청구인들이 종합소득세 신고시 「소득세법」제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주됨으로써 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족하였으나,국세청이 발간한 책자에서 추계시에도 조특법 제7조 의 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있는 점,2016.7.13. 국세청의 유권해석이 있기 전까지 비과세관행이 성립된 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 신의칙을 위반한 것으로 보이므로 청구인들에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음

이유

1. 처분개요 가. 청구인들은 「소득세법」제160조 제3항에 따른 복식부기의무자에 해당하나 사업소득 금액을 추계하여 2015년 귀속 종합소득세를 추계로 신고하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업특별세액감면 〔김OOO(2015년 귀속 OOO원), 김OOO(2015년 귀속 OOO원), 김OOO(2011년 귀속 OOO원), 박OOO(2014년 귀속 OOO원, 2015년 귀속 OOO원), 윤OOO(2014년 귀속 OOO원), 남OOO(2011년 귀속 OOO원, 2015년 귀속 OOO원)〕 을 적용하여 각 신고·납부하였다. 나. OOO지방국세청장은 2016.11.4. 청구인들이 추계로 소득금액을 신고한 것은 「소득세법」제70조 제4항에 의해 무신고로 간주되므로 조특법 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면 배제대상이라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다. 다. 처분청은 중소기업특별세액감면 배제 및 가산세를 적용하여, 2017.1.6.～2017.2.6. 청구인들에게 종합소득세 2015년 귀속분 OOO원 (김OOO), 2015년 귀속분 OOO원(김OOO), 2011년 귀속분 OOO원 (김OOO), 2014년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원(박OOO), 2014년 귀속분 OOO원(윤OOO), 2011년 귀속분 OOO원, 2015년 귀속분 OOO원(남OOO) 각 결정·고지하였다. 라. 청구인들은 이에 불복하여 2017.4.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 청구인들은 종합소득세 과세표준 확정신고를 법정신고 기한내에 이행하였고, 무신고에 따른 결정 또는 경정을 받은 사실이 없는바, 중소기업 육성 및 발전을 위해 세액을 감면하는 조특법 제7조 의 입법취지는 무신고가산세를 부과하기 위한 「소득세법」제70조 제4항의 입법취지와 다름에도 「소득세법」의 과세요건을 근거로 중소기업특별세액감면을 배제하는 것은 부당하다. (2) 2006년 「소득세법」제70조 제4항 개정 이후에도 추계신고시 중소기업특별세액감면을 적용해왔고, 국세청 고객만족센터 안내책자에도 “무신고·기한후 신고시 감면배제”라고 하였으며, “① 추계시에도 감면 가능”이라고 적시되어 법정기한내 신고한 청구인들에게 중소기업특별세액감면을 배제하는 것은 신의칙에 위배된다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인들이 종합소득세 확정신고시 제출하여야 하는 서류를 제출하지 않고 추계신고하여 「소득세법」제70조 제4항에 따라 확정신고를 하지 않은 것으로 간주되어 처분청은 같은 법 제80조 제1항에 따라 추계신고와 동일한 과세표준에 감면세액을 배제하여 세액을 결정한 것이다. (2) 2016.7.13. 국세청의 예규는 세법에 대한 새로운 해석이 아닌 「소득세법」제70조 제4항 및 조특법 제128조 제2항에 대한 민원인 질의에 대한 회신에 불과한바, 중소기업특별세액감면을 배제한 처분이 비과세 관행 또는 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 복식부기의무자인 청구인들이 사업소득을 추계하여 종합소득세를 신고한 경우 무신고에 해당하여 중소기업특별세액감면 배제대상인지 여부 ② 중소기업특별세액감면 배제처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제70조 【종합소득과세표준 확정신고】④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. 3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치·기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표·손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서 제80조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 (3) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. 1. 감면업종 마. 제조업 제128조【추계과세 시 등의 감면배제】① 「소득세법」제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서는 적용한다. (4) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들은 소득금액을 추계하여 무신고가산세를 적용하여 종합소득세를 신고하였고, 종합소득세 과세표준 신고시 「소득세법」제70조 제4항 제3호의 재무상태표 등의 서류를 제출하지 아니하였으며, 2016년 10월 OOO지방국세청장은 청구인들의 종합소득세 신고분석결과에 따라 수정신고 안내문을 발송하였으나, 청구인들이 수정신고를 하지 않음에 따라 대전지방국세청장은 2016년 11월 청구인들의 수정신고 불응에 대해 감면받은 중소기업특별세액감면액을 추징하라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다. (2) 「소득세법」제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표1>과 같이 개정되었으나, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득세 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었고, 2006.12.30. 「소득세법」제70조 [종합소득 과세표준 확정신고] 개정에 대하여 간추린 개정세법이나 재정경제부(현 기획재정부)의 보도자료에 개정이유 등 관련 내용이 없다. <표1> 2006.12.30. 「소득세법」개정내용

구 소득세법 (법률 제7837호, 2005.12.31.)

개정된 소득세법 (법률 제8144호,? 2006.12.30.)

제70조[종합소득 과세표준확정신고] ④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <후문 신설> 3. 부동산임대소득금액 또는 사업소득 금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치·기장된 장부와 증빙 서류에 의하여 계산한 경우에는 기업 회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서와 그 부속서류 및 합계잔액시산표와 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서 . 다만, 제160조 제2항의 규정에 의하여 기장을 한 사업자의 경우에는 대통령 령이 정하는 간편장부소득금액계산서 제81조[가산세] ① 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니한다. ③ 복식부기의무자가 제70조 제4항 제3호의 대차대조표·손익계산서·합계잔액시산표와 조정계산서를 과세표준 확정신고서에 첨부하지 아니한 때에는 제1항의 적용에 있어서 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

제70조[종합소득 과세표준확정신고] ④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. <좌동> 제81조[가산세] ※ 「국세기본법」제47조의2 및 제47조의3으로 이동 ※ 「소득세법」제70조 제4항 후단으로 이동(개정시 밑줄 부분 삭제)

(3) 추계신고시 조특법 제128조 제2항 무신고시 감면배제와 관련된 국세청 등의 유권해석은 아래 <표2> 및 <표3>과 같이 2006.12.30. 「소득세법」개정 전·후로 그 내용이 다르다. (가) 2006.12.30. 「소득세법」개정 전 유권해석은 <표2>과 같이 추계신고·결정 시에 중소기업특별세액 감면 등을 적용받을 수 있다는 내용이다. <표2> 2006.12.30. 「소득세법」개정전 유권해석

생산일자	문서번호	내용	비고
1993.3.4.	국세청 소득46011-526	중소제조업을 영위하는 거주자가 추계조사결정을 받는 경우 에는 「조세감면규제법」 제15조의3(중소 제조업에 대한 임시특별별세액 감면)의 조세특례를 적용받을 수 있는 것 임	조특법 제128조 제2항 신설 전 유권해석
1997.4.25.	국세청 소득46011-1158	중소제조업을 영위하는 거주자가 당해 연도의 소득세 과세표준을 추계로 확정신고하는 때 에도 당해 제조업소득에 대하여는 「조세감면규제법」 제7조 의 중소제조업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임
1998.12.28.	「조세특례제한법」 제정	「조세감면규제법」폐지와 「조세특례 제한법」 제정하는 과정에서 무신고시 중소기업특별세액 감면 등을 배제하는 조문 신설
2002.9.2.	국세청 서일46011-11135	창업중소기업등에 대한 세액감면 은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정·경정하는 때에도 적용 받을 수 있음
2006.11.24.	국세청 서면인터넷 방문상담1팀 -1593	「조세특례제한법」 제128조 에 의거 「소득세법」 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우 같은 법 제102조의 산림개발소득에 대한 세액감면규정을 적용 할 수 있는 것임

(나) 2006.12.30. 「소득세법」개정 후 유권해석은 아래 <표3>과 같이 감면을 배제하는 내용이나 약 10년간 감면을 배제하는 내용의 유권해석은 없었다. <표3> 2006.12.30. 「소득세법」개정 후 유권해석 등

생산일자	문서번호	내용	비고
2010.12.14.	국세청 「소득세법」 집행기준 70-130-1	① 복식부기의무자가 재무제표 등 신고 부속 서류 대신에 간편장부 소득금액계산서를 첨부 하여 과세표준확정신고를 하는 때에는 적법한 신고를 하지 않은 것 으로 본다 .
2016.7.13.	국세청 2016- 법령해석 소득-139	복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 「소득세법」 제70조 제4항에 의해 종합소득 과세표준 확정 신고를 하지 아니한 것으로 간주 되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고 조특법 제128조 제2항에 의하여 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면의 적용은 배제 되는 것임	과세기준 자문
2017.3.27.	기획재정부 기획재정부 조세특례제도과 -335	복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 에는 「조세특례제한법」 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하지 않는 것 입니다. 다만, 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계로 신고하면서 중소기업특별세액감면을 적용한 납세자(‘16.7.13 전 신고한 자에 한한다)에 대해서 「소득세법」 제 80조에 따라 결정·경정 하는 경우에는 「국세 기본법」 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하지 아니하는 것 입니다.	2017.3.17. 기획재정부 국세예규 심사 위원회 결정

(4) 국세청 고객만족센터에서 발간한 「전화·인터넷상담을 위한 확정신고 안내 및 실무」책자 및 상담사례의 경우 추계신고 시 중소기업특별세액감면의 적용 여부에 대한 내용이 일치하지 않는다. (가) 국세청 고객만족센터의 2015.5.21. 상담사례는 “복식부기의무자가 소득세 확정신고시 복식부기에 의해 소득세를 신고하지 않고 추계신고하는 경우 「소득세법」 제70조 의 규정에 따라 소득세를 신고하지 않은 것으로 보아, 「소득세법」 제80조 제1항을 적용받게 되는 것이며, 조특법 제128조 제2항의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없음”이라고 되어 있다. (나) 반면에 국세청 고객만족센터에서 발간한 「2014년 귀속 전화·인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무」책자의 295쪽부터 300쪽까지에는 “나. 중소기업에 대한 특별세액감면(조특법7)”에 대한 부분에 “① 추계시에도 적용가능”이라고 기재되어 있으나, 같은 책의 384쪽에는 “무신고·기한후 신고시 감면배제”에 대한 내용에 “창업중소기업 등에 대한 세액감면”과 “중소기업에 대한 특별세액 감면”이 기재되어 있으며, 위의 내용은 2015년 귀속분에 대한 같은 책자에도 동일하게 기재되어 있다. (5) 「소득세법 시행규칙」 [별지 제40호 서식(1)]의 「종합소득세 과세표준신고서」 등에는 기준경비율이 적용되는 복식부기의무자의 추계신고를 신고유형의 하나로 기재하고 있고, 종합소득세 신고서의 앞면에는 “⑧신고유형”에 “ ???? 추계－기준율”, “ ???? 추계－단순율”이라고 기재되어 있으며, 종합소득세 신고서의 부속서류 중 하나인 추계소득금액계산서의 작성방법에는 “이 서식은 기준경비율에 따라 추계신고하는 경우에만 작성”이라고 기재되어 있다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 2006.12.30. 「소득세법」이 개정되면서 제81조[가산세]에 있던 복식부기의무자의 관련서류 미제출시 무신고로 간주하는 조항이 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하였고, 그 과정에서 “제1항의 적용에 있어서”라는 가산세 적용에 한하여 무신고로 간주하는 부분이 삭제되어, 그 밖에 조특법을 포함한 세법 적용의 전반에 있어서 무신고로 간주하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 종합소득세 과세표준신고시 제70조 제4항 제3호에 규정된 서류를 제출하지 않아 같은 항에 따라 무신고로 간주되어 처분청이 2011～2015년 귀속 종합소득세액을 경정·결정하여 조특법 제128조 제2항의 감면배제 요건을 충족한 점 등에 비추어 청구인들은 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없는 것으로 판단된다. (7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 신의성실의 원칙이나 「국세기본법」제18조 제3항의 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것OOO이고, 동 조항의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정인이 아니라 불특정한 다수의 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고OOO, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것OOO인바, 「소득세법 시행규칙」[별지 제40호 서식(1)]의 「종합소득세 과세표준신고서」에 복식부기의무자의 추계신고가 하나의 신고유형으로 기재되어 있는 점, 간추린 개정세법 등을 보아도 2006.12.30. 「소득세법」개정내용을 확인하기 어려운 것에 더하여 국세청이 발간한 「2014년 귀속 전화·인터넷상담을 위한 소득세 확정신고 안내 및 실무」책자에서 추계로 소득금액을 산정한 경우에도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 것으로 기재되어 있고 2015년 귀속 책자에도 동일한 내용이 나타나는 점, 2006.12.30. 개정된 후에도 복식부기의무자로서 관련서류를 미제출한 납세자가 중소기업특별세액감면을 받아도 특별하게 관련세액을 추징한 사례가 2016.7.13. 국세청의 유권해석(2016-법령해석 소득-139)이 있기 전까지는 거의 없어 그 간에 비과세관행이 성립된 것으로 납세자가 신뢰할 만한 점 등을 고려하면 청구인들에게 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 신의칙을 위반한 것이거나 또는 납세자에게 이미 받아들여진 비과세관행에 반하는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당한다 하겠다OOO 따라서, 처분청이 위 세액감면을 배제하여 종합소득세 및 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOO