이유
1. 원처분 개요 청구법인은 대전직할시 대덕구 OO동 OOOOO에 본점소재지를 두고 도·소매업 및 부동산분양·임대업을 영위하는 법인으로서 87.9월 대전직할시 중구 OO동, OO동, 및 OO동 일대에 지하상가겸용도로(지하상가 18,978.09㎡, 지하주차장 7,136㎡, 지하통로 12,769.12㎡)를 건설하여 대전직할시에 기부채납하고 준공일로부터 20년간 지하상가 및 지하주차장을 무상사용하기로 대전직할시와 협약을 체결하고 동 사업의 1단계공사인 33,681.89㎡(지하상가 15,773.64㎡, 지하주차장 7,136㎡, 지하통로 10,772.25㎡, 투자비용: 22,050,240,000원)중 1차로 완공된 지하상가 12,962.44㎡(이하 “쟁점시설물”이라 한다)에 대하여 대전직할시로부터 90.12.21부터 91.12.14까지 가사용승인을 받은 후 이를 타인에게 14,697,561,255원에 분양하고 동 수입금액과 그에 대응하는 비용을 무상사용기간인 20년간 안분계산한 다음 익금 및 손금에 각각 산입하여 90사업년도 법인세과세표준금액 및 세액을 신고하였고, 또한 가사용 승인받은 부분의 가액에 대한 부가가치세는 그 과세표준을 1단계 총공사원가(22,050,240,000원)×가사용승인면적(12,962.44㎡)÷1단계공사총면적(33,681.89㎡)으로 계산하여 확정신고한데 대하여, 처분청은 내국법인이 상품·제품 또는 기타 생산품에 해당하지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 손익금은 법인세법 제17조 제3항의 규정에 의하여 그 대금을 청산한 날이 속하는 90사업년도에 총수입금액과 총비용을 익금 및 손금에 산입시키고 또한 동 기부채납가액에 대한 부가가치세는 그 과세표준계산에 있어서 총면적(33,681.89㎡)의 범위를 도로면적을 제외한 22,909.64㎡로 계산하여 91.8.16 청구법인에게 90사업년도 법인세 1,388,482,380원 및 동 방위세 320,419,010원과 90년도 제2기 확정신고분 부가가치세 518,722,560원을 경정결정고지 함에따라 청구법인은 이에 불복하고 91.10.2 심사청구를 거쳐 91.12.18 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 청구법인이 양도한 점포사용권리는 법인세법 제17조 제3항의 적용대상이 아니고 동조 제5항의 대상이며, 동법기본통칙(2-10-22-17)에 의하면 금전이외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 받은 경우에 당해기부자산의 손금처리는 당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금액으로 하되, 다만 당해기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 때에는 당해기간에 따라 안분한 금액으로 하고 있으므로 총수입금액과 총비용을 당해연도의 익금 및 손금으로 처리함은 부당하고 또한 부가가치세의 경우 청구법인의 기부채납 대상재산의 범위가 지하상가, 지하주차장 및 지하통로이므로 부가가치세과세표준 계산시 기준면적은 위 3가지 면적을 합한면적으로 함이 타당하다는 주장이다. 국세청장은 지하상가 점포분양 계약서의 권리의무승계표에서 권리의 승계가 이루어지고 있고, 동 계약서 제2조 제3호에서도 임대기간 20년에다 그 이후의 유상재사용 허가신청권도 포함되었기 때문에 상품·제품 또는 기타의 생산품에 해당하지 아니하는 자산을 양도한 것으로서 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도의 귀속 소득으로 과세함은 정당하다 할 것이고, 또한 기부한 자산에 대한 반대급부가 20년동안 무상사용할 수 있는 권리이므로 지하통로부분과 분리하여 기부하였다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 청구법인과 대전직할시와의 협약서 제27조에서도 준공후 총투자비를 점용료와 상계하여 기간을 조정할 수 있다고 약정하고 있는 점으로 보더라도 처분청이 총건설원가를 사용권리 면적분에 가사용승인 면적으로 계산한 금액을 과세표준으로 함은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 3. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 가. 쟁점시설물을 무상사용수익허가받아 제3자에게 이용하게 한 것을 사용권의 양도 내지는 임차권의 분양으로 볼 것인지, 임차권의 전대로 볼 것인지, 따라서 그 이용수입금액 및 비용의 손익계상시기가 언제인지 여부. 나. 쟁점시설물 중 일부를 가사용 승인받은 경우 가사용 승인면적에 대하여 재화의 공급시기가 도래한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 당부를 가리는데 있다 하겠다. 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 「가」에 대하여 살펴본다. 먼저 이 건 관련법령규정인 법인세법 제17조 (손익의 귀속사업년도) 제3항을 보면 내국법인이 각사업년도에 있어서 상품·제품 또는 기타의 생산품이 아닌 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 하되, 다만 대금을 청산하기 전에 소유권 등 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해자산을 인도한 경우에는 소유권 등 이전등기일 또는 인도일이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있고, 제5항에서는 내국법인이 자산의 일부 또는 전부를 임대한 경우에는 그 계약조건에 따라 당해사업년도 및 그후의 사업년도에 있어서 각 사업년도의 임대료로서 수입될 금액과 이에 대응하는 비용을 해당사업년도의 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있으며, 동법시행령 제40조 제2항의 규정에 의하면 기부금 중 금전외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 받을 경우에 당해기부자산의 손비처리에 관하여 필요한 사항은 재무부령으로 정하도록 하면서 동법시행규칙 제16조 제1호 가목에서 당해기부자산을 이연비용으로하여 당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금액을 손금에 산입하되, 다만 당해기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 때에는 당해기간에 따라 안분한 금액을 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 또한 동법기본통칙 2-10-22...17(기부채납자산의 회계처리) 제1항의 규정에 의하면 국가 또는 지방자치단체에 금전이외의 자산을 기부하고 그 자산을 일정기간 기부자가 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 받을 때에는 기부자산의 내용년수에따라 안분계산한 금액을 당해 사업년도의 손금으로 하되, 다만 당해기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 시한을 연장할 수 없는 특약이 있는 경우에는 당해 기간에 따라 안분한 금액으로 하고 있고, 제2항의 규정에서는 제1항의 규정에 의하여 기부한 자산을 그 사용기간동안 타인에게 임대하고 그 임대료를 일시에 영수한 경우에는 이를 제1항의 규정에 의한 기간에 따라 안분하여 익금에 산입한다고 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인이 쟁점시설물을 대전직할시로부터 가사용승인 받아 타인에게 분양하고 수령한 분양수입금액과 그에 대응하는 비용에 대하여는 다툼이 없고 다만, 그 손익귀속시기를 언제로 할 것인지에 대해서만 다툼이 있으므로 이에 대하여 살피건대, 첫째, 대전직할시와 청구법인, 청구법인과 분양받은 제3자와의 관계를 보면, ① 대전직할시와 청구법인간의 협약서 제7조에서 乙(청구법인)의 책임하에 자기자금과 자체조달자금으로 쟁점시설공사를 하도록 되어 있고 동 협약서 제26조에서 乙은 본공사 준공후 쟁점시설물에 대하여 점용허가를 받은 날로부터 20년간의 무상사용기간까지 유지·관리·보수하도록 규정되어 있을 뿐 아니라 같은기간 중 시설에 대한 하자보수의 책임까지 지도록 규정되어 있으며, 동 협약서 제29조에 乙은 지하상가와 주차장을 임대할 수 있되, 다만 지하상가 및 주차장의 임대모집공고를 하려면 총 공정 10%이상 진척이 있어야 하고 임대방법·임대가격 등을 乙이 결정하여 대전직할시에 신고하도록 규정하고 있다. ② 청구법인과 제3자와의 쟁점시설물의 분양계약서 제3조 제3호에 의하면 대전직할시의 공익상필요에 의해 甲(청구법인)에 대한 점용허가 기간을 단축하는 등 사유가 발생하여 乙(임차인)이 점포를 사용하지 못할 경우 기납부한 분양대금 반환을 甲에게 청구할 수 없도록 되어 있고, 동 계약서 제5조에 의하면 乙은 지하상가 관리상 필요로 하는 인건비·전기·수도료·냉난방비 등 관리비를 甲이 정하는 바에 따라 甲에게 납입하도록 약정되어 있으며, 동 분양계약서 제10조 및 제11조에서는 청구법인이 동 계약서이외에 관리상 필요한 제규정을 별도로 제정하여 분양받은자들에게 통보하면 분양받은자 및 그 사용인은 이를 준수하여야 할 뿐 아니라 청구법인의 감독에 순응할 것을 확약하고 있고, 또한 분양받은자들이 분양계약이나 상가운영관리규정 등 제규정을 위반할 때, 금지행위 및 기타 준수사항을 위반한 때, 관리비등 제부담금을 2개월이상 체납할 때 등의 경우에는 동 분양계약을 해제할 수 있도록 되어 있으며, 동 계약서 제13조에서 동 계약해제시 청구법인은 계약만료시까지의 잔여기간에 해당되는 비율의 분양대금을 반환하도록 되어 있으며, 동 계약서 제14조의 규정에 의하면 분양받은 자는 청구법인과 약정한 업종에 한하여 영업을 할 수 있도록 약정되어 있는 점 등을 미루어 볼 때, 청구법인의 쟁점시설물의 분양은 사용권의 이전과 같은 실질적인 자산의 양도나 임차인의 지위를 완전히 벗어나서 임대차관계를 탈퇴하는 임차권의 양도가 아니고 청구법인은 대전직할시로부터 쟁점시설물을 임차한 임차인의 지위를 무상 사용기간인 20년간 계속유지하고 있으면서 그 임차권을 제3자에게 같은 기간동안 전대하는 임대차 관계라 할 것이며, 둘째, 청구법인이 쟁점시설물을 대전직할시에 기부채납한 것에 대한 성격을 보면, 동 기부채납을 위한 비용지출은 청구법인이 직접 사업영위를 통한 수익을 목적으로 지출한 것으로서, 이는 청구법인의 사업과 직접 관계없이 지출한 것이 아니므로 법인세법시행령 제40조 제1항에서 규정한 기부금의 범위에 포함되는 것으로는 볼 수 없는 반면, 당해지출은 미래의 수익을 위한 것으로 이는 이연비용으로 볼 수 있겠으나, 법인세법은 동법 제17조 제10항 및 동법시행령 제38조 등에서 이연비용을 창업비등의 이연자산으로 하여 법정기간에 걸쳐 상각하는 방법으로 비용화 시키도록 규정하고 있을 뿐, 이 건 청구법인의 경우와 같이 기부채납한 자산을 다시 임차하여 사용하는 경우 동 자산에 대한 일반적인 손금처리규정을 두지 아니하고 있고, 다만, 앞에서 본 법인세법시행규칙 제16조 제1호 (가)목에서 당해기부자산을 이연비용으로 하여 당해기부자산의 내용연수로 안분계산하되, 다만 사용기간이 확정되어 있는 경우에 한하여 그 사용기간에 따라 안분하여 손금산입하도록 규정하고 있으므로 결국 동 규칙 제16조의 규정은 사용수익기부자산의 손금계산에 관한 규정이라 볼 수밖에 없고, 이 건의 경우 쟁점시설물은 대전직할시 지하도로(상가겸용)건설사업에 관한 협약서 제25조를 보면 청구법인은 지하도로겸 상가조성시설물 일체를 기부채납한다라고 규정하고 있고, 동 협약서 제27조에 의하면 대전직할시장은 청구법인에게 공사투자금액에 대한 반대급부로서 지하도 시설물 중 상가 및 주차장을 20년간 무상으로 사용하도록 약정되어 있으며, 다만 준공후 총투자비용을 점용료와 상계하여 기간을 조정할 수 있도록 규정하고 있는 바, 이는 동 협약서 체결일이 87.9월이므로 몇 년 후에 있을 준공시점에서 투자비용과 점용료를 확정지을 수 있고 그에 따라 무상사용기간을 확정하겠다는 의미이므로 기부채납시설물 중 지하상가 및 지하주차장의 무상사용 수익기간을 20년동안 약정한 것으로 보아야 할 것이고 동 협약서 어디에도 그 기간을 연장할 수 있는 특약이 약정된 바 없으므로 동 규칙 단서 규정에 의거 그 투입비용을 20년간 안분계산하여 각사업년도 소득계산시 손금에 산입함이 타당하다고 보여지며(89서1982, 90.5.1 합동회의) 셋째, 설혹 청구법인이 타인에게 분양하고 받은 수입금액을 임대료 선수수익금으로 볼 수 없고 처분청주장과 같이 자산을 양도 함으로써 생긴 수익금이라 하여도 이 건 자산은 기부채납한 자산으로서 법인세법시행규칙 제16조 제1호 가목 단서의 규정에 의한 기부채납자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 경우에 해당되고 있으므로 사용기간에 따라 총공사비를 안분하여 손금산입할 수 있는 것이므로 당해기부자산을 그 사용기간동안 타인에게 임대하고 그 임대료를 일시에 영수한 때라 하여도 이를 사용기간에 따라 안분한 비용에 대응시킬 수익금액도 같은 기간으로 배분되도록 하는 것이 수익·비용 대응의 원칙면에서도 보다 합리적이라고 할 수 있다 할 것이다(법인세법기본통칙 2-10-22...17, 국세청 예규 직세 1234-775, 77.4.4 및 법인 22601-1348, 91.7.6 동지) 넷째, 따라서 위의 사항을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점시설물을 제3자에게 분양하고 받은 수입 금액 14,697,561,255원의 성격은 청구법인이 대전직할시에 동 공사대금 상당액을 지불하고 20년간 임차하여 이를 타인에게 전대하고 20년동안 수령할 임대료를 미리 일시에 받은 선수수익금(분양받은자의 입장에서는 20년간의 임차료를 미리 지급한 비용)에 해당된다고 보아야 할 것이며, 동 20년간의 기간이익은 청구법인이든 청구법인으로부터 임차받은 제3자이든 불문하고 보장되어 있다 할 것이므로 그 기간이 도래하기까지는 미실현이익금으로서 그 기간이 도래될 때마다 당해연도의 수익으로 안분계산하여 익금에 산입함이 타당하다고 인정된다. 나. 쟁점 「나」에 대하여 살펴본다. 먼저, 이 건의 처분경위 및 청구법인의 주장을 보면 처분청은 쟁점시설물의 가사용승인에 대한 부가가치세 과세표준을 「1단계 총공사원가×지하상가 및 지하주차장의 가사용승인면적÷무상사용권리면적(지하상가+지하주차장)」으로 계산하여 이 건을 경정결정 하였음을 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 이 건 부가가치세의 과세표준 계산에 있어서 기준면적은 무상사용 권리면적이 아니고 이에 도로면적을 포함한 1단계 총공사면적(지하상가+지하주차장+도로)으로 하여야 하므로 확정신고한 금액이 정당하다는 주장이다. 다음으로 이 건 관련법령규정인 부가가치세법 제2조 [재화의 공급] 제1항을 보면 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 하도록 규정되어 있고 동법시행령 제14조 제3호에서는 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것도 재화의 공급으로 보도록 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인이 대전직할시장으로 부터 무상으로 가사용 승인 받은 쟁점시설물 12,962.44㎡의 부가가치세의 과세표준 계산방법에 대하여 그 계상방식이 틀렸다고 하여 추가경정고지한 데 대하여 살피건대, 대전직할시 지하도로(상가겸용)사업에 관한 협약서에 의하면 청구법인은 1단계 33,681.89㎡(지하상가 15,773.64㎡, 지하주차장 7,136㎡, 지하도로 10,772.25㎡)를 총 공사비 22,050,240,000원 투자하여 준공한 후 대전직할시에 기부채납하고 그 대가로 지하상가 및 지하주차장 22,909.64㎡(나머지 10,772.25㎡는 도로임)를 20년간 무상사용하도록 되어 있는 바, 우선 1단계 공사를 일시에 완공하여 기부채납할 경우를 보면 기부채납 대상자산은 지하상가 15,773.64㎡, 지하주차장 7,136㎡ 및 지하도로 10,772.25㎡이고 기부채납 자산의 가액은 22,050,240,000원 임을 알 수 있다. 따라서 이 건의 경우와 같이 1단계 총 공사면적 33,681.89㎡중 지하통로를 제외하고 지하상가 및 지하주차장 22,909.64㎡ 가운데 12,962.44㎡만 가사용 승인 받은 경우 가사용 승인분 공사원가(공금가액)는 1단계 33,681.89㎡의 총 공사원가를 기준으로 계산하는 것이므로 「1단계 총 공사원가(22,050,240,000원)×지하상가 및 지하주차장의 가사용승인면적÷총 기부채납대상자산의 면적(지하상가면적+지하주차장면적+지하도로의 면적)」의 방법으로 계산함이 정당하므로 청구법인의 계산방식은 타당하다.(다만, 도로분에 해당하는 공급가액은 준공검사 및 등기이전후 공급가액으로 추가될 사항임) 그러나 처분청이 쟁점시설물의 가사용 승인일(90.12.21)을 재화의 공급일로 보아 부가가치세 과세표준신고 또는 이를 경정한 처분이 정당한지에 대하여 보면, 부가가치세법 제9조 제1항 제1호에서 재화가 공급되는 시기는 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때라고 규정하고 있고 그 제2호에서 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능한 때로 한다라고 규정하고 있으며, 제3항에서 사업자가 제1항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 하고 있는 바, 이 건의 경우 대전직할시와 청구법인간에 체결한 협약서 제25조의 규정을 보면 청구법인은 지하도로겸 상가조성부분은 준공과 동시에 대전직할시에 시설물 일체를 기부채납하도록 규정하고 있으며, 또한 재화의 이동이 필요하지 아니하고 이용자만 바뀌게 되는 경우에는 공급받는자가 그 재화를 이용가능하게 되는 때가 재화의 공급시기가 된다고 할 것이므로 이 건 지하상가 시설물과 같은 부동산의 경우에는 적어도 준공검사가 완료되었을 때나 공급받는자가 재화를 사용·수익·처분할 수 있도록 그 부동산에 대한 소유권이 공급받은 자 명의로 등기이전되었을 때가 재화의 공급시기가 된다 할 것이므로(국심 90서2426, 91.4.1 합동회의등 다수, 동지) 이 건과 같이 준공검사도 필하지 아니하고 임시 가사용하는 시점에서는 재화의 공급시기가 도래하였다고 볼 수 없으므로 쟁점시설물 가사용승인분에 대하여는 부가가치세 납부의무가 성립되지 아니한 것이라 할 것이다. 다만, 청구법인이 쟁점시설물을 대전직할시로부터 가사용승인 받은 후 쟁점시설물 가사용승인분의 공급가액을 계산하여 세금계산서를 대전직할시에 교부하였고 이를 부가가치세 과세표준신고시 처분청에 제출하였으므로 이는 부가가치세법 제9조 제3항에 의하여 세금계산서를 교부한 때를 재화의 공급시기로 보는 것이므로 청구법인이 신고납부한 이 건 부가가치세는 적법하게 신고납부한 것이라 할 것이다. 따라서 청구법인이 공급시기가 도래하지 아니하였으나 매출세금계산서를 교부하였으므로 쟁점시설물의 공급시기를 세금계산서 교부한 때로 보아 이 건 부가가치세를 납부한 것은 잘못이 없다 하겠으나 처분청이 청구법인의 공급가액 계산방식이 잘못되었다 하여(위에서 설시한 바와 같이 청구법인의 계산방법이 타당) 추가로 경정고지한 이 건 처분은 공급시기가 도래하지 아니하여 납세의무가 성립되지 아니한데 대한 처분이라 인정되므로 부당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.