이유
1. 사 실

청구법인은 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOO에 본점을 두고 기계제조업을 영위하고 있는 법인으로서, 청구법인 소유인 경상남도 창원시 OO동 OOOO 소재 공장부속토지 98,822.8평방미터중 24,740.33평방미터(이하 “쟁점갑부동산”이라 한다)가 공업배치법상 기준면적을 초과하는 토지이고, 또한 서울특별시 중구 OO동 OO OOOOOOO 소재 대지 644.71평방미터 및 지상건물 1,063.63평방미터(이하 “쟁점을부동산”이라 한다)를 89.6.29 및 89.6.30 재개발사업용지로 인가된 지역의 토지를 취득하였으나 취득후 6개월 이내에 사업에 착수하지 못하여, 청구법인이 위 쟁점 갑·을 부동산에 대한 법인세법상의 비업무용부동산 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어

법인세법시행규칙 제11조

제3항의 규정에 의한 업무무관자산의 지급이자 손금불산입액계산방법으로 산출한 금액을 손금에서 제외하여 각 사업년도의 해당 법인세를 신고하였는 바,

처분청은 쟁점부동산이 취득당시부터 비업무용부동산에 해당되는 것으로 보아 이 건 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어 법인세법시행령 제OO조의2 제1항 제1호의 계산방법으로 손금불산입액을 산출하여 91.1.16 청구법인에게 87.1.1～12.31사업년도분 법인세 14,392,850원 및 동 방위세 2,699,620원, 88.1.1～12.31사업년도분 법인세 18,674,010원 및 동 방위세 3,947,700원, 89.1.1～12.31사업년도분 법인세 96,510,890원 및 동 방위세 23,941,370원을 각각 경정고지하자, 청구법인은 이에 불복하여 91.3.12 심사청구를 거쳐 91.6.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

처분청은 청구법인 소유의 경상남도 창원시 OO동 OOOO 소재 창원공장의 건물부속토지중 기준면적 초과분 24,740.33평방미터(쟁점갑부동산)와 86.12.27 서울특별시로부터 남대문구역 제9-1 지구 재개발사업시행인가를 받아 동 사업시행구역인 서울특별시 중구 OO동 OO OOOOOOO 소재 토지 644.71평방미터 및 지상건물 1,063.63평방미터(쟁점을부동산)를 비업무용부동산으로 보아 법인세법시행령 제OO조의2 제1항 제1호의 규정에 의거 동 부동산 보유에 따른 지급이자를 87사업년도분 27,268,896원, 88사업년도분 39,876,850원, 89사업년도분 241,832,110원으로 계산하여 손금불산입함에 따라 이 건 과세하였으나 쟁점갑부동산의 경우 지급이자부인방법은 청구법인이 당초신고한 대로

법인세법 제16조

제7호,

동법시행령 제30조

및

동법시행규칙 제11조

제3항의 규정에 의거 업무무관자산에 대한 지급이자 손금불산입액 산출방법으로 계산하여야 하며, 쟁점을부동산의 경우 처분청은 취득당시부터 비업무용부동산으로 보았으나 청구법인이 이 건 재개발사업시행을 위하여 취득한 것으로서, 현재까지 동 재개발사업을 추진하지 못하고 있는 것은 잔여토지의 취득이 여의치 못하여 그 사업시행이 지연되고 있는 것이므로

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제1호의 규정에 의하여 청구법인이 당초신고한대로 취득후 6개월이 경과된 이후부터 비업무용으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

처분청의 과세처분 경위와 청구법인의 주장을 보면, 처분청은 서울지방국세청의 감사결과에 따른 처분지시에 따라 청구법인 소유의 쟁점갑부동산이

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 규정의 기준면적초과분이며, 쟁점을부동산이 동시행규칙 제18조 제3항 제11호에 해당되는 “비업무용부동산”에 해당되고, 재무부예규(소득 22601-765, 89.7.14)에서 87.1.1 이후의 비업무용부동산 보유에 따른 손금부인지급이자계산은 당해 부동산이

업무무관자산에 관한 법인세법 제16조

제7호 규정이 다같이 적용되는 경우에도

법인세법 제16조

제7호 규정 및

동법시행령 제30조

제3호 규정은 적용할 수 없도록 하고 있음에도 청구법인이 “계열기업군에 대한 비업무용부동산 자료”에 따라 90.9.29에 쟁점갑부동산의 보유에 따른 지급이자에 대한 87～89사업년도 법인세 수정신고를 업무무관자산취득에 관한 손금부인 지급이자계산방법으로 이행한 것을 방치하였다는 지적과, 쟁점을부동산에 대하여는 아예 손금불산입해당 지급이자도 계산하지 아니한 것을 방치하였다는 지적에 의해 이 건 과세한 사실을 알 수 있는 바,

이에 대하여 청구법인은 쟁점갑부동산과 관련된 전시한 재무부예규는 89.7.14 자 예규이므로 청구법인의 90.9.29 자 수정신고에 대한 91.1.16 자 이 건 과세는 소급적용의 잘못이 있다는 주장이고, 쟁점을부동산은 도시재개발사업시행인가를 받아 해당 토지만을 사용할 목적으로 취득한 것이지 임대를 목적으로 취득한 것이 아니므로

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제1호에 해당하는 비업무용부동산으로서 동 부동산을 취득한 89.6.30 이후 6개월이 경과된 후부터 비업무용부동산으로 보아야 한다는 주장을 하고 있다.

쟁점갑부동산의 경우 재무부예규(소득 22601-765, 89.7.14)에서 업무무관자산 및 비업무용부동산에 관한 규정이 동시 적용되는 경우는 업무무관자산 취득에 따른 지급이자손금불산입 규정의 적용을 배제하고 있고 이 건 과세는 전시 예규의 유권해석이 발효한 이후인 90.9.29 자 수정신고에 대한 과세처분이므로 소급적용이라는 청구주장은 받아들일 수 없으며, 쟁점을부동산의 경우 89.6.30 취득하여 현실적으로 임대에 공함으로써 임대수입이 발생하였으나 연간 수입금액이 부동산가액의 5/100에 미달한 사실에 따라

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제11호의 규정에 의거 취득시부터 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁 점

가. 쟁점갑부동산의 경우 비업무용부동산 관련 지급이자손금불산입액을 계산함에 있어 법인세법시행령 제OO조의2 제1항 제1호의 규정에 따라 산출된 금액을 기준으로 과세한 당초처분의 당부와

나. 쟁점을부동산의 경우 비업무용부동산에 해당되는 시기를 언제로 볼 것인지의 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

1) 쟁점 “가”에 대하여

먼저 과세경위와 청구주장을 보면, 처분청은 청구법인의 경상남도 창원시 OO동 OOOO 소재 공장건물 부속토지중 24,740.33평방미터가 기준면적을 초과하는 비업무용부동산이라는 이유로 각사업년도 소득금액을 결정함에 있어,

법인세법 제18조의3

제1항 제3호, 동법시행령 제OO조의2 제1항 제1호 및

동법시행규칙 제18조

제3항 제2호의 규정에 의하여 이 건 비업무용부동산에 관련된 지급이자를 손금불산입하여 각 사업년도의 법인세 등을 경정고지하였음이 이 건 관련 심리자료에 의해 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 이 건의 경우

법인세법 제16조

제7호,

동법시행령 제30조

제3호 및

동법시행규칙 제11조

제3항의 규정에 의한 업무무관자산으로 불 수 있으므로 동 업무무관자산의 지급이자손금불산입액계산방법으로 산출한 금액을 손금에서 제외하여야 한다는 주장이다.

다음으로 관련 법령을 보면,

법인세법 제18조의3

(90.12.31 개정전, 지급이자의 손금불산입)제1항 제3호에서 “당해법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산을 보유하고 있는 내국법인이 각사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 금액은 각사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하고 있고, 동법시행령 제OO조의2 제1항(89.12.30 개정전)에서 「법 제18조의3 제1항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액을 말한다.

1. 지급이자×

1. 지급이자×

2. 생략」라고 규정하고 있으며,

동법시행규칙 제18조

제3항(90.4.4 개정전) 제2호 (가)목에서 공장용건축물의 부속토지로서

공업배치법 제6조

의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 토지는 비업무용부동산에 해당되는 것으로 규정되어 있다.

살피건대, 이 건

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 (가)목의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 비업무용부동산이라는 사실은 다툼이 없고, 다만 이 건 지급이자손금불산입액을 계산하는 방법에 대하여는 다툼이 있어 이에 대하여 본다.

청구법인은 이 건 비업무용부동산에 대하여

법인세법 제16조

제7호,

동법시행령 제30조

제3호 및

동법시행규칙 제11조

제3항의 규정을 적용하여 손금불산입대상 지급이자금액을 계산하여야 한다는 주장이나,

법인세법 제16조

제7호(업무무관자산관련 지급이자의 손금불산입) 및

동법시행령 제30조

제3호(89.12.30 개정전)의 규정중 비업무용부동산 관련 지급이자손금불산입 관련 부분에 대하여는 85.12.23

법인세법 제18조의3

제1항 제3호가 신설되고

법인세법시행규칙 제18조

제3항의 규정이 86.3.31 신설됨에 따라 87.1.1 이후부터는

법인세법 제18조의3

제1항 제3호의 규정이 적용(89.12.30 개정된

법인세법시행령 제30조

제3호에서 같은 뜻으로 명문화 함)되어 비업무용부동산에 대한 관련 지급이자손금불산입액계산은 전시한 법인세법시행령 제OO조의2 제1항 제1호의 산식에 의한 방법으로 산출함이 타당하다 할 것이다.

[동지 : 국심 89서 699(89.7.26), 재무부예규 소득 22601-765(89.7.15)]

따라서 이 건 비업무용부동산에 관한 지급이자손금불산입액을 계산함에 있어 전시한 법인세법시행령 제OO조의2 제1항 제1호의 규정을 적용하여 각 사업년도의 해당 지급이자를 손금불산입하고 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

2) 쟁점 “나”에 대하여

이 건 관련 법령을 보면, 89.12.31 현재 시행되던 법인세법시행령 제OO조의2 제5항에서「법 제18조의3 제1항 제3호에서 “당해법인의 업무에 직접 관련 없는 부동산”이라 함은 당해 부동산 취득후 경과한 기간, 당해 부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해 법인의 업무와의 관련정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 “비업무용부동산”이라 한다)을 말한다」라고 규정하고 있고, 동시행규칙 제18조 제3항에서「영 제OO조의2 제5항에서 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 취득후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접사용하지 아니하는 부동산

2. ～10. (생략)

11. 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 부동산가액의 100분의5에 미달하는 부동산과 임대에 쓰이고 있는 건축물이 없는 토지

12.～13. (생략)」라고 규정하고 있다.

이 건의 경우 비업무용부동산에 해당되는 시기를 처분청은 전시한

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제11호의 규정에 의하여 이 건 부동산을 취득한 때(토지 89.6.29, 건물 89.6.30)로부터 비업무용부동산으로 보았고, 이에 대하여 청구법인은

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제1호의 규정에 의하여 취득후 6월이 경과된 이후부터 비업무용부동산으로 보아야 한다는 주장인 바,

이에 대한 당부를 본다.

첫째, 이 건 과세와 관련된 사업년도에 시행된 법인세법시행규칙(90.4.4 개정이전의 것) 제18조 제3항 제1호의 규정은 부동산의 “취득후 6월이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”은 취득후 6월이 경과된 날로부터 비업무용부동산으로 보는 것(국세청예규 법인 22601-2925, 89.8.4)이고,

둘째, 청구법인이

도시재개발법 제12조

의 규정에 의하여 쟁점을부동산에 대하여 “남대문구역 제9-1지구”로 사업시행인가를 받았으나 시행구역중 일부 잔여토지를 매수하지 못하여 동 도시재개발사업의 시행이 지연되고 있는 사실은 서울특별시장의 재개발사업시행 인가서(재개 30321-6561, 86.12.27)와 관리처분계획인가 신청 독려공문(재개 30321-116, 91.5.10) 및 OO은행장의 부동산 신규취득승인통보(OO OOOOOOO, 84.1.23)등에 의하여 밝혀지고 있으며,

셋째, 쟁점을부동산을 취득할 당시에는 건물 1,063㎡에 세입자가 53인이었으나, 임대기간 만료시에 이미 34인은 퇴거하였고, 나머지 19인도 서울민사지방법원 89자 3499호로 작성된 화해조서에 의하여 임대차기간을 6개월 연장하도록 약정한 사실이 있고, 이들 임차인들로부터 이 건 재개발사업을 착수하게 되면 무조건 퇴거하기로 하는 내용의 각서 등을 받아 놓은 것으로 나타나고 있으며,

넷째, 청구법인이 쟁점을부동산을 취득한 후 새로운 임차인에게 건물을 임대하였거나 임대할 목적으로 건물을 증·개축 또는 보수한 사실 등은 발견되지 아니하고 있다.

위 사실들로 미루어 보면, 청구법인은 도시재개발사업을 시행할 목적으로 쟁점을부동산을 취득하였으나, 잔여토지를 취득하지 못하여 재개발사업을 시행하지 못한 상태에서 재개발사업이 시행될 때까지 기존의 일부 임차인에게 임시로 쟁점을부동산중 그 일부를 임대하고 있는 것으로 보여진다.

그러하다면, 비업무용부동산 관련 규정인 법인세법시행령 제OO조의2 제5항의 규정과 동시행규칙 제18조 제3항 규정의 전 취지를 종합하여 볼 때, 쟁점을부동산의 경우 당초 임대를 목적으로 취득한 것이 아니고 도시재개발사업시행을 위하여 취득한 것이므로 동시행규칙 제18조 제3항 각호의 규정을 적용함에 있어 동 1호의 규정을 적용하여 비업무용부동산에 해당되는지의 여부를 판단함이 타당하다 할 것이다(동지 : 국심 91서749, 91.9.24)

따라서 이 건의 경우는 토지 위에 건축물이 있고, 취득후 도시재개발사업에 직접 사용하지 못하고 있는 경우이므로

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제1호의 규정에 의하여 취득후 6월이 경과한 날의 다음날부터 비업무용부동산에 해당되는 것으로 보아야 한다는 청구법인 주장은 정당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.