이 건 부동산을 제조업 이외의 벤처기업직접시설 및 지원시설로 개발·조성하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 볼 수도 없어 청구법인이 감면유예기간(3년) 이내에 이 건 산업단지 관리기본계획의 변경에 따라 개발·조성하지 않고 매각한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2016.3.31. OOO산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다) 내 위치한 경기도 시흥시 OOO토지 29,699.3m²(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 12,685.32m²(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제58조 제1항에 따라 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 경감받았고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다. 나. 이후, 청구법인은 2016.5.9. 이 건 산업단지에 입주하기 위하여 OOO산업단지공단(이하 “이 건 산업단지 관리기관”이라 한다)에게 입주를 신청하였으나, 이 건 산업단지 관리기관이 2016.5.12. 이를 거부하자 청구법인은 2018.4.12. 이 건 부동산을 매각하고, 처분청에 기 경감받은 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부한 후, 2022.3.8. 이 건 부동산을 감면유예기간(3년) 이내에 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하고 매각한 것에는 정당한 사유가 있으므로 이 건 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.5.2. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.26. 이의신청을 거쳐 2023.1. 17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 못하게 된 것은 이 건 산업단지 관리기관을 주축으로 하여 산업통상자원부장관이 2015. 12.31. “OOO산업단지 관리기본계획”(이하 “이 건 산업단지 관리기본계획”이라 한다)이 변경되어 ‘지원시설구역’에 벤처기업집적시설의 입주자격이 상실됨에 따라 청구법인이 이 건 부동산에서 벤처기업집적시설을 개발·조성 할 수가 없었고, 이 건 산업단지 관리기관이 그 계획 변경을 사유로 하여 청구법인의 이 건 산업단지에 입주하는 것을 거부하였다. 즉, 청구법인이 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 못한 것에는 이 건 산업단지 관리기관과 산업통상자원부장관의 이 건 산업단지 관리기본계획의 변경에 따른 것으로 그 개발·조성하지 못한 사유는 「지방세특례제한법」제58조 제1항 단서 규정에 따른 “정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 조성하지 아니한 것”으로 볼 수가 없어 기 경감받은 취득세 등에 대한 추징사유가 발생하였다고 볼 수가 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나.처분청 의견 청구법인의 경우 이 건 부동산을 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성할 목적으로 취득하여 감면을 신청하였으나 감면유예기간(3년) 이내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하였고, 2018.3.30. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에게 소유권이 이전되어 「지방세특례제한법」제58조 제1항에서 규정하고 있는 추징대상에 해당하는 점, 청구법인은 산업통상부장관이 이 건 산업단지의 관리기본계획을 변경하여 이 건 부동산을 목적 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 이 건 산업단지 내 벤처기업집적단지 조성사업의 사업 시행자로 지정(2015.8.28.)된 후 이 건 산업단지 관리기관에 이 건 산업단지와 관련하여 질의한 결과, 이 건 산업단지 관리기관에서 ‘이 건 토지는 지원시설 구역으로서 입주기업체의 생산 및 경영활동을 지원을 위한 지원시설로 활용되며 지원시설부지에는 제조업을 위한 공장용도의 건축물의 건축은 불가함’을 회신(2015.12.11.)받아 이 건 토지에 벤처기업집적시설(제조시설)을 개발ㆍ조성할 수 없음을 사전에 인지할 수 있었던 점, 이 건 산업단지 관리기본계획은 2015.12.31.에 개정되어 청구법인이 이 건 부동산을 취득(2016.3.31.)하기 전부터 시행된 점, 또한, 청구법인은 벤처기업집적시설의 지정을 받기 위하여 제출한 운영계획서(2016.3.18.)에 따르면 이 건 부동산의 유치시설로 벤처시설과 지원시설(건축물의 용도 : 업무시설)로 명시하여 청구법인도 이 건 부동산에서 제조시설로 입주 할 수 없음을 사전에 인지한 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 산업단지에 입주하기 위하여 제출한 비제조업 사업계획서 상에서 이 건 건축물의 용도는 공장[벤처기업집적시설(제조시설)] 및 근린생활시설(소매점, 음식점)로 활용할 것으로 확인되어 이 건 산업단지 관리기관에서 지정한 용도와 맞지 않는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니않고 매각한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 부동산을 벤처기업집적시설 개발ㆍ조성하기 위하여 취득하여 감면을 받은 후, 감면유예기간(3년) 이내 이 건 산업단지 관리기본계획의 변경에 따라 개발·조성하지 않고 매각한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인의 법인등기를 보면 청구법인은 1999.5.18. 경기도 용인시 OOO을 본점소재지로, OOO크레인제조 및 판매업 등을 목적으로 하여 설립하였고, 청구법인의 법인명은 2018.7.25. B 주식회사(이하 “B”이라 한다)에서 C 주식회사로 변경된 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2014.12.9. 중소기업진흥공단과 이 건 부동산 매매와 관련한 계약(이하 “이 건 계약”이라 한다)을 아래와 같이 체결하였다. OOO (다) 국토교통부 2015.8.28. 고시(제2015-617호)에 따른 이 건 산업단지 관리기본계획 변경을 보면 아래와 같이 청구법인이 이 건 산업단지내 벤처기업집적단지 조성사업의 시행자로 지정되었다. OOO (라) 산업통상자원부장관이 2015.12.31. 개정한 이 건 산업단지 관리기본계획의 주요 개정사항은 아래와 같다.

변경 전	변경 후
산업통상자원부고시 제2014-256호,2014.12.24. 개정(시행)	산업통상부자원부고시 제2015-283호, 2015.12.31. 개정(시행)
3. 관리기본계획 가. 산업단지 용도별 구역 (2) 구역별 건축할 건축물의 범위 (가) 산업시설구역 1) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조에 따른 공장 및 당해 공장의 부대시설 (중략) (나) 지원시설구역 1) 「산업집적법」제2조 제19호에 따라 지원기관이 그 사업을 영위하기 위한 건축물과 같은 법 제44조 제1항에 따라 관리기관이 입주기업체의 지원사업을 위하여 설치하는 건축물 2) 산업단지 개발계획 및 실시계획에 부합하는 경우에 한하여 「건축법 시행령」별표(건축물의 용도분류)에 의한 근린생활시설, 판매 및 영업시설, 업무시설, 자동차관련시설, 기숙사(구조고도화 사업에 한함) 등의 건축물과 관리기관이 필요하다고 인정하는 시설로서 관리권자의 승인을 얻어 설치하는 건축물 3) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제4항에 따른 벤처기업시설 및 「중소기업창업지원법」제2조 제7호에 따른 창업보육센터 4) 「산업집적법」제2조 제11호에 따른 “산업단지구조고도화사업”에 따라 관리기관 산업단지의 경쟁력을 높이기 위해 필요하다고 인정되는 시설로서 같은 법 시행령 제58조의2 제1항 제3호에 해당하는 건축물 (이하 생략)	3. 관리기본계획 가. 산업단지 용도별 구역 (2) 구역별 건축할 건축물의 범위 (가) 산업시설구역 1) 좌동 (중략) (나) 지원시설구역 1) 좌동 2) 좌동 3) 삭제 3) 「산업집적법」제2조 제11호에 따른 “산업단지구조고도화사업”에 따라 관리기관 산업단지의 경쟁력을 높이기 위해 필요하다고 인정되는 시설로서 같은 법 시행령 제58조의2 제1항 제3호에 해당하는 건축물 (이하 생략)
□ 개정이유 「산업집적법」과 타법령간 충돌사항 조정하여 벤처집적시설 및 창업보육센터의 입주자격을 변경(지원시설구역→산업시설구역)

※ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 (정의) ④ “벤처기업집적시설”이란 벤처기업 및 대통령령으로 정하는 지원시설을 집중적으로 입주하게 함으로써 벤처기업의 영업활동을 활성화하기 위하여 제18조에 따라 지정된 건축물을 말한다. (마) 청구법인은 2015.12.3. 이 건 산업단지 관리기관에 입주관련 질의를 하였고, 이 건 산업단지 관리기관은 2015.12.11. 이에 대하여 아래와 같이 회신하였다. OOO (바) 청구법인은 2016.3.18. 경기도지사에게 이 건 부동산을 벤처기업 집적시설로의 지정을 신청하였고, 경기도지사는 2016.3.29. 이에 대하여 아래와 같이 벤처기업 집적시설로 지정 수리하였다. OOO (사) 청구법인은 2016.3.31. 이 건 산업단지 내 위치한 이 건 부동산을 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제58조 제1항에 따라 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 50을 경감받았고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다. (아) 청구법인은 2016.5.9. 이 건 산업단지 관리기관에 아래 ‘비제조업 사업계획서’를 첨부하여 이 건 산업단지의 입주 계약을 신청하였으나, 그 기관은 2016.5.12. ‘해당 부지는 용도별 구역상 지원시설구역으로서 제조시설의 입주가 불가’하다는 회신을 하였다. OOO (자) 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 위한 계약을 체결(2014.12.9.)할 당시 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “「산업입지법」”이라 한다) 제5조에 따른 산업입지의 개발에 관한 기본적인 지침과 같은 법 제40조에 따른 공장설립을 위한 입지지정 및 입지의 개발에 관한 세부적인 기준을 규정하고 있는 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」제13조(산업단지개발계획의 작성) 제1항 제1호 토지이용계획상 산업시설용지 및 지원시설용지상 용도는 아래와 같다.

시설	용도	비고
산업시설용지	제조시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지 등	「산업입지법」제2조 제7의2호에 따른 산업시설
지원시설용지	행정·교육·금융·고용·의료 등 공공지원시설, 정보처리·전시·유통 등 생산지원시설, 문화· 관광·체육·생활편의·복지회관 등 후생복지시설	산업시설의 생산활동을 지원하기 위한 시설

※ 「산업입지법」제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7의2. "산업시설용지"란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육·연구시설(도시첨단산업단지에 한하여 첨단산업과 관련된 시설) 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다. (차) 청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 위한 계약을 체결(2014.12.9.)한 후 산업통상자원부장관이 2015.12.31. 이 건 산업단지 관리기본계획을 변경하여 ‘지원시설구역’에 벤처기업집적시설의 입주자격을 삭제하여 청구법인이 사업을 시행 할 수가 없었고, 이 건 산업단지 관리기관이 그 계획 변경을 사유로 하여 청구법인의 이 건 산업단지 입주를 거부하였다고 주장하고 있고, 처분청은 이 건 산업단지 관리기본계획이 변경되기 전 산업단지의 입지와 관련한 기본법인 「산업입지법」제2조 제1호에서 "공장"이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “「산업집적법」”이라 한다) 제2조 제1호에 따른 공장을 말한고 규정하고 있었고, 「산업집적법」제2조 제1호에서 “공장”이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 “제조시설등”이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 규정하고 있었으며, 「산업입지법」제2조 제7의2호에서 “산업시설용지”란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다고 규정하고 있었고, 또한, 이 건 산업단지 관리기본계획은 산업단지 용도별 구역을 산업시설구역, 지원시설구역, 공공시설구역, 녹지구역으로 나누고 있고 ‘산업시설구역’에는 공장 및 부대시설, ‘지원시설구역’에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(이하 “「벤처기업법」”이라 한다) 제2조 제4항에 따른 벤처기업 집적시설이 건축되어야 한다고 규정하고 있어 공장과 같은 제조시설은 ‘산업시설’로서 산업시설용지에 입주하여야 하고, 공장과 같은 제조시설은 ‘산업시설’로서 「산업입지법」제2조 제7의2호에 명시된 바와 같이 ‘산업시설용지’에 입주하여야 하며, 이러한 산업시설의 생산활동을 지원하기 위한 시설인 ‘지원시설’은 ‘지원시설용지’에 입주하여야 하므로 청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 위한 계약을 체결(2014.12.9.)하기 이전부터 이 건 부동산에는 공장이 필요없는 ‘벤처기업’과 ‘지원시설’만이 입주할 수 있었다고 의견이다. 위 사실관계(나)의 이 건 산업단지 관리기본계획 변경 당시 개정이유를 보면 청구법인이 이 건 부동산 취득을 위한 계약을 체결할 당시 그 개정이유에서 “「산업집적법」과 타 법령간 충돌사항 조정하여 벤처집적시설 및 창업보육센터의 입주자격을 변경(지원시설구역→산업시설구역)”이라고 규정되어 있는 것을 볼 때 「산업집적법」등에서는 벤처기업집적시설에 설치되는 제조시설을 공장으로 보아 이 건 산단지의 지원시설구역에는 입주할 수 없었던 것으로 보인다. (카) 이 건 토지에 대한 등기부를 보면 2018.3.29. 매매를 원인으로 하여 2018.3.30. 소유권이 A으로 이전된 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」제58조 제1항에서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 "정당한 사유"라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이다. (다) 청구법인은 이 건 부동산을 벤처기업집적시설 개발ㆍ조성하기 위하여 취득하여 감면받은 후, 감면유예기간(3년) 이내 이 건 산업단지 관리기본계획의 변경에 따라 개발·조성하지 않고 매각한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하고 매각한 점, 청구법인과 중소기업진흥공단이 체결한 이 건 계약서상에 이 건 부동산을 제조업 관련 벤처기업집적시설 용도로만 사용할 수 있다거나 그 용도로 사용하지 않을 경우 계약이 취소되거나, 매각하여야 한다는 별도 내용이 없는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 위하여 계약을 체결(2014.12.9.)할 당시에는「산업집적법」등에서 벤처기업집적시설에 설치되는 제조시설을 공장으로 보아 이 건 산업단지의 지원시설구역에는 입주할 수 없었던 것으로 보이는 점, 이 건 부동산 취득하기 이전 이 건 산업단지 관리기관에 2차례 입주가능여부를 조회하였고, 그 관리기관에서 제조업 관련 벤처기업집적시설은 입주가 불가능하다고 통보한 점 등에 비추어 볼 때 위의 사항들은 청구법인의 내부사정으로 볼 수 있고, 이 건 부동산을 제조업 이외의 벤처기업집적시설 및 지원시설로 개발·조성하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 볼 수도 없어 청구법인이 감면유예기간(3년) 이내에 이 건 산업단지 관리기본계획의 변경에 따라 개발·조성하지 않고 매각한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세특례제한법 제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ① 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의3 또는 제18조제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 재산세를 추징한다. (2) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다 1. “공장”이란 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장을 말한다. 7의2. “산업시설용지”란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설(도시첨단산업단지에 한하여 첨단산업과 관련된 시설) 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다. (3) 산업입지의 개발에 관한 통합지침 제13조(산업단지개발계획의 작성) ① 「산업입지법」 제6조 ·제7조 및 제7조의2에 따른 산업단지개발계획의 주요내용과 작성요령은 다음 각 호와 같다.

시설	용도	비고
산업시설용지	제조시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지 등	산업입지법 제2조 제7조의2에 따른 산업시설
복합용지	복합용지	산업입지법 제2조 제7조의3에따른 복합용지
주거시설용지	단독주택용지, 공동주택용지, 근린시설용지, 준주거용지	산업단지 내 근로자의 정주여견 확보를 위한 주거시설
상업시설용지	상업시설용지
공공시설용지	도로, 공원, 주차장, 학교 등 도시계획시설용지	「국토계획법」제2조 제7호에 열거한 시설
지원시설 용지	행정ㆍ교육ㆍ금융ㆍ고용ㆍ의료 등 공공지원시설, 정보처리ㆍ전시ㆍ유통 등 생산지원시설, 문화ㆍ관광ㆍ체육ㆍ생활편의ㆍ복지회관 등 후생복지시설	산업시설의 생산활동을 지원하기 위한 시설
기타시설용지	산업단지 지정권자가 결정한 시설