이유
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 96.3.13 청구외 합자회사 OO(이하 “청구외 OO”이라 한다)과 청구외 OO의 소유 광주광역시 동구 OO로 OO OOO 건물 4,981.57㎡(지하, 지상4층, 옥탑)와 주차장 393.4㎡ 및 부대시설일체(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 임대보증금 15,000,000,000원에 임대기간을 20년으로 하여 임대차계약을 체결하였다. 한편, 임차자인 청구법인은 계약일 이전인 95.10.7 청구외 OO건축에 쟁점건물의 용도변경 및 전면 대수선 공사설계 감리 등을 발주하여 쟁점건물을 개·보수한 후 관할구청으로부터 96.5.13 사용승인을 받고, 96년 제1기분 부가가치세 확정신고시 개·보수비용에 대한 매입세액을 공제하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점건물의 개·보수비용으로 지출한 4,931,654,166원 중 입점업체 인테리어공사, 1-4공구 공사중 가구구입, 조명기구구입비 등 828,097,366원을 제외한 나머지 4,103,556,800원은 자본적지출에 해당되므로 건물주인 청구외 OO이 부담하여야 할 개·보수공사비 임에도 이를 청구법인이 부담한 것은 사실상 자본적지출 상당액의 임대료를 낮게 정한 것이라고 보아 그 개수종료일을 당해 재화의 공급시기로 하여 96.10.16 청구법인에게 96년 제1기분 부가가치세 545,198,550원을 경정결정고지하였다. 그 후 국세청 심사결정에 따라 쟁점건물의 총 개·보수비용을 5,196,035,766원으로 그 중 자본적지출액은 3,120,122,461원(이하 “쟁점공사비”라 한다)으로 재조사 결정하여 부가가치세 131,351,190원을 경정감 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.12.14 심사청구를 거쳐 97.3.17 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 임대차기간 종료후 원상복구하는 조건으로 부담한 쟁점공사비 상당액을 재화의 공급으로 보아 과세한 처분은 부가가치세법상 재화의 공급에 대한 법리를 오해한 처분이므로 부당하고, 설사 재화의 공급으로 본다 하더라도 재화의 공급시기는 임대인의 간접점유가 직접점유로 전환된 때로 보아야 한다. 나. 국세청장 의견 쟁점건물의 내용연수를 증가시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적지출액은 건물주인 청구외 OO이 부담하여야 할 개·보수비용임에도 이를 임차인인 청구법인이 부담하였다면 청구외 OO은 청구법인으로부터 동 공사비 상당의 재화를 공급받는 대신 동액 상당의 임대료를 낮게 정한 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 그 개수종료일을 재화의 공급시기로 하고 청구법인의 부가가치세 과세표준에 청구법인이 부담한 자본적지출 공사비를 포함하여 과세한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건물을 임차한 청구법인이 부담한 쟁점건물의 개·보수비용 중 쟁점공사비 상당액을 재화의 공급으로 보고 개수 종료일인 96.4.26(청구법인의 백화점 개점일)을 재화의 공급시기로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제6조 제1항에는 「재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.」고 규정하고 있고, 같은법시행령 제14조 제3호에는 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 「재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도 받거나 용역을 제공받는 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것」이라고 규정하고 있다. 같은법 제13조 제1항에는 「재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다(단서생략) 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 2. 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가」라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제48조 제1항에서 「법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적가치 있는 것을 포함한다」라고 규정하고 있다. 한편, 같은법 제9조 제1항 제2호에서 「재화가 공급되는 시기는 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때」라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 96.3.13 청구외 OO과 쟁점건물에 대한 임대차계약을 체결하였으며, 임대차계약일을 전·후하여 청구외 OOOO에 쟁점건물의 용도변경 및 전면 대수선 공사설계 감리 등을 발주하여 개·보수비용으로 5,196,035,766원을 지출하였고, 그 중 쟁점공사비가 자본적지출액에 해당한다는 사실이 처분청이 제시한 공사별 지출금액 검토자료에 의하여 확인되고 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 처분청은 쟁점공사비는 자본적지출에 해당하므로 건물주인 청구외 OO이 부담하여야 할 개·보수공사비임에도 이를 청구법인이 부담한 것은 사실상 동액 상당액의 임대료를 낮게 정한 것이라고 보아 그 개수종료일(백화점 영업개시일)을 공급시기로 하여 부가가치세를 과세한데 대하여 청구법인은 쟁점건물의 임대차계약서 제14조에서 보는 바와 같이 임대차계약기간 종료후 청구법인의 부담으로 임차전 상태로 원상복구하는 조건으로 쟁점건물을 개·보수한 것이고, 쟁점공사비의 부담과 당해 임대용역간에 대가 관계가 없으므로 재화의 공급에 해당하지 않으며, 설령 재화의 공급으로 본다 하더라도 재화의 공급시기는 임대인의 간접점유가 직접점유로 전환된 때로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대해 살펴본다. 위 임대차계약서의 내용을 보면, 계약기간이 종료된 후에는 청구법인은 쟁점건물을 임차전 상태로 원상복구하여야 하며 청구외 OO에게 투자비용 및 권리금을 일체 요구할 수 없도록 약정(제14조)되어 있으나, 청구법인이 개·보수한 시설물(쟁점공사비 상당액)은 쟁점건물과 독립된 시설물이 아니라 쟁점건물에 부착되어 일체화된 시설물인 점에서 사용후 개·보수한 위 시설물을 철거한다는 것은 사실상 불가능하기 때문에 계약기간 종료후 임차전 상태로의 원상복구는 실제로 실현되기 어려운 것이므로 위 약정은 임대차계약기간 종료후 쟁점건물을 청구외 OO에 반환하면서 위 개·보수 시설물에 대한 대가를 청구하지 않을 것을 정한 것으로 보는 것이 사회통념에 부합한다 할 것이며, 청구법인은 임대차계약전에 이미 용도변경 및 전면 대수선 공사설계 감리, 구조보강공사 등을 발주한 점, 쟁점건물의 임대차기간이 20년(제5조)으로 일반적인 부동산거래관행에 비하여 계약기간이 장기인 점, 계약체결일로부터 10년간은 임대보증금외에 임대료는 없는 것으로 하고 10년이 지난후부터 임대보증금을 인상하기로 한 점(제5조) 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점건물에 대하여 쟁점공사비를 부담한 대가로 쟁점건물의 임차권을 취득하는 한편, 임대료도 쟁점공사비 상당액만큼 낮게 정하였다고 보는 것이 타당하다고 판단되며, 또한, 쟁점공사비 부담과 경제적 대가 관계가 있는 쟁점건물의 사용이라는 용역은 쟁점공사비에 의한 시설물이 설치완료된 때로부터 제공되었다 할 것이므로 개·보수 종료일에 재화의 공급시기가 도래하였다 할 것이다.(국심 95서 0189, 95.9.4 : 국세청예규 부가22601-1693, 91.12.20 같은뜻) 따라서 처분청이 청구법인의 백화점 영업개시일(96.4.26)을 재화의 공급시기로 하고 청구법인의 부가가치세 과세표준에 청구법인이 부담한 쟁점공사비 상당액을 포함하여 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.