이유
1. 처분개요

가.

청구인은 1999년에 서울특별시 OOO OOO OOO-O OOOOO

O OO OOOO(이하 ‘종전주택’이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 같은 곳에서 OOO(이하

“신축주택”이라 한다)를 2004.8.27. 취득하여 보유하다가, 2006.11.29.

O

OO,OOOO원에 양도하고 2007.1.24. 처분청에 양도소득세 과세표준 예

정신고시

「조세특례제한법」제99조의3

(신축주택의 취득자에 대한

양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하

였다.

나. 처분청은 신축주택의 양도소득세 신고내용 중 종전주택의

취득

일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상

에 해

당

하지 아니한다는 서울지방국세청장의 감사지적에 따라

2012.4.18. 청

구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고

지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16. 이의신청을 거쳐 2012.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도

소

득과 신축주택 준공일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득으로 임

의

구분한 후 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소

득에 대하여 감면을 부인하였으나,

「조세특례제한법」제99조의3

제

1항의 “취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”이라 함

은 양도로 인하여 발생하는 양도소득 금액 전액을 의미하는 것으로 해석하여야 하고, 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 규정은 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에만 적용되는 것으로서 신축주택의 취득일부터 5년 이전에 양도하는 경우에는 적용될 여지가 없는 것이며, 종전주택은 양도된 바가 없어 종전주택의 양도소득은 존재하지 않는 것이므로 감면대상소득은 종전주택 취득시점부터 신축주택 양도 시까지 발생한 모든 소득금액

으로 하여야 하고, 국세청의 개정세법 및 실무해설 책

자 등에서도

취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우 100% 감면하는 것으로 해설하

고 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3

제1항 규정에 따라 양도소득세를 감면

함에 있어 그 감면대상은 위 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축

주

택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”에 한정되

는

것으로 보아야 할 것이지 종전주택을 취득한 때부터 신축주택을 양도

한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수는 없는 것인바,

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은

감

면소득금액이 아님에도 청구인이

「조세특례제한법」 제99조의3

을 확

대 해석하여 감면소득금액을 과다하게 계산하였음이 명백하고(같은 뜻

서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9.), 재정경제부와 국세청에서 발

간한 책자에 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고

본다고 명확하게 기재하고 있지 않았고, 과세관청에서 청구인에게

신

뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 한 사실이 없는바 처분청의 처

분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」제99조의3

적용시, 종전주택의 취득일부터 신

축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에 포함하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법 제99조의3

【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당

하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후

에

양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소

득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이

「소득세법」 제89조

제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매

계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령

이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및

주

거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하

는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)

조세특례제한법 시행령 제99조의3

【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용

함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액

은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의

감

면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득

한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은

「소득세법」제95조

제1

항의 규정에 의한 양도소득금액 또는

「법인세법」제99조

제1항의 규

정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3)

국세기본법 제18조

【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 과세표준신고 및 자진납부계산서에 의하면, 청구인

은

2006.12.27. 양도소득세를 자진신고하면서 신축주택 취득전 양도소득

을

감면대상 소득에 포함하여 양도소득세 OOO원(100%)을 감면 신

청한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 결정결의서에 의하면, 처분청은 신축주택 취득

전

양

도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 2012.4.18. 청

구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 것으로 나타난다.

(3) 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상 소득에서 제외한다는

국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20)가 존재하기 이전에는 신축주택

의

취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하는지 여부에 대한 명확

한 해석 자

료는 없는 것으로 나타난다.

(4) 살피건대,

「조세특례제한법」제99조의3

소정의 신축주택 취득자

에

대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를

진

작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,「조세특

례제한법」제99조의3

제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축

주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명

문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의

양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려

운

점

등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이

내

에

발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발

생하

는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17., 같은 뜻임).

한편, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득

을 감

면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니한 바, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배

하였다고 볼 수 없으므로 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일

전일까지의 양도소득

금

액을

「조세특례제한법」제99조의3

에 의한 양

도소득세 과세특례

적

용대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은

잘

못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻

임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본

법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.