이유
1. 원처분의 개요 청구인은 청구인의 자동차정비사업용 공장의 부속토지인 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO 대지 22.8㎡ 및 같은동 OOOOO 대지 381㎡(이하 “구공장토지”라 한다)를 92.3.6 양도하고 93.5.29 양도소득세 과세표준확정신고시 93.12.31 개정전 조세감면규제법 제67조의12 (5년 이상 계속가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제) 제1항 및 제88조의2(양도소득세감면의 종합한도)의 규정에 의하여 산출세액중 300,000,000원을 감면세액으로 하여 신고하였다. 처분청은 청구인이 신고한 동 감면세액을 감면배제하고 94.4.16 청구인에게 92년 귀속분 양도소득세 563,788,330원을 결정고지하였다가 94.4.30 동 세액을 329,581,830원으로 경정하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.6.13 이의신청과 94.9.2 심사청구를 거쳐 94.12.14 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 5년이상 계속 가동한 구공장을 서울특별시의 강제이전 명령에 의하여 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO에 소재하는 신공장으로 이전하게 되었고, 청구인의 구공장사업을 법인으로 전환하고 신공장을 취득하여 90.4.14 신공장에서 사업을 개시하였으며 사업개시일로부터 2년이내인 92.3.6 구공장토지를 양도함으로써 구 조세감면규제법 제67조의12 에 규정된 양도소득세 감면요건을 모두 갖추었으므로 공장이전에 대한 양도소득세 감면이 되어야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인은 신공장으로 사업장을 이전하였으나 청구인 소유인 신공장을 청구외 주식회사 OOOOO에 임대하여 90.1.1 동 법인이 사업을 영위하였으므로 구공장 사업을 신공장으로 이전한 것으로 볼 수 없고, 청구인은 청구인의 구공장사업을 청구외 (주)OOOOO로 법인전환하였다고 주장하나 입증자료를 제시하지 않아 신빙성이 없을 뿐만 아니라 설사 구공장사업을 법인으로 전환하여 신공장에서 사업을 개시한 것을 공장이전으로 본다고 하더라도 청구외 (주)OOOOO가 신공장에서 사업을 개시한 90.1.1로부터 2년이 경과한 92.3.6에 구공장토지를 양도하였으므로 구공장토지의 양도에서 발생한 소득에 대하여 양도소득세 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 이건 심판청구의 다툼은 92.3.6 구공장토지를 양도한 것이 5년이상 계속 가동한 공장을 이전할 목적으로 양도한 것에 해당되어 조세감면규제법 제67조의12 (93.12.31 개정되기 전의 것)의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 되는지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 조세감면규제법 제67조의12 (93.12.31 개정되기 전의 것) 제1항에서 “개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 같은법시행령 제55조의10 (93.12.31 개정되기 전의 것) 제4항에서 “구공장을 양도하기 전에 공장을 이전하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년이내에 구공장을 양도한 때에 한하여” 양도소득세 면제규정을 적용한다고 규정하고, 그 제5항에서 “공장의 이전을 완료하여 사업을 개시하고 구공장을 양도하는 경우”에는 “공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일부터 3년 이내에 준공하여 사업을 개시하여야 하며, 기존공장을 취득하는 때에는 구공장의 양도일부터 1년 이내에 공장을 취득하여 사업을 개시하여야 한다”고 규정하고 있다. 그리고, 같은법 제67조의12 (93.12.31 개정되기 전의 것) 제2항 제1호에서 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 개인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징하되 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제55조의10 (93.12.31 개정되기 전의 것) 제8항에서 “법 제67조의12 제2항 단서에서「대통령령이 정하는 부득이한 사유」라 함은 다음 각호의1에 해당하는 경우를 말한다”고 하고 그 제2호에서 “법 제45조의 규정에 의한 법인전환의 경우”를 열거하고 있다. 다. 청구인이 신공장을 취득하고 구공장토지를 양도한 사실관계 ① 청구인은 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO 및 같은동 OOOOO에서 69.7.1부터 공장(구공장)을 소유하고 OO공업사라는 상호로 자동차정비사업을 영위하였으므로 구공장은 “5년이상 계속하여 가동한 공장”에 해당하고 이 부분에 대하여 당사자산에 다툼은 없다. ② 청구인은 서울특별시의 「자동차 정비사업체 이전계획(서울특별시 운삼 1547.11-504, 77.2.26)」에 의하여 89.12.31 구공장의 사업을 폐업하고 90.1.31(건물보존등기일) 서울특별시 마포구 OO동 OOOOO에 신공장을 취득하였다. ③ 청구인은 청구인을 대표이사로 하여 89.12.11 청구외 (주)OOOOO를 설립하였다. ④ 처분청의 폐업조사서 및 청구인이 제시한「사업포괄 양수도 계약서」에 의하면 청구외 (주)OOOOO는 90.1.3 청구인의 구공장 사업용 자산 및 부채중 토지와 건물을 제외하고 사업을 포괄 양수하였다. ⑤ 청구외 (주)OOOOO는 90.2.19 마포구청장으로부터 「자동차관리사업허가」를 받았고, 공장준공이전식을 촬영한 사진에 의하면 청구외 (주)OOOOO는 90.4.14 신공장에서 자동차정비사업을 개업한 것으로 보인다. ⑥ 청구인은 92.3.6 구공장토지를 양도하였다. ⑦ 청구외 (주)OOOOO는 92.4.1 해산하고 청구인은 동 법인의 사업용자산과 부채를 포괄양수하여 같은날 신공장에서 개인으로 자동차정비사업을 개업하였다. 라. 판단 처분청은 청구인이 신공장에서 사업을 개시하지 않고 청구외 (주)OOOOO가 사업을 개시하였으므로 구공장의 양도에서 발생한 소득은 위 관련법령에 의한 양도소득세 감면대상이 아니라고 보았으나 ① 조세감면규제법 제67조의12 (93.12.31 개정되기 전의 것)의 규정은 기존공장을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면함으로써 신공장의 취득을 용이하게 하려는 것이고(같은취지 : 국심 88구904, 88.11.4) ② 청구인은 서울특별시의 「자동차정비사업체 이전계획」에 의하여 구공장을 이전하기 위해 OO동 자동정비사업단지내에 신공장의 토지를 취득하여 공장건물을 신축한 후 개인사업을 법인으로 전환하여 신공장에서 사업을 개시함으로써 그 실질은 구공장이 신공장으로 이전되었다고 볼 수 있고, ③ 89.12.11 청구인이 (주)OOOOO를 설립하여 구공장의 사업용 자산과 부채 중 더 이상 자동차정비사업용 공장으로 사용할 수 없는 토지와 건물을 제외하고 사업을 포괄 양도·양수하는 방법에 의하여 법인으로 전환한 후 90.4.12 동 법인이 신공장에서 사업을 개시하였는 바, 사업의 법인전환으로 청구인이 신공장에서 사업을 개시하지 못한 사유는 조세감면규제법시행령 제55조의10 (93.12.31 개정되기 전의 것) 제8항 제2호에서 규정하고 있는 부득이한 경우에 해당되고, 신공장을 취득하여 사업을 개시한 90.4.14로부터 2년 이내인 92.3.6에 구공장토지를 양도하였으므로 구공장토지의 양도에서 발생한 소득에 대하여는 위 관련법령의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되어야 한다고 판단된다. 마. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.