이유
1. 원처분 개요
청구법인은 부산광역시 영도구 OO동 OOO에 본사를 둔 윤활유제조를 주업으로 하는 법인으로서, 93.9.7 청구법인의 공장부지인 부산광역시 영도구 OO동 OOOOO 외 7필지 공장부지 4,793㎡(이하에서 “구공장부지”라 한다)를 2,308,309,000원에 영도구청에 도로용지로 협의양도하고, 경상남도 울산시 남구 OO동 OOOOO 외 6필지 6,030㎡를 93.10.16 신공장부지로 취득하였다. 한편 94.3.29 청구법인은 93.1.1-93.12.31 사업년도 법인세신고와 함께 조세감면규제법(93.12.31 전면개정전, 이하에서 “구조감법”이라고 한다) 제42조의 규정에 따른 구공장부지 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세 면제신청을 하였다.
처분청은 청구법인의 면제신청에 대하여 청구법인이 건물 등 공장제조시설이 아닌 공장부지의 일부를 양도하였고 신공장부지 및 건물을 취득하였으나 구공장의 제조시설은 계속 가동하고 있어 대도시내 구공장의 지방이전에 해당하지 아니하므로
구조세감면규제법제42조
제1항 및 제2항에 의한 법인세 및 특별부가세의 면제요건에 해당하지 아니한다고 보아 면제를 배제하고, 다만,
구조세감면규제법제57조
제1항 단서에 의거 공공사업용토지에 대한 특별부가세 70%를 감면하여 94.11.1 청구법인에 특별부가세 172,514,463원을 포함한 93.1.1-93.12.31 사업년도분 법인세 598,944,530원을 경정고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 94.12.15 심사청구를 거쳐 95.2.21 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구주장
청구법인은 공장의 일부를 공공용지로 협의매도하고, 이에 상당하는 토지와 건물을 대체취득하여 새로 취득한 공장에서 업무를 영위하고 있고, 나머지 공장도 이전을 위하여 준비중이므로 구공장부지의 양도차익은
구조세감면규제법제42조
에서 규정하는 법인세 및 특별부가세의 면제대상에 해당한다.
나. 국세청장 의견
청구법인의 공장부지 중 일부만 양도되었을 뿐, 기존공장은 계속 가동중이므로 청구법인이 새로이 토지를 취득하여 공장을 건설중이더라도 이는 공장이전을 위한 것이 아닌 공정의 증설이라고 보아야 하므로 구공장부지의 양도차익은
구조세감면규제법제42조
에서 규정하는 법인세 및 특별부가세의 감면대상이 아니다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인의 공장부지중 일부를 도로용지로 양도하고 공장을 이전하기 위하여 신공장부지를 취득한 것이 대도시내공장의 지방이전에 대한 법인세 및 특별부가세의 면제요건에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
나. 관련법령
구조세감면규제법제42조
제1항 및 제2항에서는 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세 및 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 제5항에서는 “제1항 및 제2항의 규정은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 적용한다”고 규정하고 있고,
같은법시행령 제36조
제3항 및 동항 제2호에서는 법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받고자 하는 내국인은 공장양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서 및 이전계획서(구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우)를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있고, 한편 같은조 제5항에서는 “제3항 제2호의 경우에 지방에서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 3년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 1년 이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다”고 규정하고 있다.
한편 면제세액의 추징과 관련하여,
같은법 제42조
제4항 및 동항 제1호에서는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세 등을 면제받은 내국인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 지방에서 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 대통령령이 규정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다고 규정하고,
같은법시행령 제36조
제7항 제1호에서는 “법 제42조의 규정에 의하여 법인세·특별부가세·양도소득세를 면제받은 내국인이 제5항의 규정에 의하여 공장을 준공하지 아니하거나 이를 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 그 면제받은 세액”을 추징한다고 규정하고 있다.
다. 청구법인의 구공장부지 양도차익에 대하여 법인세 및 특별부가세를 면제하여야 하는지 여부를 본다.
(1) 사실관계를 보면, 청구법인은 청구법인의 공장 중앙으로 개설예정인 도로 용지로 이 건 구공장부지를 영도구청에 양도하였고, 그 양도차익에 대하여
구조세감면규제법제42조
의 규정에 의한 법인세 및 특별부가세의 면제신청서와 함께 공장이전계획서를 처분청에 제출하였음이 처분청이 제시한 관련증빙에서 확인되고 있고, 이전계획서에는 94.7.1 이전을 개시하여 신공장에서 사업개시예정일은 96.6.30으로 되어있다.
(2) 처분청은 청구법인의 면제신청에 대하여 구공장부지는 공장일부분의 양도로서
구조세감면규제법제42조
에서 규정하는 “공장의 양도”에 해당하지 아니하므로 법인세 및 특별부가세의 면제요건에 해당하지 아니한다고 하여 면제를 배제하고 청구법인에 이 건 과세하였음이 법인세 경정결의서 및 조사서에 의하여 확인된다.
(3) 앞의 관련법령에 따르면 구공장을 선양도한 후 신공장을 취득하여 신공장에서 사업을 개시하는 경우의 법인세 및 특별부가세 면제요건은 일응 구공장을 양도하고, 양도일이 속하는 사업년도의 법인세과세표준신고시 면제신청서 및 이전계획서를 제출하는 것으로 감면요건이 된다고 보아야 하고, 면제와는 별도로 이전계획서 대로 이전하는지 여부는 처분청에서 사후관리하여 구공장 양도 후 3년 이내에 신공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니하는 등의 추징사유에 해당하는 경우에는 면제한 세액에
구조세감면규제법제33조의5
제8항 소정의 방법으로 계산한 이자상당가산액을 가산하여 추징하는 것이 타당하다고 해석된다.
(4) 조감법기본통칙 제2-12-10...42에서는 공장이라 함은 “제조장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것”을 말한다고 규정하고 있는 바,
구조세감면규제법제42조
등 관련법령에서 부분양도에 대하여는 면제를 배제한다고 규정하고 있지 아니할 뿐 아니라, 공장건물, 기계시설 및 공장부지를 일시에 양도하여야 한다고 규정하고 있지도 않으며, 국세청예규에서도 선이전·후양도의 경우 신공장에서 사업개시한 후 2년 이내에 양도한 구공장의 가액은 그것이 부분양도한 경우에도 그 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세를 면제한다고 하고(소득22601-303, 89.3.7), 선이전·후양도와 선양도·후이전이 순차적으로 연결되는 경우 적법한 기간내에 구공장양도, 신공장의 취득 및 사업개시가 이루어지는 경우에는 법인세 및 특별부가세가 면제된다(법인22601-2051, 91.10.31)고 하고 있음을 볼 때 선양도·후이전의 경우에만 부분양도에 대하여 감면을 배제할 이유가 없다고 할 것이므로 처분청이 이 건과 같은 부분양도의 경우에는 감면이 배제된다고 본 것은 부당하게 법 소정의 면제범위를 축소하는 것이라 판단된다.
(5) 따라서 청구법인이 구공장부지를 양도한 후 그 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세의 면제를 신청한 것은
구조세감면규제법제42조
의 대도시내 공장의 지방이전에 대한 법인세등의 면제요건에 적합하다고 판단되므로, 처분청이 신공장으로의 이전이 적법하게 이루어졌는지 여부에 대한 사후관리를 하는 것은 별론으로 하고, 청구법인의 면제신청에 따른 법인세 및 특별부가세의 면제를 배제하고 이 건 과세한 처분은 부당하다.