이유
1. 처분 개요

가. 청구법인은 2006.2.8. OOO OOO OOO OOO OOOOO외 1필지

토지 19,882㎡ 및 건축물 4,128.16㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를

취득(매매)한 데 대하여 취득가액 17,300,000,000원을 과세표준으로 하여

산출한 취득세 등 795,800,000원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2009년 6월 세무조사 결과 이 사건 부동산 취득비용 중

부동산 중개수수료(이하 “쟁점 중개수수료”라 한다) 등 1,685,308,000원을

누락하여 신고하였음을 확인하고 그 누락된 가액에서 과다신고된

가

액 90,412,609원을 차감한 1,594,895,391원에

「지방세법」 제112조

제

1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 50,258,330원,

농어촌특별세 3,508,760원, 등록세 50,258,330원, 지방교육세 9,413,700원,

합계 113,439,120원(가산세 포함)을 2009.8.14. 부과고지하였으며, 청구법인은 2009.8.31. 이를 납부하였다.

다.

청구법인은 이에 불복하여 2009.10.19. OOOOO에게 이의신청을

제기하였으나, 2009.11.25. 기각되자 2010.2.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 사건 취득세 등의 과세표준에 포함되어 있는 쟁점 중개수수료 10억원중 5억원은 특수관계자와의 부당한 거래로 부당행위계산 부인

규정이 적용되어 법인세법상의 과세표준에 산입하여 과세한 후, 동일한

과세물건에 대하여 동일한 과세표준을 취득세와 등록세의 과세표준에 포함하여 과세함으로써 명백한 이중과세의 문제를 가지고 있어 당해 법인의 재산권을 부당히 침해하는 심각한 위법행위이므로 과세관청의 처분은 부당하다.

나. 처분청 등 의견

(1) 처분청 의견

(가) 취득세 및 등록세는 지방세법에서 정한 일정한 재산을 취득하는 경우 취득사실이 있는 자에게 부과하는 조세로서 재산권 기타 권리를 취득한 경우에 재화의 거래라는 사실 자체에 취득한 재화를

과세대상

으로 하고, 그 재화의 재산가액을 과세표준으로 하여 취득자

에게

부

과하는 지방세로 국세인 법인세와는 세목이 다를 뿐만

아

니라

그

입법목적도 다르므로 「국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률」

제2조

및 제3조, 제4조의 규정에 의거 이중과세라고 할 수 없다 할 것이다.

(나)

「지방세법」 제111조

제5항에서 대통령령이 정하는 법인장부에

의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 입증된 사실상의 취득가격을

과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의2 제1

호

에서 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서를 취득가격을 입증하는 법인장부로 규정하고 있는바, OOOOOO이 청구법인에게 통보한 문서는 사실상의 취득가격을 입증하는 법인장부에 해당하지 아니하고, 청구법인이 작성한 지급수수료 계정별원장에서 쟁점 중개

수수료가 10억원임이 입증되고 있는 이상, 이 사건 취득세 등 부과처

분은 정당하다.

(2) OOOOO 의견

「법인세법」상 부당행위계산의 부인규정에 따른 취득을 사실상 취득

가격의 적용대상에서 제외하는 규정(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정된

지방세법)이 2009.1.1.부터 시행되었으나, 이 사건 취득세 등 납세의무는

위와 같은 규정이 시행되기 전(2006.2.8.)에 성립하였으므로 해당 규정의

적용대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

법인장부에 의하여 취득가격이 입증되고 있는 것으로서 법인세법상

부당행위계산의 부인 규정이 적용된 금액을 부동산 취득가액에서 제외

할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)

구 지방세법

(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정되기 전의 것)

제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 가격이

공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만,

개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장ㆍ군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동

주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라

시장ㆍ군수가 산정한 가액으로 한다.

2. 제1호외의 건축물(새로 건축함으로써 취득당시 개별주택가격

또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한

건축물을 포함한다)과 선박ㆍ항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격，수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류ㆍ구조ㆍ용도ㆍ경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무

상취득 및 「소득세법」

제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한

취득을 제외한다)에 대하여는

제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고

사실상의 취득가격 또는 연부

금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이

입증되는 취득

제130조(과세표준) ① 부동산ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ자동차 및 건설기계에

관한 등록세의 과세표준은 등기ㆍ등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기ㆍ등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조

제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을

과세표준으로 한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제82조의2(취득가격의 입증등) ①법 제111조 제5항 제3호에서 "판

결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2.

법인장부 : 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서

제82조의3(취득가격의 범위) ① 취득세의 과세표준이 되는 취득

가

격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을

취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야

할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가) 청구법인은 2005.11.4. OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOO OOOOO 상호의 골프연습장을 개장하였으며, 2006.2.8. 이 사건 부동산을 취득(매매)하고,

취득가액 17,300,000,000원을 과세표준

으로 하여

산출한 취득세 등 795,800,000원을 신고·납부하였다.

(나)

청구법인은

2006.2.10. 부동산 중개수수료로 1,000,000,000원을

법인장부 지급수수료 계정에 기장한 사실이 청구법인이 제출한 법인장부(계정별원장)에서 나타난다.

(다) 청구법인은 2008.11.20. OOOOOO으로부터 부동산 중개수

수료 1,000,000,000원 중 청구법인의 전 대표이사 OOO 및 그 배

우자인 OOO에게 지급한 500,000,000원은 상여 및 기타소득으로 보아

특수관계자와의 부당한 거래로 부당행위계산 부인규정이 적용되어 소득

금액 변동사항 통지서를 받았다.

(라) 청구법인은 2009.9.30. OOOOOO에게 소득세 원천징수이행

상황을 신고하면서, 부당행위계산 부인규정이 적용된 500,000,000원

(근

로소득 131,000,000원, 기타소득 369,000,000원)에 대한 소득세(OOO

OO,OOO,OOOO, OOO OO,OOO,OOOO) 113,424,130원을 2009.9.30. 등 5차에

걸쳐 분할납부한 사실이 청구법인이 제출한 원천징수이행상황신고서, 통장사본 등 관련 증빙서류에서 확인된다.

(마) 청구법인은 당초 청구법인의 법인장부에 기장된 부동산

중개수수료 1,000,000,000원을 500,000,000원으로 수정기장하고, OOO

에게 지급한 369,000,000원은 지급수수료 계정에 기장하였으며, OOO

에게 지급한 131,000,000원은 상여금 계정에 기장하여

2010.12.6.

OOOOOO에게

법인장부 계정과목 분류오류에 대한 수정신고를 한 사실이 청구법인이 수정하여 제출한 법인장부에서 확인된다.

(바) 한편, 처분청은 2009.6.18. 청구법인에 대한 세무조사를 하여 이 사건 부동산 취득비용 중 쟁점 중개수수료 1,000,000,000원, 감정료

35,308,000원, 대출수수료 등 650,000,000원, 합계 1,685,308,000원을 누락

·신고한 사실을 청구법인의 법인장부 등에서 확인하고, 2009.8.14. 그

누락된 가액에서 과다신고된 가액 90,412,609원을 차감한 1,594,895,391원을

과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 113,439,120원(가산세 포함)을 부

과고지하였다.

(2) 쟁점에 대하여 본다.

(가) 구

「지방세법」 제111조

제1항·제2항 및 같은 법 제130조

제

1항·제2항에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하고

취

득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되 신고 또는 신고가액의

표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 규정하고 있으나, 같은 법 제111조 제5항 제3호

및 같은 법 제130조 제5항에서는 위 규정에 불구하고 법인장부 중

대

통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는

사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의2 제1항 제2호에서는 “법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서”를 법인장부로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령

제82조의3 제1항에서는 취득세의 과세표준이 되는 취득가격을 과세대상

물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의

이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)]을 포

함하는 것으로 규정하고 있고, 취득가격에는 과세대상물건의 취득

시기 이전에 지급원인이

발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의

가격은 물론, 그 이외에

실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었

다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차 비용도 이에 포함된다 할

것이나, 다만 그것이 과세

대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는

취득가격에 포함되지 아니한다(OOO

OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO) 할 것이다. 또한, 법인의 장부

가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는

객

관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부

가

액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한, 원칙적으로

실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로

하는 것이므로 법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 하는 것은 아니다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO) 할 것이다.

(나) 살피건대, 청구법인은 비록 부동산 중개수수료로 1,000,000,000원을

법인

장부 지급수수료 계정에 기장한 사실이 법인장부에 의하여 나타나

고는

있지만, OOOOOO의 세무조사 결과 500,000,000원이 부당

행위계산 부인규정이 적용되어 손금부인되고 귀속자에게 소득처분되어

청구법인은 이에 대한 소득세를 신고

·

납

부

하였고, 법인장부를 수정하여

세무서에 신고한 이상, 부당행위계산

부

인된 500,000,000원은 이 사건

부동산 취득을 위하여 지급된 일체의 비용에 포함된 것으로 보기 어렵다.

또한, 특수관계자와의 부당한 거래로 인한 가액을 법인의

장

부가

액으로 기록하였다면 이는 법인의 장부가액을 사실상의 취득가액

으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지에 비추어 볼 때 실제 취득가에 부합

하는 것으로 볼 수 있는 신빙성을 결여하였다고 판단할 수 있고,

아

울러 부당한 거래로 인한 신뢰할 수 없는 가액을 법인의 장부가액에

기록되어 있다고 하여 취득세와 등록세의 과세표준에 포함하

기는 어

려운 것으로 보인다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」

제77조 제5항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여

주문과 같이 결정한다.