이유
1. 원처분 개요

처분청은 청구법인이 1988.4.1자로 국가에 기부채납한 서울특별시 강서구 OO동 OOOOO 지상조업장비점검수리장(이하“쟁점기부재산”이라 한다)에 대하여 기부채납한 동일자로 서울지방항공관리국장으로 부터 무상사용허가를 득하여 국유재산법상 사용요율로 계산한 20년을 기준으로 하여 각 사업년도 소득금액 계산시 균등액을 손금액에 산입한 것을 부인하고, 법인세법상 내용년수에 따른 균등액을 각 사업년도 소득금액 계산시 손금산입하고,

청구법인이 봉제공장 폐업시의 재고를

부가가치세법 제6조

제4항의 규정에 의한 폐업시 잔존재화로 보아 이에 대한 부가가치세를 납부하고 동 세액을 법인의 1992.1.1～12.31 사업년도 소득금액 계산시 세금과 공과금으로 손금산입한데 대하여, 위 세액은 손금에 산입할 세금과 공과금에 해당하지 아니하는 것으로 이를 부인하여,

1994.6.30자로 1989.1.1～12.31 사업년도 법인세 16,013,300원 및 동 방위세 2,932,060원, 1990.1.1～12.31 사업년도 법인세 14,944,420원 및 동 방위세 2,932,060원, 1991.1.1～12.31 사업년도 법인세 15,020,070원, 1992.1.1～12.31 사업년도 법인세 14,202,200원, 1993.1.1～12.31 사업년도 법인세 13,354,380원을 부과처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1994.8.26 심사청구를 거쳐 1994.12.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구주장 ①

청구법인은 1986.11.28 사업활동에 직접 사용하기 위하여 쟁점기부재산을 준공과 동시에 국가에 기부채납한다는 조건으로 신축계획승인을 받아 1988.4.1 쟁점기부재산을 국가에 기부채납하고 서울지방항공관리국으로 부터 무상사용수익허가를 득하여 국유재산법상 사용가능기간인 20년을 기준으로 하여 각 사업년도 소득금액계산시 균등액을 손금에 산입하였으나,

처분청은 사용수익기간이 명문으로 규정되어 있지 아니하다는 이유로 법인세법상 내용년수에 따른 균등액을 각 사업년도 소득금액 계산시 손금산입하여 법인세등을 과세하였는 바,

청구법인이 사용수익권의 취득목적으로 국가에 기부채납한 쟁점기부재산의 건설비는 청구법인이 사업영위를 통한 수익을 목적으로 지출한 비용이므로 동 재산 건설비용을 손금에 산입함에 있어서

기부금의 손금불산입에 관한 법인세법 제18조

의 규정을 적용할 수는 없으며, 쟁점기부재산의 건설비용은 미래의 수익을 얻기 위한 지출이므로 수익·비용 대응의 원칙에 의하여 당해 자산으로 부터 수익이 발생하는 기간에 걸쳐서 손금에 산입하여야 하고,

또한 쟁점기부재산의 무상사용수익기간은 국유재산법의 규정에 의하여 최장 20년을 초과할 수 없으므로 기부금에 관한 손금불산입 규정을 적용한다 하더라도 쟁점기부재산의 무상사용수익허가서상 무상사용수익기간이 명문으로 약정되어 있지 아니하였음을 이유로 처분청이 이를 쟁점기부재산의 내용년수(40년)에 따라 손금산입해야 한다고 결정한 것은 제반법규 및 사실관계를 충분히 이해하지 못한 위법 부당한 처분이므로 결정 취소되어야 한다.

(2) 청구주장 ②

청구법인의 봉제공장 폐업시 잔존재화를 자가공급으로 회계처리하여 자기로 부터 거래 징수한 부가가치세를 매입세액 공제하지 아니하고 법인세법상 세금과 공과금으로 보아 손금산입한 것인데, 처분청이 반출재화로 취급하고 거래징수한 부가가치세는 세금과 공과금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 동 부가가치세를 손금불산입하여 법인세등을 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구주장 ①에 대하여

법인세법 제18조

제3항 제1호 및 같은 법시행령 제40조 제2항과 같은 법 기본통칙 2-10-22---17의 규정중 이 건 관련내용을 모두어 보면 국가등에 기부하는 금품은 이월결손금을 차감한 이후 전액 손금에 산입하는 것이나 그것이 금전이 아닌 다른 자산의 경우에는 이연비용으로 하여 그 기부자산의 내용년수에 따라 안분한 금액을 손금에 산입하는 것인데, 당해 기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 기한을 연장할 수 없는 특약이 있는 경우에 한하여 당해 사용수익기간에 따라 안분하여 손금에 산입할 수 있는 바,

쟁점기부재산에 대하여 청구법인과 관계당국과의 계약내용을 보면 사용허가기간을 매년 또는 매 2년마다 연장허가하고 단지 사용료 면제요율을 재산가액의 50/100으로 한다는 약정만이 조건으로 되어 있을 뿐 전시 법규정에서 살펴본 기한연장특약에 대한 약정내용은 체결되어 있지 아니하므로 청구법인이 면제요율로 정한 비율로서 기간을 역산하여 20년으로 추정하고 그 기간을 기준으로 안분한 금액을 각 사업년도 소득금액 계산시 손금에 산입한 것은 전시 법규정을 위반한 회계처리로 보아 처분청에서 이를 부인하고 법인세법상 규정에 의한 내용년수에 의하여 안분계산한 금액에 의해 각 사업년도 소득금액을 경정결정한 것은 정당하다.

(2) 청구주장 ②에 대하여

청구법인은 별도로 운영중에 있던 봉제공장을 폐업하기로 하고 잔여재화를 본사에 인도한 후 폐업시 잔존재화로 처리하여 자기로 부터 거래징수한 매출세액을 세금과 공과로 처리하였으나,

부가가치세의 납세의무는 사업장별로 지는 것이고 폐업하는 경우 잔존재화는 폐업하는 시점에서 다른 사업자 등에게 인도하거나 양도하지 못함으로 인하여 자기에게 공급하는 것으로 의제하여 부가가치세를 과세하는 것인데 청구법인의 경우 동 잔존재화는 이미 본사에 인도하였던 것이므로 이를 잔존재화라고 볼 수 없을 뿐만아니라 총괄납부승인도 되어 있지 아니한 경우의 지점사업장의 본사매출로서 세금계산서의 교부의무도 면제되지 아니하는 것이며 사업장별 과세원칙에 따른 청구법인의 정상적인 매출세액에 해당하여 동 매출세액은 세금과 공과로 처리할 수 있는 것이 아니라 할 것이므로 이를 손금불산입하여 법인세를 경정결정한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 ① 청구법인이 국가에 기부채납한 재산의 손금산입기간의 적정 여부 및

② 폐업시 잔존재화의 회계처리의 정당성 여부 등을 다투고 있다.

나. 관계법령

(1) 쟁점 ①관련

법인세법 제18조

제3항 제1호에는 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액은 기부금으로 손금에 산입하도록 되어 있고,

같은 법시행령 제40조에는 법 제18조에 규정하는 기부금은 타인에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액 등으로 동 기부금중 금전외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로 부터 수익을 받을 경우에 당해 기부자산의 손비처리에 관하여 필요한 사항은 재무부령으로 정한다고 되어 있고,

같은 법시행규칙 제16조 제1호에는 법 제18조 제3항에 규정된 기부금의 경우 당해 기부자산을 이연비용으로 하여 당해 기부자산의 내용년수에 따라 안분한 금액중 법 제18조 제3항,

조세감면규제법 제61조

제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 범위내의 금액(다만, 당해 기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 때에는 당해기간에 따라 안분한 금액중 법 제18조 제3항,

조세감면규제법 제61조

제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 범위내의 금액)은 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정되어 있다.

또한

국세기본법 제20조

에는 「국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.」고 규정되어 있고,

국유재산법 제24조

제2항에는 행정재산의 사용수익허가를 받은 자는 그 허가받은 재산상에 건물 기타의 영구시설물을 축조하지 못하나 관리청이 그 행정 또는 보존목적의 수행에 필요하다고 인정하는 시설물의 기부를 전제로 한 축조는 그러하지 아니하다고 되어 있으며,

같은 법 제26조·제27조 및 같은 법시행령 제24조·제26조·제28조에는 행정재산 등으로 할 목적으로 기부채납한 재산에 대하여 기부자에게 사용·수익을 허가하는 경우에는 사용료의 총액이 그 재산의 가액에 달할 때까지 그 사용료를 면제하고 행정재산등의 사용수익허가기간은 3년 이내로 하며 허가기간은 갱신할 수 있고 이 경우에도 3년의 기간을 초과하지 못하며, 행정재산의 연간사용료는 행정목적 또는 보존목적의 수행에 필요한 때, 공무원의 후생목적을 위하여 필요한 때를 제외한 기타의 경우 당해 재산가액의 1천분의 50이상으로 하도록 규정되어 있다.

(2) 쟁점 ②관련

법인세법 제16조

제3호에는 부가가치세 매입세액은 손금에 산입하지 아니하나 부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액은 손금에 산입하도록 되어 있고,

같은 법시행령 제24조의2에는 「법 제16조 제3호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1.

부가가치세법 제17조

제2항 제3호에 규정하는 비영업용 소형 승용자동차의 구입 및 유지에 관한 매입세액(자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 기타 당해법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재무부령이 정하는 것」으로 규정되어 있으며,

같은 법시행규칙 제10조의2에는 「영 제24조의2 제2호에서 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

1.

부가가치세법 제16조

제2항에 규정하는 간이세금계산서를 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 공제대상이 아닌 금액

2.

부가가치세법 제17조

제2항 제3호의2에 규정하는 매입세액(접대비 및 이와 유사한 비용)

3. 부동산임차인이 부담한 전세금 및 전세보증금에 대한 매입세액」으로 규정되어 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 먼저 쟁점 ①에 대하여 살펴본다.

① 쟁점기부재산의 건설비 및 그 가액을 일정년수에 걸쳐 안분계산한 금액을 손금에 산입하는 것에 대하여는 다툼이 없으나 안분계산할 년수에 대하여 다툼이 있다.

② 위 관련규정상

법인세법 제18조

에 규정하는 「기부금」은 타인(사용인을 제외한다)에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액으로 규정되어 있는 바, 쟁점기부자산의 건설비가 이러한 기부금에 해당되는지 그 성격을 보면,

첫째, 청구법인은 운수보관업을 영위하는 법인으로서 쟁점기부재산을 준공한 후 국가에 기부채납함과 동시에 무상사용수익허가를 받아 청구법인이 계속사용하여 온 것이 쟁점기부재산에 대한 서울지방항공관리국장의 「지상조업장비 점검수리장 기부채납 및 무상사용 수익허가(1988.4.1)」공문에 의하여 확인되고 있으며,

둘째, 계약서상 사용기간은 1년 내지 3년으로 1988년이후 계속하여 갱신계약하여 오고 있으나 이는 쟁점기부재산이 국유재산인 관계로 국유재산법상 계약기간의 제한에 의한 것이며, 국유재산법령 및 허가서상 청구법인의 쟁점기부재산의 무상사용수익기간은 면제요율을 재산가액의 5/100로 하여 재산가액에 달할 때까지 무상사용토록 규정되어 있으므로 청구법인은 사실상 20년간 무상사용권을 취득한 것으로 볼 수 있는 바,

위와 같은 사실내용에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점기부재산을 국가에 기부채납한 것은 국가에 기부채납을 전제로 하지 않는 한 국유 행정재산위에 영구시설물을 축조하지 못하도록 규정된 국유재산법령에 따라 불가피하게 이루어진 것으로, 사실상 청구법인이 업무에 사용하고자 한 것이 인정되며, 또한 청구법인은 쟁점기부재산의 기부채납에 대한 대가로 20년간의 무상사용수익권을 취득하였으므로 이는 대가관계가 있는 교환거래 내지는 유상거래에 해당된다고 볼 수 있어 「무상으로 지출하는 것」으로 볼 수는 없다 할 것이다.

따라서 쟁점기부재산의 건설비는

법인세법 제18조

의 규정을 적용할 것이 아니라

국세기본법 제20조

(기업회계존중)의 규정에 의하여 수익·비용대응의 원칙에 따라 무상사용수익 기간인 20년동안 안분하여 손금에 산입함이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 다음은 쟁점 ②에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 봉제공장 폐업시 잔존하는 재화(이하 “쟁점재화”라 한다)를 자가공급으로 보아 자기로 부터 거래징수한 부가가치세는 매출세액에서 공제할 수 있는 매입세액이 아니므로 청구법인이 부담한 폐업시 잔존하는 재화에 대한 부가가치세는 청구인의 각사업년도 소득금액 계산시 손금에 산입되어야 한다는 주장이나,

② 청구법인과 OOOO주식회사간의 매매계약서에 의하면 쟁점재화가 청구법인의 다른 사업장에 반출되어 양도된 사실이 확인되고 있고,

부가가치세법시행령 제15조

제2항에 “2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다”고 규정되어 있는 바,

이 건 쟁점재화는 폐업한 사업장에서 폐업시점에 다른 사업장으로 세금계산서를 발행, 부가가치세를 신고납부하고 다른 사업장에서 매입세액을 공제받아야 함이 타당하며, 위 법인세법의 손금산입 관련규정에서 살펴본 바와 같이 쟁점재화관련 부가가치세는 손금산입대상에 해당되지 아니하므로,

처분청이 쟁점재화관련 부가가치세의 손금산입을 부인하고 이 건 과세처분한 것은 타당한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.