이유
1. 처분개요

청구인은 OOOO재개발조합으로서 서울특별시 성북구 OO동 OOOOO 및 OOOOO 182,734㎡의 지상에 아파트 및 상가 건축을 위하여 88.5.2 청구외 OO공영주식회사등과 공사도급계약을 체결한 후 90.4월 공사를 착공하여 92.12.24 성북구청장으로부터 아래와 같이 OOOO재개발사업 관리처분계획 인가를 받고,

구 분

아 파 트

상 가(㎡)

조 합 원 분 양 분

일 반 분 양 분

세대수

면 적(㎡)

세대수

면 적(㎡)

국민주택규모

이??????? 하

국민주택규모

초??????? 과

2,305

947

236,683.296

184,547.045

237

805

31,143.218

157,911.619

45,141.74

계

3,252

421,230.341

1,042

189,054.837

92년 제2기~93년 제2기 부가가치세 신고시 시공회사인 위 OO공영주식회사 등으로부터 수취한 세금계산서 상의 매입세액 3,013,734,578원을 과세분(국민주택규모를 초과하는 일반분양아파트 및 상가)과 면세분(조합원 분양아파트)으로 안분계산함에 있어 분양예정가액 또는 면적을 기준으로 계산하여 위 매입세액 3,013,734,578원중 과세분에 해당하는 매입세액 1,697,760,830원을 환급하여 줄 것을 처분청에 신고하였다.

처분청은 청구인의 이 건 부가가치세 환급신고에 대하여 실지분양된 면적을 기준으로 전체 면적 387,600.404㎡중 국민주택규모를 초과하는 일반분양 아파트면적 116,598.369㎡와 상가면적 45,141.74㎡를 합한 161,740.109㎡를 과세분 해당면적으로, 나머지 면적 225,860.295㎡를 조합원에게 분양한 면세분 해당면적으로 보아 이 면적에 의하여 안분한 후 청구인이 이와 다르게 과세분 매입세액으로 공제하여 환급신고한 금액과의 차액을 아래와 같이 각 과세기간 별로 매입세액불공제 하여 92년 제2기분 부가가치세 81,002,940원을 94.6.16 청구인에게 결정고지 하고, 93년 제1기분 환급결정 부가가치세액 470,624,460원에서 위 92년 제2기분 부가가치세 81,002,940원을 충당하여 차감한 나머지 부가가치세 389,621,520원과 93년 제2기분 환급결정 부가가치세액 461,825,590원을 94.6.30 청구인 계좌에 입금의뢰한 후 94.7.1 청구인에게 그 사실을 통지하였다.

과세기간

청구인이 환급신고한

과세분 매입세액

처분청이 결정한

과세분 매입세액

처분청이 불공제한

매입세액(차액)

92년 2기

93년 1기

93년 2기

361,839,880

674,263,549

661,657,466

288,200,836

489,137,110

479,992,118

73,639,044

185,126,439

181,665,348

계

1,697,760,895

1,257,330,064

440,430,831

청구인은 이에 불복하여 94.7.27 심사청구를 거쳐 94.10.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인이 관할 성북구청장으로부터 관리처분 계획으로 인가받은 면적에 의하여 이 건 부가가치세의 과세분(203,053.359㎡)과 면세분(184,547.045㎡)에 대한 공급가액의 구분이 가능하고 OOOO재개발사업에 대한 관리처분 계획의 인가는 사업시행자의 임의로 변경할 수 있는 사항이 아니므로 위 관리처분 내용에 따라 안분하면 전체 매입세액 3,013,734,578원중 과세분에 해당하는 매입세액이 1,578,780,004원으로 산출되는 데도 처분청이 관리처분 계획에 의하지 아니하고 임의로 계산하여 1,257,330,064원만 매입세액공제를 인정하고 나머지 차액 321,449,940원에 대하여 매입세액불공제한 처분은 위법 부당하다.

3. 국세청장 의견

이 건 관리처분계획서에 의하면 부가가치세가 면세되는 조합원 지분이 947세대 184,547.045㎡이고 과세되는 일반분양분이 805세대 157,911.619(상가면적 45,141.74㎡별도)이나, 실제로 일반분양된 것은 595세대 116,598.369㎡인 사실이 분양 공고 관련자료(서울지역 OOO동 OO·OO 아파트 청약결과표)에 의하여 확인되므로 실지분양된 내용에 의하여 총 공급면적 387,600.404㎡중 일반분양한 면적 116,598.369㎡와 상가분양면적 45,141.74㎡를 제외한 225,860.295㎡를 조합원에게 분양한 면세 해당분으로 보아 매입세액을 안분하여 과세분을 1,257,330,064원 면세분을 1,756,404,514원으로 계산하고 과세분에 해당하는 매입세액 1,257,330,064원을 초과하여 매입세액으로 공제 신고한 금액을 매입세액불공제한 처분에 잘못이 없다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 아파트 및 상가 건축비 매입세액을 안분계산함에 있어서 인가받은 관리처분계획에 의하지 아니하고 일반에 실지분양한 면적과 조합원에 분양한 면적을 기준으로 과세분과 면세분으로 안분계산한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액에 대하여 규정하고 있는

부가가치세법 제17조

에서는 부가가치세 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 같은조 제2항 제4호에는 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로서 법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 열거하여 규정하고 있고,

매입세액의 안분계산에 대하여 규정하고 있는

같은법시행령 제61조

제1항에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 「공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액」으로 계산하여 면세사업에 관련된 매입세액을 산출하도록 규정하고 있으며 같은조 제4항에는 “당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 규정하고 있다.

한편, 공통매입세액의 정산에 관하여 규정하고 있는

같은법시행령 제61조의2

제1항 본문 및 제2항의 규정에서는

같은법시행령 제61조

제4항의 규정에 의하여 안분계산한 경우에도 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 그 확정된 설비가액 또는 면적비율에 의하여 정산하도록 규정하고 있다.

다. 1) 성북구청장이 92.12.24 인가한 이 건 OOOO재개발사업 관리처분 계획의 내용을 보면, 아파트의 경우 총분양면적에서 국민주택 규모를 초과하는 면적이 342,458.664㎡이고 이 중 일반분양분이 157,911.619㎡, 조합원 분양분이 184,547.045㎡이며 상가는 45,141.74㎡인 사실이 확인된다.

2) 이 건 아파트의 분양가격도 서울특별시 아파트 분양가격평가위원회에서 평가결정한 가격에 의하여 각 평형별(13평～56평) 분양가격이 확정(세대당 32,380,102원～155,440,518원)되어 있으나, 상가의 경우는 청구인과 시공회사가 그 분양가격과 분양방법을 결정하여 처리하는 것으로 되어 있어 그 가격을 확정 짖기 어렵다 하겠고, 달리 확정된 공급가액이 발견되지 않으며 다툼도 없으므로 이 건 과세분과 면세분 공급가액은 실지 귀속되거나 귀속될 면적에 의하여 안분계산하여야 할 것이다.

3) 이 건 청구인과 처분청간에 매입세액의 안분계산 방법을 쌍방이 동일하게 면적기준에 의하고 있으나, 청구인은 국민주택 규모를 초과하는 아파트 면적중 과세분인 일반분양 면적을 157,911.619㎡라고 주장하는 반면, 처분청은 실지로 일반에 분양한 면적인 116,598.369㎡로 결정함으로써 차이가 나는 면적 41,313.25㎡ 210세대분을 조합원분양분(면세분)으로 보았음을 알 수 있다.

4) 처분청의 이 건 조사서에 의하면 국민주택 규모를 초과하는 아파트로 일반에 분양하도록 인가받은 805세대 157,911.619㎡중 청구인이 595세대 116,598,369㎡만 일반에 분양한 것으로 되어 있는 반면 청구인은 시공회사의 공사공정상의 문제로 나머지 210세대의 분양이 미루어졌다고 주장할 뿐 달리 반증이 없고 이 건 심판청구 심리일 현재까지도 분양사실이 확인되지 아니하므로 실지분양된 면적을 기준으로 과세 및 면세분 공급가액을 안분계산한 처분에 잘못이 있다 하기 어렵고 추후 위 나머지 210세대분 41,313.25㎡를 일반에 분양하여 과세 및 면세분 공급가액을 다시 정산할 수 있다 하더라도 분양된 사실이 확인되지 않는 한 청구인 주장은 이를 받아 들일 수 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인 주장이 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.