청구인과 이 건 양수인이 매매대금을 **억원으로 하여 매매계약을 체결하고 이를 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고한 후 부동산 등기부 매매거래가액에 기록한 점, 이 건 양수인은 매매대금을 **억원으로 할인하였다는 데 대하여 미동의하고 있고 쟁점정화비를 청구인의 오염책임에 대한 부담분으로 인식하고 있는 것으로 보이는 점, 토지환경보전법 등에 따라 청구인이 토지를 사용하면서 오염시킨 토지를 정화·복구하는 비용은 자본적 지출에 해당하지 않는 것(2020서8585, 21.1.27.)으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

이유

1. 처분개요 가. 청구인은 경기도 화성시 OOO 토지 1,579㎡(주유소용지, 이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 319.4㎡(쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점주유소”라 한다)를 주식회사 A(이하 “이 건 양수인”이라 한다)에게 임대하여 오다가, 2020.2.21. 이 건 양수인에게 쟁점주유소를 양도한 후, 2020.4.29. 양도가액 OOO원, 필요경비 합계 OOO원(취득가액 OOO원, 자본적 지출액 OOO원, 양도비 OOO원)으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고납부하였다. 나. 처분청은 2023.2.9.∼2023.2.28. 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래 ＜표＞과 같이 청구인이 신고한 필요경비를 부인하여 2023.5.23. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. ＜표＞ 청구인의 양도소득세 신고내용 및 처분청 조사결과 (단위: 원)

양도소득세 신고내용		조사결과
구분	금액	조사내용
양도가액	OOO	OOO	적정 여부
필요경비 계	OOO	OOO
자본적지출액 (토지오염정화비)	OOO	-오염된 주유소 토지 기능 원상 복구비(확인자료: 매매계약서, 매수자 진술, 견적서, 등기 가액)	부
자본적지출액 (세차기수리비)	OOO	-세차기 수리비, 판관비(소모품비)로 계상 소득세 신고	부
자본적지출액 (토지정밀조사용역비)	OOO	-주유소 토지 오염 정화 검사비, 판관비(수수료)로 사업소득 반영 소득세 신고(확인자료: 세금계산서, 거래 전표 및 손익계산서)	부
양도비 (중개수수료)	OOO	-판관비(수수료)로 사업소득 반영 소득세 신고	부
취득가액	OOO	-부동산 매매계약서, 전소유자 신고금액, 취ㆍ등록세 영수증	여

다. 청구인은 자본적 지출액 중 토지오염 정화비 OOO원(이하 “쟁점정화비”라 한다)의 필요경비 부인에 불복하여 2023.7.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) (주위적 청구) 매매계약서상 양도가액은 OOO원이나, 청구인은 쟁점정화비를 제외한 OOO원만을 매매대금으로 수령하였으므로 이를 양도가액으로 하여야 한다. (가) 청구인은 이 건 양수인과 매매계약을 체결하면서, 매매대금은 OOO원으로 하되, 쟁점정화비를 청구인이 부담하여 잔금에서 공제하기로 하였고, 처분청도 세무조사 시 청구인이 쟁점정화비를 수령하지 않고 이 건 양수인이 토지 정화 공사를 계약ㆍ집행한 사실을 확인하였다. (나) 주유소를 매매할 때 양도자는 토양 오염검사를 실시하여야 하고, 문제 발생 시 소유자 또는 운영자는 약품정화나 토양반출 등을 통하여 그 토양을 정화해야 할 의무가 있는바, 토양 오염검사 결과, 오염이 확인됨에 따라, 당초 구두 약정된 양도가액에 대한 조정이 필요하게 되어 많게는 수억원의 비용과 긴 시간이 소요되는 토양정화의 책임을 계속 사업할 이 건 양수인에게 지도록 하면서, 하자 있는 토양을 복원하도록 쟁점정화비를 할인(에누리)하기로 합의하여 매매대금 OOO원만을 수령하게 된 것이다. 이는 추후 토양정화에 대한 다툼을 방지하기 위해 매매계약서에 토지정화비를 기록한 것이고, 만약 토양정화 후에 양도하는 조건이면 양도가액에서 쟁점정화비를 공제하지 않았을 것이며, 계약 당시 필요경비 문제가 발생할 것을 알았다면 실제 받을 수 있는 금액으로 계약을 하였을 것이다. (다) 조세심판원 및 법원 역시 분양하는 부동산을 분양가액보다 할인하여 판매한 경우, 일관되게 명목가액(계약가액)이 아닌 할인된 후의 금액을 실지취득가액으로 인정하고 있다(조심 2014중2849, 2014.8.20., 수원지방법원 2012.6.22. 선고 2011구합10950 판결 등). (라) 청구인과 이 건 양수인이 작성한 임대차계약서에 의하면, 임대차 기간 중에 토양오염이 발생하면 사용자인 임차인이 책임지기로 하였는바, 청구인은 쟁점정화비를 토지 원상회복에 대한 책임 부담에 따라 지급한 것이 아니라, 향후 오염정화에 대한 책임을 이 건 양수인에게 완전하게 넘기면서 이에 대한 법적 다툼이 없도록 ‘오염의 정화비용 부담’이라는 용어를 사용하여 ‘에누리(할인)’해 주었던 것이다. 실제로, 쟁점토지에 대한 오염정화용역은 전적으로 이 건 양수인의 책임으로 진행되었고 그 대가도 이 건 양수인이 지급하였다. (마) 「소득세법」상 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액은 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 하되, 매출에누리는 총수입금액에 산입하지 않는다. 통상 물건에 하자가 있다면 취득자는 물건가액에서 하자비용 상당을 제외하여 매수할 것이고, 판매자가 사전에 수선을 하여 매도한다면 수선비를 반영하여 판매가를 높게 정하는 것이 일반적인 상관행일 것인데, 이 건의 경우 하자(변질, 파손) 있는 부동산을 하자 상당액에 대한 할인(에누리)을 통하여 거래를 성사시켜 매도를 한 경우에 해당된다 할 것인바, 이러한 경우 실질거래가액은 변질, 파손 등으로 직접 공제된 금액(에누리)을 반영한 금액이라 할 것이므로 양도가액을 할인 이후의 가액인 OOO원으로 보는 것이 정당하며, 이렇게 하는 것이 정화비용을 이 건 양수인이 처리하게 됨으로써 회계적이나 법률적으로나 경제적 실질에서나 좀 더 합리적이라 할 것이다. (바) 처분청은 쟁점정화비가 청구인이 부담해야 하는 것이므로 양도가액을 매매계약금액 OOO원으로 하여야 한다는 의견이나, 처분청 의견대로라면, 하나의 과세물건에 두 개의 가격이 형성되는 오류가 발생한다. 청구인은 처분청에 실지거래가액을 무시하고 항상 계약액(명목가액)으로 결정할 것인지, 또 이 건 양수인의 취득가액은 어떻게 결정할 것인지, 쟁점정화비는 누구의 비용으로 처리하는 것이 옳은지 의견을 명확하게 해줄 것을 요청하였으나, 지금까지 처분청은 의견을 명확하게 내놓지 아니하고 있다.

구분	처분청 의견		청구인 주장
	청구인	매수인	청구인	매수인
거래가액	OOO	OOO	OOO	OOO
쟁점정화비		OOO		OOO
총 비용처리 가능액		OOO		OOO

(단위: 백만원) ※ 처분청 의견에 따르면, 매수인의 지급액은 OOO원임에도 OOO원을 비용처리하게 됨 즉, 청구인과 이 건 양수인이 하나의 과세물건에 대해 합리적인 납세의무를 이행하게 됨에도, 처분청 논리라면 이 건 양수인은 실질보다 과다한 비용을 처리하게 되어 경제적 합리성이나 근거과세에도 맞지 아니함을 알 수 있다. (사) 따라서 쟁점정화비에 대한 과세는 실제 소득이 없음에도 과세가 이루어져 실질과세원칙에 맞지 아니하고 경제적 실질에도 부합하지 않는 부당한 결과이므로 감액 경정되어야 한다. (2) (예비적 청구) 쟁점정화비를 자본적 지출로 인정하여야 한다. 이 건은 토지를 주유소로 사용하다가 훼손되어 사용할 수 없게 된 상황(오염 확인으로 복구해야 사용가능 상황)에서 「토양환경보전법」 제10조의4 에 따라 ‘토양정밀조사, 오염토양의 정화 또는 오염토양 개선사업의 실시’를 하고 본래 용도인 주유소로 계속 사용가능하도록 개량, 복구한 경우에 해당하는바, 이와 같은 행위는 「소득세법 시행령」 제67조 제2항 제4호의 ‘재해 등으로 인하여 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구’인 경우에 해당되므로 자본적 지출로 보아야 하는 것이고, 이 건은 사용할 수 없는 토지에 대해 「토양환경보전법」 제10조의4 에 따른 ‘개선사업의 실시’를 한 것이므로 개량에도 해당되는바, 이러한 경우는 「소득세법 시행령」 제163조 제3항 제3호의 ‘양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’에도 해당된다 할 것이며, 쟁점정화비는 쟁점토지의 하자에 대한 치유비용으로서 상호 매매가액에서 감액하도록 계약서에 합의한 것을 보아도, 쟁점정화비가 지출되면 양도계약 시점(2020.1.16.)의 토지 가치가 이전보다 증가함이 명백하게 나타나 있고, 이러한 경우 ‘해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키거나 본래 용도로의 이용가치가 없는 것을 복구한 수선비’( 「소득세법 시행령」 제67조 제2항)에 해당함을 알 수 있다. 따라서, 토양정화비용에 대해, 비용의 지출로 쟁점토지의 가치를 현실적으로 증가시키거나 양도가액 증가에 기여하기 어려운 경우는 자본적 지출로 볼 수 없다 할 것이지만(조심 2020서8583, 2021.1.27.), 이 건의 경우 쟁점정화비가 현실적으로 양도가액 증가(OOO원의 지출 주체에 따라 양도가액 변화)에 기여하였음이 매매계약서에 명확하게 나타나므로 자본적 지출로 보아야 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) (주위적 청구 관련) 청구인은 쟁점주유소 매매계약 시 “매매대금을 OOO원으로 하고 특약사항 2조에서 매도인(청구인)이 토지오염의 정화비용으로 OOO원을 부담하는 조건으로, 잔금에서 공제(내용: 차감)”하기로 부동산 매매계약서를 작성하였는바, 이는 쟁점주유소를 매매대금 OOO원으로 거래한 것이고, 매매대금 OOO원에서 OOO원을 받지 아니한 이유는 청구인(매도인)이 부담하기로(의무) 약정한 쟁점정화비 OOO원을 매수인이 지급하게 되어 매수인이 청구인으로부터 별도로 수취하지 아니한 것이며, 단순히 매수인이 지급하여야 할 잔금에서 차감 정산한 것에 불과한 것이므로 양도가액 OOO원을 차감 할인하여 준 것이 아니다. 부동산 매매계약서 외 청구인의 양도소득세 신고서, 매수인, 부동산 등기 매매 목록(목록번호: 2020-763) 거래가액 등에서도 양도가액 OOO원이 확인되고[매수인 취득가액: OOO원 → 청구인(매도인)부담 약정 금액이나 공사비를 지급하지 못하여 매수인이 지출 하게된 공사비 금액 OOO원과 이를 잔금에서 차감 지급한 금원 OOO원의 합계액], 「소득세법 시행령」 제163조 제5항의 열거된 양도비(양도소득세 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용, 공증 비용, 인지대 및 소개비)에도 해당되지 아니하다. (2) (예비적 청구 관련) 쟁점정화비는 주유소 토지로 사용할 수 없는 토지를 새로이 주유소 토지로 만들기 위해 기존 토지 가치를 증대(형질, 용도 변경 등)시킨 것이 아니라, 매매 전 이미 주유소 부수 토지로 계속 사용하던 토지를 단순히 오염정화를 하여 원래 토지 상태로 복구한 것에 불과하여 자본적 지출로 볼 수 없다(조심 2018중837, 2018.4.11. 외 다수). 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① (주위적 청구) 매매계약서상 매매대금에서 쟁점정화비를 제외한 금액을 양도가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부 ② (예비적 청구) 쟁점정화비는 자본적 지출에 해당하므로 필요경비로 공제되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등: ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점토지에 대한 부동산등기부에 의하면, 쟁점토지는 2006.5.10. 잡종지에서 주유소용지로 지목이 변경되었고, 2011.12.27.(2011.12.26. 매매) 소유자를 청구인으로, 2020.2.21.(2020.1.16. 매매) 소유자를 이 건 양수인으로 하여 각 소유권이전등기가 완료되었으며, 청구인과 이 건 양수인의 쟁점주유소(건물 포함) 매매 거래가액은 OOO원으로 기록되어 있다. (나) 청구인과 이 건 양수인이 2017.8.31. 작성한 임대차계약서에 의하면, 보증금은 OOO원, 월차임은 OOO원이고, 임대인은 사전에 토양오염건사를 실시하여 시험결과 문제가 발생하면 임대인이 책임지고, 임대차기간 중에 토양오염이 발생하면 사용자인 임차인이 책임을 진다는 내용이 나타난다. (다) 화성시장은 2019.12.10. 쟁점토지에 대한 토양오염도검사를 시시한 결과, TPH(석유계총탄화수소), 크실렌 토양오염우려기준 초과로 2020.2.8.까지 누출검사, 2020.7.31.까지 토양정밀조사를 이행하라는 행정처분명령서를 이 건 양수인에게 통보하였다. (라) 청구인과 이 건 양수인이 2020.1.16. 작성한 쟁점주유소에 대한 매매계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원으로 기재되어 있고, 청구인이 쟁점정화비를 부담하고 이를 공제받기로 한 것으로 나타나는바, 그 주요내용은 아래와 같다.

ㅇ매매대금: OOO ㅇ계약금: OOO ㅇ잔금: OOO ※특약사항 1.매매대금 중 토지대금 OOO원이고, 건물대금 OOO원(부가세별도)임 2.매매잔금 중에서 매도인이 토양오염의 정화비용으로 OOO원을 부담하는 조건이며, 공제받기로 함 3.매수인이 현재주유소의 임차인인 관계로 임차보증금 및 기타비용으로 OOO원을 매매계약금으로 인정함 4.토양오염에 대하여는 매매 후에도 매수인은 매도인에게 어떠한 책임도 요구하기 않고 전적으로 책임지기로 함

(마) 청구인은 2020.4.29. 쟁점주유소에 대한 양도소득세를 신고하면서, 양도가액은 OOO원, 필요경비는 취득가액 OOO원, 쟁점정화비 OOO원, 세차기 수리비 OOO원, 토지정밀조사 용역비 OOO원, 중개수수료 OOO원 합계 OOO원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고납부하였다. (바) B 주식회사가 2021.7.30. 작성한 기성청구서에 의하면, B 주식회사는 2021.7.30.까지의 쟁점토지 오염토양정화공사에 대하여 이 건 양수인에게 총액 OOO원 중 OOO원을 청구한 것으로 나타난다. (사) 처분청은 2023.2.9.∼2023.2.28. 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 신고한 필요경비 OOO원 중 취득가액을 제외한 OOO원이 자본적 지출에 해당하지 아니하거나 이미 종합소득세 필요경비로 공제한 것으로 양도소득세 신고 시 공제할 수 있는 필요경비에 해당하지 아니한다고 보아 2023.5.16. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였는바, 그 주요 조사내용은 아래와 같다.

ㅇ양도자는 쟁점주유소를 임대 운영하다가 주유소 운영자인 임차인 이 건 양수인에게 2020.2.21. 쟁점주유소를 매매 양도하면서, 2020.4.29. 양도소득세 신고 시 「소득세법」 제97조 및 동법 시행령 제163조 의 필요경비 공제 가능한 용도변경, 개량 등 자산 가치를 증가하는 자본적 지출이 아닌 주유소 토지 기능 원상 복구비인 주유소 토지 오염 검사비(정밀조사 용역비), 쟁점정화비와 수선비인 세차기 수리비를 필요경비로 공제 신고하지 아니하여야 하나 자본적 지출액 필요경비로 잘못 공제 신고한 사실이 확인되었으며, ㅇ또한 자본적 지출액으로 신고한 세차기 수리비, 정밀조사 용역비와 양도비로 신고한 중개수수료는 이미 사업소득에 반영하여 종합소득세를 신고한 사실이 확인되어(종합소득세 신고한 필요경비는 양도소득세 필요경비 이중 공제 불가: 「소득세법 시행령」 제163조 ) 부적정 신고한 필요경비 및 양도비 공제 배제

(아) 처분청의 조사종결 보고서 보충조서에 의하면, 이 건 양수인 대표이사의 남편은 2023.2.20. 처분청과의 전화통화에서 매매대금은 매매계약서상 OOO원이 맞고, 쟁점정화비는 청구인이 토지오염 원상복구비를 부담하기로 합의하여 별도 합의서 없이 매매계약서 특약사항에 표기한 것이며, 토지오염정화비는 마무리가 안 된 상태에서 쟁점정화비를 초과한 OOO원이 지출되고 있다고 진술한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 매매계약서상 매매대금에서 쟁점정화비를 제외한 금액을 양도가액으로 하여야 한다고 주장하나, 청구인과 이 건 양수인이 매매대금을 OOO원으로 매매계약을 체결하고 이를 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고한 후 부동산등기부 매매 거래가액에 기록한 점, 쟁점정화비는 청구인이 토양오염의 정화비용 부담에 대한 책임 소재를 명확히 하기 위하여 이 건 양수인에게 지급한 금원으로 보이고, 이를 매매대금에서 공제한 것은 단지 대금수수의 정산 방법에 불과한 것으로 보이는 점, 이 건 양수인은 매매대금을 OOO원으로 할인하였다는 데 대하여 동의하지 아니하고, 쟁점정화비를 청구인의 오염 책임에 대한 부담분으로 인식하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점정화비를 양도소득의 필요경비(자본적 지출액)로 공제하여야 한다고 주장하나, 자본적 지출액은 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용인 반면, 쟁점정화비는 「토양환경보전법」에 따라 주유소 사업으로 오염된 토지를 정화함으로써 토지 본래의 기능을 회복하기 위한 비용으로 보이는 점, 제출된 심리자료만으로는 쟁점정화비의 지출로 쟁점토지의 가치가 현실적으로 증가하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2020서8583, 2021.1.27. 등 참조). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 소득세법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정하기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다. 1.취득가액( 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다. 가.제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나.대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 2.자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 3.양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. 1.취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다. ③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2021.2.11. 대통령령 제30395호로 개정된 것) 제67조(즉시상각의 의제) ① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다. ② 제1항에서 “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다. 1.본래의 용도를 변경하기 위한 개조 2.엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치 3.빌딩 등의 피난시설 등의 설치 4.재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구 5.기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다. 1.타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 2.자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 3.제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다. 1.제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다) 2.취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1.제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 2.양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 3.양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다) 4.제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다. 1.법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용 가.「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세 나.양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용 다.공증비용, 인지대 및 소개비 라.매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용 (3) 소득세법 시행규칙 제79조(양도자산의 필요경비 계산등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다. 1.「하천법」ㆍ「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용 2.토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용 3.토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비 4.토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액 5.사방사업에 소요된 비용 6.제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 (4) 토양환경보전법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 4.“특정토양오염관리대상시설”이란 토양을 현저하게 오염시킬 우려가 있는 토양오염관리대상시설로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다. 제10조의4(오염토양의 정화책임 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 정화책임자로서 제11조 제3항, 제14조 제1항, 제15조 제1항ㆍ제3항 또는 제19조 제1항에 따라 토양정밀조사, 오염토양의 정화 또는 오염토양 개선사업의 실시(이하 “토양정화등”이라 한다)를 하여야 한다. 1.토양오염물질의 누출ㆍ유출ㆍ투기(投棄)ㆍ방치 또는 그 밖의 행위로 토양오염을 발생시킨 자 2.토양오염의 발생 당시 토양오염의 원인이 된 토양오염관리대상시설의 소유자ㆍ점유자 또는 운영자 3.합병ㆍ상속이나 그 밖의 사유로 제1호 및 제2호에 해당되는 자의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한 자 4.토양오염이 발생한 토지를 소유하고 있었거나 현재 소유 또는 점유하고 있는 자 ③ 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제11조 제3항, 제14조 제1항, 제15조 제1항ㆍ제3항 또는 제19조 제1항에 따라 토양정화등을 명할 수 있는 정화책임자가 둘 이상인 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 토양오염에 대한 각 정화책임자의 귀책정도, 신속하고 원활한 토양정화의 가능성 등을 고려하여 토양정화등을 명하여야 하며, 필요한 경우에는 제10조의9에 따른 토양정화자문위원회에 자문할 수 있다. 제13조(토양오염검사) ① 특정토양오염관리대상시설의 설치자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 토양관련전문기관으로부터 그 시설의 부지와 그 주변지역에 대하여 토양오염검사(이하 “토양오염검사”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 토양시료(土壤試料)의 채취가 불가능하거나 토양오염검사가 필요하지 아니한 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하여 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장의 승인을 받은 경우에는 토양오염검사를 받지 아니한다. ③ 토양오염검사는 토양오염도검사와 누출검사로 구분하여 한다. 다만, 누출검사는 저장시설 또는 배관이 땅속에 묻혀 있거나 땅에 붙어 있어 누출 여부를 눈으로 확인할 수 없는 시설로서 환경부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정하는 경우에만 실시한다. ④ 토양관련전문기관은 토양오염검사를 하였을 때에는 특정토양오염관리대상시설의 설치자, 관할 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장 및 관할 소방서장에게 검사 결과를 통보(소방서장에 대한 통보는 「위험물안전관리법」에 따라 허가를 받은 시설 중 누출검사 결과 오염물질의 누출이 확인된 시설인 경우로 한정한다)하여야 하며, 특정토양오염관리대상시설의 설치자는 환경부령으로 정하는 바에 따라 통보받은 검사 결과를 보존하여야 한다. 이 경우 특정토양오염관리대상시설의 설치자는 통보받은 검사 결과를 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조 제1호에 따른 전자문서로 보존할 수 있다. ⑥ 관할 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제4항에 따라 토양관련전문기관으로부터 통보받은 토양오염검사 결과를 토대로 정밀한 검사가 필요하다고 인정되는 경우에는 환경부령으로 정하는 토양관련전문기관에 토양오염검사를 의뢰할 수 있다. 제14조(특정토양오염관리대상시설의 설치자에 대한 명령) ① 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 특정토양오염관리대상시설의 설치자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 토양오염방지시설의 설치 또는 개선이나 그 시설의 부지 및 주변지역에 대하여 토양관련전문기관에 의한 토양정밀조사 또는 오염토양의 정화 조치를 할 것을 명할 수 있다. 1.토양오염방지시설을 설치하지 아니하거나 그 기준에 맞지 아니한 경우 2.제13조 제3항에 따른 토양오염도검사 결과 우려기준을 넘는 경우 3.제13조 제3항에 따른 누출검사 결과 오염물질이 누출된 경우 ② 토양관련전문기관은 제1항에 따라 토양정밀조사를 하였을 때에는 조사 결과를 지체 없이 특정토양오염관리대상시설의 설치자 및 관할 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보하여야 한다. (5) 토양환경보전법 시행령 제5조의3(둘 이상의 정화책임자에 대한 토양정화등의 명령 등) ① 법 제10조의4 제3항에 따라 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법 제10조의4 제1항에 따른 정화책임자(이하 “정화책임자”라 한다)가 둘 이상인 경우에는 다음 각 호의 순서에 따라 법 제11조 제3항, 제14조 제1항, 제15조 제1항ㆍ제3항 또는 제19조 제1항에 따른 토양정밀조사, 오염토양의 정화 또는 오염토양 개선사업의 실시(이하 “토양정화등”이라 한다)를 명하여야 한다. 1.법 제10조의4 제1항 제1호의 정화책임자와 그 정화책임자의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한 자 2.법 제10조의4 제1항 제2호의 정화책임자 중 토양오염관리대상시설의 점유자 또는 운영자와 그 점유자 또는 운영자의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한 자 3.법 제10조의4 제1항 제2호의 정화책임자 중 토양오염관리대상시설의 소유자와 그 소유자의 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계한 자 4.법 제10조의4 제1항 제4호의 정화책임자 중 토양오염이 발생한 토지를 현재 소유 또는 점유하고 있는 자 5.법 제10조의4 제1항 제4호의 정화책임자 중 토양오염이 발생한 토지를 소유하였던 자 (6) 토양환경보전법 시행규칙 제1조의3(특정토양오염관리대상시설) 법 제2조 제4호의 규정에 의한 특정토양오염관리대상시설은 별표 2와 같다.

■ 토양환경보전법 시행규칙 [별표 2]
특정토양오염관리대상시설(제1조의3관련)
종류	대상범위
1. 석유류의 제조 및 저장시설	○「위험물안전관리법 시행령」 별표 1의 제4류 위험물중 제1ㆍ제2ㆍ제3ㆍ제4석유류에 해당하는 인화성액체의 제조ㆍ저장 및 취급을 목적으로 설치한 저장시설로서 총 용량이 2만리터 이상인 시설(이동탱크저장시설을 제외한다)