이유
1. 원처분 개요

청구법인은 광주직할시 북구 OO동 OOOOO외 3필지 토지 37,832.57㎡ 및 건물 8,792.07㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 86.4.18 학교법인 OOOO회로부터 취득하여 89.6.17 주택건설사업자인 (주)OO주택에 양도하였고 (주)OO주택이 91.4.29 쟁점부동산 위에 아파트를 신축·준공(총분양면적 100,139.04㎡중 국민주택규모 면적 27,848.31㎡)하였으므로 청구법인은

조세감면규제법 제62조

제1항의 규정에 의하여 91.6.10 처분청에 기납부한 특별부가세 601,840,740원을 환급신청 하였다.

처분청은 청구법인의 쟁점부동산 양도일인 89.6.17 현재 학교교사등 건축물이 정착되어 있고, 또한 1년간의 임대수입금액이 부동산가액의 5/100에 미달한다는 이유로 91.8.10 특별부가세 환급을 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 91.9.30자 심사청구를 거쳐 91.12.28 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

① 쟁점부동산에는 양도일 현재 건축물이 정착되어 있으나, 동 건물은 노후된 학교교사로서 (주)OO주택이 쟁점부동산을 매수한 즉시 건축물을 철거하고 아파트를 건설하였으므로 쟁점부동산을 나대지로 양도한 것과 다름이 없고,

② 청구법인이 학교법인 OOOO회로부터 받은 임대보증금 10억원(계약연장시 11억 5천만원)은 수익사업으로 받은 것이 아니고 재산명도를 실행하기 위한 조건부이행 보증금에 불과하며,

③ 쟁점부동산의 토지는 총 4개 필지(OOOOO, O, O, O)로 되어 있는 바, 그중 2개 필지(OOOOO, O)에만 건축물이 정착되어 있을 뿐, 나머지 2개 필지(OOOOO, O)에는 건축물이 없었으므로 최소한 건축물이 없었던 2개 필지에 대하여는 당해 토지지분(37.3%)의 특별부가세 224,474,720원을 환급하여야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

① 쟁점부동산 양도일 현재 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있고 이는 청구법인과 (주)OO주택사이에 89.4.17 체결한 매매계약서에 의해서도 확인되고(매매목적물: 토지 37,832.57㎡, 건물 8,792.07㎡)

② 청구법인이 받은 임대수입금액은 쟁점부동산가액의 5/100에 미달되므로 비업무용부동산에 해당되어 특별부가세 환급을 배제한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 사립학교의 건물과 토지를 취득하여 그 사립학교가 이전 할 때까지 임시로 임대하다가 주택건설촉진법에 의한 국민주택건설용지로 양도한 경우 특별부가세가 감면(환급)되는지 여부.

② 앞의 사립학교의 토지 4필지 중 건물은 2개필지 위에만 있을 때 나머지 2필지의 양도에 따라 발생한 소득은 특별부가세가 감면(환급)되는지 여부.

나. 심리 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여

조세감면규제법 제62조

제1항 및

동법시행령 제50조

제1항 제1호에서 내국인이 토지를 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모이하의 건설용지로 양도하고, 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 그 토지를 양도한 내국인에게 환급하되, 다만, 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있는 토지의 양도의 경우에는 환급하지 아니하도록 규정되어 있다.

쟁점부동산의 양도시에 건축물이 정착되어 있었는지를 보면, 청구법인과 (주)OO주택사이에 89.4.17 약정한 매매계약서에 매매목적물이 토지 37,932.57㎡(감정원의 감정가액 4,539,888,000원)과 함께 건물 8,792.07㎡(감정가액 513,975,300원)도 명시되어 있는 점, 건물등기부등본과 건축물대장에 학교건물이 취득자인 (주)OO주택으로 등재되어 있는 점등으로 보아 쟁점부동산의 양도시에 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있었음을 알 수 있고, 청구법인도 이점에는 다툼이 없다.

앞에서 본 법과 시행령에 의하여 특별부가세를 환급받기 위하여는 양도하는 토지에 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있지 아니하여야 할 것인데 이와 같은 요건은 양도인이 당해 토지에 관하여 매매대금의 거의 전부를 지급받고 양수인이 이에 관하여 사실상 소유자로서 권리를 행사할 수 있을 때까지 갖추어야 할 것인 바(대법원 86누643, 87.1.20 같은 뜻임) 비록 노후된 학교교사라도 건축법에 의한 건축물인 이상 청구법인의 주장은 타당성이 없다.

또한,

조세감면규제법 제66조

,

동법시행령 제54조

동법시행규칙 제20조의2

,

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제11호의 규정에 의하면, 법인이 1981.1.1 이후 취득한 부동산을 임대하고 1년간의 임대수입금액이 부동산가액의 5/100에 미달하면 비업무용부동산으로 보고, 비업무용부동산을 양도하여 발생한 소득은 특별부가세의 감면(환급)을 배제하고 있음을 알 수 있다.

이 사건의 경우 1년간의 임대수입금액이 5/100에 미달한 사실에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없어서 처분청의 당초처분은 정당하다.

청구법인은 쟁점부동산의 전 소유자로부터 임대보증금 10억원을 받은 것은 수익사업을 영위하기 위한 것이 아니라 재산명도를 실행하기 위한 조건부로 받은 것이라고 주장하나, 쟁점부동산의 당초 계약에 따라 계약금, 중도금, 잔금을 수수하였고 소유권도 이전한 다음에 별도의 임대차계약을 하였으며 그 수입금액을 처분청에 수익사업에서 발생한 소득으로 보아 부가가치세등 해당 국세를 신고 납부한 사실이 있어서 청구주장은 이유없다.

(2) 쟁점 ②에 대하여

건물등기부등본과 건축물관리대장에는 광주직할시 북구 OO동 OOOOO, O, O, O OO 위지상에 건축물이 정착되어 있는 것으로 등재되어 있어 이를 나대지로 볼 수 없고, 설령 실지로 2개 필지 위에만 건축물이 정착되어 있다 하더라도 건축물이 없는 토지만을 안분계산한 임대수입금액이 부동산가액의 5/100에 미달되어

조세감면규제법 제66조

의 규정에 의하여 특별부가세의 감면이 배제되므로 이부분 청구법인의 주장은 이유없다.

다. 결 론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없어

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.