이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다) 제45조의17에 의해 설립된 비영리법인으로서 산업단지의 관리, 산업단지의 개발.분양.임대 등에 대한 사업, 산업단지구조 고도화사업, 산업집적경쟁력 강화사업 등을 목적사업으로 영위하는 법인으로 그 수익사업은 공단분양 매출 및 부동산 임대수입이고, 비수익사업은 산업단지 구축, 산업단지구조 고도화사업, 산업집적지경쟁력강화사업 및 스마트그린 산업단지 추진 등 정부 보조금으로 추진하는 사업(이하 “기타의 사업”이라 한다)이며, 청구법인은 수익사업과 기타의 사업에 대한 공통손금 안분계산 시 국가 등으로부터 수령한 지원금.보조금 지출액(이하 “쟁점사업비”라 한다)을 기타의 사업의 개별손금액에 포함되지 아니하는 것으로 하여 아래의 ＜표1＞과 같이 수익사업과 기타의 사업 개별손금액을 산정하고 공통손금을 아래의 ＜표2＞와 같이 전체 사업 개별손금액 대비 기타의 사업 개별손금액 비율로 안분계산하여 청구법인의 수익사업에 대한 손금불산입 항목으로 하여 각 사업연도 소득금액에 반영하였다.

＜표1＞ 청구법인의 공통손금 안분내역

＜표2＞ 공통손금액 안분계산내역

나. 대구지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 청구법인에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점사업비를 청구법인이 국가에서 정한 수혜요건에 적합한 주관기관 등에게 그대로 전달하는 보조금(이하 “직접사업비”라 한다)과 청구법인이 기타의 사업의 목적상 지출하는 인건비, 업무협의비, 기타 운영비 등으로 계상한 비용(이하 “쟁점간접사업비”라 한다)으로 아래 ＜표3＞과 같이 구분하고, 청구법인이 당초 공통손금 안분계산 시 기타의 사업 개별손금액에 쟁점사업비(직접사업비+간접사업비) 전액을 포함하지 아니하였으나 조사청은 기타의 사업 개별손금액에서 쟁점사업비 가운데 간접사업비만 포함되는 것으로 하여 공통손금액을 재안분계산하여 해당 과세자료를 통보하자, 처분청은 아래의 ＜표4＞와 같이 2023.3.24. 및 2023.12.6. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원을 각 경정.고지하였다.

＜표3＞ 쟁점사업비 구성내역(직접사업비 및 간접사업비)

＜표4＞ 이 건 법인세 부과내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.20. 및 2024.1.7. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은

산업집적법 제45조의9

에 의하여 설립된 비영리법인으로서 산업단지의 관리, 산업단지의 분양ㆍ임대에 관한 사업, 산업단지구조고도화사업, 경쟁력강화사업 등을 목적사업으로 영위하고 있다.

청구법인이 영위하는 산업집적지 경쟁력 강화사업은 2003년 국가균형발전의 핵심적 지역산업 정책으로 산업클러스터 정책을 도입하여 12대 국정과제 중 하나로 추진된 사업으로 기업·대학·연구소·지원기관이 산업단지를 중심으로 지식·정보 및 기술 등을 교류·연계하고 상호 협력하여 산업집적이 형성된 지역의 경쟁력을 높이는 사업을 의미한다(

산업집적법 제2조

제12호).

청구법인은

산업집적법 제22조의3

제6항 및 산업통상자원부 고시 제2021-90호 제56조에 따른 전담기관으로서 산업통상부 장관으로부터 경쟁력 강화사업의 기획·평가·관리 등의 업무를 위탁받아 수행하는 기관에 해당한다. 한편, 청구법인은 경쟁력 강화사업뿐만 아니라 생태단지 사업, 보조금 사업, 스마트산업단지 사업, 지원금 사업 등을 수행하고 있고, 당해 사업들의 구조는 유사하다.

청구법인은 전담기관으로서 국가로부터 수탁을 받은 기타의 사업 관련 사업비를 주관기관 등에 지급하고, 사업비에 대한 정산 잔액은 차기 이월 사용 또는 반납하며 사업비에 대해 발생한 이자수익에 대해서도 사업비에 포함하여(이자수익 국가 귀속) 사용 또는 반납하는 등 국가에 사업비 사용실적 보고 및 정산업무를 수행하고 있다.

즉, 청구법인이 국가 등으로부터 수탁받은 사업과 관련하여 국가 등으로부터 사업비를 수령하고, 해당 사업과 관련된 일부 운영비를 제외하고 대다수 사업비를 주관기관 등에 전달하며, 주관기관 등은 청구법인으로부터 수령한 사업비로 과제를 수행하고 청구법인은 당해 사업비에 대한 관리·감독을 수행하고 있다.

처분청은 국세청 과세기준자문회의에서 사업비 중 주관기관에 직접 전달되는 금원은 직접사업비로, 주관기관에 전달되지 아니하고 기타의 사업을 관리 운영하는 과정에서 발생하는 사업비(예를 들어, 여비교통비, 회의비, 협회운영비 등)는 쟁점간접사업비로 구분하여, 직접사업비에 대해서는 청구법인이 산정한 개별손금 비율 방식을 적용하였고(직접사업비에 대해서는 청구주장대로 비수익사업 부문에 속하지 않는 손금으로 처분), 쟁점간접사업비에 대해서는 청구법인의 개별손금 비율 산정 방식과 다르게 적용(비수익사업 부문에 속하는 손금으로 처분)하여 이 건 법인세를 부과하였다.

「법인세법 시행규칙」 제76조

제1항에 따라 공통손금은 수익사업 재무제표에 포함하여 구분경리를 하였고, 공통손금을 수익과 기타의 사업의 개별손금 비율로 안분하여 세무조정을 수행하였다.

「법인세법 시행규칙」 제76조

에서 비영리법인 구분경리 방법을 정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제6항에서 공통되는 손금에 대해 수익 사업과 기타의 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산 하도록 정하고 있으므로, 직접사업비와 쟁점간접사업비는 청구법인의 자금이 아닌 국가 자금으로 주관기관 등에 전달하여 청구법인의 순자산에 변동되지 않는 거래이므로 이를 제외하여 안분비율을 산정하였다. 즉, 공통손금 안분 계산을 위한 각 사업의 개별손금 비율 산정 시 청구법인은 쟁점간접사업비도 직접사업비와 동일하게 분모, 분자에서 제외하는 방식이고, 조사청 방식은 직접사업비만 분모, 분자에서 제외하고 쟁점간접사업비는 분모 및 분자에서 포함하여 계산하는 방식이다.

「법인세법 시행규칙」 제76조

제6항 제3호에 따른 공통손금 안분계산을 위한 개별손금 비율 산정 시 보조금 및 지원금 사업 등 국가 대행 사업비 중 쟁점간접사업비는 아래 사실관계 및 관련 법령에 비추어 기타의 사업 부문에 속하는 손금이 아니므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

청구법인은

산업집적법 제22조의3

제6항 및 산업통상부장관 고시에 따라 산업통상부 장관이 위임한 기타의 사업에 대한 전담기관으로서 받은 기타의 사업과 관련한 사업비 사용, 정산, 반납 등을 고시에서 정한 기준에 따라 업무를 수행하고 있다(산업통상자원부 고시 제2021-90호). 또한, 청구법인은 사업비의 수익자가 아니고, 수탁자로서 사업비를 수령하는 주관기관 등에 대한 자금 통제의 역할을 수행하고 있어, 실질적으로 국가 사업비를 집행하는 도관 역할을 수행하고 있다.

처분청은 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 “보조금법”이라 한다) 등에 의거하여 청구법인을 보조 사업을 직접 수행하는 보조사업자로 보아 쟁점간접사업비가 청구법인의 순자산을 감소시키는 것으로 보고 있다. 그러나, 청구법인은 산업통상자원부 고시 제2021-90호에서 국가가 해당 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 해당 사업의 기획ㆍ평가ㆍ관리 등의 업무를 대행하도록 한 전담기관에 해당된다.

‘위탁’은 명의와 계산이 분리되는 것을 본질로 하는 것(대법원 2008.5.29. 선고 2005다6297판결)으로, 기타의 사업은 산업통상자원부 고시 제2021-90호 제56조 등에 비추어 위수탁 거래에 부합되는 것으로 판단되는바, 그 이유는 다음과 같다.

위탁행위는 명의와 계산이 분리되는 것을 그 본질로 한다 할 것(대법원 2008.5.29. 선고 2005다6297 판결)이고, 산업통상자원부 고시 제2021-90호 제2조 제26조 및 제29조에서 사업비 부담은 국가로 명시되어 있어, 기타의 사업에 대한 계산의 주체는 국가이고, 쟁점간접사업비를 주관기관 등에 지급될 때 청구법인의 명의로 입금되는 것인바, 기타의 사업과 관련된 행위에 있어 계산과 명의가 다름이 분명하다.

산업통상자원부 고시 제2021-90호 제2조 제4호에서 전담기관이라 함은 기타의 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 지역사업의 기획ㆍ평가ㆍ관리 등의 업무를 대행하도록 한 기관으로 정의하고 있고, 동 고시 제13조에서 기타의 사업을 효율적 추진과 평가ㆍ관리 등을 위하여 전담기관을 지정하여 수행할 수 있도록 되어 있고, 제6조 내지 제12조에서 장관은 전담기관으로 하여금 업무를 하도록 정하고 있다.

이와 같은 고시의 내용은 「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」제2조에서 정한 ‘위임’에 따른 것으로, 즉, 고시의 내용에서 국가가 사업비를 부담하고, 국가가 기타의 사업을 전담기관에 대행하도록 위임되어 있으며, 전담기관 명의로 사업비가 집행 및 관리되는 사실은 전형적인 위임 또는 위탁에 부합된다. 쟁점간접사업비는 수혜자에게 자금을 적정하게 전달하기 위한 부대비용으로 해당 사업을 추진하기 위해서 정부가 청구법인에게 지급하는 사업비이다.

그런데, 기타의 사업에 대한 사업비의 자금집행을 직접비와 간접비로 구분하는 것은 타당하지 아니하고, 전부가 하나의 위탁사업비로서 직접사업비와 쟁점간접사업비를 동일계좌에서 관리되며, 이월액이 발생하는 경우 국가 등에 반납해야 하므로 동일한 위탁사업비이고, 쟁점간접사업비는

「법인세법」 제19조

제1항에서 정한 손금의 정의에 부합되지 않는다.

법인세법령에 따르면 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 정하고 있고, 비영리법인이 구분경리를 함에 있어 공통손금의 경우에는 원칙적으로 개별손금 비율로 하도록 되어 있다. 즉, 공통손금을 개별손금 비율로 안분계산함에 있어 그 전제가 당해 항목이 ‘손금’의 정의에 부합되어야 하고, 손금에 해당되지 않는 경우에는 개별손금 비율 산정 시 이는 제외되어야 한다.

사업비 가운데 쟁점간접사업비는 청구법인의 자금으로 이루어지는 것이 아니라 국가로부터 직접사업비 및 쟁점간접사업비 전체를 받아 집행하고 남는 금원에 대해서는 반납하는 구조이고, 쟁점간접사업비를 청구법인이 집행하더라도 청구법인의 순자산 감소는 전혀 발생하지 않는다. 기타의 사업에 대해 국가와 청구법인의 위·수탁 관계 또는 신탁 관계로 볼 수 있으므로 청구법인의 순자산 감소가 발생할 수 없고, 쟁점간접사업비는 주된 사업비에 포함되는 부수되는 사항이다.

「부가가치세법」 제14조

제1항에서 부수되는 용역은 주된 용역의 공급에 포함되는 것으로 정하고 있고, 취득원가를 산정함에 있어

「법인세법 시행령」 제72조

제2항에서 부대비용은 주된 가액에 포함하여 산정하도록 규정하고 있다.

개별손금 비율을 산정함에 있어 쟁점사업비를 직접비와 간접비로 구분하는 것은 논리적으로 타당하지 않고, 이러한 쟁점간접사업비는 주된 사업과 부수하여 발생하며 주된 사업비인 직접사업비와 동일하게 청구법인의 순자산 감소가 발생하지 않는 금원이므로 개별손금 비율 산정 시 제외함이 관련 세법과 상거래에 부합한다.

(2)

「국세기본법」 제15조

에서 “납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하며, 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다”라고 규정하고 있다.

기타의 사업은 2003년부터 시작하여 현재까지 계속되고 있고, 이와 관련하여 청구법인은 2008년 10월과 2012년 7월 서울지방국세청으로부터, 2017년 5월 대구지방국세청(조사청)으로부터 각각 세무조사를 받았으며, 이러한 세무조사 기간 동안 동일하게 쟁점간접사업비의 비수익사업 손금 여부에 대해 소명을 하였고 당시 과세관청은 이와 관련하여 청구법인에게 법인세를 부과하지 않았다.

청구법인은 과거의 세무조사 기간 동안 기타의 사업에 대한 세무 처리에 대한 소명을 하였고, 세무조사 결과 통지서에 기타의 사업에 대한 과세 사항이 없었던 사실은 과세관청의 공적 견해가 있었던 것에 해당하고, 청구법인은 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 현재까지 2003년부터 수행한 방법으로 법인세를 신고하였다. 그런데, 처분청이 과거 세무조사 내용과 반하는 처분을 하는 경우 납세자의 이익을 상당히 침해하는 결과를 초래하였으므로 이는 신의성실 원칙에 반하게 된다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점사업비 중 쟁점간접사업비는 공통손금 안분계산 시 기타의 사업 개별손금액에 포함되어야 한다.

청구법인은 쟁점사업비가 사업 수행 이후 남은 잔액과 이자 일체를 국가 등에게 반납하기 때문에 청구법인의 순자산 감소가 발생하는 손금에 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나, 청구법인은

산업집적법 제45조의21

각 호의 사업을 추진하여 같은 법 제45조의17 제1항에 따른 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원과 산학협력 촉진이라는 목적을 달성하기 위해 설립된 법인으로서 같은 법 제45조의21에 따른 사업을 추진하기 위하여 필요한 자금을 국가 또는 지방자치단체의 출연금 및 보조금으로 조달하고 있으며, 청구법인의 정관 제29조에 따르면 정부·정부 외의 자 또는 기금으로부터의 출연금·보조금·지원금 등을 기본자산으로 정의하고 있다.

청구법인이 고유목적사업을 수행하면서 사업 추진에 필요한 자금을 국가 등으로부터 조달하고 이를 집행하는 것임에도 불구하고 단순 도관 역할만을 수행하는 것이라는 청구주장은 타당하지 않고, 공통손금 안분계산 시 기타의 사업 개별손금을 과소하게 하여 법인세 부담을 줄이고자 하는 자의적인 해석에 불과하다.

또한, 쟁점사업비를 국가 등으로부터 받아서 사업을 수행하고 남은 잔액과 이자 일체를 반납하는 것은 보조금법에서 규정하고 있는 절차에 따라 쟁점사업비가 최종 확정되어 초과금액을 반환하는 것이지, 쟁점사업비와 이자가 당초부터 국가 등에 귀속된 재산이기 때문에 이를 반환하는 것은 아니므로 청구법인은 「법인세법」에서 규정한 손금의 해석을 잘못하고 있다.

보조금법 제2조

제1호에 따르면 ‘보조금이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금, 부담금, 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 금원으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.’라고 규정하고 있으며, 제2호 내지 제6호는 ‘보조사업’과 ‘보조사업자’의 정의, ‘간접보조사업’ 등에 대해 규정하고 있는바, 이러한 규정을 종합하면 보조금법에 따른 보조금이란 정부 등이 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업을 조성하거나 재정상 원조를 하기 위하여 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금을 의미한다.

그러므로, 보조금의 교부대상인 보조사업 및 간접보조사업은 보조사업자의 목적사업으로 보아야 하고, 그 보조금은 보조사업 등과 관련하여 교부되는 금액이므로 이는 보조사업 등의 주체인 청구법인에 귀속되는 것으로 보아야 한다. 보조금법은 보조금의 교부를 받으려는 자의 보조금 교부 신청, 중앙관서의 장의 보조금 교부 결정 및 통지, 보조사업자의 보조사업의 수행, 중앙관서의 장의 보조금 금액 확정 등의 절차에 관하여 규정하고 있다.

그리고,

보조금법 제31조

제2항은 ‘중앙관서의 장은 보조사업자에게 교부하여야 할 보조금의 금액을 제28조에 따라 확정한 경우에 이미 교부된 보조금과 이로 인하여 발생한 이자를 더한 금액이 그 확정된 금액을 초과한 경우에는 기한을 정하여 그 초과액의 반환을 명하여야 한다.’라고 규정하고 있는 바와 같이 ‘보조사업자’는 보조사업이 완료된 후 보조금법상 절차에 따라 보조금이 최종 확정되면 이미 교부받은 보조금과 그 이자의 합계액 중 확정된 금액을 초과하는 부분을 보조금법상 반환 절차에 따라 반환하는 것이지, 그 보조금과 이자가 당초부터 국가 등에 귀속된 재산이기 때문에 이를 반환하는 것은 아니다.

청구법인은 고유목적사업을 수행하기 위하여 보조금법에 의해 국가 등에 보조금을 신청하고, 고유목적사업을 수행한 후 보조금법상 절차에 따라 이미 교부받은 보조금과 그 이자를 반환한 것이므로 법인의 순자산 감소를 가져오지 않기 때문에 쟁점사업비가 손금에 해당하지 않는다는 청구주장은 타당하지 않다.

또한, 서울행정법원은 “원고가 국가로부터 수탁업무를 수행하고, 이에 관해 지도·감독받도록 정한 규정은 사업비 지출 등 업무 수행에 대해 국가의 통제를 받도록 한 것에 불과하고, 사업비가 원고의 책임과 계산으로 지출된 점에 부정할 만한 사정에 해당하지 않는다.”고 판결하였다(서울행정법원 2022.1.13. 선고 2018구합55005 판결, 참조).

국가 등으로부터 수령한 보조금은 청구법인의 순자산을 증가시키는 거래로

「법인세법」 제15조

의 규정에 따른 익금의 범위에 해당되고, 무상으로 받은 자산의 가액으로 볼 수 있으므로 같은 법 시행령 제11조의 규정에 따라 수익의 범위에도 포함된다.

청구법인은 국가 등으로부터 받은 보조금을 고유목적사업인 산업단지의 개발 및 조성에 관한 사업비로 지출하였고, 지출한 쟁점사업비는 청구법인의 순자산을 감소시키는 거래 즉, 청구법인의 고유목적사업과 관련하여 지출된 손비로서 국가 등으로부터 수령한 보조금과 직접 관련이 있으므로

「법인세법」 제19조

의 규정에 따른 손금의 범위에 해당되고, 같은 법 시행령 제19조의 규정에 따른 손비의 범위에도 포함된다.

청구법인도 상기의 규정에 따라 기타의 사업 손익계산서상 국가 등으로부터 수령한 보조금은 매출 및 영업외수익으로 지출한 쟁점사업비는 매출원가, 영업외비용으로 각각 계상하였다.

따라서, 청구법인이 국가 등으로부터 수령한 보조금은 받을 권리가 확정된 시점인 수령 시 익금에 해당되고 지출한 쟁점사업비는 지급 의무가 확정된 시점인 지출 시 손금에 해당한다.

(2) 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 등 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 된다(대법원 2002.3.29. 선고 99두1861 판결 등 참조).

한편,

「국세기본법」 제18조

제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적인 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하고, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세 누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2016.10.13. 선고 2016두43077 판결 등 참조).

조사청의 청구법인에 대한 과거 세무조사 당시 조사공무원이 청구법인의 신고내용에 대해 과세하지 아니하였다는 것만으로는 청구법인에 쟁점간접사업비가 기타의 사업 개별손금에서 제외되는 것이라는 공적인 견해를 표시한 것으로 볼 수는 없으므로 조사청이 신의성실의 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점간접사업비가 공통손금 안분계산 시 기타의 사업 개별손금액에서 제외되는지 여부

② 이 건 부과처분이 신의성실 원칙에 위반되는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 수익사업이 아닌 기타의 사업 개별손금액 산정 시 쟁점사업비(직접사업비 및 쟁점간접사업비)를 포함하지 아니한 것에 반해, 조사청(처분청)은 쟁점사업비 가운데 직접사업비만 포함되지 아니한 것으로 하여 기타의 사업 개별손금액을 산정하였다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다.

(가) 청구법인이 제출한 세무조사 결과통지를 보면 조사청은 2023.3.20. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원을 통지하였다(조사내용 : 당초 신고한 기타의 사업부문 개별손금액에 보조금 및 지원금 사업비를 가산하여 공통손금액 재계산하여 고지함).

(나) 조사종결보고서를 보면 청구법인의 수익사업과 관련하여 공단 분양매출 및 부동산 임대수입이 있으며, 비수익사업은 클러스터 추진, 생태산업단지 구축, 구조고도화, 스마트산단 추진업무 등 정부보조금으로 추진하는 사업으로 구성되어 있고, 과세기준자문 결과에 따라 공통손금을 재계산하여 법인세를 부과한 것으로 나타난다.

(다) 처분청 심리자료에 따르면 공통손금 안분계산 검토내용은 아래와 같다.

2. 과세기준자문 회신 내용

수익사업 및 기타의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 경리함에 따라 기타의 사업 목적에 부합하게 지출하고 계상한 비용(간접사업비)은 기타의 사업의 개별손금에 해당하는 것이나, 국가에서 정한 수혜요건에 적합한 수혜자 등에게 그대로 전달하는 보조금(직접사업비)는 해당 비영리내국법인에게 속하지 않는 것으로 봄

(라) 이 건 세무조사 결과 보고서의 주요 내용은 아래와 같다.

□ 사실관계

○ (수익사업 영위) 조사법인(청구법인)은 토지분양매출, 임대관리사업, 열공급 판매사업 등 수익사업과 클러스터 사업, 스마트산단사업, 각종 보조금 사업 등의 기타의 사업을 영위함

○ (구분경리) 조사법인(청구법인)은 수익사업과 기타의 사업을 구분경리하였으며, (중략)

○ (지원금, 보조금) 기타의 사업 부분 매출액 및 매출원가는 ‘지원금 사업’과 관련된 내용을 기록하였고, 영업외수익 및 영업외비용은 ‘보조금 사업’과 관련된 내용을 기록함

○ (지원금과 보조금의 구분) 조사법인(청구법인)은 정부 등으로부터 위탁받은 사업이 계속 진행될 것으로 예측되면 지원금 사업으로 분류하고, 단발적인 사업으로 예측되면 보조금 사업으로 분류함

⇒ 지원금사업 및 보조금사업의 진행과정은 유사하며 사업의 영속성 예측 여부에 따라 조사법인(청구법인) 임의로 분류함

○ (기타의 사업 판관비) 기타의 사업 판관비는 조사법인(청구법인)의 자체 인건비로 실제 기타의 사업에 종사를 하고 있으나, 정부 등으로부터 수령한 보조금으로 인건비를 지급할 수 없어 조사법인(청구법인) 직접 지급한 인건비로 구성되어 있음

⇒ 정부 등으로부터 수령한 보조금으로 지급할 수 있는 인건비는 기타의 사업 수행과 관련하여 채용한 계약직 직원 및 일부 조사법인(청구법인)의 직원으로 기타의 사업에 투입된 모든 직원의 인건비를 정부 등에게 요청할 수 없는 실정으로 인해 기타의 사업부분은 결손이 발생함 ⇒ 이는 조사법인(청구법인)의 설립목적인 고유목적사업 수행으로 인해 발생됨

○ (임의의 산식 적용) 조사법인(청구법인)은 구분이 모호한 공통손금의 안분계산 시 경영지원팀, 인사팀 등 지원부서의 인건비(보험료와 복리후생비 포함)와 지급수수료, 여비교통비 등 기타 판관비 대부분을 공통손금액으로 보아 집계한 후 (중략) 국가 등으로부터 지급받은 지원금.보조금 지출액(이하 ‘쟁점사업비’)을 기타의 사업 개별손금에서 차감하는 임의의 산식을 적용하여 공통손금액을 세무조정함

(중략)

1) 사실관계 관련

③ 공통손금 안분계산 결과가 비합리적임

○ (현실과 다른 결과 도출) 조사법인(청구법인)의 주장대로 공통손금을 안분 계산하게 되면 수익사업 개별손금은 ‘매출원가, 판관비, 영업외비용’으로 구성되고, 기타의 사업 개별손금은 ‘판관비’만 남게 되어 엉뚱한 비율로 공통손금이 배분되는바, 최근 규모가 가파르게 성정한 쟁점사업이 현실과는 동떨어진 결과가 도출되어 비합리적임을 알 수 있음

○ (중략) 공통손금 안분 계산 시 쟁점사업비를 임의로 제외함에 따라 총 공통손금 OOO원 중 91.4%에 해당하는 OOO원을 수익사업에 해당되는 것으로 보았고, 공통손금 OOO원 중 8.6%에 해당하는 금액만 기타의 사업의 것으로 보아 손금불산입한 사실이 확인됨

○ 조사법인이 계상한 공통손금은 수익사업만 기타의 사업 모두에 쓰여 구분이 모호한 것으로 경영지원팀, 홍보팀 등의 인건비와 복리후생비, 조사법인(청구법인)이 사업을 수행하는 건물의 감가상각비 등으로 구성되어 있는데 결국 영업지원팀, 홍보팀의 직원은 법인세 과세표준을 구성하는 수익사업에 91.4%만큼 일을 하였고, 법인세 과세표준과 관련 없는 기타의 사업에는 8.6%의 일만 하게 된 결과가 도출되고,

○ 수익사업을 수행하는 부서와 기타의 사업을 수행하는 부서가 함께 사용하는 건물의 감가상각비도 91.4%, 8.6% 만큼 배분됨으로써 합리적인 법인세 산출이 되지 않는 것을 알 수 있음

○ (공통손금 안분의 목적) 공통손금의 안분계산의 목적은 법인세 과세대상 사업의 매출(익금)에 대응하는 손금을 찾아 결국 법인세를 합리적으로 산출하기 위한 것인데, 조사법인(청구법인)의 주장대로라면 공통손금액이 합리적으로 배분되었다고 볼 수 없음(중략)

2) 공통손금 안분계산 결과 관련(조사청 검토)

(마) 청구법인은

산업집적법 제22조의3

제6항 및 산업통상자원부 고시 제2021-90호 부칙 제56조에 의거 전담기관으로서 산업통상자원부 장관으로부터 경쟁력강화사업의 기획·평가·관리 등의 업무를 위탁받아 수행하는 기관에 해당하고, 청구법인의 업무는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인의 업무 내용

구분

주요 내용

전담기관

(청구법인)

ㆍ사업 협약체결 및 수행에 대한 종합관리

ㆍ사업 수행에 필요한 인력, 시설, 전용공간 등 행정지원

ㆍ사업비의 편성, 집행, 관리 및 사용실적 보고

ㆍ사업의 추진실적, 성과활용 및 활용결과의 보고

ㆍ기술료의 징수, 사용 및 관리 지원 등

주관기관

사업을 주관하여 과제를 수행하는 기관(기업 포함)

(바) 청구법인은 국가 등으로부터 수탁받은 사업과 관련하여 발생하는 사업비는 국가 등으로부터 쟁점사업비를 수령하고, 수탁받은 사업과 관련된 일부 운영비를 제외하고 대다수 쟁점사업비를 주관기관 등에 전달하며, 당해 사업비에 대한 관리 감독을 수행하였다(청구법인 이 제시한 쟁점사업비 전체 흐름도는 아래와 같다).

＜쟁점사업비의 전체 흐름도＞

(사) 청구법인이 과거 세무조사 당시 제출하였다고 주장하는 소명서(OOO회계법인 공인회계사 A 등, 2012.8.31.)의 주요 내용은 아래와 같다.

(결론)

(1) 본 거래는 지식경제부 장관으로부터 수령한 사업비에 대하여 사업 수행 후의 잔액과 발생이자 등을 포함한 일체의 손익을 정산하여 국가에 반납하는 형태이므로 산단공의 순자산을 감소시키는 거래에 해당되지 않으며(서면2팀-1055, 2008.5.30.)

(2) 본 사업비는 위수탁(신탁)관계와 유사하고 보조금 또는 출연금과 성격이 다른 것이므로 산단공의 비용으로 구분함은 타당하지 않으며,

(3) 비수익사업의 개별손금 비율에 포함하여 공통손금 부인액을 증가시킬 경우 지식경제부장관으로부터 수령한 관련 사업비가 수익사업의 개별익금이 아님에도 불구하고 고유목적사업준비금을 설정해야 하는 모순점이 발생하므로, 지식경제부장관으로부터 수령하는 사업비는 비수익사업의 개별손금에 포함함은 타당하지 않다 판단됩니다.

(아) 산업통상자원부와 전문기관 간의 ‘산업집적지경쟁력강화(R＆D) 사업협약서’에 따르면 산업통상자원부 장관은 2022.1.25. 청구법인과 당해 연도 연구개발비 OOO원(정부지원연구개발비)와 관련한 사업협약을 체결한 것으로 나타난다(청구법인이 산업통상자원부로부터 지급받은 위 금액을 사업의 전문기관 및 주관기관 등에게 지급하여 사업수행에 차질이 없도록 조치하는 조건임).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 공통손금을 수익사업과 기타의 사업으로 안분 계산함에 있어 쟁점간접사업비는 기타의 사업에 속하는 손금으로 볼 수 없으므로 공통손금 안분계산 시에기타의 사업 개별손금액에 직접사업비와 함께 쟁점간접사업비를 포함하지 아니한 금액을 기준으로 하여 공통손금을 안분하여야 한다고 주장하나, 쟁점사업비 가운데 직접사업비는 청구법인이 정부 등으로부터 지원받아 실제 해당 사업을 수행하는 주관기관 등에게 이를 지급하는 것이므로 청구법인이 기타의 사업을 운영하는데 필요한 비용(관련 비용)이거나 청구법인이 실제 지출한 비용으로 보기는 어려운 반면, 쟁점간접사업비는 청구법인이 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원과 산학협력 추진이라는 목적을 달성하기 위해 청구법인의 책임과 계산으로 지출하는 비용(여비교통비, 회의비, 협회운영비 등)으로서 기타의 사업을 운영하는데 필요한 간접비용이고 청구법인의 순자산을 감소시키는 손비에 해당한다 할 것이므로 이는 공통손금 안분계산 시 기타의 사업과 관련한 개별손금액에 포함하여 안분 계산을 하는 것이 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 적절하게 산정하는 합리적인 방식으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,

「국세기본법」 제18조

제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하고, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2016.10.13. 선고 2016두43077 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 과거의 세무조사 기간 동안에 기타의 사업에 대한 세무 처리에 대한 이미 소명을 하였고, 당시 기타의 사업에 대한 과세내역이 없었으므로 청구법인은 이를 과세관청의 공적인 견해표시로 보고 현재까지 법인세를 신고해 온 것이므로 이 건 법인세 부과처분은 처분청이 신의성실의 원칙을 위반한 것이라 주장하나, 과세관청이 과거 세무조사 당시에 공통손금 안분계산과 관련하여 쟁점간접사업비 공제 여부에 대해서 별도로 문제를 삼지 않았다고 하여 이를 청구법인에 대한 과세관청의 명시적 또는 묵시적인 공적 견해표명이라 보기는 어렵다 할 것이고, 과세관청이 과거의 세무조사와 다른 세무조사 대상 기간에 대해서 세무조사를 실시하여 과거에 적발(적출)하지 못한 과세거래나 과세항목 등을 법인세 과세대상에 포함하도록 한 것을 부당하거나 부적법한 처분으로 보기도 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장도 이를 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제4조【과세소득의 범위】① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

(중략)

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등

「통계법」 제22조

에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2.

「소득세법」 제16조

제1항에 따른 이자소득

3.

「소득세법」 제17조

제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6.

「소득세법」 제94조

제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

(중략)

5. 무상으로 받은 자산의 가액

(중략)

11. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3. 인건비

4. 유형자산의 수선비

5. 유형자산 및 무형자산에 대한 감가상각비

6. 자산의 임차료

7. 차입금이자

8. 회수할 수 없는 부가가치세 매출세액미수금(

「부가가치세법」 제45조

에 따라 대손세액공제를 받지 아니한 것에 한정한다)

9. 자산의 평가차손

10. 제세공과금(법 제18조의4에 따른 익금불산입과 법 제57조 제1항에 따른 세액공제를 모두 적용하지 않는 경우의 외국법인세액을 포함한다)(중략)

24. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제156조【구분경리】① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리 하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제76조【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

(4) 보조금 관리에 관한 법률

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. “보조사업”이란 보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.

3. “보조사업자”란 보조사업을 수행하는 자를 말한다.

4. “간접보조금”이란 국가 외의 자가 보조금을 재원(財源)의 전부 또는 일부로 하여 상당한 반대급부를 받지 아니하고 그 보조금의 교부 목적에 따라 다시 교부하는 급부금을 말한다.

5. “간접보조사업”이란 간접보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.

6. “간접보조사업자”란 간접보조사업을 수행하는 자를 말한다.

7. “중앙관서의 장”이란

「국가재정법」 제6조

제2항에 따른 중앙관서의 장을 말한다.

8. “보조금수령자”란 보조사업자 또는 간접보조사업자로부터 보조금 또는 간접보조금을 지급받은 자를 말한다.

제16조【보조금의 교부 신청】① 보조금의 교부를 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 보조사업의 목적과 내용, 보조사업에 드는 경비, 그 밖에 필요한 사항을 적은 신청서에 중앙관서의 장이 정하는 서류를 첨부하여 중앙관서의 장이 지정한 기일 내에 중앙관서의 장에게 제출하여야 한다.

② 중앙관서의 장은 공모(公募)를 통하여 제1항에 따른 보조금 교부신청서를 제출받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 보조사업을 수행하려는 자의 신청에 의하여 예산에 반영된 사업 중 그 신청자가 수행하지 아니하고는 보조사업의 목적을 달성할 수 없다고 인정하는 경우

2. 보조사업을 수행하려는 자가 지방자치단체의 장인 경우

3. 제1호 및 제2호에서 규정한 경우 외에 보조사업의 특성을 고려하여 공모방식으로 하는 것이 적절하지 아니하다고 인정하는 경우

제17조【보조금의 교부 결정】① 중앙관서의 장은 제16조에 따른 보조금의 교부신청서가 제출된 경우에는 다음 각 호의 사항을 조사하여 지체 없이 보조금의 교부 여부를 결정하여야 한다.

1. 법령 및 예산의 목적에의 적합 여부

2. 보조사업 내용의 적정성

3. 금액 산정의 착오 유무

4. 자기자금의 부담능력 유무(자금의 일부를 보조사업자가 부담하는 경우만 해당한다)

② 중앙관서의 장은 제16조 제2항에 따라 공모방식으로 보조금 교부신청서를 제출받은 경우에는 제1항에 따른 보조금의 교부 여부를 결정하기 전에 보조사업자선정위원회의 심의를 거쳐야 한다.

③ 제2항에 따른 보조사업자선정위원회의 구성ㆍ운영에 필요한 기본적인 사항은 기획재정부장관이 정하며, 그 밖의 세부사항은 중앙관서의 장이 정한다.

제19조【보조금 교부 결정의 통지】① 중앙관서의 장은 보조금의 교부를 결정하였을 때에는 그 교부 결정의 내용(그에 조건을 붙인 경우에는 그 조건을 포함한다. 이하 같다)을 지체 없이 보조금의 교부를 신청한 자에게 통지하여야 한다.

② 중앙관서의 장은 제1항에 따라 보조금의 교부 결정을 통지하였을 때에는 지방자치단체에 대한 보조금의 경우 단위사업별ㆍ보조사업자별로 작성한 교부 결정 내용을 즉시 기획재정부장관과 행정안전부장관에게 통보하여야 한다.

제22조【용도 외 사용 금지】① 보조사업자는 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 따라 선량한 관리자의 주의로 성실히 그 보조사업을 수행하여야 하며 그 보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니 된다.

② 간접보조사업자는 법령과 간접보조금의 교부 목적에 따라 선량한 관리자의 주의로 간접보조사업을 수행하여야 하며 그 간접보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니 된다.

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 제31조제4항에 따라 보조금 초과액을 반납하지 아니하고 활용하는 경우에는 유사한 목적의 사업에 사용할 수 있다.

제27조【보조사업 또는 간접보조사업의 실적 보고】① 보조사업자 또는 간접보조사업자는 중앙관서의 장이 정하는 바에 따라 보조사업 또는 간접보조사업을 완료하였을 때, 폐지의 승인을 받았을 때 또는 회계연도가 끝났을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 그 보조사업 또는 간접보조사업의 실적을 적은 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서를 작성하여 중앙관서의 장 또는 보조사업자에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 보조사업실적보고서 또는 간접보조사업실적보고서에는 그 보조사업 또는 간접보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 한 정산보고서 및 중앙관서의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다. 이 경우 보조사업 또는 간접보조사업에 대한 보조금 또는 간접보조금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 보조사업자 또는 간접보조사업자(보조사업자 또는 간접보조사업자가 지방자치단체인 경우는 제외한다)는 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인으로부터 정산보고서의 적정성에 대하여 검증을 받아야 한다.

③ 중앙관서의 장은 보조사업자 또는 간접보조사업자가 제1항 및 제2항에 따른 보고서 및 서류를 제1항에 따른 기한이 지난 후 제출한 경우에는 해당 보고서가 제출된 이후 최초로 지급하는 보조금(간접보조사업자의 경우 간접보조금에 관련된 보조금을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 50 이내의 범위에서 지연 기간을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 보조금을 삭감할 수 있다.

④ 제2항 후단에 따른 정산보고서의 정산 및 검증 방법에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제28조【보조금의 금액 확정】① 중앙관서의 장은 제27조에 따라 보조사업자로부터 보조사업실적보고서를 받으면 그 보조사업의 실적이 법령, 보조금 교부 결정의 내용 또는 법령에 따른 중앙관서의 장의 처분에 적합한 것인지를 심사하여야 한다. 이 경우 필요하다고 인정되면 현지조사를 하여야 한다.

② 중앙관서의 장은 제1항의 심사 결과 보조사업의 실적이 제1항의 심사기준에 적합하다고 인정될 때에는 교부하여야 할 보조금의 금액을 확정하여 그 보조사업자에게 통지하여야 한다.

제31조【보조금의 반환】① 중앙관서의 장은 보조금의 교부 결정을 취소한 경우에 그 취소된 부분의 보조사업에 대하여 이미 보조금이 교부되었을 때에는 기한을 정하여 그 취소한 부분에 해당하는 보조금과 이로 인하여 발생한 이자의 반환을 명하여야 한다.

② 중앙관서의 장은 보조사업자에게 교부하여야 할 보조금의 금액을 제28조에 따라 확정한 경우에 이미 교부된 보조금과 이로 인하여 발생한 이자를 더한 금액이 그 확정된 금액을 초과한 경우에는 기한을 정하여 그 초과액의 반환을 명하여야 한다. 다만, 보조사업자가 지방자치단체의 장인 경우 중앙관서의 장으로부터 보조금을 지급받은 후 대통령령으로 정하는 불가피한 사유로 발생한 이자는 그러하지 아니하다.

③ 중앙관서의 장은 제1항에 따라 반환 명령을 한 경우에 그 보조금 교부 결정의 취소가 제30조 제2항에 따른 것일 때에는 부득이한 사정이 있다고 인정하는 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 반환 기한을 연장할 수 있다.

④ 제2항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 해당 보조사업의 원래 목적을 달성하고, 자체 노력으로 예산을 절감한 경우에는 그 초과액을 반환하지 아니하고 해당 보조사업의 목적과 유사한 사업(신규사업 등 대통령령으로 정하는 사업은 제외한다)에 사용할 수 있다. 이 경우 지방자치단체의 장은 반환하지 아니한 초과액의 사용명세서(과목별로 금액 및 구체적 이유 등을 포함하여야 한다)를 초과액을 사용한 날부터 1개월 이내에 해당 중앙관서의 장에게 통보하여야 한다.

⑤ 기획재정부장관은 지방자치단체가 제4항 및 제6항을 위반하여 초과액을 사용하거나 보조사업자 또는 간접보조사업자가 중복되거나 과다하게 보조금 예산을 신청하여 교부받은 경우에는 다음 회계연도의 해당 세출예산을 편성할 때 이를 고려하여야 한다.

⑥ 제4항에 따라 유사한 사업에 초과액을 사용하는 데에 필요한 요건은 대통령령으로 정한다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제45조의17【한국산업단지공단의 설립 등】① 산업단지의 개발 및 관리와 기업체의 산업활동 지원과 산학협력 촉진을 위하여 한국산업단지공단을 설립한다.

② 공단은 법인으로 하고, 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 공단이 아닌 자는 한국산업단지공단 또는 이와 유사한 명칭을 사용하지 못한다.

④ 공단은 제45조의21에 따른 사업을 추진하기 위하여 필요한 자금을 다음 각 호의 재원으로 조달한다.

1. 국가 또는 지방자치단체의 출연금 및 보조금

2. 제45조의21에 따른 사업의 수익금

3. 제45조의22에 따른 차입금

4. 제45조의27에 따른 채권의 발행으로 조성한 자금

5. 그 밖의 수입금

⑤ 제4항 제1호에 따른 출연금의 사용 및 관리 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제45조의21【사업】① 공단은 제45조의17 제1항의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 제2조 제15호에 따른 산업단지의 관리

2. 산업단지의 개발, 조성, 분양, 임대 및 매각에 관한 사업

3. 공장ㆍ지식산업센터 및 지원시설ㆍ산업집적기반시설의 설치ㆍ운영과 분양ㆍ임대 및 매각에 관한 사업(제39조제1항에 따라 양도받은 산업용지 또는 공장등을 매각하는 사업을 포함한다)

4. 입주기업체의 노사협력 증진 및 인력수급에 관한 사업

5. 입주기업체 근로자의 후생복지ㆍ교육사업 및 주택건설사업

5의2. 입주기업체 근로자의 자녀들을 위한 보육시설의 운영에 관한 사업

5의3. 산업단지 입주기업의 산업기술혁신에 필요한 현장전문인력 양성과 산학협력, 근로자의 재교육 등을 위한 「사립학교법」에 따른 학교의 설립ㆍ운영 지원

6. 입주기업체의 생산성 향상 및 수출 촉진을 위한 사업

7. 공장설립 관련 업무의 지원

8. 공장의 이전ㆍ집단화를 위한 사업

9. 공장설립 및 산업단지와 관련한 정보의 수집ㆍ보급 및 조사ㆍ연구

10. 산업단지구조고도화사업

11. 산업집적지경쟁력강화사업

11의2. 산업단지의 안전관리 및 안전교육에 관한 사업

11의3. 스마트그린산업단지 관리 및 스마트그린산업단지 촉진사업 지원에 관한 업무

12. 입주기업체를 지원하기 위한 사업으로서 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업

② 각 산업단지의 관리권자는 산업단지의 관리업무를 산업통상자원부장관과 협의하여 공단에 위탁할 수 있다.

③ 삭제

④ 공단은 제1항의 사업을 할 때 지방자치단체 및 중소벤처기업진흥공단 또는 상공회의소 등 유관기관과 입주기업에 대한 지원업무에 관하여 상호 협력할 수 있다.

⑤ 제4항에 따른 지방자치단체 및 유관기관과의 협력에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제45조의26【출연 및 보조금】국가 또는 지방자치단체는 공단의 운영 및 사업에 필요한 경비에 충당하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공단에 출연하거나 보조할 수 있다.

(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제58조의18【출연금의 지급 및 관리】① 공단이 법 제45조의26에 따라 출연금을 지급받은 경우에는 별도의 계정을 설정하여 관리해야 하며, 법 제45조의21 제1항 각 호의 사업의 용도로만 사용해야 한다.

② 국가 또는 지방자치단체는 출연금을 지급받은 공단이 제1항에 따른 용도 외의 목적으로 이를 사용한 경우에는 용도 외의 목적으로 사용한 출연금의 전부를 회수할 수 있다.