이유
1. 원처분의 개요

청구인은 경상남도 마산시 회원구 OO동 OOOOOOO에서 OO정밀공업사라는 상호로 제조업을 영위하는 사람으로, 95년도 귀속 종합소득세 확정신고시

조세감면규제법 제7조

의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 세액 18,100,194원을 감면하여 신고한 바 있고 위 OO정밀공업사는 96.4.1 현물출자후 OO정밀공업(주)로 법인전환되었다.

처분청은 전환법인의 최초사업년도인 96년도 귀속 법인세신고시

조세감면규제법 제123조

제1항의 규정에 의한 기업합리화적립금을 적립한 사실이 없고 또한 이건 감면세액상당액을 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용한 사실이 없다하여

조세감면규제법 제124조

의 규정에 의하여 감면받은 세액 18,100,194원에 이자상당액을 가산하여 97.7.9 청구인에게 95년 귀속분 종합소득세 20,742,820원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.7.24 이의신청, 97.10.8 심사청구를 거쳐 98.1.10 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 현물출자에 의하여 OO정밀공업(주)으로 법인전환한 후 최초사업년도 종료시 이익잉여금처분계산서상 기업합리화적립금을 적립하지는 아니하였으나 그렇다고하여 배당등으로 사외유출한 이익잉여금은 없으며 97.4.10 임시주주총회를 개최하여 기업합리화적립금으로 이익잉여금을 처분하여 동일자로 장부에 반영하였으므로 이건 과세처분은 취소함이 타당하다.

나. 국세청장 의견

청구인이 현물출자하여 설립한 법인인 OO정밀공업(주)의 최초사업년도의 이익금처분시에는 기업합리화적립금을 적립하지 못하였으나 97.4.10 임시주주총회를 개최하여 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하였으므로 감면세액을 추징함은 부당하다는 주장이나 당해법인의 최초사업년도의 결산시 기업합리화적립금을 이익금처분으로 적립하지 아니하였다가 추가로 적립한 사실이 인정된다 하더라도 재정경제원의 기업합리화적립금의 미적립으로 인한 추가 적립은 수정신고 대상이 아니라는 유권해석(재경원 기법46019-125, 97.4.2)의 취지 등으로 보아, 현물출자 법인의 최초사업년도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 감면세액상당액을 추징한 처분청의 당초 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세감면규제법 제7조

의 규정에 의하여 중소제조업 특별세액을 감면받은 개인사업자가 95.1.1 이후 현물출자 방법에 의하여 법인전환후 그 감면받은 세액을 전환법인의 최초사업년도의 이익금 처분시에 기업합리화적립금으로 적립하지 못하고 법인세 과세표준과 세액의 신고기한 경과후에 임시주주총회를 개최하여 이익처분을 하여 기업합리화적립금으로 적립한 경우 감면세액상당액을 추징할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구

조세감면규제법 제7조

(94.12.22 법률 제4806호로 개정된 것) 제1항의 규정에 의하면 제조업과 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해사업에서 발생한 소득(이하 “제조업소득등”이라 함)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다(단서생략)고 규정하고 있고,

반면,

같은법 제123조

제1항에서는 위 제7조등의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해사업년도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있는데 같은 제2항의 규정에 의하면, 위 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 위 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 이의 위임을 받은

같은법시행령 제108조

제1항에서는 위에서 언급하고 있는 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 기업회계상 처분가능이익(당기순이익에서 이월결손금과

상법 제458조

의 규정에 의하여 적립한 당해과세년도의 이익준비금을 공제한 금액)이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우, 그 제2호에서 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(

법인세법 제26조

제1항의 결산확정일)이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우로 규정하고 있고,

같은법 제123조

제4항에서는 위 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액에 상당하는 금액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 소득세상당액)을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다고 규정【상환기간이 1년 6월이상인 사채·외화차입금 또는 은행차입금(은행차입금에는 은행법에 의한 금융기관의 법인으로서 자금의 조달 및 융자업무를 조직적으로 영위하는 자로부터 차입한 자금을 포함)의 상환은 세액공제·세액감면·소득공제를 적용받은 날로부터 2년 이내에 상환하여야 하고 당해기업의 고유목적에 직접 사용하는 사업용자산의 매입이나 건설을 위한 투자는 5년 이내에 사용하여야 함】하고 있다.

한편, 위

조세감면규제법 제124조

에서는 위 제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다고 규정하면서 각호중 제3호에서는 「위 제123조 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자가 공제받은 세액에 상당하는 금액을 위 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 때 다만, 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도 방법에 의하여 법인으로 전환되는 경우로서 “대통령령이 정하는 경우”에는 그러하지 아니하다(94.12.22 단서 신설)」라고 규정하고 있고 [

조세감면규제법 시행령 제108조

제8항에서는 위에서 언급하고 있는 대통령령이 정하는 사업양수도 방법을 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금을 제외)와 의무(미지급금을 제외)를 포괄적으로 승계하는 경우를 말한다고 규정(94.12.31 단서 신설)하고 있음]

같은법 시행령 제108조

제9항에서는 위 법 제124조 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 현물출자 또는 제8항의 규정에 의한 사업양수도 방법에 의하여 설립된 법인이 당해법인의 최초사업년도의 이익금처분시에 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다. 이 경우 제1항의 규정에 의한 사유로 최초사업년도에 당해 감면세액 미사용분에 상당하는 세액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우에는 그 다음 사업년도의 이익금처분시에 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다(94.12.31 신설)고 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 청구인은 OO정밀공업사를 영위하다가 96.4.1 현물출자 방식으로 법인(상호 : OO정밀공업 주식회사) 전환하였고 청구인이 96.5.31 종합소득세 확정신고시 중소제조업등에 대한 세액 18,100,194원을 감면하여 신고한 바 있으며, 법인전환후 97.3.30 법인세 신고시 위 감면받은 세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 위 OO정밀공업(주)은 97.4.10 주주총회를 개최하여 96.12.31 현재 대차대조표상 당기순이익 46,489,833원중 기업합리화적립금으로 20,133,461원은 적립하고 차기이월이익잉여금을 26,356,372원으로 하는 이익잉여금 처분을 확정한 사실이 위 법인의 주주총회의사록, 이익잉여금처분계산서(확정)등에 의하여 확인되고 있다.

라. 판단

(1) 처분청은 위 OO정밀공업(주)의 최초 사업년도인 96년도 귀속분 법인세신고시 전시

조세감면규제법 제123조

제1항의 규정에 의한 기업합리화적립금을 적립한 사실이 없고 또한 이건 감면세액상당액을 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용한 사실이 없다하여 이건 과세처분을 하였으나,

(2) 전시

조세감면규제법 시행령 제108조

제9항의 규정에 의하면 현물출자 방법등에 의하여 설립된 법인이 당해법인의 최초 사업년도의 이익금처분시에 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우에는 그 다음 사업년도의 이익금처분시에 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다고 규정하고 있는 바, 관련 세법에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립취지는 동 감면세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조 개선과 건실화를 도모하기 위한 것(국심 96부1249, 97.4.14외 다수 같은 뜻임)이라고 할 것이며,

(3) 국세청장이 설시하고 있는 재경원 예규【기법46019-125 (97.4.2)】 내용을 살펴보면, 기업합리화적립금은 내국법인이 세액공제등을 받을 경우 그 법인이 당해사업년도의 이익처분에 있어서 그 공제액에 상당하는 금액을 사내적립금으로 적립하도록 규정하고 있는 기타 법정적립금으로써, 이는 국세를 감면한 경우 그 감면의 취지를 성취시키거나 국가정책수행상 필요하다고 인정하는 때에는 내국법인에 대하여 세법이 기업합리화적립금으로 적립하도록 규정하여 감면세액의 사후관리를 하고 있는 요건에 불과하고 비록 당해연도에 적립하지 못했다 하더라도 처분가능이익이 부족한 경우와 세무조정에 의하여 적립할 금액이 증가한 경우 추후 적립이 가능하도록 규정하고 있어 이처럼 기업합리화적립금은

국세기본법 제45조

의 규정에 의한 과세표준이나 세액에 영향을 미치는 것이 아니라 공제된 세액 상당액의 추징을 면하기 위하여 법인의 이익잉여금 처분시 적립하도록 되어있는 것이므로 기업합리화의 과소적립 또는 미적립으로 인한 추가 적립사항은 수정신고의 대상이 아니라는 취지의 예규이므로,

(4) 이건 OO정밀공업(주)의 경우와 같이 개인인 청구외 OOO가 96.4.1 현물출자 방식에 의하여 법인으로 전환하면서 경리담당자의 착오로 97.3.30 법인세신고시 기업합리화적립금을 적립하지 못하여 97.4.10 주주총회를 개최하여 96사업년도 당기순이익 46,489,833원중 기업합리화적립금으로 20,133,461원을 적립하고 차기이월이익잉여금을 26,356,372원으로 하는 이익잉여금 처분을 하고 97사업년도 법인세신고시 이를 신고하였다면 과세관청은 이미 공제받은 세액을 추징할 수 없다고 할 것이므로 법인전환된 OO정밀공업(주)이 최초 사업년도의 이익금 처분시에 이미 공제받은 세액을 기업합리화적립금으로 처분하지 아니하였다 하여 이를 추징한 처분은 잘못이라고 판단된다.(대법원 95누17755, 96.10.29 같은 뜻임)

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.