이유
1. 처분 개요 가. 처분청은 청구인이 OOO에 소재하는 주식 회사 OOO[2010.6.17. (주)OOO에서 상호변경등기, 이하 “이 건 법인”이라 한다]의 주식 2,500주(50%)를 보유하고 있는 상태에서 2009.8.14. OOO로부터 2,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 추가로 취득하여 이 건 법인 발행주식 전부(5,000주)를 소유하는 과점주주가 되었음에도 과점주주에 따른 취득세 등을 신고 납부하지 아니한 사실을 확인하였다. 나. 처분청은 청구인의 과점주주 성립일 현재(2009.8.14.) 청구인이 이 건 법인의 주식을 100% 소유한 것으로 보아 이 건 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상물건(토지 등)의 장부상 가액 OOO원을 과세표준 으로 하고 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원 , 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 2011.2.25. 청구인에게 부과 고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.16. 이의신청을 거쳐 2011.10.24.심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 이 건 법인의 세무 대리인OOO이 이 건 법인의 2009년도 귀속 법인세를 관할 세무서인 OOO에게 신고하면서 2009.8.14. 쟁점주식의 취득자를 실제로 취득한 OOO이 아닌 청구인으로 잘못 신고하여 이 건 법인의「주식등변동상황명세서」에 청구인이 이 건 법인의 주식 100%를 소유하고 있는 과점주주로 등재되었 으나 실제로는 OOO이 쟁점주식에 대한 모든 권리를 행사하고 있고 , 이 건 법인은 2010.11.19. 국세기본법 제45조 규정에 의거 OOO 에게 주주변동사항을 소급하여 수정 신고하였음에도 처분청이 이러한 사실을 고려하지 아니하고 청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구인이 이 건 법인의 주식 2,500주를 보유하고 있는 상태에서 2 009.8.14. 이 건 법인의 주식 2,500주를 추가로 취득하여 이 건 법인의 발행주식 전부를 소유하는 과점주주가 된 사실이 이 건 법인이 OOOOOO에게 제출한 2009.12.31. 현재 이 건 법인의「주식등변동상황명세서」와 청구인과 쟁점주식의 전 소유자인 OOO가 2009.8.14. 체결한「주식양도·양수계약서」및 OOO가 2010.4.14. OOO 에게 신고한「양도소득세 과세표준 및 자진납부신고서」등에서 확인되는 이상 처분청이 청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서 등을 근거로 청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것) 제22조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 「한국증권선물거래소법」제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외 한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치 단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식 을 제외한다) 또는 출자액(제2호가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정 하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 제105조【납세의무자 등】⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량 등을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다. 제111조【과세표준】④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설회원권의 총가액을 그 법 인의 주식 또는 출자의 총수로서 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세 과세대상자산 총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준으로 한다. (2) 지방세법 시행령 (2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문 개정되기 전의 것) 제78조【과점주주의 취득 등】① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. (3) 법인세법 제118조【주주명부 등의 작성·비치】내국법인(비영리내국법인을 제외한다)은 주주 또는 사원(유한회사의 사원을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 성명ㆍ주소 및 주민등록번호(법인인 주주 또는 사원의 경우는 법인명과 법인본점소재지 및 사업자등록번호)등 대통령령이 정 하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 한다. 제119조【주식등변동상황명세서의 제출】① 사업연도중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식 등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 사실관계에 대하여 살펴본다. 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가) 이 건 법인은 2006.7.25. 상호를 주식회사 OOO로, 본점소재지를 OOO로, 목적사업을 일반 영농 재배 및 도소매 등으로 하여 설립되었다. 나) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인과 OOO는 2009.8.14. OOO가 소유하고 있는 쟁점주식을 청구인이 양수하기로 하는「양도 양수 계약」을 체결하였으며, 그 계약 내용은 아래와 같다. <쟁점주식의 양도 양수 계약 내용> “갑(OOO)”은 위 “갑” 소유의 주식 OOO을 2009년 8월14일 “을(청구인)”에게 양도하고 “을”은 주식 양도 즉시 “갑”에 동 금액을 전액 지급하였으므로 이를 증명하기 위하여 양도인과 양수인이 기명 날인한 계약서를 작성하고 각각 “갑”,“을”이 1통식 보관한다. 이후 양도한 주식에 관한 모든 권한은 “을”에게 있다. 다만, 양도인은 회사에 대하여 양도한 사실을 통지하여야 한다. 다 ) 청구인에게 쟁점주식을 양도한 OOO는 쟁점주식을 양도한 2009.8.14. 이 건 법인의 공동대표이사를 퇴임하였으며, 같은 날 청구인은 이 건 법인의 단독 사내이사로 등기하였다. 라) OOO는 2010.4.14. OOO에게 쟁점주식을 청구인에게 양도하였다고 신고하고 과세표준 및 양도소득세가 “0”원으로 기재된 「양도소득 과세표준 신고 및 자진납부서」를 제출하였으며, 이 건 법인의 세무대리인OOO은 청구인이 OOO로부터 2009.8.14. 쟁점주식을 취득한 사실이 확인되는 이 건 법인의 2009년도「주식등 변동상황명세서」를 OOO에게 제출하였다. 마) 한편 청구인은 OOO가 OOO에게 쟁점주식을 2009.8.14. 양도 하였다는 내용의「양도·양수계약서」, OOO가 OOO에게 쟁점 주식을 양도하고 신고한「양도소득 과세표준 신고 및 자진납부서」, 쟁점주식을 OOO이 소유한 것으로 기재되어 있는 2009.12.31. 현재 이 건 법인의 주주명부 및「주식등변동상황명세서」,쟁점주식을 OOO 에게 양도하고 OOO원을 수령하였다는 OOO의 확인서 등을 제출 하고 있는 바, 청구인이 제출한 쟁점주식의「양도 양수 계약서」등은 청 구인이 처분청으로부터 과점주주에 따른 취득세 등의 과세예고 안내를 받은 후인 2010.11.19.에 작성된 것으로 확인된다. 바) 한편 이 건 법인의 2009.12.31. 현재 대차대조표에는 부동산 소유사실이 기장되어 있지 않으나, 이 건 법인은 2006.10.10. OOO OOO OOO OOO-O 외 2필지 3,160.5㎡를 OOO원에 취득하여 이 건 심판청구일 현재 소유하고 있으며, 이 건 취득세 과세대상이 된 자산의 가액에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (2) 쟁점에 대하여 살펴본다. 가) 지방세법 제105조 제6항 및 같은 법 시행령 제78조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다. 또한 법인세법 제118조 에서 내국법인은 주주 등의 성명ㆍ주소 및 주민등록번호 등 대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 등을 작성 하여 비치하여야 하고, 같은 법 제119조 제1항은 주식 등의 변동사항이 있는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라「주식등변동상황명세서」를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 나) 청구인은 세무대리인의 착오에 의하여 청구인이 쟁점주식을 취득 하였다고 신고하였을 뿐 쟁점주식의 실제 소유자는 청구인이 아니라 OOO이라고 주장하고 있으나, 다) 청구인과 OOO간에 쟁점주식을 양도한 사실이 2009.8.14. 작성된 쟁점주식의「양도·양수계약서」및 당초 OOO가 OOO에게 제출한「양도소득 과세표준 및 자진납부서」에서 확인되는 점, OOO와OOO이 작성하였다고 청구인이 제출한「쟁점주식의 양도·양수계약서」, OOO가 쟁점주식을 OOO에게 매도하였다고 OOO에게 수정 신고한「양도소득과세표준 및 자진납부서」및 이 건 법인이 OOO에게 변경신고한 2009년도「주식등변동상황명세서」는 처분청이 청구인에게 과점주주에 따른 취득세 부과 안내를 한 후인 2010.11.19.에 매매계약일 등을 2009.8.14.로 소급하여 작성한 것이라고 보여지는 점, 청구인이 제출한 이 건 법인의 주주명부는 2009.12.31.현재의 주주 현황만을 기재한 것으로서 이 건 법인이 법인 설립 당시부터 주주명부를 실질에 부합되게 작성·관리하고 있는지 여부는 사실상 확인하기 어려운 점, 청구인과 함께 이 건 법인의 공동대표이사로 재직하던 OOO는 2009.8.14. 쟁점주식을 양도한 후 이 건 법인의 공동대표이사를 퇴임하였고 같은 날 청구인이 이 건 법인의 단독 사내이사 로 등기한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 2009.8.14. OOO로부터 쟁점주식을 양수하여 이 건 법인의 발행주식 100%를 소유한 것으로 보는 것이 사실관계에 더 부합하는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 청구인을 이 건 법인의 과점주주로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.