이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 경기도 OOO OOO OOO OOOOO의 공장에서 스피커부품을 제조하는 사업자로 2004사업연도·2005사업연도 법인세 과세표준 신고시

「조세특례제한법」제63조의2

(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)에 의하여 법인세액을 감면하였으나, 청구법인은 2008.9.19. 당초 감면한 법인세액을 같은 법 제132조에서 규정하는 최저한세의 적용대상으로 하여 2004사업연도·2005사업연도 법인세 과세표준을 수정신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 법인세의 과세표준을 수정신고하였으나

법인세액을 납부하지 아니하자, 수정신고한 세액에 납부불성실가산세

를 가

산하여 2009.1.19. 청구법인에게 법인세 2004사업연도분 106,057,130원 및 2005사업연도분 104,238,650원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.4.9. 이의신청을 거쳐 2009.6.29.

심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 1986년 3월부터 서울특별시 OOO OOOO OOOO

에서 17년 동안 스피커제조업을 영위하다가 2003.12.31. 공장과 본사

를 경기도 OOO OOO OOO OOOOO로 이전한 뒤

「조세특례제한법」 제63조의2

에 따라 공장 및 본사를 수도권 외의 지역으로 이전한 것

에

대하여 법인세 감면을 신청하여 적용받았으나, 처분청은 청구법인이 감면요건을 충족하지 아니하였다 하여 법인세를 과세하였다.

그러나, 청구법인은 처분청의 장기간 결정지연(청구법인이 지방으로 공장을 이전하고 5개년이 경과한 후에야 당해 감면규정을 부인)으로 인하여 2006사업연도에 결손금(1,441,896천원)이 발생하였음에도

소급공제를 신청하지 못하였는바, 처분청은「국세기본법 시행령」제

25조의2에서 규정하고 있는 후발적 경정사유에 근거하여 2006사업연도 법인세 경정시

「법인세법」제72조

에 의한 결손금 소급공제(그에 의한

환급신청)를 적용하여 2005사업연도 법인세를 환급하여야 함에도 그

러하지 아니하고 과세한 처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

이 건 법인세 고지는 청구법인이 2008.9.19. 법인세 과세표준을 수정신고하고 법인세를 무납부함에 따라 한 것이고, 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고당시 결손금 소급공제를 신청한 사실이 없으며, 이

건 고지는 청구법인의 수정신고에 의하여 이미 확정

된 세액을 징수하기 위한 절차에 불과할 뿐이며 불복청구의 대상이 되는 부과처분에 해당되지 아니하는 만큼, 처분이 없음에도 제기한 이 건 심판청구는 부적법한 것이므로 각하결정하는 것이 적법·타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 법인세 과세표준을 수정신고하였으나 세액을 납부하지 아

니함에

따라 신고한 내용 그대로 법인세를 고지하자, 결손금 소

급공제를 적용하여 직전사업연도의 법인세를 환급하여야 한다는 취지로 제기한 이 건 심판청구가 적법하여 본안심리대상인지 여부

② 2006사업연도 법인세 과세표준 신고당시 발생한 결손금을

신청하지 아니하였으나 이는 처분청의 장기적인 결정지연(세액감면의 사후관리 누락) 때문이라 주

장

하는 이 건에 국세기본법 시행령 제25

조의 2에서 규정하는 후발적 사유를 적용하여 결손금 소급공제를 적

용하여 직전 사업연도(2005사업연도) 법인세를 환급할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제22조【납세의무의 확정】

① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1.

과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후

의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2.

과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규

정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정

후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하

여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위

법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당

한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는

심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구

할 수 있다.

(2) 국세기본법 시행령

제10조의2【납세의무의 확정】

법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액

이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1.소득세·법인세·부가가치세·특별소비세·주세·증권거래세·교

육세 또는 교통세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에

신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우에는 그 결정하는 때

3. 제1호 이외의 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때

제25조의2【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 “ 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산

근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기

타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산

근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권

의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 또는 취소된 때

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수

기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없

었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때

(3) 법인세법

제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할

수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적

용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은

제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납

세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는

지체없이 환급세액을 결정하여

국세기본법 제51조

및 제52조의 규정

에 의하여 환급하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의

한

신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득

에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 심판청구가 적법한지 여부에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2003.12.31. 서울특별시 OOO OOOO OO

OOOO OOO OOO OOO OOO OOOOO로 공장을 이전하여「조

세

특례제한법」제63조의2

의 법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으

로의 이전에 대한 세액감면규정에 의하여 2004사업연

도·2005사업연도 법인세를 감면한 사실, 나중에 청구법인은 감면세액을 같은 법 제132조에서 규정하고 있는 최저한세의 적용대상으로 하여 2008.9.19. 2004사업연도·2005사업연도의 법인세 과세표준을 수정신고하였으나 세액은 납부하지 아니한 사실, 처분청은 청구법인이 수정신고한 내용 그대로 2009.1.19. 당해 법인에게 법인세 2004사업연도분 및 2005사업연도분을 고지한 사실 등이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나)

「법인세법」제72조

제1항에“중소기업은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 당해 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에

대하여 과세된 법인세액을 한도로 환급신청을 할 수 있다”고 규정하고 있고

, 같은 조 제4항에는“위 환급과 관련한 규정(제1항 내지 제3항)은 당해 내국법인이

「법인세법」제60조

에 의한 신고기한(각 사업연도의 종료

일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내)이내에 결손금이 발생한 사업연

도와 직전 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있다.

(다)

「국세기본법」제55조

제1항에“이 법 또는 세법에 의한

처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못

함

으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 그 처분의 취소 또는 변

경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고,

같은 법 제22조 제1항 및 같은 법 시행령 제10조의2 제1호 본문에서 법인세는

납세의무자가 법인세법에 의한 절차에 따라 그 과세표준과

세액을 정부에

신고하는 때에

세액이 확정된다고

규정

하고 있다.

(라) 청구법인은 2008.9.19. 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 수정

신고한 사실이 법인세 수정신고서 및

국세청 국세통합전산망에 의하여 확인되므로 이 건 법인세 과세표준 및 세액은 청구법인의 수정신고에 의하여 이미 확정되었다 하겠다.

(마) 청구법인은

「국세기본법 시행령」제25조의2

의에 의한 후발적 사유가 발생한 이 건의 경우 2006사업연도의 법인세 경정당시

처분청이

「법인세법」제72조

에서 규정한 결손금 소급공제(환급신청)

를

적용하여 2005사업연도 법인세를 환급하여야 한다고 주장하고 있으

나,

처분청은 청구법인에게 과세표준 및 세액의 계산근거가 되는 거래나

행위 등의 효력과 관련한 허가나 기타의 처분을 해제하거나 취소

하는 등의 처분을 하지는 아니한 점, 청구법인이 2008.9.19. 2004사업연

도 및 2005사업연도 법인세를 수정신고하고 무납부하여 그대로 고지한 것인

점, 청구법인은 2006사업연도 법인세 신고시 결손금 소급공제를 신청

한 사실이 없는 점 등에 비추어 보면, 이 건 법인세 고지는 청구법인의 수정신고에 의하여 이미 확정된 세액을 징수하기 위한 절차에 불과할

뿐이며 불복청구의 대상이 되는 부과처분이 아닌 만큼, 그에 불복하

여 제기한 이 건 심판청구는 심리의 전제가 되는 처분 자체가 없어 적법하지 아니한 청구에 해당되므로 본안심리대상이 아니라고 판단된다.

(2) 쟁점①의 판단결과에 따라 쟁점②는 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당되므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.