이유
1. 사실

청구법인은 부산시 동래구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 건설업(건물 신축분양)과 도소매업(슈퍼마켓 및 백화점 직영)을 영위하는 법인으로서 부산시 동래구 OO동 OOOOO 외 1필지 대지 5,198평방미터(청구법인지분 2,142평방미터, 동법인의 전 대표이사 OOO 개인지분 3,056평방미터)에 상가건물 4,244.44평방미터(지하 1층 - 지하 2층)와 아파트건물 7,702.0733평방미터(지하 3층 - 12층)를 신축하여 87년에 분양(분양면적 대지 2,760.0505평방미터와 건물 11,946.5333평방미터중 청구법인지분 대지 1,014.7793평방미터와 건물 4,392.3459평방미터)하고 87사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 청구법인이 분양한 토지 1,014.7793평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)의 양도가액은 실지거래가액인 822,749,876원으로 하고 취득가액은 청구법인이 주장하는 실지거래가액인 99,679,563원으로 하여 특별부가세등을 88.3.28 신고납부한데 대하여,

처분청은 청구법인의 87사업년도분 법인세 경정조사시 쟁점토지의 양도 및 취득가액에 대하여 다툼이 없으나 청구법인이 신고한 쟁점토지의 특별공제액중 71,930,921원과 건물에 대한 건설자금이자상당액 77,776,014원을 각각 손금불산입하여 청구법인에게 특별부가세 59,826,630원 및 동방위세 8,982,410원을 90.2.17 자로 경정고지하자 청구법인은 이에 불복하여 90.4.13 심사청구를 거쳐 90.7.12 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구법인 주장

법인세 제59조의2 제3항에 의하면, 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액으로 하고 있으나, 양도가액과 취득가액이 불분명할 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 가액을 양도가액 및 취득가액으로 하도록 하고 있고, 여기서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형편상 어느 한쪽이 불분명한 경우도 포함된다(대법원 87.12.12 선고 87누 662판결동지)고 하고 있으며, 개정전 법인세법(74.12.21 법률 제2686호) 부칙 제13조와 동법(81.12.31 법률 제3473호)부칙 제7조에 의하여 이 건 쟁점토지는 그취득일을 75.1.1 로 보아야 하고, 그리고 개정전 법인세법 시행령(74.12.31 대통령령 제7464호)부칙 제7조에 의하면 74.12.31 이전에 취득한 자산의 취득가액은 75.1.1 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 75.1.1 현재의 기준시가)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로하되, 다만, 74.12.31 이전의 장부가액에 74.12.31 이전까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있는바,

청구법인의 경우 쟁점토지를 74.12.31 이전에 취득하였으므로 취득시의 실지거래가액을 의제하기 위하여는 74.12.31 이전의 실지취득가액은 물론 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가한 가액을 알 수 있어야 하나, 이를 알 수 없으므로 결국

법인세법 제59조의2

제3항에서 규정한 취득가액이 불분명한 경우에 해당하므로 청구법인이 신고한 특별부가세 과세표준계산시 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액산정이 잘못되었으므로 처분청에서 이 건 청구법인의 87사업년도분 법인세등을 경정결정하면서 쟁점토지의 취득가액은 75.1.1 현재의 기준시가로 하고, 양도가액은 양도당시의 기준시가로 경정결정하여 특별부가세 초과납부세액을 환급하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

이 건의 경우 청구법인은 당초신고한 내용에 대한 처분청의 경정처분에는 다툼이 없고, 당초 실지거래가액으로 계산하여 신고납부한 특별부가세액을 기준시가로 계산하여 동 세액을 환급하여 달라는 주장이나 처분청의 경정의 효력은 당해 경정부분에만 미칠뿐이며 신고에 의하여 확정된 조세채권에는 영향이 없다 할 것이므로 청구법인은 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 받은 바 없으므로 이 건 심사청구는 적법한 청구로 받아들일 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은

가. 처분청이 90.12.17 자 특별부가세 과세표준계산시 특별공제액 과다계상으로 인한 증액경정을 한 경우 당해 처분에 불복하여 특별부가세의 양도 및 취득가액의 산정에 대하여도 다툴 수 있는지 여부와

나. 쟁점토지의 취득시가 74.12.31 이전이라 하여 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

가. 쟁점 “가”에 대하여 본다.

이 건 사실관계와 과세 및 불복청구 경위를 보면, 청구법인은 부산시 동래구 OO동 OOOOO외 1필지의 대지 5,198평방미터 중 청구법인의 전 대표이사 OOO 지분 3,056평방미터를 제외한 2,142평방미터를 74.11.4 취득하여 청구외 OOO와 공동으로 위 토지 5,198평방미터 지상에 상가와 아파트를 신축하여 87년에 분양(대지면적 2,760.0505평방미터 중 청구법인 지분 1,014.7793평방미터와 건물면적 11,946.5333평방미터 중 청구법인 지분 4,392.3459평방미터)하고, 87사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점토지(1,014,7793평방미터)와 건물의 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 특별부가세 과세표준 및 세액신고를 한 데 대하여 처분청은 쟁점토지와 건물의 양도 및 취득가액에 대하여는 다툼이 없고 청구법인이 쟁점토지에 대하여 과다계상한 특별공제액 71,930,921원과 건물에 대한 건설자금 이자상당액 등 77,776,014원을 손금불산입하여 90.2.17 자로 이 건 특별부가세를 경정고지한 사실이 처분청의 관련자료에 의하여 확인되고 있으며, 청구법인은 90.4.13 자로 심사청구를 제기하여 처분청의 쟁점토지에 대한 특별공제액 등 공제액계산에 대하여는 다툼이 없이 쟁점부동산의 취득시기가 74.12.31 이전이라는 이유로 양도가액 및 취득가액 모두를 기준시가로 계산하여 특별부가세 과세표준과 그 세액을 경정하여야 한다고 주장한 데 대하여 국세청장은 경정처분의 효력은 당해 경정부분(특별공제액 부분)에만 미친다는 이유를 들어 각하 결정하였으며 청구법인은 이에 다시 불복하여 이 건 심판청구에 이른 것이다.

살피건대, 청구법인은 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액은 경정처분에 흡수되는 것으로 보아야 한다는 이유로 그 위법 여부도 다툴 수 있다고 주장하는 반면에 국세청장은 총액경정부분을 제한적으로 보아 특별공제액부분외의 사항은 심리대상이 될 수 없다는 의견인 바, 대법원〔내국법인의 과세표준과 세액은

법인세법 제26조

의 규정에 의한 신고에 의하여 확정되는 것이지만 과세관청이 그 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 하는 경우 그 증액경정처분은 납세자의 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 증액되는 부분만을 추가로 결정하는 것이 아니라 신고 확정된 과세표준과 세액에 증액부분을 포함하여 전체로서의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 증액경정처분이 되면 신고확정의 효력은 소멸되어 납세자는 증액경정처분을 쟁송의 대상으로 삼을 수 있는 것이며 이 경우 당사자는 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 함께 다툴 수 있으며(83누539, 84.4.10, 86누911, 87.3.10), 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 경정하는 처분을 한 경우에 그것이 증액경정인 때에는 처음의 과세처분이 뒤의 경정처분의 일부로 흡수되어 독립된 존재가치가 상실, 소멸되는 것으로 보아야 하므로 처음의 과세처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이미 확정된 뒤에 증액결정처분을 한 경우에도 당사자는 경정처분에 대한 소송절차에서 이미 확정된 처음의 과세처분에 의하여 결정된 과세표준과 세액에 대하여 그 위법여부를 다툴 수 있다 할 것이나, 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액을 감액경정결정한 경우에는 그 감액경정처분은 처음의 과세표준에서 결정된 과세표준과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하는 것이므로 처음의 과세처분이 감액된 범위내에서 존속하게 되며 이 처분만이 쟁송이 대상이 되고 이 경우 전심절차의 적법여부는 당초처분을 기준으로 하여 판단하여야 할 것이다.[85누599(87.12.22)]라고 판시하고 있어, 결국 증액경정처분의 경우에는 신고 또는 당초처분(선행처분)에 대하여도 경정처분(후행처분) 시점을 기준으로 하여 다툴 수 있으나 감액경정처분의 경우에는 선행처분의 일부를 취소한 것에 지나지 않는다고 보아 후행처분만이 쟁송대상이 될 수 있다는 견해를 일관되게 견지하여 왔음을 알 수 있다(국심 87부1929, 88.2.22 동지).

전시한 대법원 판례 및 심판결정례의 취지에 비추어 볼 때, 청구법인에 대한 90.2.17 자 증액경정처분은 신고된 과세표준과 세액에 증액부분(특별공제액 감액부분)을 포함하여 그 과세표준과 세액을 다시 결정한 것이 특별부가세 경정결의서에 의하여 나타나고 있는 바, 신고확정의 효력은 경정처분으로 인하여 소멸된다 할 것이므로 이 건 경정처분시 양도가액과 취득가액을 신고내용대로 산정한 데 대한 불복청구도 심리대상이 되는 것으로 보아야 할 것이다.(국심 89서664, 89.8.1 동지).

나. 쟁점 “나”에 대하여 본다.

이 건 쟁점토지를 청구법인이 취득한 시기가 74.12.31 이전이라하여 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 결정할 수 있는지에 대하여 살펴본다.

이 건 관련법령을 보면,

법인세법 제59조의2

(특별부가세 과세표준) 제3항 단서에서 “양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다”고 규정하면서

동법시행령 제124조의2

제6항에서는 “법 제59조의2 제3항에서 규정하는 기준시가는

소득세법 시행령 제115조

에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있

-원본 누락-

필요경비에 손금불산입하여 90.2.17 자로 청구법인에게 이 건 특별부가세를 경정고지한 것임이 등기부등본 및 법인세 신고서류와 법인세 경정결의서 등에 의하여 알 수 있다.

살피건대, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 적법하게 산정하였는지에 대하여 보면, 법인세특별부가세의 과세표준인 양도차익의 계산방법을 규정한

법인세법 제59조의2

제3항은 그 양도차익을 양도가액에서 취득가액, 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용, 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액 등을 공제한 금액으로 하되 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각 각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있고(동지 대법원 판결 88누6269, 88.12.13),

또한 대법원 판례와 최근의 심판결정례에서도

법인세법 제59조의2

제3항에서 “양도가액과 취득가액이 불분명하여 기준시가에 의하는 경우”라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우 뿐만 아니라 두가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다는 태도를 견지하여 왔음을 알 수 있는 바, 결국 74.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 75.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 그 시가가 실지취득가액이 되므로 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이나 그 시가를 알 수 없다면 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액이 기준시가보다 큰 경우에는 물가상승감안가액)에 의하여 취득가액을 경정하여야 할 것이며 양도가액 역시 기준시가에 의하여야 한다고 해석하는 것이 위 관계법령, 부칙규정 및 판례의 취지등에 비추어 볼 때 타당하다 할 것이다. 〔동지 법원판례 86누935(86.10.28), 86누671(87.10.26), 심사결정 88서1427(89.2.5), 88전1653(89.3.22), 90서156(90.4.16)〕

그렇다면 74.12.31 이전에 취득하고 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점토지의 경우 취득가액은 전시한 법인세법 부칙(74.12.31 법률 제2686호) 제13조 및 동법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 규정에 의하여 75.1.1 현재의 시가에 의하여 평가하여야 하나 그 시가를 알 수 없는 때에 해당되므로 75.1.1 현재의 기준시가로 산정하여야 할 것이며, 74.12.31이전의 장부가액에 그 취득일로부터 74.12.31 까지의 도매물가상승부분을 합산한 가액이 큰 경우에는 그 가액이 되나 쟁점토지의 경우 취득일로부터 74.12.31 까지 물가상승감안가액은 16,708,425원(16,300,903원 × 102.5%)으로서 75.1.1 현재의 기준시가 24,557,460원 보다 적으므로 결국 75.1.1 현재의 기준시가가 취득가액이 되는 것으로 보아야 할 것인바,

이 건 74.12.31 이전에 취득하고 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 쟁점토지의 경우에는 취득가액을 75.1.1 현재의 기준시가로 하고 양도가액 역시 양도당시의 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 것이 적법타당하다 할 것이다.

그러나 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 산정하는 경우에는 이 건 심판청구의 대상이 된 고지세액을 초과하여 청구법인이 자진납부한 세액까지를 취소(환급)하게 되는 바,

자진신고납부한 세액이 착오등으로 과다납부되었다는 이유로 한 환급청구는 행정심판 또는 행정소송의 대상이 될 수 없으므로〔대법원의 전원합의부판결 88누6436(89.6.15)과 당심판결정 88서1302 (89.3.2), 90서664(89.8.1)〕

이 건의 경우 경정처분에 의한 고지세액만을 취소하는 것이 적법하다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.