이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.3.5. 본점소재지를 OOO(이하 “화성본점”이라 한다)로 하고 주택건설업 등을 목적사업으로 하여 설립되었으며, 2014.11.25. OOO업무용지 1-1 토지 14,921㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO로부터 취득하고「지방세특례제한법」(2015.1.1. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산이라 하여 처분청으로부터 취득세 등 합계 OOO을 감면받았다.

나. 처분청은 2015년 7월 청구법인 화성본점 등의 사용현황을 조사한 결과, 청구법인 직원은 화성본점에 근무하지 아니하고 OOO주식회사(이하 OOO이라 한다) 직원이 상주하면서 본점소재지 근린 상가의 시설관리업무를 수행하며, 청구법인 직원은 대표이사의 남편이 대표이사로 있는 OOO주식회사(소재지 : OOO이하 OOO이라 한다)에서 지식산업센터 분양과 관련한 업무를 수행하고 있어 청구법인이 대도시내로 사실상 본점을 이전하고 5년 이내에 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 2016.1.13. 청구법인에게 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2014.3.17. OOO지식산업센터 업무용역(Project Management)계약(이하 “PM계약”이라 한다)을 체결하였는바, PM계약에 의하면 청구법인은 계약을 체결함과 동시에 OOO에게 사업목적물 개발사업에 대한 PM을 수행하고 검토할 권리와 의무를 부여하고 있고, PM수행에 따른 대가로 토지개발사업 수익금의 15%를 용역비로 지급하기로 하였으며, 이러한 PM계약에 근거하여 OOO은 그의 소유의 사무실(물적 시설)에서 그의 직원(인적 시설)을 활용하여 그의 책임하에 위탁받은 사무를 수행하였고, 청구법인은 2014.3.17. OOO주식회사(이하 OOO이라 한다)과 OOO에 소재한 사업목적물 개발사업의 시공사 및 금융기관 선정 등 신탁구도 자문, 관리형토지신탁 진행시 수탁, 사업규모의 적정성 및 수익성 자문, 사업성 분석, 기타 사업의 원활한 진행을 위한 각종 협조업무를 제공하고 청구법인으로부터 용역보수로 일금 OOO억원을 수취하는 컨설팅계약을 체결하였고 OOO에게 용역대금을 지급하였다. 즉, 청구법인은 상기 2건의 용역계약을 통해 사업진행을 위한 업무를 전문업체에 위탁하여 수행하였고, 계약의 체결 및 수차례의 이사회·주주총회 개최 등은 경기도 화성시에 소재한 화성본점에서 수행하였으며, 서류나 명판 등은 PM계약에서 명시하고 있는 위탁업무를 수행하기 위해 비치하거나 작성한 것에 불과하고, 청구법인의 사무소 등에 해당하는지에 있어서 중요한 판단기준이 되는 청구법인의 인적시설이 OOO의 사무실에 상주하고 있었는지 등에 대한 증빙자료를 전혀 제시하지 못하면서 단순히 청구법인의 관련 명패나 서류가 OOO의 사무실에 비치되어 있었다는 이유만으로 이를 청구법인의 본점이라고 본 것은 부당하다.

(2) 청구법인은 2014.3.5. 부동산 분양 및 임대업을 목적사업으로 하여 대도시외 지역인 경기도 화성시를 등기부상 본점소재지로 하여 법인을 설립한 이후, OOO가 2014.4.16. 청구법인의 주택건설사업자등록을 처리하는 과정에서 청구법인의 화성본점을 실사하여 주택건설사업자의 사무실이 화성본점에 존재하고 있음을 확인하였고, 2014.11.25. 쟁점토지 취득시점까지 토지개발과 관련한 전문업체에 업무를 위임하여 각종 계약의 체결 및 주요 의사결정과 관련한 이사회 개최 등을 화성본점에서 수행하였으며, 청구법인은 분양이 청구법인 수익 창출의 유일한 수단임에 따라 분양·홍보에 매진하기 위하여 2014년 중 3명, 2015년 중 5명의 직원을 추가로 고용하여 분양·홍보 업무를 수행하고자 사무실 임대차 계약 및 각종 업무관련 계약을 체결하였고, 분양·홍보 업무가 안정화됨에 따라 각종 서류 등을 현재 청구법인의 본점소재지인 경기도 용인시로 이관하였으며, 현재 용인본점에서 임직원 8명이 본점업무를 수행하고 있다. 즉, 청구법인은 법인설립 후 화성본점에서 본점업무를 수행하고 있었으나, 업무가 확대되고 고용인원이 증가함에 따라 사업공간을 마련하기 위해 용인본점으로 이전을 하였고 본점을 용인으로 이전하는 시기에 처분청에서 화성본점만을 실사한 후 청구법인의 인적·물적 설비가 없었음을 주장하는 것은 타당하지 아니한다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 2015.7.15. OOO의 본점소재지(서울특별시 강남구 소재)를 조사한 결과, OOO의 본점 사무실 입구에 청구법인의 간판이 설치되어 있었고 사무실 내부에 지식산업센터 신축모형과 안내책자가 비치되어 있었던 점, 청구법인의 직원이 근무하고 있던 점, OOO의 대표이사가 청구법인의 대표이사로 표기된 명함과 청구법인의 서류 등이 발견된 점, 청구법인이 2014.3.11. OOO의 본점소재지 인근에 있는 OOO에서 OOO을 개설하였고 다수의 영수증이 위 OOO은행에서 처리되었음이 나타나는 점, 청구법인의 직원OOO이 OOO의 본점에서 청구법인의 지출결의서를 작성하여 OOO건설 대표이사)의 승인하에 지출업무를 처리한 점, 지출내역 중에서 PM계약의 업무범위를 넘어서는 지출(부가가치세 납부, 차량보증금, 대표이사 가수금 등)이 포함되어 있는 점 등에 비추어 청구법인은 서울특별시 강남구에 소재하는 OOO의 본점에서 청구법인의 중요한 의사결정과 회계업무 등을 처리하여 사실상 본점을 이전하여 본점 기능을 수행하였다고 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 2014.3.5. 본점소재지를 경기도 화성시로 하여 법인을 설립한 후 서울특별시로 본점을 전입 등기한 사실은 나타나지 아니하나, 처분청은 2015년 7월 청구법인의 법인등기부상 본점에 대하여 현장에 출장하여 조사한 결과, 청구법인의 법인등기부상 본점소재지 건물은 청구법인의 대표이사가 소유한 건물로서 청구법인의 직원은 상주하지 아니하고 OOO직원 1명이 근무하고 있는 점, 사무실내에 구비된 물적설비(책상 1개, 의자 1개, 테이블 1개, 간이의자 1개, 공구 및 건물 수리 관련 집기, OOO사업자등록증, 주차장 안내문)는 OOO의 물적설비에 해당하는 점, 화성본점 사무실내 청구법인의 업무와 관련된 서류가 비치되어 있지 아니하고 OOO의 업무와 관련된 건물시설관리 관련 서류만이 비치되어 있는 점, 청구법인이 화성본점의 관리비, 임차료, 수도요금, 전기요금 등을 지급한 사실이 확인되지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 화성본점에서 사실상 본점의 기능을 수행하였다고 보기 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 대도시 외 지역에서 대도시 내 지역으로 본점을 이전한 후 5년 이내에 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2015.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)

②

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다

. 다만,

「수도권정비계획법」제6조

에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2015.1.1. 대통령령 제25545호로 개정되기 전의 것)

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른

대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장

(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)

이 그 설립·설치·전입

(

수도권의 경우 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입은 대도시로의 전입으로 본다

. 이하 이 조에서 같다)

이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득

(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)

으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다

. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면)

①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2에 따라

지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감

한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우

나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2014.3.5. 부동산 분양 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 OOO(대표이사)과 OOO가 각각 50%씩 출자하여 설립되었고, 대표이사 소유 건물을 화성본점 소재지로 신고한 사실이 법인등기부등본에 나타난다.

(나) OOO은 1994.4.22. 본점 소재지를 OOO로 하고 부동산 분양 및 임대업, 주택건설업 등을 목적사업으로 하여 설립된 것으로 법인등기부등본에 나타난다.

(다) 청구법인의 미지급금계정별 원장에 의하면, 2014년 4월부터 2015년 2월까지 본점사무실에 대한 임차료를 매월 OOO만원씩 미지급금 계정에 계상한 후, 2015.2.2. 임차료 미지급금 OOO만원을 본점 사무실 임대인인 OOO에게 지급한 사실이 나타난다.

(라) 청구법인은 2014사업연도 및 2015사업연도 국세와 지방세 등(법인세, 소득세 및 지방소득세, 주민세, 등록면허세 등)을 화성본점을 관할하는 OOO세무서와 OOO에 납부한 사실이 나타난다.

(마) 청구법인의 설립 당시 임직원은 2명이었고, 2015.8.24. OOO(이하 “용인본점”)로 본점을 이전하여 임직원 8명인 것으로 나타난다.

(바) 청구법인의 2014.3.13. 이사회의사록에 의하면, 화성본점에서 이사회가 개최되었고 쟁점토지의 매입계약 체결과 쟁점토지 상에 지식산업센터를 신축·분양하는 사업을 수행함에 있어 청구법인을 위탁자로 하여 OOO을 수탁자로 시행사업에 대한 ‘PM계약’과 ‘컨설팅업무’의 위임계약체결 안건을 심의하여 의결한 사실이 나타난다.

(사) 청구법인과 OOO이 2014.3.17. “PM계약”을 체결한 사실이 청구법인의 2015년도 감사보고서에 나타나고, 주요내용으로는 사업에 대한 사업전반에 관한 자문과 조사활동, 사업 인허가, 대관업무대행 및 시공업체 선정 협의, ‘청구법인’의 직위를 사용한 업무협의 및 추진, 사업과 관련하여 필요한 업무일체 및 부수업무, 토지개발사업 수익금의 5%를 용역비로 지급하는 것으로 나타난다.

(아) 청구법인과 OOO은 2014.3.17. “컨설팅계약”을 체결하였고, 주요내용으로는 시공사 및 금융기관 선정 등 신탁구도 자문업무, 관리형토지신탁 진행시 수탁업무, 컨설팅보수를 OOO억원으로 하는 것으로 나타난다.

(자) OOO는

2014.4.14. 청구법인이「주택법」상 주택건설사업자 신규등록 요건을 충족하는지 여부를 확인하고자 청구법인의 화성본점을 실사하였고, 2014.4.16. 주택건설사업자 신규등록한 사실이 나타난다.

(차)

청구법인의 2014.7.7. 이사회의사록 및 주주총회의사록에 의하면, ‘쟁점토지매매계약 변경의 건’에 대한 의결을 위해 화성본점 사무소에서 이사회를 개최한 사실이 나타난다.

(카) 청구법인은

2014.10.27. 처분청으로부터 지식산업센터 설립 승인을 받은 사실이 나타난다.

(타) 청구법인은

2014.11.19. 처분청으로부터 건축허가(지식산업센터,

지하4층·지상17층, 건축면적 143,680.19㎡)를 받은 사실이 나타난다.

(파)

청구법인의 2014.11.24. 이사회의사록 및 주주총회의사록에 의하면, ‘쟁점토지 취득 관련 대출’ 및 ‘관리형토지신탁계약 등의 체결의 건’에 대한 의결을 위해 청구법인의 화성본점 사무소에서 이사회를 개최한 사실이 나타난다.

(하) 청

구법인은 2014.11.25. 쟁점토지를 OOO로부터 취득하고 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산이라 하여 처분청으로부터 취득세 등 합계 OOO을 감면받았다.

(거) 처분청이 제출한 2014.3.26.～2014.6.13. 청구법인의 회계관련 자료에 아래와 같은 사실이 나타난다.

<청구법인 지출결의서 내용>

(너) 처분청이 제출한 청구법인의 직원과 관련한 2014년도 근로소득지급명세서에는 아래와 같은 사실이 나타난다.

<청구법인 직원 근로소득지급명세서 내용>

(더) 청구법인은 2014.11.25. 쟁점토지를 취득한 후 분양·홍보 업무를 위하여 직원 3명을 추가로 고용하였고, 2015년 2월 홍보관 설치 완료 후 직원 4명을 추가로 고용하였으며 홍보관에서 분양업무와 관련한 홍보업무 및 분양직원 교육 등을 담당할 업체와 계약을 체결한 사실이 나타난다.

(러) 처분청이 2015.7.9. 화성본점을 조사하고 작성한 출장결과보고서에 의하면, 내부시설은 책상 1개, 의자1개, 테이블 1개, 간의의자 1개, 컴퓨터, 복합기, 책장, 선풍기, 간이칸막이 반대편에 공구 및 건물 수리 관련 집기, 사무실벽면에 경비자격증, OOO의 사업자등록증, 주차장안내문이 부착되어 있고, 비치서류로는 상가 2개(상가명 : OOO)에 대한 관리 및 수리 관련 서류, 경비일지, 위 상가들의 관리비일지, 입점자카드, 건물화재보험 계약서 등이 있으며, 문답내용으로는 응대한 직원은 OOO이고 OOO로부터 급여를 받고 있다고 말하며, OOO과 관련한 내용은 서울특별시에 소재하는 OOO의 직원에게 확인하라고 하고 OOO의 사무실은 OOO에 소재한다고 진술하였다고 나타난다.

(머) 처분청이 2015.7.15. OOO사무실을 조사하고 작성한 출장결과보고서에 의하면, 내부시설은 사무실 입구에 OOO의 명판이 부착되어 있고 지식산업센터 신축 모형이 사무실에 설치되어 있으며 신축관련 안내책자를 비치하고 있고 OOO직원은 청구법인의 명판은 실수로 부착된 것이고 청구법인의 관련 서류도 없으며 화성본점에서 청구법인의 업무가 이루어지고 있다고 진술한 사실이 나타난다.

(버) 처분청이 2015.7.16. OOO사무실을 조사하고 작성한 출장결과보고서에 의하면, OOO대표이사라고 적힌 명함, 건축허가도면, 청구법인의 지출결의서(OOO의 서명날인), 급여명세서OOO거래전표 및 영수증, 신탁계약 및 회계감사 결재서류 등 청구법인 관련 서류를 확인한 것으로 나타난다.

(서)

청구법인은 2015.8.24. 본점 소재지를 경기도 용인시로 이전하고 현재까지 용인본점에서 임직원 8명이 지식산업센터 분양 사후관리 등을 수행하고 있는 것으로 나타난다.

(어) 처분청은 2017.5.2. 심판관회의에서, 청구법인과 OOO가 2014.3.31. 체결한 “PM계약서”를 제출하였고, 그 주요내용은 기획 및 설계단계에서부터 시공 및 준공단계에 걸쳐 수익성 제고, 원가절감 및 공사기간 단축을 목표로 사업계획 수립, 상업시설 분양관리, 설계 등으로 나타난다.

(2)

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 대도시 내에 소재하는 OOO사무소로 본점을 이전한 후 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하였는바,

청구법인은 2014.3.17. OOO과 ‘PM계약’을 체결한 후 지식산업센터 개발사업의 관리 및 업무 일체를 위임하였고 동 위임사무에 대하여 별도로 관리·감독한 사실이 없을 뿐만 아니라 OOO의 사무소에는 청구법인의 지휘·감독 아래에 있는 인적설비가 존재하지 아니하며 동 사무소에서 발견된 청구법인의 서류나 명판 등은 PM계약에서 명시하고 있는 위탁업무를 수행하기 위해 비치하거나 작성한 것에 불과하다는 주장이다. 이에 대하여 처분청은

2017.5.2. 개최한 심판관회의에서 청구법인이 2014.3.17. OOO과 작성한 PM계약서 외에 주식회사 OOO와 2014.3.31. 약정한 PM계약서를 제출하면서 청구법인과 OOO이 체결한 PM계약서는 신빙성이 없다는 의견을 개진하였는바, 양자의

내용을 비교할 때 서로 다른 계약 내용도 있지만 사업계획 수립, 사업 인허가, 설계 관련 업무 검토 및 자문 등이 중복되어 있어 청구법인과 OOO이 2014.3.17. 체결한 PM계약이 합리적인 의심을 배제할 만큼 신빙성

이 있다고 단정할 수는 없다 할 것이나,

청구법인은 2014.3.5. 부동산 개발 등을 목적사업으로 하여 설립된 후 쟁점토지를 취득하는 시점까지 본점소재지를 경기도 화성시로 한 사실이 법인등기부상에 나타나는 점, 청구법인은 2014년 4월부터 2015년 1월까지 본점 사무소에 대한 임차료를 매월 OOO만원씩 미지급금 계정에 계상하였고 세무조사를 받기 전인 2015.2.2. 미지급금 OOO만원을 임대인인 OOO에게 전액 지급한 점, OOO는 2014.4.16. 청구법인의 주택건설사업자등록을 처리하는 과정에서 화성본점을 실사하여

「주택법」제4조

및 같은 법 시행령 제14조에 따른 주택건설사업자의 사무실이 동 본점에 존재하고 있음을 확인한 점,

청구법인은 2014년 및 2015년 국세와 지방세 등(법인세, 소득세 및 지방소득세, 주민세, 등록면허세 등)을 화성본점을 관할하는 OOO세무서와 OOO에 납부한 점,

청구법인은 2014.3.13. 이사회를 개최하여 쟁점토지의 매입계약 체결과 지식산업센터의 신축·분양 사업을 수행함에 있어 OOO을 수탁자로 하여 ‘컨설팅업무’와 ‘PM업무’의 위탁계약을 체결하였기 때문에 청구법인의 모든 사무가 수탁법인을 통하여 처리되는 상황이어서 사실상 인적·물적 설비가 거의 필요하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구법인은 2014.11.24. 화성본점에서 이사회 및 주주총회를 개최하여 쟁점토지를 취득하기 위한 대출OOO실행 및 시공사 선정, 관리형토지신탁계약 체결 관련 의사결정을 한 후 OOO등과 기존의 컨설팅용역계약 종료 후 관리형토지신탁계약 등을 체결한 점, 청구법인은 2014년 11월 쟁점토지를 취득한 직후인 12월에 분양 및 홍보업무에 집중하기 위하여 직원 3명을 우선 채용하였고 2015년에 4명의 직원을 추가로 고용한 후 전 직원이 홍보관에서 지식산업센터의 분양 및 홍보업무를 수행한 사실이 나타나는 점, 처분청은 2015년 7월과 8월에 청구법인의 화성본점과 OOO의 사무소를 조사한 후 단순히 조사당시의 현황을 근거로 하여 청구법인의 설립시점부터 쟁점토지를 취득하는 시점까지 OOO의 사무소를 청구법인의 본점으로 사용하였을 것이라고 예단하였으나, 위와 같이 처분청의 의견을 뒷받침할 만한 객관적인 증빙을 제시한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 대도시내로 본점을 이전한 후 쟁점토지를 취득한 것으로 보아 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「지방세기본법」제123조

제4항과

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.