이유
1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 2013.8.8. 취득한 OOO에 대하여 청구법인이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따라 취득세 등을 면제하였다. 나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날부터 1년(이하 “유예 기간”이라 한다) 이내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 사용하지 않았다고 보아 2016.6.13. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.9.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 섬유질 가공사료 공장(이하 “사료공장”이라 한다)을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득한 후, 이 건 토지의 유예기간 내인 2014.4.17.부터 사료공장 부지 조성공사를 착공하여 2014.12.19. 준공하였는바, 청구법인이 이 건 토지를 그 고유 업무에 사용한 때는 사료공장의 부지 조성을 위한 토목공사를 시작한 날로 보아야 한다. (2) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후, 유예기간 내에 이 건 토지에 사료공장을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 청구법인이 사료공장을 신축한다는 사실이 알려지자 인근 마을 주민들이 사료공장 운영에 따른 악취·분진 발생 및 수입산 원재료 반입에 따른 전염병 발생 위험 등을 이유로 신축을 반대하는 민원을 지속적으로 제기하였고, 처분청이 사료공장의 생산품이 잘못 기재된 공장신설 승인서를 교부하여 당해 공장신설 승인서만으로는 사료공장을 신축할 수 없었으며, 그 후에도 처분청은 사료 공장 신축 반대 민원과 공장 신설 승인서의 오류를 해결하는 방편으로 청구법인에게 사료공장 신축 을 위한 자회사 설립을 권유하여 이에 대한 내·외부 검토 과정을 거치면서 상당한 시간이 소요되었을 뿐만 아니라 사료공장 신축을 위한 설계 및 시공사 선정 등에도 많은 시간이 소요되었으며, 사료공장 부지 조성을 위한 토목공사 중에도 우천 및 인근 주민의 사료 공장 반대 민원 등이 계속 되어 토목공사기간이 예상보다 연장되었는바, 위와 같은 사유는 청구 법인이 유예기간 내에 사료공장을 신축할 수 없는 정당한 사유에 해당 된다고 할 것임에도 처분청이 이와 같은 사유는 전혀 고려하지 아니 하고 유예기간 내에 사료공장을 신축하지 못하였다는 사유만으로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면 규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하므로 청구법인이 이 건 토지를 그 고유 업무에 직접 사용한 날은 사료공장건축물의 사용승인일로 보는 것이 타당하다 할 것인바, 사료공장부지 조성을 위한 토목공사 착공일을 이 건 토지의 직접 사용일로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (2) 이 건 토지 인근 주민들의 사료공장 신축 관련 반대 민원으로 사료공장 신축이 지연되었다고 하더라도 처분청이 민원 해결을 위한 위법한 처분 등을 한 사실은 없으므로 사료공장 신축 반대 민원은 유예 기간 내에 사료공장을 신축할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없고, 처분청이 청구법인에게 사료공장 설치·운영을 위한 자회사 설립을 제안한 것이나 공장 신설승인서를 착오 발급한 것 또한 청구법인이 사료공장을 신축할 수 없는 법령상 장애에 해당된다고 보기 어려우며, 사료공장 조성을 위한 토목공사 시 예상하지 못한 민원 등이 발생하여 토목공사기간이 상당기간 연장되었다고 하더라도 이에 대한 구체적인 증빙이 없음을 볼 때, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 법령의 금지 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없는바 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 공장부지를 조성하기 위한 토목공사 착공일을 당해 토지를 고유 업무에 직접 사용한 날로 볼 수 있는지 여부 ② 이 건 토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제14조【농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면】③「농 업 협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합 공동사업법인을 포함한다),「수산 업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계를 포함한다),「산림조합 법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 제94조【감면된 취득세의 추징】부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여서는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) OOO는 2012.10.10. 청구법인을 조사료 유통센터 설치 사업 지원대상자로 선정하고, 총 사업비 OOO을 지원하기로 결정하였다. (나) 청구법인은 조사료 유통센터 설치사업 지원대상자로 선정됨에 따라 이 건 토지에 조사료 유통센터를 설치하기로 결정한 후, 처분청에 공장신설 승인 신청을 하였고, 처분청은 2013.7.30. 아래 <표1>과 같이 공장신설을 승인하였으며, 그 승인서를 보면「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제56조 제1항 및 제57조 제3항에 의한 개발행위허가 및 「산지관리법」제14조 제1항 규정에 의한 산지전용허가도 공장 신설 승인에 따라 의제처리 되는 것으로 기재되어 있다. (다) 청구법인은 2013.8.8. 지목이 임야인 이 건 토지를 취득한 후, 처분청에 조사료 유통센터 설치사업 부지로 하여 취득세 감면 신청을 하였고, 처분청은 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따라 취득세 등을 면제하였으며, 청구법인은 2013.8.20. 이 건 토지의 잡목 등을 제거 하는 벌목공사를 진행하여 2013.9.20. 완료하였고, 2013.10.22. 이 건 토지를 공장부지로 조성하는 토목공사의 시공사 선정을 위한 입찰공고 를 하였다. (라) 청구법인은 2013.10.4. 조사료 생산을 위한 원재료의 수급이 어렵고, 경영손실이 예상된다는 사유 등으로 처분청에 조사료 유통센터 설치사업계획 포기서를 제출한 후, 2013.10.14. 이 건 토지에 섬유질 배합사료(이하 “배합사료”라 한다)를 생산하는 공장을 신축하는 사업계획서를 처분청에 제출하였다. (마) 한편, 처분청은 청구법인과 같은 일정 규모 이상의 업체는 이 건 토지가 소재한 지역에서 배합사료를 생산하는 공장을 운영할 수 없음 에도 착오로 <표1>과 같이 배합사료를 생산하는 공장신설승인을 하 였을 뿐만 아니라 인근 마을 주민들이 악취 발생 및 전염병 감염 등을 이유로 민원을 제기함에 따라 청구법인이 2013.10.14. 제출한 사료공장 신축 사업계획을 승인하지 않고 보류하면서 그 대안으로 청구법인에게 배합사료 공장을 설치·운영을 위한 자회사 설립을 제안하 였고, 그 후 청 구법인이 사료공장 설치 및 운영을 위한 자회사를 설립할 뜻을 밝힘에 따라 사료공장 신축사업계획을 다시 심사하여 2013.12.3. 사료공장 신축 승인 및 총 사업비 OOO을 청구법인에게 지원하기로 결정하였으며, 청구법인이 2013.11.22. 농업회사법인 OOO를 설립하고, 공장부지 조성을 위한 토목공사의 완료를 앞둔 2014.9.19. 청구법인에게 공장신설 승인 서를 재교부하여 2013.7.30. 교부한 당초 공장신설승인서의 오류를 해결 (배합사료를 생산품에서 제외)한 것으로 나타난다. (바) 청구법인이 제출한 이 건 토지에 대한 토목공사 관련 자료 등을 보면, 청구법인은 입찰을 통하여 2013.11.11. 토목공사 시공사를 주식 회사 성복공영으로 선정하였으나, 동절기에 토목공사를 진행하는 경우 안전 등에 문제가 있을 수 있다고 보아 그 이듬해인 2014.4.17.부터 토목공사를 시작하였으며, 토목공사 진행 중 발생한 마을 주민들의 민원 사항(마을 입구 조경공사 요구) 해결과 잦은 우천 등으로 인하여 공사 기간이 당초 계획(2014.6.29.) 보다 연장되어 이 건 토지의 유예기간이 경과한 2014.12.19. 토목공사를 완료한 것으로 나타난다. 또한, 이 건 토지에 대한 토목공사를 진행하는 동안에도 2014.5.8. OOO를 사료공장용 건축물(전기, 통신, 소방공사 포함) 설계업체로 선정하고, 2014.7.10. 설계용역계약을 체결하였으며, 토목공사가 완료됨에 따라 2015.1.13. OOO에 사료공장 신축을 위한 기술검토를 의뢰하고, 2015.2.9. 처분청에 건축허가를 신청하여 2015.2.16. 처분청으로부터 사료공장을 신축하는 건축허가를 받았으며, 그 후에도 사료공장 신축을 위한 시공사 선정을 위하여 2015.3.10.부터 2015.3.26.까지 20여개 업체를 상대로 현장설명회를 개최하였고, 입찰을 거쳐 2015.4.7. OOO을 체결하였으며, 2015.4.23.부터 건축공사를 시작하여 2016.4.21. 건축물 사용승인을 받은 후, 2016.5.2. 공장설립 완료 신고 및 공장 등록을 한 것으로 나타난다. (2) 「지방세특례제한법」제14조 제3항에서OOO에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2014.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제94조 본문 및 제2호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법 에서 특별히 규정한 경우를 제외하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (3) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면 규정을 적용함에 있어서 특별한 사정이 없는 한 건축물을 그 고유 업무에 직접 사용하는 날을 당해 토지의 직접 사용일로 보아야 할 것이므로 유예기간 내에 건축물 신축 공사를 착공하였다는 사실만으로 당해 토지를 고유 업무에 직접 사용한 것이라 볼 수는 없고, 다만, 건축물의 신축공 사는 당해 토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보아야 할 것이다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 지방세법령 등에서 ‘건축’에 대하여 별도의 정의를 두고 있지는 아니하나, 일반적으로 ‘건축’이라 함은 건축허가를 받아 착공신고서를 제출한 후 실제로 건축공사를 진행하는 것을 의미하는 것으로서 건축물을 신축하기 위하여 토목공사 등 준비 작업을 하는 경우까지 포함하는 것은 아닌 점( 조심 2016지495, 2016.6.29., 같은 뜻임), 청구법인은 임야인 이 건 토지를 취득한 후, 유예기간 내에 벌목공사 및 공장부지 조성을 위한 토목공사를 하였을 뿐 실제 건축물은 유예기간이 경과한 후 착공 한 점 등에 비추어 이 건 토지의 토목공사 착공일을 그 고유 업무에 직접 사용한 날로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」제94조 제2호에서 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조사료 유통센터를 설치하고자 이 건 토지를 취득하였으나, <표1>의 공장신설 승인서의 생산품에는 배합사료와 단미사료만 있을 뿐 조사료는 없는 것으로 보아 청구법인은 공장신설 승인 당시부터 조사료 생산 계획이 없었던 것으로 보이는 점, 당초 계획대로 조사료를 생산하고자 하였다면 처분청이 공장신설 승인 시 배합사료를 생산품에 포함하거나 배합사료공장 운영을 위한 자회사의 설립을 권고하지는 않았을 것이라고 짐작할 수 있는 점, 청구법인이 조사료 생산계획을 철회하고 배합사료 생산으로 계획을 변경함에 따라 공장승인 과정에서 생산품을 잘못 기재하는 오류가 발생하였고, 배합사료의 생산과정에서 악취 등의 발생이 예상되어 인근 주민들의 민원이 발생한 것으로 보이는바, 이와 같은 원인은 사실상 청구법인으로부터 발생하였다고 할 것으로 이를 행정관청의 금지나 제한으로 보기는 어려운 점 , 사료공장 신축을 위한 토목 공사, 건축물 설계 및 시공사 선정 등에 상당한 기간이 소요 되었다 하더라도 이와 같은 과정은 사전에 충분히 예측할 수 있었다고 보이고 청구법인의 노력 및 의지에 따라 얼마든지 그 기간을 단축할 수 있었다고 할 것인바, 이를 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지를 그 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기 본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.