이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1998.12.11. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 건축물 9,406㎡와 그 부속토지 877㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액(9,750,000,000원)중 매도자가 기업의 금융부채를 상환한 4,000,000,000원에 대하여는 ㅇㅇ시세감면조례 제23조의2 규정에 의하여 취득세와 등록세를 감면받고, 나머지 5,750,000,000원에 대한 등록세 172,500,000원, 교육세 34,500,000원, 합계 207,000,000원을 1998.12.12.에, 취득세 115,000,000원, 농어촌특별세 11,500,000원, 합계 126,500,000원을 1999.1.11.에 각각 신고납부하자 같은날 이를 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 청구인이 신고납부한 이건 취득세 등의 환부를 구하면서 그 이유로, 청구인은 1992.8.28. 설립된 의류수출 전문업체로서 1998.12.11. 이건 부동산을 취득한 후 벤처기업집적시설로 인정받는 절차를 거쳐 1999.4.12.에 벤처기업집적시설로 지정받게 되었는 바, 벤처기업집적시설로 지정을 받기 위해서는 중소기업청이 규정한 지정절차에서 지방자치단체장에게 벤처빌딩지정 신청서를 제출할 때 건물의 등기부등본과 권리증, 건물의 명세표 등 관련서류를 제출하도록 규정하고 있으므로, 먼저 부동산을 취득한 후 벤처기업집적시설로 지정받을 수 밖에 없는데도 단지 벤처기업집적시설 지정시기의 차이 때문에 감면혜택을 받지 못하는 것은 형평성에 문제가 있는 것이므로

지방세법 제276조

에서 규정하고 있는 벤처기업집적시설에 대한 감면취지에 맞도록 이건 취득세 등을 환부하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 부동산을 취득하여 취득세 등을 신고납부한 후에 그 부동산이 벤처기업직접시설로 지정된 경우 신고납부한 취득세 등을 환부할 수 있는지 여부에 있다 하겠으나,

먼저 본안심의에 앞서 이건 심사청구가 적법하게 제출되었는지 여부를 살펴본다.

지방세법 제73조

제1항 및 제74조제1항에서 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 불복의 사유를 구비하여, 도세에 있어서는 도지사에게 이의신청을 하여야 하고, 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 시도지사 또는 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있다.

청구인의 경우 1998.12.11. 이건 부동산을 취득한 후 1998.12.12.에 등록세 등을 납부하였고, 1999.1.11.에 취득세 등을 신고납부 하였으므로 이에 이의신청을 하고자 하였다면 신고납부한 날부터 각각 90일 이내에 신청서를 제출하였어야 함에도 신고납부일부터 등록세 등의 경우는 1년 3개월이 경과하였고, 취득세 등의 경우는 1년 2개월이 경과한 2000.3.17.에서야 이의신청서를 제출하므로 인하여 각하결정을 받았음이 분명하므로,

이건 심사청구는

청구절차상의 하자로 인하여 본안심의 대상이 될 수 없는 것이라 할 것인 바, 지방세법

제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 6. 27.

행 정 자 치 부 장 관