이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.1.25. 강원도 ○○군 ○○면 ○○리 산121-1번지외 3필지 21,051㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 청구외 (주)○○스키리조트와「부동산 및 사업권 양도 양수 계약」을 체결하고 2005.4.14. 취득가액 2,560,000,000원(토지대금 1,000,000,000원, 관광숙박업사업계획승인 및 건축허가권 1,526,000,000원)에 취득한 후, 이 사건 토지의 취득가액을 1,000,000,000원으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 20,300,000원, 농어촌특별세 2,200,000원, 등록세 20,000,000원, 지방교육세 4,000,000원, 합계 46,500,000원을 2005.5.11. 신고하고 등록세 등은 2005.4.14.에 취득세 등은 2005.7.30.에 각각 납부하자 이를 수납하여 징수결정 하였으나, 2006.6.7. 처분청의 지방세 법인합동 세무조사 결과 2005회계년도 결산서상 영업권 1,500,000,000원(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)이 기장된 것을 확인하고 이 사건 영업권이 이 사건 토지의 취득비용에 해당한다고 보아 2006.10.9. 이를 과세표준으로 하여 산출한 취득세 40,599,000원, 농어촌특별세 3,300,000원, 등록세 40,599,000원, 지방교육세 7,519,800원, 합계 92,017,800원(가산세 포함)을 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 처분청의 세무조사시 법인장부에서 확인한 이 사건 영업권은 매도자인 청구외 (주)○○스키리조트와「부동산 및 사업권 양도 양수 계약」을 체결하면서 별도로 지급한 관광숙박업사업계획승인 및 건축허가권에 대한 제비용으로서 이 사건 토지 취득과는 별도의 특약계약인 채무적 비용이므로 실질과세의 원칙상 취득세 등의 과세대상이 아니라고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 관광숙박업(휴양콘도미니엄)사업을 추진하던 종전 사업자와「부동산 및 사업권 양도 양수 계약」을 체결하면서 관광숙박업 사업계획승인 및 건축허가권의 대가로 지급한 비용이 법인장부상 영업권으로 계상된 경우 이를 토지의 취득비용으로 볼 수 있는 지 여부에 관한 것이라 하겠으나, 이 사건 심사청구는 본안 심의에 앞서 적법하게 청구되었는지 여부에 대하여 보면, 지방세법 제72조 제1항에서 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다고 규정하고 있으며, 지방세법 제74조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구를 하고자 할 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세에 있어서는 행정자치부장관에게, 시·군세에 있어서는 도지사 또는 행정자치부장관에게 심사청구를 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제77조제1항에서 제73조 및 제74조의 규정에 의한 이의신청 또는 심사청구를 받은 지방자치단체의 장 또는 행정자치부장관은 그 신청·청구를 받은 날부터 90일 이내에 지방세심의위원회의 의결에 따라 다음 각호의 1에 해당하는 결정을 하고 신청인 또는 청구인에게 이유를 함께 기재한 결정서를 송달하여야 한다라고 규정하면서, 그 제1호에서 신청·청구기간이 경과하였거나 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때는 그 신청·청구를 각하하는 결정이라고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 처분청이 제출한 등기우편물 수령증(서울송파우체국 등기번호 1201101088425)에 의하면 2006.10.12. 청구인의 회사동료 이○○가 이 사건 취득세 등의 고지서를 수령한 사실이 입증되고 있으므로 청구인이 심사청구를 하고자 하였다면 납세고지서 수령일로부터 90일 이내에 심사청구를 제기하였어야 함에도 이 사건 취득세 등의 납세고지서 수령일로부터 90일이 경과한 2007.1.24. 제기함으로써 심사청구 기한이 도과하였으므로 이 사건 심사청구는 본안 심의대상에 해당되지 아니한다 할 것이다. 따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관