이유
1. 사실 및 처분개요

청구법인은 OO에 본점을 둔 OOOO(OO) 리미티드의 OO지점으로 93.11.19 설립되어 94.1.1 ~ 94.12.31 사업년도(이하 “94 사업년도”라 한다) 기간중 도매·써비스, 무역·오파·유지보수업을 영위하면서 95.3.31에 94 사업년도분 법인세 214,033,200원(기납부 법인세 285,142,460원 별도) 및 동 농어촌특별세 22,073,470원을 신고하고, 95.4.28 완납한 후 청구법인의 OO본점 등 관련점이 지출한 경비 중 706,724,105원(이하 “쟁점경비”라 한다)이 청구법인의 매출에 관련된 경비로 보고, 위 당초신고를 수정하여 95.9.29 법인세 226,151,710원 및 동 농어촌특별세 14,134,480원을 환급하여 달라고 수정신고하였다.

처분청은 청구법인의 위 수정신고에 대하여 환급을 거부하고 96.1.31 이를 통지하였다.

청구법인은 위 수정신고일(95.9.29)로부터 60일내인 95.11.28까지 처분청으로부터 아무런 답변이 없자 다시 이 날로부터 60일내인 96.1.24 심사청구를 거쳐 96.5.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 외국법인의 국내사업장으로서 외국법인 본점(OO)이 발생시킨 일반관리비 등 공통경비는 그것이 국내사업장의 수입금액을 얻는데 합리적으로 관련이 있는 경우에 국내사업장에 배부되는 공통경비인 바, 청구법인의 경비로 신고한 쟁점경비액(706,724,105원)은

법인세법 제54조

, 동령 제121조 제1항 제1호 및 국세청장 고시 제89-69호의 규정에 따라 본점의 배부대상 공통경비액 3,037,061,045원을 전세계수입금액(65,325,835,549원)에 대한 국내사업장의 수입금액(15,200,944,131원)의 비율(23.27%)을 곱하여 산출한 금액으로서, 위 본점의 배부대상 공통경비액 3,037,061,045원과 전세계 수입금액 65,325,835,549원은 세계최대의 회계법인인 OOOOO OOOOOOOOOO OO사무소가 확인한 사항이므로 청구법인의 수정신고 내용대로 쟁점경비액을 청구법인의 수입금액에 대응하는 경비로 인정하여야 한다.

나. 국세청장 의견

외국법인 국내사업장의 각사업년도 소득금액계산상 본점경비를 손금산입함에 있어서 본점경비 중 공통비용은 국세청장 고시 제89-69호(외국기업의 과세소득 계산상 관련점경비 배부방법)에 따라 국내사업장에 배부계산된 금액을 손금에 산입하고, 본점경비 중 오로지 국내사업장의 사업만을 위하여 발생한 것으로 확인된 직접비용은 전액을 손금에 산입하는 것으로, 청구법인의 각 사업년도 소득금액을 결정함에 있어서 당해 청구법인 본점의 경영 및 일반관리비 중 공통경비로서 그 국내사업장의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비는

법인세법시행령 제121조

의 규정에 의해 당해 국내사업장의 비용으로 배분계산할 수 있는 것이나, 청구법인은 94 사업년도 법인세 과세표준 수정신고시 배부대상 관련점 경비명세서 등만을 제출하고 있어 이것 만으로는 본점에서 발생시킨 공통경비인지 여부를 확인할 수 없고, 또한, 청구법인의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비인지 여부를 확인할 수 없으므로 쟁점경비를 손금으로 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 쟁점경비를 청구법인의 94 사업년도의 손금으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

법인세법시행령 제121조

(외국법인의 국내원천소득금액의 계산) 제1항의 규정에 의하면, 법 제54조(국내원천소득금액의 계산)의 규정에 의하여 외국법인의 각사업년도의 국내원천소득이 총합계금액을 계산함에 있어서는 법과 이 령에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각호의 규정에 의한다고 규정하면서 그 제1호에 법 제9조에서 규정하는 손금은 법 제55조에 규정하는 국내원천소득에 관련하는 수입금액·자산가액과 국내원천소득에 합리적으로 배분되는 것에 한한다고 규정하고 있고,

외국기업의 과세소득계산상 관련점경비 배부방법에 대하여 정한 국세청고시 제89-60호의 규정에 의하면, 외국기업 국내사업장의 각사업년도 소득금액을 결정함에 있어서, 당해 외국기업의 본점 및 국내지점을 통할하는 관련점의 일반관리비 중 공통경비로서 당해외국기업의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비의 국내사업장에의 배부계산은 조약, 기타 이에 준하는 법령상의 규정이 있는 것을 제외하고는 다음에 의한다고 규정하고 있고,

그 제1호 가목에서 「배부대상경비」는 관련 본·지점에서 발생한 경영비 및 일반관리비를 포함하는 경비로서, 그 경비가 국내사업장에 대한 산업상 또는 상업상의 이윤을 얻는데 합리적으로 관련이 있다고 인정되는 경비항목과 금액 다만, 그 경비가 발생국의 조세법령의 규정에 따라 비용으로 공제되는 것에 한한다고 규정하고 있으며,

위 같은호 나목에서 「배부경비액의 계산」은 전항의 배부대상경비액에 국내사업장의 수입금액이 전세계관련점 수입금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 이 경우, 국내사업장 및 전세계관련점 수입금액은 배부대상 경비에 관련하여 발생하였다고 인정되는 산업상 또는 상업상의 수입금액에 한한다고 규정하고 있고,

위 국세청고시문 제3호에서는 「관련점 경비배부계산서 첨부서류」를 열거하고 있는 바, 그 제1호의 첨부서류로서,

(1) 관련점 경비배부계산서(별지 1호 서식)

(2) 배부대상 관련점 경비명세서(별지 2호 서식)

(3) 전세계 관련점 수입금액명세서(별지 3호 서식)를,

그 제2호의 본점 소재국의 공인회계사 확인사항으로서

(1) 배부대상 관련점 경비명세

(2) 전세계 관련점 수입금액명세

(3) 본점 및 관련점 조직도 및 부서별 업무분장 내용을 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 95.3.31에 94 사업년도 법인세신고시 법인세 산출세액을 499,175,660원, 동 농어촌특별세 산출세액을 22,073,470원으로 신고하고, 이 중 기납부 법인세 285,142,460원을 차감한 법인세 214,033,200원 및 동 농어촌특별세 22,073,470원을 95.4.28 완납한 후, 위 당초신고를 정정하여 청구법인의 OO본점등 관련점이 지출한 경비 중 청구법인의 매출에 관련되었다고 주장하는 경비 706,724,105원(쟁점경비)을 손금에 가산함으로써, 법인세 226,151,710원 및 동 농어촌특별세 14,134,480원을 환급하여 달라고 95.9.29 수정신고하였고, 위 사실에는 다툼이 없다.

(2) 외국법인 국내사업장의 국내원천소득을 계산함에 있어서 ① 본점에서 발생시킨 공통경비가 경영비 또는 일반관리비에 해당하고, 국내사업장의 국내원천소득에 대한 산업상 또는 상업상 이윤을 얻는데 합리적으로 관련이 있으며, ② 경비발생국(본점)의 조세법령에 의하여 손금으로 인정되는 경비로서, ③ 국세청고시 제89-60호에 의하여 계산된 본점경비배부액은 이를 손금에 산입하여야 하는 바, 위 법령해석 및 계산방식에는 다툼이 없다.

(3) 청구법인은 94 사업년도 국내원천소득금액의 계산에 관련하여 아래와 같이 신고하였고, 95.9.29 수정신고 당시 OO본점 소재지의 회계법인인 OOOOO OOOOOOOOOO OO사무소로부터 확인을 받은 위 국세청고시 제89-60호에 규정한 첨부서류를 제출하였음이 동 회계법인의 95.9.26자 확인서 원본에 의하여 확인된다.

(가) 본·지점을 포함한 전세계수입금액 : 65,325,835,549원

(나) 국내사업장(국내지점)의 수입금액 : 15,019,161,569원

(다) 본점의 배부대상 공통경비액 : 3,037,061,045원

(라) 배부비율(15,019,161,569원 / 65,325,835,549원) : 23.27%

(마) 국내원천소득 관련비용 배부액 : 706,724,105원

(3,037,061,045 × 23.27% = 706,724,105원)

(4) 청구법인이 제출한 OO본점의 조직도 및 부서별 업무분장내용을 보면, OO본점은 지역기술지원부, 지역총괄부, 재무·총무부, 물류부 및 마케팅부 등으로 구성되어 있고, 그 업무내용은 극동지역의 컴퓨터 관련제품에 대한 시장정보 수집, 수요창출, 판매촉진과 주문·보관·배달 및 고객에 대한 기술지원 등으로서 위 업무내용으로 보아 OO본점의 경비지출이 청구법인의 매출과 전혀 관련이 없다고 단정하기는 어렵다 하겠으며, 청구법인은 95 사업년도에 대하여도 이 건 사업년도(94)와 동일한 회계법인(OOOOO OOOOOOOOOO)이 작성한 동일한 서류에 의하여 본점경비 중 645,555,307원을 OO지점에 배부하여 신고한 사실이 확인된다.

(5) 반면, 청구법인의 수정신고에 대한 처분청의 이 건 검토서를 보면, 1) 본점과 지점의 공통경비 여부를 확인할 수 없고, 2) 국내사업장의 국내원천소득의 발생과 합리적으로 관련된 경비 여부를 판단할 수 없다고 기재되어 있을 뿐, 청구법인이 신고한 청구법인 및 관련점의 전세계수입금액(65,325,835,549원)과 공통경비액(3,037,061,045원)이 적정한 금액인지 여부와, 위 공통경비액이 청구법인의 매출과 합리적으로 관련되어 있는지 여부에 대하여 구체적으로 조사한 흔적이 전혀 없음이 확인되는 바, 공통경비액 등 쟁점경비액의 계산을 위한 기초금액이 확인되지 아니한다는 이유 하나 만으로는 쟁점경비액 전액을 부인하는 근거로 삼을 수는 없다 할 것이다.

(6) 따라서, 위 관련규정 및 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 95.9.29 수정신고 당시 청구법인이 제출한 서류에 의하여 전세계수입금액(65,325,835,549원)과 공통경비액(3,037,061,045원)이 적정한지 여부 및 위 공통경비액이 청구법인의 매출과 합리적으로 관련되어 있는지 여부에 대하여 구체적으로 재조사하여 위 공통경비액 중 청구법인의 손금으로 배부되어야 할 경비액을 확정하고 그 확정된 배부경비액에 따라 이 건 과세표준과 세액을 결정하여야 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 95.9.29자 수정신고 내용을 재조사하여야 하므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.