이유
1. 원처분 개요 청구인은 OO상회라는 상호로 철물 및 건자재 도·소매업을 영위하는 사업자로서 90년 귀속 종합소득세를 서면신고하였다. 처분청은 익산세무서로부터 청구인이 90.12.26자 청구외 OO화학주식회사에서 교부받은 P.P 마대관련 매입세금계산서 금액 18,992,500원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 위장가공거래금액이라는 자료를 통보받아 부가가치세과에서 부가가치세 매입세액을 불공제하여 경정결정한 후 소득세과에 자료를 통보하였고, 소득세과에서는 쟁점금액이 가공거래금액이라고 보아 관련비용을 원가부인하여 96.4.16 청구인에게 90년 귀속 종합소득세 11,253,530원 및 동 방위세 2,779,100원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.6.14 심사청구를 거쳐 96.9.23 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구인은 청구외 OO상회(대표 OOO)로부터 쟁점금액을 매입하였으나 청구외 OO상회가 과세특례자이기 때문에 청구외 OO상회의 당초 매입처인 청구외 OO화학주식회사로부터 매입세금계산서를 교부받았음이 사실이므로 쟁점금액은 위장거래금액에는 해당되지만 가공거래금액은 아니므로 원가마저 부인하여 이 건 과세함은 부당하고, 동대문세무서에서 조사결정한 청구외 OO상회에 대한 부가가치세 경정사유를 보면 익산세무서 과세자료전에 관련된 청구인 외 3명의 매입액 합계 32,961,000원에 대한 조사당시 동 업종의 부가율에 의하여 환산한 수입금액의 누락으로 보지 아니하고 동 매입금액을 청구인 외 3명에게 소개했다는 확인서를 징취하여 각자에게 관련된 매입금액에 상응하는 소개비로서 총액 480,000원을 증액경정한 사실로 볼 때 실물거래가 있었음이 확인된다. 나. 국세청장 의견 쟁점금액은 당초 익산세무서에서 청구외 OO화학주식회사를 조사하여 위장가공거래금액이라고 확정하고 처분청에 통보된 자료임이 익산세무서의 당초 조사관련서류에 의거 확인되고, 청구인은 쟁점금액이 위장거래금액에 해당한다면 이에 대한 객관적인 입증자료 즉 매입내역과 대금의 결재 등에 대하여 구체적인 자료의 제시가 있어야 함에도 이러한 서류의 제시는 하지 못하고 단지 과세특례자로 되어 있는 청구외 OO상회 대표 OOO의 확인서만을 제시하고 있는 사실로 볼 때, 처분청이 쟁점금액을 위장가공거래금액으로 인정하고 원가를 부인하여 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점금액을 가공거래금액으로 보아 원가부인하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 소득세법 제20조 제2항에서 「사업소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다」라고 규정하고 있고, 같은법 제31조 제1항 및 같은법시행령 제60조 제1항 제1호에서 「사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용 등의 합계액으로 한다」라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 과세경위에 대하여 살펴보면, 91.11월 익산세무서장은 OO화학주식회사에 대한 세무조사를 실시하여 적출한 내용을 92.12.9 처분청 등에 통보(직세 OOOOOOOOOOO)하였고, 93.5월 처분청 부가가치세과에서 위 통보자료에 따라 청구인이 90.2기 부가가치세 신고시 가공매입세금계산서(18,992,500원)를 교부받아 매입세액을 공제 받았다 하여 경정(2,089천원)결정한 후, 소득세과에 자료를 통보하였으며, 96.4.6 소득세과에서 이 건 과세한 후 청구인으로부터 쟁점금액이 위장거래 금액에는 해당되나, 가공거래금액으로 보아 매입원가를 부인하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다는 진정서를 접수하고 96.6.4 당초 조사관서인 익산세무서와 처분청 부가가치세과에 조사파생자료가 위장인지 가공인지 여부에 대한 확인요청을 하였고, 96.6.15 소득세과에서는 익산세무서로부터 위장인지 가공인지 여부는 확인할 수 없어 당초 조사복명서 및 거래처별 파송자료전을 송부한다는 회신을 받았다. (2) 익산세무서에서 통보한 조사담당 공무원의 OO화학주식회사에 대한 조사복명서에 의하면, 「90.2기 및 91.1기 매출세금계산서 및 경비일지를 대사한 바, 실물은 과세특례자 등에 매출하고 세금계산서는 법인 및 일반사업자에게 교부한 위장거래분 81,162,000원을 적출」하였으며, 그 중 32,961,000원이 OO상회에 매출되고 그 세금계산서는 청구인외 3인이 수취하였으며, 쟁점금액에 대한 매입세금계산서가 그 속에 포함되어 있음이 확인된다. (3) 92.8월 동대문세무서장은 OO상회에 대한 매출액 32,961,000원에 대해 청구인외 3명이 OO화학주식회사로부터 거래한 사실이 있으며 OO상회에 수고비로 480,000원(청구인은 200,000원)을 지급한 사실이 있다는 내용의 사실확인서를 받아 이를 매출누락으로 보아 OO상회에 대하여 부가가치세를 경정결정한 사실이 결정결의서와 확인서(4매)에 의하여 확인되고 있다. (4) 청구외 OO상회 대표 OOO의 사실확인서를 보면, 위 OOO이 OO화학주식회사로부터 P.P마대를 구입하여 청구인에게 판매하였으나, OOO이 과세특례자로서 세금계산서를 교부할 수 없어 부득이 매입처 세금계산서를 발행토록 요구하였다고 확인하고 있다. 사실이 위와 같다면 청구외 OO화학주식회사에 대한 익산세무서 조사담당공무원의 조사복명서, 동대문세무서장의 OO상회에 대한 이 건 관련 부가가치세의 경정사실 및 청구외 OO상회 OOO의 사실확인서 등을 종합하여 볼 때, 실물은 OO화학주식회사에서 OO상회에 매출하고 OO상회는 이를 다시 청구인에게 매출하였으나, 세금계산서는 OO상회가 과세특례자가 되어 OO화학주식회사가 청구인에게 직접 교부한 것이라고 보여지므로 위 쟁점금액은 위장거래금액에는 해당되지만 가공거래금액은 아닌 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 가공거래금액으로 보아 원가부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 할 것이다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.