이유
1. 원처분 개요 처분청은 청구인등 7인이 서울특별시 중구 OO동 OOOOO 대지 75평 3홉중 12.0113/75.3지분(이하 “관련토지”라 한다)을 1988.9.28 매매를 원인으로 1994.7.27 소유권이전등기하고 청구인이 관련토지 중 청구인지분 13.230㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 양도차익을 무신고한데 대하여 쟁점토지의 양도시기를 등기접수일인 1994.7.27로 보아 1996.3.16 청구인에게 1994년 귀속 양도소득세 83,592,720원을 부과 처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 1996.5.10 심사청구를 거쳐 1996.8.27 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인등 7인은 쟁점토지 등 관련토지와 그 지상건물에 대하여 1998.12.21 청구외 OOO, OOO에게 매매대금 250,000,000원에 양도하기로 한 매매계약서를 작성하였으며 이에 대한 소유권이전등기 준비과정에서 토지의 소유권이 국(재무부)로 된 사실을 확인하고 매수자에게 건물에 대한 소유권이전등기를 경유하여 주었고 토지는 소유권회복후 소유권을 이전하여 주기로 한 각서를 작성하여 주었고, 청구인등은 국가를 피고로 하여 쟁점토지등에 대한 소유권보존등기 말소소송을 서울민사지방법원에 제기하여 1989.7.3 인낙에 의하여 소유권을 회복하였는바, 이 과정에서 “국”의 소유권이 말소되고 서울특별시로부터 환지 정리 등 촉탁등기가 등기소로 발송되었으나 정리가 되지 않고 있는 사이 1992.1.1 일반등기정리가 토지구획정리사업법 제65조 제3항에 의거 중지되어 소유권이전을 하지 못하여 주고 있다가 1994년에 이르러 소유권을 이전하여 주게 되었다. 이 건 소유권이전등기 과정에서 부동산등기특별조치법 제2조 에 의하면 반대급부 이행완료일로 부터 60일 이내에 등기신청을 하게 되어있고 이를 위반할 경우 같은 법 제11조에 의한 과태료를 부과하도록 되어 있어 이를 면하기 위하여 부득이 등기이전용 매매계약서를 행정관서인 관할구청을 경유하는 과정에서 실지매매계약서와 다르게 잔금 10,000,000원을 1994.7.25 지급하는 것으로 작성하였을 뿐 이 계약서와 대금지급사실은 다른 것으로 이러한 사례는 등기를 취급하는 사무실에서 일반적으로 등기관행화 되어 있으므로 위 매매계약서에 의거하여 이 건 과세처분한 것은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구인이 쟁점토지의 양도시기를 청구인명의의 동지상 상가가 청구외 OOO외 1인에게 소유권이전등기된 날인 1988.12.28로 주장하는 것은 자산의 취득 및 양도시기에 관한 관련규정을 잘못 이해한 것이므로 쟁점토지의 양도시기에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구인이 쟁점토지를 양도한 것에 대하여 양도소득세 예정 또는 확정신고를 한 사실이 없는 점 둘째, 청구인이 제시한 부동산매매계약서상 매매계약일자(1988.12.21)와 쟁점토지 및 동지상 상가의 등기부등본상 매매원인일자(1988.9.28)가 서로 상이한 점 셋째, 부동산매매계약서상 잔금지금약정일인 1989.2.10에 잔금이 청산된 사실을 입증하기 위하여는 부동산매매계약서의 내용에 따라 매매대금중 잔금에서 세입자 입대보증금을 차감한 내역과 이를 청구인들이 영수한 날을 확인할 금융자료등 구체적인 증빙의 제출이 없는 점 넷째, 관련토지의 소유권이전등기시 제출된 부동산매매계약서에 1994.7.25 매매대금의 잔금 35,000,000원중 2차분 잔금 10,000,000원을 지급하기로 되어 있는 점을 종합하여 볼 때, 양도차익을 결정함에 있어서 잔금지급 약정일로부터 1월내 소유권이전등기를 한 쟁점토지의 양도시는 잔금지급 약정일이므로 이를 양도시기로 한 당초처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 쟁점토지의 양도시기를 가리는데 있다. 나. 관련법령 소득세법(1982.12.21 개정) 제27조에는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령이 정한다고 되어 있고, 같은법시행령(1989.8.1 개정) 제53조 제1항에는 법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. 고 규정되어 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 쟁점토지는 1983.12.26 국(재무부)로 소유권보존 등기되었다가 1989.10.31 위 국(재무부)의 소유권이 말소되고 위 등기부는 폐쇄되었으며, 1994.12.14 이기된 새로운 등기부에 의하여 1983.5.13 청구인등 7인이 취득한 후 1994.7.27 양도(원인 1988.9.28 매매)한 사실이 확인되고, 쟁점토지상 건물의 등기부등본에 의하면 위 건물을 청구인등 7인이 1983.5.13 취득하였다가 1988.12.28 양도(원인 1988.9.28 매매)한 사실이 확인된다. (2) 청구인이 제시한 쟁점토지등에 대한 매매계약서에 의하면 쟁점토지와 그 지상건물은 매도자를 청구인외 6인으로 매수자를 OOO외 1인으로 하고 매매대금을 250,000,000원으로 하여 1988.12.21 계약되었으며 그 잔금약정일은 1989.2.10로 되어 있음이 확인되고, 등기시 제출된 매매계약서에 의하면 매매계약일을 1988.9.28로 잔금지급약정이 1989.2.10자로 25,000,000원 및 1994.7.25자로 10,000,000원으로 되어 있음이 확인된다. 또한 청구인등이 국가를 상대로 제기한 소유권보존등기말소 등 청구소송(서울민사지방법원 88가합59992, 1989.7.3 청구인낙)에 의하면 위 소송은 1988.12.29 소제기되어 1989.7.3 피고인 국가가 원고인 청구인등의 청구를 인낙함으로서 소가 확정된 사실이 확인된다. (3) 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 쟁점토지는 청구인이 제시한 매매계약서의 작성일 현재 국(재무부)로 소유권보존등기되어 있었고 위 계약에 따른 건물의 소유권이전등기(1988.12.28)후인 1988.12.29 청구인등이 국가를 상대로 쟁점토지 등에 대한 소유권보존등기 말소 등 청구소송을 제기한 바, 매매목적물의 소송시 계약서에 이에 대한 약정이 있기 마련이나 위 청구인이 제시한 매매계약서에는 이에 대한 아무런 약정이 없고 이와 같이 약정없이 청구인 등이 소송을 수행하였다면 토지양도는 계약시 유보된 것으로 보이고 따라서 쟁점토지 등의 양도분에 대하여 청구인이 제시한 계약서의 내용이 적용되지 못한다 할 것이며, 또한 등기시 제출된 계약서는 실매매계약서라기 보다는 등기를 위해 작성된 계약서로 보이고, 청구인이 달리 쟁점토지의 양도에 따른 잔금청산일 또는 잔금약정일을 입증할 객관적인 증빙의 제시가 없는 바, 등기접수일을 그 양도시기로 하여 이 건 과세처분한 것은 타당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없다 할 것이므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.