이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2019.10.31. OOO 토지 339.2㎡ 및 그 지상건축물 152.22㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후,「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조 제3항에 따라 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다. 나. 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 않았다고 보아, 2020.11.9. 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다. 다. 청구법인은 2021.9.30. 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.10.12. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2019.10.31. 이 건 부동산에 소재하는 건축물 152.22㎡(이하 “종전건축물”이라 한다)를 철거하고 그 지상에 업무용 건축물 646.68㎡(금융점포, 이하 “이 건 금융점포”라 한다)을 신축하기 위하여 이 건 부동산을 취득하였으나, 종전건축물의 철거 과정에서 균열, 붕괴 및 지반 침하 등이 발생하여 안전상 인접 토지(OOO)도 함께 취득하여야 하였고, 이 건 건축물의 신축을 준비과정에서도 상급단체인 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 규정에 따른 공개입찰 등을 거쳐야 해서 여기에 상당한 시일이 소요되었으나 최선을 다해 준비과정을 단축하여 2020.6.17. 처분청으로부터 이 건 건축물의 건축허가를 받아 이 건 부동산의 유예기간 내인 2020.7.9. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다. (2) 비록, 청구법인이 이 건 부동산의 유예기간(2020.10.31.)을 약 1개월 정도 경과한 2020.12.17. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 고유업무에 직접 사용하기 시작하였으나, 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것으로 이러한 사유는 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있다고 할 것임에도 처분청은 청구법인의 정상적인 노력은 전혀 고려하지 아니한 채 단지 이 건 부동산의 유예기간을 경과한 후 이 건 건축물의 사용승인을 받았다는 사유만으로 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 이 건 건축물을 신축하기 위해서는 상당한 시일이 소요된다는 사실을 충분히 예측할 수 있었음에도 이 건 부동산의 취득일부터 약 8개월이 지난 2020.6.11. 이 건 건축물의 신축을 위한 공개입찰을 하였고, 그 후 2020.6.17. 건축허가를 받아 2020.7.9.에서야 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는바, 청구법인이 유예기간을 경과하여 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것은 청구법인의 귀책이라 할 것이다. (2) 또한, 이 건 종전건축물의 철거과정에서 예상치 못한 지반 침하 등이 발생하였다 하더라도 그 철거기간은 5개월 정도에 불과하였고, 이 건 건축물의 건축허가 후 6개월 만에 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것을 보면, 청구법인이 이 건 건축물을 신축하기 위한 정상적인 노력을 기울였다면 유예기간 내에 충분히 사용승인을 받을 수 있었다 할 것이고, 여기에 청구법인이 유예기간 내 이 건 건축물을 신축할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 유예기간 내에 이 건 건축물의 사용승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합으로 2019.10.31. 이 건 부동산인 OOO 소재 토지 339.2㎡ 및 그 지상건축물 152.22㎡를 OOO원에, 2020.1.30. 이 건 부동산에 인접한 같은 동 OOO 소재 토지 60.8㎡ 및 그 지상건축물 103.34㎡를 OOO원에, 2020.4.24. 같은 동 OOO 소재 토지 85㎡ 및 그 지상건축물 106.01㎡(같은 동 OOO 소재 부동산을 포함하여 이하 “이 건 인접부동산”이라 한다)를 OOO원에 각각 취득하였다. (나) 처분청은 이 건 부동산과 이 건 인접부동산을 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제하였다. (다) 청구법인은 2020.5.8. 이 건 부동산과 이 건 인접부동산에 소재하는 건축물(이 건 종전건축물을 포함한다)의 철거 공사를 완료한 후, 2020.6.17. 처분청으로부터 이 건 부동산과 이 건 인접부동산의 토지 485㎡를 건축부지로 하여 이 건 건축물에 대한 건축허가(이하 “이 건 건축허가”라 한다)를 받았다. (라) 청구법인은 이 건 건축허가를 받기 전인 2020.6.11. 이 건 건축물의 신축을 위한 건축, 토목, 소방, 전기공사에 대한 입찰공고를 하여, 2020.7.2. AAA 주식회사 등과 이 건 건축물의 신축을 위한 도급공사계약을 체결하고, 2020.7.9. 신축공사를 착공하였다 (마) 청구법인은 2020.11.9. 이 건 부동산을 유예기간 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못하였다고 보아 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후, 이 건 부동산의 유예기간(2020.10.31.)으로부터 47일이 경과한 2020.12.17. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받았다. (바) 한편, 청구법인은 이 건 인접부동산(토지 및 종전건축물)의 경우 그 유예기간 내에 이 건 건축물의 사용승인을 받았으므로 취득세 면제대상이라고 보아 이에 대하여는 취득세를 신고·납부하지 않았고, 처분청도 이 건 인접부동산에 대하여는 토지와 종전건축물 모두 취득세 면제대상으로 판단한 것으로 보인다. (2) 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조 제3항에서 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2020.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (3) 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 아울러 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임). (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산의 유예기간 내에 이 건 건축물을 그 고유업무에 직접 사용하지 않았으므로 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 이 건 부동산을 고유업무에 사용하기 위해 2019.10.31. 이 건 부동산과 2020.1.30. 같은 동 OOO을 취득하였는데, 철거하는 과정에서 당초 예상할 수 없었던 인접부동산(같은 동 OOO)의 균열·침하 등 붕괴현상이 나타나 총회 승인을 얻어 인접 부동산을 추가로 구입하게 되었고, 이에 따른 설계 변경을 함에 따라 건축공사가 지연될 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 부동산의 유예기간(2020.10.31.)으로부터 불과 47일이 경과한 2020.12.17. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것을 볼 때 청구법인으로서는 유예기간 내에 이 건 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 불가피하게 유예기간을 경과한 것으로 보이는 점, 납세자가 해당 업무에 직접 사용하기 위하여 건축물을 신축하는 경우 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라 볼 수는 없지만 건축행위자체를 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 대한 정당한 사유로 볼 수 있는 점(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제14조[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면] ③「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다)「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합「산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다」및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우