社的) 기업자원 관리설비"라 한다) 2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전자상거래설비"라 한다) 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) ①내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설 2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비 6. 자재조달·생산계획·재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "공급망관리 시스템설비"라 한다) 7. 고객자료의 통합·분석, 마케팅 등 고객관계를 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각기간이 2년 이상인 설비(이하 "고객관계관리 시스템설비"라 한다) 8. 구매·주문관리·수송·생산·창고운영·재고관리·유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비 9. 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인이 보유하고 있는 지식을 체계화하고 공유하기 위한 지식관리시스템 등 대통령령으로 정하는 시스템 (2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

구 분	비 용
1. 연구개발	나. 위탁 및 공동연구개발 1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)

[별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 AAA와 차세대시스템 구축계약을 체결한 후, 차세대 하드웨어·스토리지·네트워크·소프트웨어 등 쟁점시스템 일체를 구축하여 제공받기로 하고 개발위탁비용으로 아래 ＜표2＞와 같이 2015년 7월부터 2016년 12월까지 6회에 걸쳐 쟁점비용(OOO원)을 지급하였으나, 당초 법인세 신고시 쟁점비용을 연구개발비세액공제 대상에서 제외하였고, 이후 쟁점비용에 연구개발비세액공제 대상에 해당한다는 이유로 2015사업연도 법인세 OOO원[쟁점비용 중 OOO원에 대한 증가분(40%) 방식 적용금액]과 2016사업연도 법인세 OOO원[쟁점비용 중 OOO원에 대한 증가분(40%) 방식 적용금액]의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 거부통지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2015사업연도분에 대하여는 2021.3.26., 2016사업연도분에 대하여는 2021.3.31. 이 건 심판청구를 제기하였다. ＜표2＞ 쟁점비용 지급 내역 (단위 : 억원) OOO (나) 조특법 제5조의2 에서는 중소사업자가 정보화 사업을 위해 투자한 일정 출연금에 대한 과세특례를 부여하면서 투자대상 중 하나로 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’(ERP)를 규정하였는데, 이때 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’에 대하여 “구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비”로 정의하고 있다. (2) 연구개발비 세액공제 및 ERP 등 투자에 대한 세제지원 관련 조특법 개정 경위는 다음과 같다. (가) 2008.12.26. 조특법 개정시 제9조 제5항에 “연구개발이란 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동”이라는 연구개발의 개념정의를 신설하였는데 당시에는 그 개념을 과학기술분야로만 한정하였다가, 2011.12.31. 개정시 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다”고 하여 연구개발세제지원을 서비스 분야로까지 확대하였고 이때 서비스분야는 과학기술분야와는 달리 자체 연구개발비에 대해서만 지원하는 것으로 그 범위를 제한하였다. (나) 조특법 제5조의2 에서 “중소사업자가 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 지급받아 관련 설비에 투자하는 경우 그 투자금액을 손금에 산입”할 수 있도록 하는 과세특례를 부여하면서 투자대상 관련 설비로 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비(ERP)’ 및 전자상거래설비, 생산 공정정보화시스템 등을 정하고 있다. (다) 내국인이 생산성향상시설(공정 개선 및 자동화 시설, 전자상거래 설비, 공급망관리시스템 설비, 고객관계관리 시스템설비 등)에 투자하는 경우 조특법 제24조 (생산성향상시설 투자에 대한 세액공제)에 따라 투자금액의 3%(중소기업 7%)의 세액공제가 가능한데 2010년까지 세액공제대상이었던 ERP 및 전자상거래설비는 이미 상용화된 설비임을 이유로 하여 2011.1.1. 이후 투자분부터 세액공제대상에서 제외되었다. (라) 연구개발비 세액공제대상은 조특법 시행령 [별표6]에서 열거하고 있는데, 2010.2.18. 시행령 개정시 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정하였고 이는 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용하도록 하였는데, 당시 개정요강을 보면 동 개정안은 연구개발비 세액공제대상 비용을 합리적으로 조정하기 위해 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용 제외”를 명문화한 것으로 확인된다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템 개발이 금융회사의 선진 금융서비스를 구현하기 위한 기술개발 활동으로서 쟁점비용은 연구개발비 세액공제대상에 해당한다고 주장하나, 2010.2.18. 조특법 시행령 개정 시 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)하였는데, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구·인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 ‘ERP 등 시스템 개발 위탁비용’으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 현행 조특법은 주로 중소기업들이 소규모로 투자하는 ERP에 대해서는 ‘생산성향상시설 투자세액공제’ 및 ‘연구·인력개발비 세액공제’를 모두 배제하고 있는데, 주로 대기업들이 대규모로 투자하고 ‘차세대’라고 명명한 시스템에 대하여 그것이 ‘ERP 등 시스템’에 해당하지 않는다고 보아 연구개발비세액공제 대상으로 취급하는 것은 조세형평성 차원에서 타당하지 아니하다고 보이는 점, 쟁점시스템은 청구법인의 기존의 업무시스템 일부를 신기술 기반으로 재구축하고 양질의 서비스를 고객에게 제공하여 사업경쟁력을 확보하기 위한 것으로서 기술적 측면에서 기존보다 향상된 것으로 보일 뿐, 기본적으로 ‘기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형·무형의 설비’라는 ‘ERP 등 시스템’의 본질적 속성에서 벗어나 있다고 보기 어려운 점 등에서 처분청이 쟁점비용을 조특법 시행령 [별표6]에서 연구개발비세액공제 대상의 예외로 규정하고 있는 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2021광4986, 2022.10.19. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.