이유
1. 원처분내용 처분청은 청구법인이 인천직할시 북구 OO동 OOOOO, OOO 대지 1,070.45㎡ 및 건물 3,146.83㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 그 감정가액이 3,068,000,000원임에도 불구하고 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 주식회사 OOO레저(이하 “청구외법인”이라한다)에게 92.12.28. 750,000,000원에 양도하였다하여 행위계산 부인하고 쟁점부동산에 대한 저가양도 해당액 2,106,108,004원(부가가치세를 제외한 금액임)을 청구법인의 ’92사업년도(92.1.1～12.31)의 법인세 과세소득금액계산상 익금에 산입하고, 또한 특별부가세 과세표준금액에 가산(저가양도 해당액 2,106,108,004원 및 쟁점부동산 양도에 대한 당초신고누락 과세표준금액 71,092,171원)하여 94.2.1 청구법인에게 ’92사업년도분 법인세 946,872,400원 및 특별부가세 719,782,380원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.4.2 심사청구를 거쳐 94.7.21 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구법인이 쟁점부동산을 청구외법인에게 양도한 것으로 소유권이전등기하게된 경위는 쟁점부동산이 임대전업부동산으로서 금융기관의 여신관리규정에 의거 청구법인이 금융기관에서 대출을 받기 위한 담보로 제공될 수가 없어 부득이 청구외 법인에게 소유권을 이전하고 청구외법인이 쟁점부동산을 담보로 제공하는 형식을 취하여 청구법인은 92.12.29 OO은행 OO지점으로부터 25억원을 대출받은 것이나, 실제로는 쟁점부동산의 양도양수에 관하여 대금의 수수는 없었던 것이고(미수금과 미지급금으로 계상), 또한 청구법인이 쟁점부동산을 청구외법인에게 소유권이전등기하기전에 청구법인과 청구외법인간에 명의신탁약정을 하였고, 등기이전에 관련된 제비용은 청구법인이 전부 부담하였던 것이며, 그 이후 여신관리규정의 변경으로 인하여 93.8.3 매매계약해제를 원인으로하여 쟁점부동산의 소유권이 청구법인에게 이전등기(92.12.28) 된 것이 93.9.23 말소되어 다시 그 소유권이 청구법인에게 환원된 것으로 (2) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 청구외법인에게 쟁점부동산을 부당하게 낮은 대가를 받고 양도하였다고하여 법인세 및 특별부가세를 경정하였으나 위에서 본바와 같이 그 실질적인 내용은 청구법인이 아무런 대가없이 쟁점부동산의 소유권을 청구외법인에게 이전하였다가 다시 그 소유권이전등기가 말소된 것이므로 이는 쟁점부동산을 청구외법인에게 양도한 경우에 해당되지 않는데도 처분청은 청구법인이 특수관계자에게 부당하게 낮은 가액으로 쟁점부동산을 양도하였다고 하여 이 건 과세한 것은 부당하다고 주장한다. 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산의 소유권이 단순히 여신관리 규정에 의하여 담보제공 목적으로 부득이 특수관계법인에게 이전되었다가 그 담보제공으로 금융기관으로부터 자금을 융통하였다고 하지만, 쟁점부동산에 대한 검인계약서 및 등기부등본을 보면 그 계약서상 양도금액이 750,000,000원이고 92.12.28 자로 청구외법인에게 매매를 원인으로 소유권이전등기되었고, 청구법인의 ’92사업년도 법인세신고시에 그 양도가액을 750,000,000원으로 신고한 사실등으로 보아 단순히 여신관리규정 때문에 부득이 소유권이전등기했다는 청구주장은 받아들일 수 없으며, 또한 쟁점부동산의 92.11.30 자 감정가액이 3,068,000,000원이므로 이는 법인세법 제20조 및 같은법시행령 제46조 제2항 제4호의 규정과 같은법 시행령 제124조의2 제7항의 규정에 의하여 “특수관계자에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 경우”에 해당되므로 부당행위계산부인하여 법인세 및 특별부가세를 과세한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이건은 청구법인이 쟁점부동산을 특수관계자인 청구외법인에게 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 법인세 및 특별부가세를 경정한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 (1) 법인세법 제20조 에는 「정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다」고 규정하고, 같은법 시행령 제46조 제1항 본문 및 그 제3호의 규정에 의하면 그 법인의 출자자 또는 임원이 총발행주식의 100분의30 이상을 출자하고 있는 다른법인은 양법인간에 특수관계에 있는 것으로 규정하고 있으며, 위 시행령 제46조 제2항 본문 및 그 제4호의 규정에 의하면 “특수관계에 있는 자로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 특수관계에 있는 자로부터 자산을 시가에 미달하게 양도한 때”는 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당되는 것을 알 수 있다. (2) 법인세법 제59조의2 제1항에서는 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고 있고, 제2항에서는 「제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환·현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다」고 규정하고 있고, 같은법시행령 제124조의2 제7항에서는 「제46조 제1항에 규정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다」고 규정하고 있다. 다. 청구법인이 쟁점부동산을 특수관계자인 청구외법인에게 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 법인세 및 특별부가세를 경정한 것이 정당한지 여부 (1) 사실관계 (가) 청구법인과 청구외법인간에 특수관계가 있는지를 보면 청구법인의 대표이사겸 주주인 청구외 OOO이 청구외 법인의 주식을 30% 소유하고 있는 등 위 양법인 간에는 특수관계에 있고 쟁점 부동산에 대한 92.11.30 자 한국감정원의 감정가액은 3,068,000,000원임이 확인되고 이에는 다툼이 없다. (나) 쟁점 부동산의 등기부내용을 보면 청구법인의 소유인 쟁점부동산은 90.1.16 매매를 원인으로 92.12.28 청구외법인에 소유권이전등기되었다가 93.8.3 위 매매계약해제를 원인으로 93.9.23 위 소유권이전이 말소등기된 사실이 확인된다. 또한, 채무자는 청구법인, 근저당설정자는 청구외법인으로 하고 근저당권자를 주식회사 OO은행 OO지점으로 하여 92.12.29 근저당권 설정(채권최고액 28억원)되었으며, 동 근저당권은 쟁점부동산의 소유권 변동으로 인하여 93.9.27 해지를 원인으로 하여 같은날 근저당권 말소되었다가 새로운 설정계약으로 같은날 같은 내용의 근저당권이 설정된 사실을 알 수 있다. (다) 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 위하여 작성된 청구법인과 청구외법인간의 매매계약서(검인계약서)의 내용을 보면 총매매대금은 750,000,000원으로 하고 그 대금지급조건은 90.3.16. 75,000,000원, 그 이후 90.9.16 부터 92.12.26 까지 6회에 걸쳐 매회 112,500,000원씩 분할지급하도록 되어 있고 청구법인은 계약과 동시에 위 부동산을 청구외법인에게 인도하기로 되어 있고, 그 소유권은 잔대금지급기일에 청구법인으로부터 청구외법인에게 이전하도록 되어있으며 매매계약체결일은 90.1.18 로 되어 있음을 알 수 있다. 또한, 청구법인이 제출한 청구법인과 청구외법인간에 92.12.28 작성된 명의신탁약정서의 내용을 보면 청구법인의 소유인 쟁점부동산을 “신탁물건”으로 하고 청구법인이 금융기관으로부터 차입을 하기 위하여 청구외법인에게 신탁등기하기로 하고 위 등기에 대한 제비용은 청구법인이 부담하며 청구법인의 차입금변제가 완료된 경우에는 즉시 명의신탁해지키로 하는 것으로 되어 있다. (라) 쟁점부동산의 소유권을 청구외법인에게 이전된 것과 관련하여 청구법인이 위에서 본 매매계약서상의 매매대금수수사실이 있었는지를 보면 청구법인은 92.12.31 쟁점부동산 매매계약서상의 총 대금 750,000,000원을 미수금으로 계상(청구외법인의 임대보증금과 상계하여 미수금 잔액 606,663,459원으로 계상)한 사실이 확인되고 위 미수금은 93.8.3 매매계약해제로 인하여 그 미수금 기장내용을 정정한 사실이 확인되며, 쟁점부동산의 소유권이전등기와 관련한 등록세, 취득세 등은 전액 청구법인이 부담한 사실이 장부에 의하여 확인된다. (마) 쟁점부동산의 금융기관 담보취득제한 내용을 보면 금융기관 여신운용규정(90.6.1 개정시행)제3조의 2의 규정에 의하면 연면적이 ½이상 임대되고 있는 건물 및 당해 대지는 금융기관이 여신취급시 담보취득을 금지하도록 규정하고 있고, 또한 제3자 명의의 부동산도 담보취득을 금지하도록 규정하고 있으나, 제3자 명의 부동산의 경우에는 동운용규정 세칙 제4조의 2에서 중소기업에 대한 운전자금대출 및 지급보증에 관하여 제3자 명의부동산(여신금지업종에 제공되는 부동산등은 제외)이 92.7.16 이전에 취득한 부동산인 경우에는 담보취득이 가능하도록 규정하고 있으며 담보취득과 관련된 부동산의 취득일은 연불조건거래인 경우 계약상의 인도일로 규정하고 있다. 또한, 위 담보취득제한내용이 93.4.1 부터 시행된 신경제 100일 계획 금융규제완화조치로 중소기업이 소유하고 있는 부동산에 대하여는 연면적의 ½이상이 임대되고 있는 자기 소유의 부동산인 경우에도 담보취득이 가능하도록 되었다. (바) 쟁점부동산의 경우에는 청구법인이 청구외법인에게 전부 임대하고 있었던 사실이 확인되고, 청구외법인에게 92.12.28 소유권이전 (쟁점부동산의 매매계약서상에는 계약일인 90.1.18 동부동산을 인도하는 것으로 되어 있음)하여 다음날인 92.12.29 청구법인이 OO은행 OO지점으로부터 25억원을 차입하면서 청구외법인으로 소유권이전된 쟁점부동산을 담보로 제공하였으며, 93.4.1 부터는 임대용 부동산의 경우에도 담보취득이 가능하도록 완화조치를 한 사실과, 93.8.3 매매계약해제를 원인으로 청구외법인 앞으로 소유권이전된 등기가 93.9.23 말소된 것임을 알 수 있다. (사) 청구법인은 쟁점부동산을 92.12.28 청구외법인 앞으로 소유권이전등기하고 ’92년 제2기 부가가치세 확정신고시에 동 부동산의 양도가액 750,000,000원 중에 그 건물부분 양도가액(616,634,590원)에 대하여는 그 부가가치세 신고하였으며, 또한, 청구법인의 ’92사업년도 법인세 신고시에는 쟁점부동산의 양도차익을 138,921,845원(양도가액 750,000,000원, 취득가액 611,078,155원)으로 하여 각 사업년도의 소득금액으로 신고한 사실이 확인되고, 93.9.23 소유권이전등기말소시에는 위 부가가치세 매출세액 61,663,459원을 취소하는 것으로 하여 ’93년 제2기 예정신고시에 이를 신고하였고, 위 법인소득으로 계상한 양도차익 138,921,845원도 같은날 취소하여 ’93년도 법인세 신고시에 반영한 사실이 확인된다. (2) 적용 및 판단 관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 먼저 쟁점부동산의 소유권이 청구외법인 앞으로 이전 등기된 것이 법인세의 각 사업년도 소득금액계산상 익금에 해당하는 자산의 양도에 해당되는지 여부 및 특별부가세의 과세대상이 되는 토지등의 양도에 해당되는지를 보면, 청구법인이 제출한 부동산등기부등본에 의하면 자기의 부동산을 청구외 법인에게 92.12.28 소유권을 이전하고 이를 담보로 하여 92.12.29 OO은행 OO지점으로부터 25억원의 대출을 받은 바 있고, 그후 93.9.23 매매계약을 합의 해제하여 동 부동산에 대한 소유권을 원래대로 환원시킨 사실이 있는데, 92.12.28 청구외법인에게 등기이전한 것을 처분청은 법인세법상 양도로 보아 과세한 반면, 청구법인은 대출을 위하여 명의신탁하였다가 합의해제로 원상회복시킨 것이라고 주장하고 있으나, 이 건은 청구법인이 스스로 쟁점부동산을 양도한 것으로 하여 법인세 및 부가가치세를 신고한 사실과 명의신탁약정 내용도 공증을 받는 등 객관적으로 입증할 수 있는 증빙이 없으며, 또한 비록 그 양도대금을 청구법인이 미수금으로 계상하였다고는 하나 이는 장래에 청구외법인으로부터 회수 할 채권으로 스스로 계상하고 있어, 그 대가의 수수가 없었다고 보기도 어려우므로 비록 이 건 처분일전에 소유권말소등기하여 환원시킨 사실은 있으나 매매계약해제를 할 만한 객관적인 사유가 있었다고 보기도 어려우므로 위의 여러정황으로 보아 당초의 양도는 사실상 유효한 양도로 보는 것이 정당하다고 판단된다. 따라서 그 매매계약서상의 금액이 7억5천만원이고 감정가액이 3,068,000,000원인 바 처분청이 이를 특수관계자에게 시가보다 현저하게 낮은 대가로 쟁점부동산을 양도한 것으로 보아 법인세 및 특별부가세를 과세한 것은 정당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세심판관 합동회의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.