쟁점건축물을 종교시설로 용도변경 하고자 하는 경우 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 하는데 현재까지 처분청으로부터 용도변경 허가를 받지 않았는바, 무단 용도변경을 이유로 쟁점건축물에 대해 종교단체에 대한 취득세 면제 규정을 적용할 수는 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2021.12.28. 경기도 수원시 팔달구 화서동 250-2 지상에 건축물 1,177.17㎡(지하 1층, 지상 3층 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 이 건 건축물 중 건축물대장(이하 “공부”라 한다)상의 용도가 종교시설인 141.34㎡(공용부분 포함, 이하 같다)에 대해서는「지방세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따라 취득세를 면제받았으나, 나머지 1,031.41㎡에 대해서는 공부상 용도가 종교시설이 아니라는 이유로 그 취득가격 1,479,327,140원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 41,724,460원, 지방교육세 2,372,210원, 농어촌특별세 2,964,470원 합계 47,061,140원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2022.12.16. 이 건 건축물 중 1층 172.64㎡, 2층 345.29㎡, 3층 188.83㎡ 합계 706.76㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 종교행위에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 면제하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.1.3. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.30. 이의신청을 거쳐 2023.9.4.심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 이 건 건축물을 종교시설로 하여 증축하고자 하였으나, 종교시설의 경우 용적률이 낮게 적용되어 청구법인이 원하는 면적만큼 증축할 수 없게 됨에 따라 건축사의 자문을 받아 공부상 용도를 근린생활시설과 주택으로 하여 이 건 건축물을 증축한 것일 뿐 쟁점건축물을 종교시설이 아닌 다른 용도로 사용하기 위해 그 용도를 근린생활시설 등으로 한 것이 아니다. (2) 청구법인은 이 건 건축물(1,177.17㎡) 중 1층 172.64㎡를 카페로 사용하고, 주택인 3층 156.43㎡를 공실로 두고 있으므로 이에 대해서(합계 329.07㎡)는 취득세 등을 납부하여야 한다 하더라도 나머지 면적(848.1㎡)은 종교행위에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 할 것임에도 처분청이 그 중 공부상 용도가 종교시설인 141.34㎡에 대하여만 취득세를 면제하고, 쟁점건축물(706.76㎡)에 대해서는 공부상 용도인 근린생활시설로 사용하지 아니하고 다른 용도(종교시설)로 사용하고 있다고 하여 취득세를 면제하지 않았는바, 이는 취득세 현황과세의 원칙에 비추어 부당한 처분이다. (3) 처분청도 청구법인이 쟁점건축물을 종교행위에 직접 사용하고 있음을 사실상 인정하고 있고, 청구법인이 쟁점건축물을 종교시설로 사용하는데 대해 처분청이 시정명령을 한 사실도 없으며, 서울행정법원 2005.7.14. 선고 2005구합1404 판결에서 근린생활시설을 종교시설로 사용하고 있다고 하더라도 이를 불법사용이라고 볼 수 없다고 판결하였음을 볼 때, 청구법인이 쟁점건축물을 공부상 용도가 아닌 종교시설로 사용한다고 하더라도 이를 위법한 사용이라고 단정할 수는 없으므로 쟁점건축물을 종교시설로 보아 취득세를 면제하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 행정관청의 허가 없이 근린생활시설을 문화집회시설(종교시설)로 변경하는 것은 허용되지 아니하므로 무단으로 용도변경을 하였다는 이유로 해당 건축물을 종교시설로 의제할 수 없다고 할 것이고(서울행정법원 2019.1.11. 선고 2018구합5345 판결), 청구법인은 2021.12.28. 쟁점면적을 각각 휴게음식점(1층 172.64㎡), 학원(2층 345.29㎡), 사무소(3층 188.83㎡)로 하여 사용승인을 받았으므로 청구법인이 쟁점건축물을 종교시설로 사용한다고 하더라도 이를 취득세 면제 대상인 종교행위에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없다. (2) 청구법인이 제시한 판례(서울행정법원 2005.7.14. 선고 2005구합1404 판결)는 건축물의 연면적이 500㎡ 이하인 근린생활시설을 교회의 예배장소로 사용한 경우 이를 종교시설로 볼 수 있는지 여부에 대한 것으로 쟁점건축물과 같이 연면적 500㎡를 초과하는 건축물에 대해서는 그대로 적용할 수 없다. (3) 또한, 청구법인은 이 건 건축물을 종교시설(종교집회장)로 허가 받아 건축할 수 있음에도 불구하고 좀 더 넓게 신축하기 위해 용적률 산정이 유리한 근린생활시설 등으로 하여 이 건 건축물을 신축한 것으로 보이는바, 청구법인이 쟁점건축물을 종교용으로 사용하고 있다고 하더라도 이는 임시적·불법적으로 사용으로 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 규정하고 있는 종교행위에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건축물을 종교행위에 직접 사용하고 있으므로 그 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 이 건 건축물이 소재하고 있는 경기도 수원시 팔달구 화서동 250-2 토지 1,057㎡에는 1998.4.14. 신축한 종교용 건축물 1,049㎡(서광감리교회 본당)이 있었고, 청구법인은 2021.12.28. 그 토지 일부에 이 건 건축물 1,177.17㎡(지하 1층, 지상 3층)를 신축하였으며, 이 건 건축물의 공부상 용도와 실제 사용 현황(지하 1층의 주차장 등은 지상 층의 면적에 안분) 등은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 이 건 건축물의 공부상 용도, 현황 및 취득세 면제 현황 (단위 : ㎡)

구분	용도		면적			쟁점 건축물
	공부	현황	합계	과세	면제
지상 1층	음식점	카페	172.64	172.64
		교육관	172.64.	172.64		172.64
지상 2층	학원	교육관	345.29	345.29		345.29
지상 3층	사무소	사무실	188.83	188.83		188.83
	종교시설	종교시설	141.34		141.34
	주택	주택	156.43	156.43
합 계			1,177.17	1,035.83	141.34	706.76

(나) 청구법인은 이 건 건축물을 취득(신축)한 후 ＜표＞의 종교시설과 주택을 종교행위에 직접 사용하는 것으로 하여 취득세 등을 면제받았으나, 2022.4.13. ＜표＞의 주택(156.43㎡)을 종교행위에 직접 사용하지 않는다고 하여 그 취득세 등 9,823,110원을 기한 후 신고·납부하였다. (다) 처분청 담당공무원이 2022.12.1. 이 건 건축물의 사용현황을 확인하고 작성한 출장보고서(발췌)는 아래와 같다.

○ 1층 휴게음식점은 카페로 운영되고 있는데 상시 개방하여 대가를 받고 음료를 판매하고 있으므로 수익사업에 해당하고, 3층 주택은 종교용도인 목사 자택으로 사용하고 있지 않으므로 추징 적정함 ○ 건축물대장상 1층 휴게음식점 중 일부 면적, 2층 학원 및 3층 사무소는 실제로는 종교용도에 사용 중 이기에 해당 면적에 대해 「지방세특례제한법」제50조 에 따른 감면 적용을 주장하나, 건축물대장과 실제 현황이 다른 임시적·불법적 사용이며 법정 “사용”에 해당한다고 볼 수 없으므로(대법원 2015두58928, 2016.3.10.)추징 적정하다고 판단됨

(라) 이 건 건축물의 공부상 소유자는 청구법인(재단법인 기독교대한감리회유지재단)이나, 실제 소유자는 서광감리교회이며, 서광감리교회의 김현웅 목사는 조사담당자와의 통화에서 이 건 건축물이 있는 경기도 수원시 팔달구 화서동 250-2 토지 1,057㎡에는 이미 종교시설(서광감리교회 본당)이 있어 종교시설에 대한 용적률을 적용하는 경우 신축하고자 하는 면적에 미치지 못해 건축사의 자문을 받아 그 용도를 근린생활시설 등으로 하여 건축허가를 신청한 것이고, 이 건 건축물의 사용승인을 받은 후 쟁점건축물 등을 종교시설로 용도변경 하고자 처분청에 문의하였으나, 담당공무원으로부터 용도변경이 불가하다는 답변을 구두로 받았으며, 이 건 건축물의 1층 중 114.29㎡는 자신이 청구법인으로부터 임차하여 사업자등록을 한 후 카페로 운영하고 있고, 3층의 주택은 서광감리교회가 해외에 파송한 선교사들이 국내에 들어올 때 일시적으로 머물도록 하기 위해 신축하였으나 현재까지 비워 두고 있다고 답변하였다. (마) 청구법인이 제출한 사진을 보면, 서광감리교회는 쟁점건축물을 예배실(1층), 성가 연습실(2층) 및 교회 사무실(3층)로 각각 사용하고 있는 것으로 나타난다. (2) 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하되 그 단서, 제2호 및 제3호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 또한, 「건축법」제19조 제2항 제1호에서 사용승인을 받은 건축물의 용도를 상위군에 해당하는 용도로 변경하는 경우에는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항 4호에서 문화 및 집회시설군(종교시설 등)을, 제7호에서 근린생활시설군(제1·2종 근린생활시설 등)을 각각 규정하고 있다. 따라서 청구법인이 쟁점건축물의 용도를 근린생활시설군에서 상위군에 속하는 문화 및 집회시설군(종교시설)로 변경하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다고 할 것이다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 청구법인은 이 건 건축물(1,177.17㎡) 중 종교시설인 3층 141.34㎡를 제외한 1,035.83㎡를 제1·2종근린생활시설 또는 주택으로 하여 사용승인을 받은 점, 청구법인은 쟁점건축물(706.76㎡)을 근린생활시설로 하여 건축허가를 신청하였고, 쟁점건축물을 종교시설로 용도변경 하고자 하는 경우 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 하는데 현재까지 처분청으로부터 용도변경 허가를 받지 않았는바, 무단 용도변경을 이유로 쟁점건축물에 대해 종교단체에 대한 취득세 면제 규정을 적용할 수는 없는 점, 청구법인이 쟁점건축물을 종교시설로 사용하는 것은 쟁점건축물의 용도에 관한 법적 규제를 위반하여 사용하는 것으로서 언제든지 시정명령의 대상이 되는 임시적·불법적인 사용에 해당된다고 보이는 점, 나아가, 공부상의 용도와 다른 용도로 사용하는 건축물까지 종교시설로 보아 취득세를 면제한다면 행정관청이 건축물의 위법한 사용을 사실상 방조하는 것으로 비춰질 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2023. 11. 16.

주심조세심판관		홍 삼 기
배석조세심판관		정 정 회
		정 민

＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것) 제50조[종교단체 또는 향교에 대한 면제] ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (2) 건축법 제11조[건축허가] ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다. 제19조[용도변경] ① 건축물의 용도변경은 변경하려는 용도의 건축기준에 맞게 하여야 한다. ② 제22조에 따라 사용승인을 받은 건축물의 용도를 변경하려는 자는 다음 각 호의 구분에 따라 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받거나 신고를 하여야 한다. 1. 허가 대상 : 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설군(施設群)에 속하는 건축물의 용도를 상위군(제4항 각 호의 번호가 용도변경하려는 건축물이 속하는 시설군보다 작은 시설군을 말한다)에 해당하는 용도로 변경하는 경우 2. 신고 대상 : 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설군에 속하는 건축물의 용도를 하위군(제4항 각 호의 번호가 용도변경하려는 건축물이 속하는 시설군보다 큰 시설군을 말한다)에 해당하는 용도로 변경하는 경우 ④ 시설군은 다음 각 호와 같고 각 시설군에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다. 4. 문화 및 집회시설군 7. 근린생활시설군 제22조[건축물의 사용승인] ① 건축주가 제11조ㆍ제14조 또는 제20조제1항에 따라 허가를 받았거나 신고를 한 건축물의 건축공사를 완료[하나의 대지에 둘 이상의 건축물을 건축하는 경우 동(棟)별 공사를 완료한 경우를 포함한다]한 후 그 건축물을 사용하려면 제25조 제6항에 따라 공사감리자가 작성한 감리완료보고서(같은 조 제1항에 따른 공사감리자를 지정한 경우만 해당된다)와 국토교통부령으로 정하는 공사완료도서를 첨부하여 허가권자에게 사용승인을 신청하여야 한다. (3) 건축법 시행령 제14조[용도변경] ⑤ 법 제19조 제4항 각 호의 시설군에 속하는 건축물의 용도는 다음 각 호와 같다. 4. 문화집회시설군 가. 문화 및 집회시설 나. 종교시설 다. 위락시설 라. 관광휴게시설 7. 근린생활시설군 가. 제1종 근린생활시설 나. 제2종 근린생활시설(다중생활시설은 제외한다)