이유
1. 원처분의 개요 청구인은 95.2.20 한국토지공사 OOO지사의 토지분양에 의하여 경기도 용인군 수지면 OOO리 OOO 대지 182.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 95.6.26 청구외 OOO에게 양도하고, 취득당시 분양대금 납부지연에 따른 이자 12,460,940원(이하 “쟁점연체료”라 한다)을 포함한 109,293,120원을 취득가액으로 하고 115,000,000원을 양도가액으로 하여 실지거래가액에 의한 방법으로 양도소득세 과세표준 확정신고를 하였다. 처분청은 분양대금 납부지연으로 인한 연체료는 필요경비로 인정되지 않는다는 이유로 쟁점연체료를 취득가액에서 제외하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 98.3.2 청구인에게 95년 귀속 양도소득세 8,719,300원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.4.4 심사청구를 거쳐 98.6.23 이건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 양도차익의 계산을 실지거래가액에 의하는 경우에 있어서 쟁점토지를 취득하면서 발생한 지연손해금 또는 연체이자는 법령상 의무불이행, 금지, 제한등의 위반에 대한 제재의 성격이 아닌 사법상 계약에 의하여 지급하게 되는 것으로서 청구인이 실제로 부담한 금액이므로 구 소득세법 제45조 및 같은법시행령 제94조 의 규정에 의하여 취득가액(필요경비)에 포함하여야 하고, 이를 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하여야 한다. 나. 국세청장 의견 양도차익계산시 부동산매매계약의 내용에 따라 확정된 연부이자는 취득가액에 포함하는 것이나 연부금 및 연부이자를 지급기일내에 납부하지 아니하여 부담한 연체료는 취득가액에 산입하지 아니하는 것(재일46014-995, 95.4.18 같은 뜻)일 뿐만 아니라, 96.12.31 개정된 소득세법시행령 제163조 제1항 제3호에 “당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액을 취득원가에 포함하지 아니한다”고 규정하고 있는 바, 동 개정규정은 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우의 이자상당액이 취득원가에 포함되는 것과는 달리 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니하여 오던 것을 단지 명문화한 것이므로 처분청이 쟁점지연이자를 취득가액에서 제외하여 양도차익을 결정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점아파트의 양도차익을 계산함에 있어서 취득시 지불한 연체료를 필요경비로 인정할 것인지의 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 구 소득세법(1994.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 법률) 제45조【양도소득의 필요경비 계산】제1항제1호 (가)목에서 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비의 하나로 「취득가액」을 들고 있으며, 그 「취득가액」은 취득당시의 기준시가를 원칙으로 하되 소득세법 제95조 또는 제100조의 규정에 의한 신고시 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그 자산의 「취득에 소요된 실지거래가액」에 의한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제94조 【양도자산의 필요경비】제1항 제1호에서 「취득에 소요된 실지거래가액」이란 매입당시의 가액(등록세·취득세 기타 부대비용을 포함한다)과 소유권취득을 위한 쟁송에 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액을 합한 것을 말한다고 규정하고 있다.(94.12.31 시행령 전면개정시 동조항을 제163조로 이관하여 규정함) 한편, 1996.12.31 대통령령 제15191호로 소득세법시행령을 개정하면서 제163조 제1항 제3호를 신설하여 「제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다」라고 규정하고, 그 부칙 제2조의 규정에 의하여 위 신설규정은 1997.1.1이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다. 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점토지 취득을 위하여 한국토지공사 OOO지사장과 93.6.22 용지매매계약을 체결하였고 그 계약조항 제4조 제6항에서 매수인은 할부금(할부원금 및 할부이자)을 약정기일내에 지급하지 아니할 때에는 그 지연할부금에 대하여 OOO은행의 일반대출금 연체금리에 해당하는 이율을 적용하여 산정한 지연손해금을 지급하여야 한다고 약정되었음이 확인되며, 96.5.15자 한국토지공사경기지사장의 분양사실확인서에 의하면 분양대금 완납일이 95.2.20이고 청구인이 납부한 분양금액이 지연손해금 12,460,940원을 포함하여 109,293,120원임이 확인된다. 위 관련 소득세법령의 규정에서 보는 바와 같이 1996.12.31 대통령령 제15191호로 소득세법시행령 제163조 제1항 제3호가 신설되기 이전까지는 소득세법령상의 필요경비 관련 규정에 연체이자에 대한 명문규정이 없어 연체이자가 양도자산의 필요경비에 포함되는지 여부에 대하여 다툼이 있을 수 있다 할 것이나, 소득세법상 취득에 소요된 실지거래가액을 양도자산의 필요경비인 취득가액으로 규정하고 있고 매입한 고정자산의 취득가액은 등록세·취득세 기타 부대비용을 포함한다고 규정되어 있다는 점을 감안하여 보면 연체이자는 취득과 관련하여 지출한 부대비용으로서 자산의 취득에 실지 소요된 비용이므로 이를 취득가액에 포함시키는 것이 타당한 것으로 판단된다(대법원 92누 15802, 1993.3.26 및 국심 96서 1017, 1997.4.24 합동회의 같은 뜻임). 한편, 1997.1.1이후 양도분부터 적용되는 현행 소득세법시행령 제163조 제1항 제3호에는 당사자간의 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득가액에 이자상당액을 가산하여 거래가액으로 확정하는 경우에는 이를 취득가액에 포함하도록 하고 이건과 같이 당초 약정한 매매대금을 지급기일에 지급하지 못함에 따라 발생한 이자상당액은 취득가액에 포함하지 아니하도록 하여 지연이자와 관련된 다툼의 소지가 없어졌으나 일반적으로 납세자에게 불이익한 세법규정을 소급하여 적용할 수는 없는 것이므로 1996년 양도한 쟁점토지에 대하여 1997.1.1이후 양도분부터 적용되는 위 소득세법시행령 제163조 제1항 제3호의 규정을 소급하여 적용할 수는 없다 할 것이다. 따라서, 청구인이 쟁점토지 취득과 관련하여 지급한 쟁점연체료 (12,460,940원)는 쟁점토지 양도당시 적용되는 구 소득세법 제45조 제1항 제1호 및 같은법시행령 제94조 제1항 제1호에서 규정하는 취득에 소요된 실지거래가액에 포함된다 할 것이므로 이를 양도차익계산시 취득가액에 포함하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.