이유
1. 원처분 개요

청구법인은 ① 87사업년도(86.9.1～87.8.31) 법인세액계산시에 기술개발준비금 13,600,000,000원을 손금에 산입하고 고정부채로 계상하였다가 그 다음 사업년도인 88사업년도(87.9.1～88.8.31)에 동 고정부채를 차감하고 전기손익수정이익으로 대체하면서 동 금액상당액을 이익처분에 의한 적립금으로 적립하였고,

② 91사업년도(90.9.1～91.8.31)에 기술개발부서 인건비등으로 1,322,958,662원을 사용하고, 연구소 신축비로 4,908,350,306원을 사용하였으며,

③ 91사업년도(90.9.1～91.8.31)에 기술개발준비금을 환입함에 있어서 10,327,766,462원을 익금산입하고 기술개발준비금 적립액은 13,600,000,000원을 처분(이입)한 사실이 있다.

처분청은 청구법인이 87사업년도에 손금산입한 기술개발준비금을 91사업년도에 환입함에 있어서 세무조정시 13,600,000,000원 전액을 익금산입하고 이후 2년간에 걸쳐 분할환입해야 될 금액인 4,595,192,198원을 익금불산입하여 9,004,807,802원만 익금산입되도록 하면서 90.9.1～91.8.31사업년도에 기술개발부서 인건비로 지출한 1,322,958,662원은 손금불산입하여 신고조정함으로써 청구법인에서 결과적으로 익금에 산입한 금액은 10,327,766,464원이 되는데, 청구법인은 동 금액에 상당하는 기술개발준비금(적립금)을 처분하지 아니하고, 87사업년도에 기술개발준비금으로 적립한 13,600,000,000원 전액을 처분함으로써 3,272,233,536원이나 초과하여 처분하였으므로 92.7.1 청구법인의 91사업년도 소득금액계산시 동 금액을 익금에 산입하고 기타 가지급금이자등을 익금에 산입하여 91사업년도분 법인세 1,491,496,140원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 92.8.17 심사청구를 거쳐 92.12.4 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인이 88사업년도부터 90사업년도까지 이익처분에 의해 기술개발준비금에 적립한 금액은 75,700,000,000원이고 법인소득금액계산시 기술개발준비금 손금산입금액은 57,675,699,732원이므로 그 차액인 18,042,300,268원은 초과적립한 금액으로서 세무상으로는 임의적립금에 해당되고 임의적립금의 경우 언제든지 이입(환입)이 가능한 데, 청구법인이 91사업년도에 10,327,766,464원을 익금에 산입하고 기술개발적립금 처분은 13,600,000,000원을 하였으나 그 차액인 3,272,233,536원은 언제든지 환입이 가능한 위의 임의적립금 18,042,300,268원중에서 환입된 것이므로 이를 기술개발준비금의 임의환입으로 보아 익금가산하여 과세하는 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

1) 법인세법기본통칙 4-1-13...26 제2항 제2호를 보면 당해준비금을 익금에 산입하는 사업년도에 익금산입상당적립금을 초과하여 처분하는 경우에는 초과하여 처분한 적립금에 상당하는 준비금을 손금불산입하도록 규정함으로써 적립금액의 초과처분을 제한하고 있으며,

2) 외부회계감사대상법인에 대하여는 기술개발준비금을 장부상 손금으로 계상하지 아니하고 세무조정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 특례를 두면서 그에 따른 규제규정을 두고 있는 바,

그 첫째는 기술개발준비금에 상당하는 적립금의 적립이고,

그 둘째는 기술개발준비금을 익금에 산입할 때 그 처분이 가능하도록 한 것인데, 이러한 법령의 취지는 외부회계감사대상법인의 경우 기술개발준비금을 장부상에 손금으로 계상하는 것에 관계없이 손금으로 용인하게되면 조정계산에 의하여 미리손금에 산입한 당해준비금의 사용여부와 익금산입(환입)에 따른 세무조정계산등 그 관리가 곤란하므로 그 적립금을 통하여 이를 관리하고자 하는데 목적이 있는 것이고, 또한 이렇게 함으로써 미리 당해준비금의 손금계상에 따른 조세부담의 유예가 그후 익금산입하면서 조세를 부담하게 될 때까지 당해적립금이 배당·상여 등으로 유출되지 아니하고 사내에 유보되도록 하여 부담을 유예시켜준 조세채권의 확보에도 그 목적이 있는 것이며,

3) 이처럼 기술개발준비금의 손금산입에 따른 적립금은 당해준비금과 불가분의 관계에 있는 것이므로 준비금이 익금산입될 때에만 배당·상여 등 외부로 유출이 가능한 임의적립금으로 처분할 수 있는 것이고 청구법인의 경우와 같이 기술개발준비금의 익금산입시기가 도래하기 전에 그 적립금을 미리처분하는 것은 허용되지 않는다고 해석되며, 적립금을 미리처분한 경우에는 3년에 걸쳐 분할하여 익금에 산입할 수 있는 권리를 청구법인 스스로 포기하여 익금에 산입하는 의사표시로 볼 수 있는 것이므로 결국 익금산입하는 결과를 초래한다고 보아야 될 것이며 이렇게 보는 것이 기술개발준비금제도의 취지에도 합당하므로 익금산입상당금액을 초과하여 처분한 3,272,233,536원을 손금불산입한 당초처분에 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 91사업년도에 기술개발준비금을 환입하면서 익금산입액을 초과하여 적립금을 처분한 경우, 처분하여야 할 금액을 초과하여 처분한 적립금으로 볼 것인지, 아니면 그동안 초과적립해온 임의적립금을 이입한 것으로 볼 것인지에 대하여 다툼이 있다.

나. 관련규정

조세감면규제법 제16조

제1항 본문의 규정에 의하면 「제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 다음 각호의 금액의 범위안에서 당해 과세년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다」고 규정하고 있고, 그 제1호에 「당해 과세년도수입금액에 1천분의 15를 곱하여 산출한 금액과 당해 과세년도소득금액의 100분의 20에 상당하는 금액(대통령령이 정하는 기술집약적인 산업에 있어서는 당해 과세년도 수입금액에 100분의 2를 곱하여 산출한 금액과 당해 과세년도소득금액의 100분의 30에 상당하는 금액)중 많은 금액」을 규정하고 있으며, 동조 제2항의 규정에 의하면 「제1항의 규정에 의하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 내국인이 기술개발비등 대통령령이 정하는 비용을 지출한 때에는 그 비용은 이미 손금으로 계상한 기술개발준비금과 먼저 상계하여야 한다」고 규정하고 있고, 동조 제3항의 규정에 의하면 「제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 기술개발준비금으로서 그 준비금을 손금에 산입한 과세년도의 종료일 이후 4년이 되는 날까지 제2항의 규정에 의하여 상계하고 남은 준비금의 잔액은 그 4년이 되는 날이 속하는 과세년도부터 제13조 제2항의 규정을 준용하여 익금에 산입한다」고 규정하고 있다.

동법 제13조

제2항 본문의 규정에 의하면「제1항의 규정에 의하면 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 익금에 산입한다」고 규정하고 있고 그 제1호에 「당해 투자준비금을 손금에 산입한 과세년도의 종료일 이후 4년이 되는 날이 속하는 과세년도종료일까지 당해사업에 사용되는 사업용자산의 신규취득 또는 개선 등 자본적지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 4년이 되는 날이 속하는 과세년도부터 각 과세년도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세년도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다」고 규정하고 있으며, 그 제2호에 「손금에 산입한 투자준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 4년이 되는 날이 속하는 과세년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다」고 규정하고 있다.

법인세법시행령 제84조

제1항의 규정에 의하면 「제83조 제2항에 규정하는 외부회계감사대상법인이 조세감면규제법에 규정한 준비금을 제82조 제3항에 규정하는 조정계산서에 계상하고, 이를 법인세과세표준신고서에 손금으로 산입한 경우에는 그 금액을 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한 것으로 한다」고 규정하고 있고, 동조 제2항의 규정에 의하면 「제1항의 규정은 그 손금에 산입한 금액상당액을 당해사업년도의 이익처분에 있어서 당해준비금의 적립금으로 적립하고 당해준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하는 경우에 한하여 적용한다」고 규정하고 있다.

다. 처분하여야 할 금액을 초과하여 처분한 적립금에 해당되는지 여부

1) 외부회계감사 대상법인이

조세감면규제법 제16조

에 규정하는 기술개발준비금을 적립함에 있어서 손금에 산입한 금액상당액을 초과하여 적립한 기술개발준비금은 그 적립 및 처분에 있어서

조세감면규제법 제16조

및

법인세법시행령 제84조

등에 규정하는 규제를 받지 않는 임의적립금에 해당된다.

2) 따라서 손금에 산입한 금액 상당액을 초과하여 적립한 기술개발준비금은 비록

조세감면규제법 제16조

및

법인세법시행령 제84조

의 규정에 의하여 적립한 기술개발준비금에 포함되어 있더라도 환입의 시기에 제한을 받지 아니하며 당초부터 손금산입상당액을 초과하여 적립한 준비금이므로 환입시에도 익금산입되지 않는다.

3) 청구법인의 경우 법인세신고서류 및 재무제표등에 의하여 본 바 90사업년도분까지 기술개발준비금(적립금)누계를 보면 75,700,000,000원이고 이중

조세감면규제법 제16조

및

법인세법시행령 제84조

의 규정에 의한 기술개발준비금은 57,657,699,732원이므로 손금산입상당액을 초과하여 적립한 기술개발준비금은 18,042,300,268원인 것으로 계산된다.

4) 청구법인이 87사업년도에 손금산입한 기술개발준비금을 환입함에 있어서 91사업년도 법인세신고시 제출한 서류중 기술개발준비금 조정명세서(갑)에 의하면 “당기임의환입액”이 없는 것으로 의사표시를 한 바 있고, 청구법인이

조세감면규제법 제16조

및

법인세법시행령 제84조

의 규정에 의해 환입하고 남은 기술개발준비금이 동 규정에 의해 준비금으로 적립해야 할 금액이상으로 적립하고 있다면 청구법인이 익금산입액을 초과하여 환입한 기술개발준비금은 전시 규정에 의한 기술개발준비금이 아닌 초과적립준비금에서 환입된 것이라고 보는 것이 옳다고 판단된다.

5) 따라서 청구법인이 91사업년도에 87사업년도에 적립한 기술개발준비금을 환입함에 있어서 10,327,766,462원을 익금산입하면서 기술개발준비금적립금은 13,600,000,000원을 처분하였으나 그 차액에 상당하는 3,272,233,536원은

조세감면규제법 제16조

및

법인세법시행령 제84조

의 규정에 의한 기술개발준비금을 임의환입한 것이 아니라 당초부터 손금산입액을 초과하여 적립해온 기술개발준비금에서 환입한 것이므로 이를 익금산입해서는 안된다고 본다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.