이유
1. 처분개요
가. OOO도지사는 2013년 7월 청구법인을 사업시행자로 하여 OOO 일원 672,528㎡를 일반산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다)로 지정·고시하였고, 이 건 산업단지의 시공사인 주식회사 AAA(이하 “주-AAA”라 한다)는 2014년 8월 청구법인에게 이 건 산업단지 조성공사에 대한 착공계를 제출하였다.
나. OOO청장은 2019.1.14. 이 건 산업단지에 대하여 준공검사 전 사용허가를 통보하였고, 청구법인은 2019.3.11. 이 건 산업단지 중 매립지 653,543㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 취득세를 신고하면서 해당 토지 중 130,708.6㎡에 대해서만 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에 따른 감면율(35%)을 적용하고, 나머지 부분에 대해서는 감면대상이 아닌 것으로 하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
다. 이후, 청구법인은 2021.8.11. 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)에 따라 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제78조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)을 적용하여 취득세 등 OOO원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.8.11. 쟁점토지에 대하여 종전 규정(감면율 100%)을 적용할 수는 없으나, 쟁점토지 전체를 취득세 감면대상(감면율 35%)으로 인정하겠다면서 취득세 등 OOO원을 환급하였다.
라. 청구법인은 2021.9.6. 쟁점토지에 대해서 종전 규정을 적용해 달라는 취지로 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
산업단지 조성을 위한 취득세 면제규정은 약 20년간 유지되어 왔고, 취득세는 다른 세목에 비하여 신뢰의 강도가 강한 세목으로 취득세가 예상보다 증가하는 경우 산업단지 사업시행자는 재무적 어려움을 겪을 가능성이 매우 높아 사업시행자의 기득권 내지 신뢰를 두텁게 보호할 필요가 있다 할 것인바, 청구법인은 종전 규정 시행 당시 이 건 산업단지 분양 및 조성계획승인을 받고 종전 규정에 의한 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위인 분양공고와 착공을 하였으므로 종전 규정 및 일반적 경과조치에 따라 이 건 지목변경에 대한 취득세 등은 면제되어야 한다.
나. 처분청 의견
청구법인의 주장처럼, 종전 규정을 신뢰하여 산업단지 조성공사에 착공한 자의 신뢰를 입법정책적으로 보호할 필요가 있었다면 부칙에서 이에 대하여 구체적으로 정하여야 할 것이나 이에 대해서 법령이나 부칙에서 개별적·구체적으로 정함이 없고, 착공은 장기간의 조성공사 과정을 위한 준비과정에 지나지 않으며, 착공 당시의 감면규정이 공사 완료시까지 유효할 것이라는 것은 납세자의 단순한 기대에 불과하므로 보호할 만한 신뢰가 있다고 보기 어렵고, 착공행위를 부동산의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위로 판단하여 납세자에게 유리한 종전 규정을 적용하라는 판례 내지 법령은 존재치 않으므로 기 납부한 취득세 등을 면제해 달라는 주장은 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.
(가) 이 건 산업단지 지정 및 지형도면고시에는 지정목적이 신규에너지 산업의 대외 경쟁력 제고와 OOO 산업기반 확충으로 개발기간은 2012∼2017년으로, 개발방법이 민간개발방식(실수요자 개발)으로 기재되어 있다.
(나) 주-AAA에서 청구법인에게 제출한 착공계에는 착공일이 2014.8.11.로, 준공예정일은 2019.1.31.로 기재되어 있다.
(다) 청구법인이 OOO도지사에게 제출한 환경영향평가 관련 협의내용 관리책임자 지정통보서 및 환경영향평가 대상사업 착공 통보서에는 공사기간이 2014.7.31.∼2019.1.31.로 기재되어 있고, 실제 착공일은 2014.8.11.로 기재되어 있다.
(라) 청구법인이 제출한 세금계산서에 따르면, 청구법인은 2014.8.22.부터 2014.12.9.까지 주-AAA에게 7차례에 걸쳐 이 건 산업단지 조성공사 명목으로 OOO원을 지급한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종전 규정에 따라 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 이 건 산업단지의 사업시행자로 변경지정된 후 지목변경 공사를 계속 이행하였으며, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점토지의 지목변경공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 일반적 경과조치는 종전 규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전 규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점, 이 건 산업단지의 지목변경과 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어 종전 규정은 일반적 경과조치의 적용 대상에 해당된다 할 것이므로 종전 규정의 시행기간 내에 지목변경 공사에 착공한 쟁점토지에 대하여 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 심판청구에 해당하거나 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)
부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(3) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정된 것)
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.