이유
1. 원처분 개요 가. 청구인이 88.8.24 취득한 경기도 부천시 O구 O동 OOOOOOO 답 551㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 90.2.24 건설부고시 제50호에 의하여 부천 O동 택지개발사업지구로 편입된 후, 사업시행자인 OOOO공사에 수용되어 91.1.21 OOOO공사 앞으로 소유권이전등기가 되었다. 나. 처분청은 OOOO공사가 쟁점토지를 수용하기 위하여 토지보상금 63,916,000원을 법원에 최초로 공탁한 날인 90.11.30을 양도시기로 보아 90년도귀속분 양도소득세는 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호의 규정에 의하여 면제하고 동 방위세 4,839,410원을 92.12.16 청구인에게 부과하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 93.2.5 심사청구를 거쳐 93.5.7 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인은 쟁점토지의 수용에 따른 토지보상가액 등에 불복하여 서울고등법원에서 92.12.24 추가증액지급판결을 받았으므로 92.12.24이 쟁점토지대금의 잔금청산일로서 양도시기라 할 수 있으나, 대금청산일 전인 91.1.21 쟁점토지의 소유권이 OOOO공사에 이전되었으므로 소득세법시행령 제53조 제1항 제2호의 규정에 의하여 소유권이전등기 접수일인 91.1.21을 쟁점토지의 양도시기로 보아야 하고, 따라서 91.1.1 이후 방위세법이 폐지되었으므로 이 건 방위세부과는 위법하다고 주장한다. 나. 국세청장은 토지수용의 효력이 토지보상금을 공탁함으로써 발생되고 이에 따라 소유권이 이전되므로 토지보상금의 최초공탁일인 90.11.30을 양도시기로 보아 이 건 방위세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 토지수용법에 의하여 수용하는 토지의 양도시기를 토지보상가액의 최초공탁일로 볼 것인지 아니면 토지보상가액에 불복하여 추가보상금 지급판결을 받은 날인 대금청산일 전에 경료된 소유권이전등기일로 볼 것인지 여부에 다툼이 있다. 나. 관련법령 소득세법 제27조 및 같은법시행령 제53조 제1항 제2호에서 자산의 양도 또는 취득시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다. 다. 쟁점토지의 양도시기에 대하여 (1) 토지수용법상 토지수용절차 등을 보면, 기업자는 당해토지를 수용함에 있어서 우선 건설부장관의 사업인정을 받아( 토지수용법 제14조 , 제16조) 당해 토지에 대한 토지조서, 물건조서를 작성( 같은법 제23조 )하여 피수용자(토지소유자 및 관계인)와 수용목적물의 범위, 손실보상금, 수용시기 등에 관하여 협의(같은 법 제25조)를 하고 그 협의가 성립된 경우 그것으로써 토지수용의 절차가 종료된다. 그러나 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할 수 없는 경우에는 피수용자의 신청에 따라 기업자는 사업인정고시일로부터 1년 이내에 관할 토지수용위원회에 재결을 신청(같은 법 제25조 제2항, 제3항 및 제28조)하여야 하고 관할 토지수용위원회는 손실의 보상 및 수용시기와 기간 등에 대하여 재결하여야 하며(같은 법 제29조) 기업자는 재결에서 정한 수용시기까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하여야 하나 (같은 법 제61조 제1항), 보상금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 보상금을 수령할 수 없을 때는 수용시기까지 보상금을 공탁할 수 있도록 하고 있으므로(같은 법 제61조 제2항 제1호) 토지수용은 당해토지에 대한 손실보상금 지급을 정지조건으로 하여 관할 토지수용위원회의 재결에서 정하여진 수용시기에 비로소 그 효과가 발행(같은 법 제67조 제1항, 제3항)함을 알 수 있다. (2) 이와 같이 토지수용위원회가 재결한 보상금을 공탁하는 경우, 그 공탁은 기업자가 토지소유자에 대하여 부담하는 토지수용에 따른 보상금 지급의무의 이행을 위한 것으로서 민법상의 변제공탁과 다를 바 없다. 그러므로 토지소유자가 아무런 이의를 유보함이 없이 공탁금을 수령하였다면 토지소유자는 토지수용위원회의 재결에 승복하여 그 공탁한 취지에 따라 보상금을 수령한 것이라고 봄이 상당하므로 이로써 기업자의 보상금 지급의무는 확정적으로 소멸하는 것이므로(같은 뜻: 대법원 82.11.9, 89누197) 공탁금 공탁일자가 당해토지의 양도 또는 취득시기로서 대금청산일에 해당된다. (3) 그러나, 이 건의 경우 청구인은 토지수용위원회의 손실보상금 재결액 63,916,000원에 불복하고 91.1.21 공탁금 63,916,000원을 출급청구하면서 그 출급청구서에 “공탁금은 보상금의 일부로 출급청구한다”고 이의유보를 명시적으로 표시하고 있고, O앙토지수용위원회의 이의신청재결 추가보상금에 대한 공탁금 2,750,000원을 91.11.4 출급청구할 때에도 그 출급청구서에 “행정소송을 제기할 권리를 유보하고 공탁금은 보상금의 일부로 출급청구함”이라고 이의유보를 명시적으로 표시하고 있으며, 92.12.24 서울고등법원 제2특별부(91구22959)에서는청구인의 행정소송에 대하여 손실보상금액을 70,693,300원으로 증액결정하였는 바, 이에 앞서 91.1.21 쟁점토지는 OOOO공사 앞으로 그 소유권이전등기가 되었음이 관련자료에 의하여 확인된다. (4) 그렇다면, OOOO공사의 쟁점토지에 대한 손실보상금 지급의무는 보상금의 최초공탁일인 90.11.30에 확정적으로 소멸하였다고 볼 수 없어 위 공탁일을 쟁점토지의 양도 또는 취득시기로서 대금청산일로 인정하기 어려운 반면에, 소득세법시행령 제53조 제1항 제2호에서 당해 자산의 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부등본에 기재된 등기접수일을 그 자산의 양도 또는 취득시기로 보도록 규정한 취지는 자산의 양도 또는 취득시기를 획일적으로 정하기 위한 의제규정이라 할 것이므로 법률행위에 의한 이전이거나 법률의 규정에 의한 이전이거나를 불문하고 위 규정의 문언 그대로 소유권이전등기일을 그 자산의 양도 또는 취득시기로 볼 수 있다(같은 뜻: 대법원 91누1691, 91.11.22)할 것이므로, 쟁점토지의 양도시기는 91.1.21이다(국심 92서1992, 92.9.29 같은 결정임). 라. 따라서 쟁점토지의 양도시기는 91.1.21이고 91.1.1 이후에는 방위세법이 폐지되었으므로 이 건 방위세 과세는 위법하다는 청구인의 주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.