이유
1. 처분 개요 가. 청구외 OOOOOOOOO주식회사(이하 “청구외 피합병 법인” 이라 한다)는 1994.3.26. 서울특별시 OOO OOO OOOO번지를 본점 소재지로 하고 국내외 관광알선 등을 목적사업으로 하여 설립되 었다가 1999.12.1. 상법 제520조의2제1항 규정에 의하여 해산된 청구외 주식회사OOOOO (이하 “청구외 종전 법인”이라 한다)를 인수 하여 2002.3.7. 회사계속 등기 를 하고, 같은 날 상호·목적사업·임원 등을 변경등기 한 다음 2002.12.12. 취득한 서울특별시 OOO OOO OO번지 외 1필지 토지 9,185.5㎡ (이하 “이 건 제1토지”라 한다)는 취득금액 46,880,077,590원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항제3호(2) )의 세율을 적용하여 산출한 등록세 1,406,402,320원, 지방교육세 281,280,460원 , 합계 1,687,682,780원을 2002.2.13. 처분청에 신고 납부하고 같은 날 소유권 이전 등기를 필하였고, 2002.12.16. 취득한 서울특별시 OOO OOO OO OO 번지 외1필지 토지 674.7㎡ (이하 “이 건 제2토지 ” 라 하고, 이 건 제1토지를 포함하여 “이 건 토지”라 한다)는 취득금액 4,132,537,500원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항제3호(2) 의 세율을 적용 하여 산출한 등록세 123,976,120원, 지방교육세 24,795,220원 , 합계 148,771,340원을 2002.12.17. 처분청에 신고 납부하고 같은 날 소유권 이전 등기를 필하였다. 나. 청구인은 1997.4.18. 서울특별시 OO OOOO OO번지를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로서 2005.7.11. 청구외 피합병 법인을 흡수 합병 한 후 , 상호를 주식회사 OOOOO으로 변경하였고, 2006.6.9. 이 건 토지 상 에 주상복합건물 87,327.68㎡(공동주택 : 67,792.21㎡, 상가 : 19,535.47㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 한다) 을 신축한 후, 신축가액 99,368,785,529 원을 과세 표준으로 하고 지방 세법 제131조제1항제4호 의 세율을 적용하여 산출한 등록세 794,950,280원, 지방교육세 158,990,050원 , 합계 953,940,330원을 2006.6.27. 처분청에 신고 납부하고 같은 날 소유권보존 등기를 필하였다. 다. 처분청은 청구인에 대한 세무조사에서 청구외 피합병 법인이 이 건 제1토지의 취득 당시 지급한 동 지상건축물의 철거비와 대출이자 1,115,340,130원을 등록세 과세표준 에서 누락한 사실과 청구인이 825,388,155원을 이 건 건 축물의 과세표준에 과다 계상한 사실을 확인하고, 이 건 제1토지에 대한 추징 세액에서 이 건 건축물에 대한 환부세액을 차감한 등록세 43,809,530원, 지방 교 육세 6,843,580원 합계 50,653,110원( 가산세 포함)을 2007.2.14. 부과 고지하였으며 청구인은 이를 전액 납부하였 다. 라. 처분청은 청구외 피합병 법인 의 경우 이미 해산 등기된 청구외 종전 법인을 인수하여 회사 계속등기를 한 후, 상호 ·목적사업·임원 등을 변경 하였으므로 청구외 피합병 법인 과 청구외 종전 법인은 동일성이 없는 별개의 법인 으로 보아 회사계속등기일인 2002.3.7.을 청구외 피합병 법인의 대도시내 법인 설립일로 판단 하고 이로부터 5년 이내에 취득 · 등기한 이 건 토지와 이 건 건축물의 상가 중 지방세법시행령 제102조 제7항의 규정에 따라 청구인의 지분을 제외한 피합병법인의 지분을 등록세 중과세 대상으로 보아 그 취득가액에 지방 세법 제 138조 제1항에서 규정한 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 4,188,817,880원, 지방교육세 769,353,720원 , 합계 4,958,171,600원 (가산세 포함 )을 2007.9.14. 청구인에게 부과 고 지하였 다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 조세법률 엄격해석의 원칙에 비추어 볼 때 법인의 설립일은 법인설립 등기일을 의미하는 것이고, 지방세법 규정에서 회사 계속등기 후 5년 이내에 등기하는 부동산에 대하여 등록세를 중과세 한다는 규정이 없음에도 처분청이 이를 등록세 중과세 대상으로 보는 것은 처분청의 자의적인 해석으로 조세법률주의에 위배된다. (2) 이 건 토지가 대도시내에서 법인 설립 후 5년이내에 취득·등기한 부동산에 해당된다고 하더라도 이 건 토지 중 주택의 부속토지는 주택건설용 사업용 부동산이므로 지방 세법시행령 제101조제1항 제5호의 규정에 따라 대도시내 법인 등록세 중과세 제외대상에 해당한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구외 피합병 법인 의 경우 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산 등기된 청구외 종전법인을 인수하여 2002.3.7. 회사계속 등기를 한 후 상호· 본점 소재지·목적사업· 임원 등을 변경등기 하였음을 볼 때 , 이는 청구외 종전 법인과는 전혀 관계없는 사실상 법인을 새로이 설립한 것으로 보아야 하므로 회사계속등기일인 2002.3.7. 을 청구외 피합병 법인의 설립일로 보아 이 로 부터 5년 이내에 취득 · 등기한 이 건 토 지와 이 건 건축물 중 청구인의 소유 지분을 제외한 나머지에 대하여 대도시 내에서 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로 보아 등록세 중과세로 판단한 것은 적법하므로 지방세법 제138조 제1항에서 규정한 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 세액 에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 등을 부과 고지한 것은 적법하 다. (2) 청구외 피합병 법인은 이 건 토지를 취득한 이후인 2004.2.4.에 주택건설사업자 등록을 하였음을 볼 때, 이 건 토지는 등기 당시 지방세 법 제101조제1항 제5호에서 규정한「 주택법」제9조 의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업에 공여하는 토지로는 볼 수 없다고 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 대도시내에서 설립된 지 5년 이상 된 휴면법인을 인수한 후 회사 계속등기 및 상호 등을 변경 등기하고 부동산을 취득 등기한 경우, 회사계속 등기일을 법인설립일로 보아 그 후 취득 등기한 부동산에 대하여 등록세를 중과세 하는 것이 적법한지 여부와 주택건설사업자 등록을 하기 전에 취득한 토지에 주택을 신축한 경우 그 토지가 등록세 중과 제외 대상인 주택법에 의하여 등록된 주택건설사업용 부동산에 해당되는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제 138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인 투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기 2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입 (전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다) 에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다 3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 (2) 지방세법시행령 제101조(대 도시내 법인 중과세의 예외) ① 법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다. 5.「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 「 주택법」제9조 의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다) ② 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과 할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 제102조( 대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준) ⑦ 대도시안에서 설립후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 "기존법인 "이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 이를 중과세 대상 으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시안에서 설립후 5년이 경과 되지 아니한 법인과 합병하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병당시의 장부 가액을 기준으로 계산한 비율로 한다. (3) 상법 제172조 (회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제434조(정관변경의 특별결의) 제433조제1항의 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써 하여야 한다. 제520조의2(휴면회사의 해산) ① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 본점의 소재지를 관할하는 법원에 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로서 공고한 날로부터 2월 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다. 그러나 그 기간내에 등기를 한 회사에 대하여는 그러하지 아니하다. ③ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사는 그 후 3년 이내에는 제434조의 결의에 의하여 회사를 계속할 수 있다. ④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다. (4) 주택법 제9조 (주택건설사업 등의 등록) ① 연간 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자 또는 연간 대통령령이 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 건설교통부장관에게 등록하여야 한다. 다만, 다음 각호의 사업주체의 경우에는 그러하지 아니하다. 1.～6. 생략 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구외 종전법인이 1994.3.26. 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOO번지로, 목적사업을 국내외 관광알선, 레저알선, 서비스업 등으로 설립 등기를 한 후, 1999.12.1. 해산등기를 하였고, 청구외 피합병법인은 2002.3.7. 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOO번지로, 목적사업을 건축자재 도·소매업, 주택건설사업 등으로 하는 회 사계속등기 및 상호·본점소재지·목적사업 변경등기를 하였으며, 2002.12.13. 이 건 제1토지를, 2002.12.17. 이 건 제2토지를 각각 취득하고 소유권이전등기를 경료하였고, 2004.2.7. 주택건설사업자등록 (등록번호 OOOOOOOOOOOOOO)을 하였으며, 2005.7.11. 청구인에게 흡수합병되어 소멸되었고, 청구인은 1997.4.18. 상호를 OOOOOOO주식회사로, 본점소재지를 서울특별시 OO OOOO OO번지로, 목적사업을 선물거래 및 해외선물거래의 자기 매매 등으로 설립등기를 하였으며, 2000.7.20. 상호를 주식회사 OOOO로, 본점소재지를 서울특별시 OOO OOO OOOOOO번지로, 목적사업을 토목건축 공사업, 부동산매매임대업 등 ( 종전 목적사업 삭제)으로 하는 변경등기를 하였고, 2001.1.3. 주택건설사업자로 등록 (등록번호 OOOOOOOOOOOOOO)을 하였으며, 2003.2. 이 건 건축물 건축허가(건축주: OOOOOOOOO 주식회사)를 받았고, 2005.7.11. 청구외 피합병 법인을 흡수합병하면서 목적사업에 아파트, 상업용 건축물 건설사업 및 매매 임대를 추가하였으며, 2005.12.6. 주택건설사업자등록증을 재발급 받고, 2006.6.26. 이 건 건축물의 소유권 보존등기를 필하였으나, 처분청은 2007.2.14. 이 건 제1토지 취득 당시 누락된 1,115,340,130원에 대하여 등록세를 부과 고지하였고, 2007.9.14. 이 건 토지와 건축물의 일부에 대하여 등록세를 중과세한 사실을 알 수 있다. (2) 지방세법 제138조 제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조에서 “대도시 내 에서의 법인의 설립”이란 설립등기에 의한 설립만을 지칭한다기 보다는 법인의 실질적인 설립행위를 포함하는 것으로 해석할 수 있고 같은 항 제2호에서도 대도시 내로의 법인 본점 등의 전입은 법인의 설립으로 보아 같은 세율을 적용한다고 규정하는바, 전입과 설립이 동격으로 나란히 규정되어 있는 형태에 비추어 보더라도, 설립은 “설립등기에 의한 설립”이라기보다 법인의 실질적인 설립행위 자체를 가리키는 것으로 보는 것이 더 자연스럽다고 판단된다. (3) 지방세법 제138조 에 따른 등록세 중과대상이 되는 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 중과세율을 적용한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 신고 납부하도록 하면서 같은 법 시행령 제 104조 의2제2항제1호에서 법인을 신설하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업 장이 사실상 설치된 날을 그 기산점으로 정하고 있는 바 위 규정은 부동산 취득 등기 이후에 법인이 설립되는 경우에는 사무소 또는 사 업장의 사실상 설치와 같은 실질적인 설립행위를 기준으로 설립 여부를 판단하여 등록세 중과여부를 결정하도록 정한 것이라고 할 수 밖에 없다(서울고등법원 2007.12.4.선고 2007누 12691 참조)고 판단된다. (4) 청구외 피합병 법인의 경우 상법 제520조의2 제1항의 규정에 의하여 해산등기된 청구외 종전법인을 2002.3.7. 회사계속 등기를 한 후, 상호 , 본점소재지, 대표 이사, 임원과 목적사업을 모두 변경하였음을 볼 때, 비록 청구외 피합병 법인이 회사설립등기를 하지 않고 기존 회사를 인수함으로써 당초 청구외 종전법인의 법인격이 유지되었다 하더라도 청구외 종전 법인의 상호, 본점소재지, 목적사업, 임원 등을 모두 변경 함으로써 청구외 종전법인과 청구외 피합병 법인은 동일성을 찾을 수 없을 정도로 변경되었다고 볼 수 있고 따라서 이는 회사인수 후 변경등기의 형태를 취하였다 하더라도 새로운 회사가 설립된 것과 실질적으로 아무런 차이를 찾을 수 없으므로 청구외 종전법인의 상호 등을 변경 등기한 2002.3.7. 청구외 피합병 법인의 실질적인 설립행위가 있었다고 할 것인 바, 이날부터 5년 이내 청구인이 이 건 부동산을 취득하고 등기를 한 것은 지방 세법 제138조 제1항제3호 및 같은 법시행령 제102조제2항에서 규정하는 법인 설립 이후 5년 이내에 취득한 부동산을 등기한 것에 해당하므로 등록세 중과세 대상이라 판단된다. (5) 또한, 청구인은 이 건 토지는 주택을 신축하기 위하여 취득한 토지 이므로 지방세법시행령 제101조 제1항제5호에서 규정한 주택건설사업용 토지에 해당되어 등록세 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장 하고 있지만, 대도시내 법인중과세의 예외규정인 지방세법 시행령 제101조 제1항제5호에서 주택법 제9조 의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하여 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 중과세에서 제외한다고 규정하고 있는 바, 주택법에 의하여 등록된 주택건설사업자에 대하여 등록세 중과세를 하지 아니하는 취지는 일정한 자격 요건을 갖추고 연간 일정한 호수 이상의 주택건설실적이 있는 자에 대하여 건설부에 등록을 하게 한 다음 그 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 등의 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로써 대도시내의 주택이 없는 국민의 주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는데 있다고 할 것(대법원 95누2395, 1995.6.16. 선고 참고)이므로 등록세 중과세 제외 대상 여부는 주택법에 의하여 등록된 주택건설사 업자가 주택건설을 목적으로 부동산을 취득하여 실제로 3년이내에 주택 건설에 사용하였는가에 있다고 할 것인데, 청구외 피합병법인은 이 건 토지를 취득할 당시인 2002. 12월 현재 주택법 제9조 의 규정에 의하여 주택건설 사업자로 등록을 하지 못한 사실을 보면 “일정한 자격 요건을 갖추고 연간 일정한 호수 이상의 주택건설실적이 있는 자”에 해당하지 아니한다고 보이는 바 , 비록, 청구외 피합병법인이 주택을 신축하기 위하여 이 건 토지를 취득 하였고 그 후 주택 건설사업자 등록을 하고 이 건 토지에 주택을 신축 하였다고 하더라도 이 건 토지 취득 당시 주택건설사업자로 등록하지 아니한 이상 처분청에서 이 건 토지에 대하여 등록세를 중과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인에게 이 건 등록세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단 된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.